El deterioro de la laguna del Obelisco se debe principalmente al abandono por parte de las autoridades, el vandalismo que ha sufrido el lugar y la contaminación generada por los propios habitantes de la ciudad al arrojar desperdicios. Como consecuencia, la laguna se ha llenado de basura y aguas estancadas que atraen insectos transmisores de enfermedades, generan malos olores y contaminan el ambiente, afectando negativamente a las especies que allí habitan.