HPFS fue creado específicamente para mejorar las limitaciones del sistema de archivos FAT en OS/2, ordena los directorios por nombre de archivo en lugar de clústeres y usa mapas de bits y bandas para rastrear espacio disponible de forma más eficiente. Además de mejorar el rendimiento, HPFS agrega protección de atributos y recuperación transparente de errores de sectores defectuosos.