El programa de medicina tradicional está dirigido principalmente a los pueblos indígenas en áreas sin acceso a servicios de salud para mantener sus prácticas médicas tradicionales y plantas medicinales. Los objetivos del programa incluyen coordinar la medicina tradicional con la medicina institucional, ampliar la cobertura de atención médica de manera coordinada, y promover el desarrollo de la medicina tradicional a través de la identificación, conservación y difusión de sus recursos. El programa utiliza estrategias como