Las cuevas de Puerto Rico albergan diversos ecosistemas y son importantes para la investigación científica. Contienen formaciones geológicas únicas como estalactitas y estalagmitas, y son el hábitat de especies como murciélagos, ciempiés y la boa puertorriqueña en peligro de extinción. Algunas cuevas también tienen petroglifos y pictografías taínas que muestran su importancia cultural e histórica.