La organización está dividida en varias unidades y departamentos, incluyendo el Consejo de Facultad, Decanato, Secretarías Académica y Administrativa, Capellanía, Unidad de Acreditación y Autoevaluación, Departamento de Ciencias de la Salud, Centro Integral de Salud, Clínica Universitaria, Centro de Salud Nuestra Señora de la Misericordia, Centro de Investigación en Bioética, Escuela de Post Grado, Escuela de Medicina, Escuela de Enfermería, Escuela de Psicología y Escuela de O