La Universidad de Guanajuato ofrece 55 programas de posgrado, incluyendo 11 doctorados y 29 maestrías. Cuenta con 224 profesores en el Sistema Nacional de Investigadores distribuidos en diversas áreas de conocimiento. Algunos de los programas más destacados son maestrías y doctorados interinstitucionales en ciencias de la salud, arquitectura, derecho, filosofía, ingeniería, ciencias naturales y económico-administrativas.