Charla de Concha Campos en SocialBiblio hablando sobre Pubmed avanzado el 17 de diciembre de 2014.

1. Concepción Campos Asensio
Bibliotecaria-Documentalista
Hospital Universitario de Getafe
ccampos.hugf@salud.madrid.org
Twitter @biblioGETAFE
BiblioGETAFE http://ccamposhugf.wordpress.com/
17 de diciembre de 2014

2. PubMed
Nivel principiantes Nivel avanzado
Qué es PubMed
Historia
Acceso
Búsqueda sencilla
Visualización de los resultados
Manejo de los resultados
Búsqueda
avanzada
Personalización
Pantalla de búsqueda
avanzada
Búsqueda booleana
con etiquetas de campos
Búsqueda con
MeSH
Configuración de una
cuenta personal
Definición de filtros
para los resultados
Salvar los resultados
de mis búsquedas
Salvar estrategias y
Creación de alertas

3. Ventana deVentana de búsqueda básicabúsqueda básica
Pantalla Advanced Search

5. 555
Clinical Queries:Clinical Queries: Buscador especializado que tiene incorporados filtros metodológicos:Buscador especializado que tiene incorporados filtros metodológicos:
- Clinical Study CategoryClinical Study Category
- Systematic ReviewsSystematic Reviews
- Medical GeneticsMedical Genetics
HERRAMIENTAS DE BÚSQUEDA / PubMed ToolsHERRAMIENTAS DE BÚSQUEDA / PubMed Tools
Single Citation MatcherSingle Citation Matcher:: Busca referencias partiendo de los datos conocidos.Busca referencias partiendo de los datos conocidos.
Muy útil para localizar referenciasMuy útil para localizar referencias
incompletas, verificar datos...incompletas, verificar datos...

6. OTROS RECURSOS / More ResourcesOTROS RECURSOS / More Resources
MESH Database: permite buscar por descriptores/ palabras clave (MESH) que la base de datos
ha asignado a los referencias.
Journal Database: incluye todas las revistas indizadas en PubMed, y se pueden localizar por:
título, abreviatura, ISSN, especialidades…

7. • Cada campo de un registro bibliográfico, se identifica mediante una
etiqueta de dos o más letras (calificadores de campo), que podemos añadir
a continuación de cada término entre corchetes: ej.: mycobacterium
bovis[mh].
• Tanto los términos de búsqueda como los calificadores de campo, no
importa si se escriben en mayúscula o minúscula ni el espacio. Ej.:
cysticercosis [mh] = Cysticercosis[mh] = CYSTICERCOSIS [MH]
• Campos estructurados y no estructurados

8. Citas que contengan a Perlman como autor, que trate de
tuberculosis y publicado en 1999:
Artículos que traten de la fiebre o hipertermia en la tuberculosis
pulmonar:
Artículos de revisiones en inglés que traten sobre la terapéutica del
asma en niños preescolares:
Pero debes saber que….
La búsqueda con etiquetas desactiva el Automatic Term Mapping (ATM)

9. [ti] puede utilizarse para buscar palabras o frases en el
campo de título pero NO para el título completo

10. • MedPost: identifica nuevas frases desde los
campos de título y abstract de PubMed
• La frase se añade si:
• se produce al menos 3 veces en la base de datos
• contiene al menos 1 carácter alfabético
• tiene como máximo 6 palabras
• Las frases se añaden a los índices de PubMed
dos veces al mes
Smith L, Rindflesch T, Wilbur WJ. MedPost: a part-of-
speech tagger for bioMedical text. Bioinformatics. 2004
Sep 22;20(14):2320-1. Epub 2004 Apr 8. PubMed
PMID: 15073016. Disponible en:
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/20/14/2320.long

12. 121212

13. • Acrónimo de Medical Subject Headings (MeSH)
• Vocabulario controlado de términos biomédicos que describen
el contenido de cada artículo que se ingresa en la base de
datos Medline
• Es una característica distintiva de MEDLINE
• Aproximadamente 27.000 términos médicos
• Revisados anualmente
• Organizados de manera polijerárquica
• 1 referencia bibliográfica = 12 términos del Tesauro
MeSH Browser disponible en:
http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
MeSH Browser disponible en:
http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
Coletti MH, Bleich HL. Medical subject headings used to search the biomedical literature. J Am Med Inform Assoc. 2001 Jul-Aug;8(4):317-23.
Erratum in: J Am Med Inform Assoc 2001 Nov-Dec;8(6):597. PubMed PMID: 11418538; PubMed Central PMCID: PMC130076.
Coletti MH, Bleich HL. Medical subject headings used to search the biomedical literature. J Am Med Inform Assoc. 2001 Jul-Aug;8(4):317-23.
Erratum in: J Am Med Inform Assoc 2001 Nov-Dec;8(6):597. PubMed PMID: 11418538; PubMed Central PMCID: PMC130076.

14. MeSH Vocabulary Type Examples
Headings Body Weight, Kidney, Dental
Cavity Preparation, Self
Medication, Brain Edema,
Oseltamivir
Subheadings adverse effects, genetics,
contraindications, ultrastructure
Publication Types Letter, Review, Practice
Guideline, Twin Study
Supplementary Concept
Records
cordycepin, albuterol-ipratopium,
carbon monoxyde
dehydrogenase, nocturnin

15. Entry Terms:
•Neoplasms, Pulmonary
•Neoplasm, Pulmonary
•Pulmonary Neoplasm
•Neoplasms, Lung
•Lung Neoplasm
•Neoplasm, Lung
•Pulmonary Neoplasms
•Lung Cancer
•Cancer, Lung
•Cancers, Lung
•Lung Cancers
•Cancer of Lung
•Pulmonary Cancer
•Cancer, Pulmonary
•Cancers, Pulmonary
•Pulmonary Cancers
•Cancer of the Lung
Lung Neoplasms
Tumors or cancer of the LUNG.

18. Si en un artículo se discute de más de 3 conceptos principales
relacionados, se indizará con el encabezamiento MeSH más general
bajo el cual están todos jerarquizados.
• Los encabezamientos específicos también pueden ser indexados pero
no como Major Topics.
Ejemplo:
Si el artículo discute sobre las infecciones por Helicobacter pylori,
Clostridium difficile, peptostreptococci y vancomycin-resistant
enterococci
será indizado como BACTERIAL INFECTIONS
(Ejemplo PMID 9360057 y 22763792)

19. • Algunos encabezamientos son considerados
para cada artículo (“check tags”)
• Incluye:
• Species (incluidos Humans)
• Sex
• Age groups (para humans)
• También periodos históricos de tiempo y embarazo
• Generalmente son indizados aunque solo sean
meramente mencionados, a diferencia de
otros MeSH headings

20. •Describen un aspecto (cualificadores) particular de un encabezamiento MeSH
•Hay 83 subheadings organizados por categorías:
Administration & dosage
Adverse effects
Complications
Diagnosis
Drug therapy
Epidemiology
Organization & administration
Pharmacokinetics
Prévention & control
Surgery
Therapeutic use
•Ejemplo: Lung Neoplasms/diagnosis
Disponible en: http://www.nlm.nih.gov/mesh/2012/introduction/subhierarchy.html
con enlaces a las definiciones

21. Estructura jerárquica completa y definiciones están disponibles en:
http://www.nlm.nih.gov/mesh/2012/introduction/subhierarchy.html

23. Review
Editorial
Letter
Interactive Tutorial
Clinical Trial, Phase III
Twin Study
Lista completa de tipos y enlaces a las definiciones está
disponible en: http://www.nlm.nih.gov/mesh/pubtypes.html

25. Revised 2014/03

26. MeSH Headings
Disposición jerárquica
Subheadings
Actualización anual
Entry Terms
Sin jerarquía:
• no búsqueda ampliada
No subheadings
Actualización semanal
Entry Terms
Mapeo de Heading
Puede convertirse en MeSH Heading
Search Results (# records)
Xanthophylls [nm] 2000
Xanthophylls [mh] 2923
Xanthophylls 3166

27. OTROS RECURSOS / More ResourcesOTROS RECURSOS / More Resources
Seleccionamos MeSH dentro del menú More
Resources de la página de inicio de PubMed

28. Una vez en la pantalla de MeSH Database,
escribimos Eye y pulsamos Search

29. En el resultado encontrado, pinchamos en Eye

30. Subheadings o
subencabezamientos
MeSH Major Topic y Do Not Explode
Nos aparece el registro completo para Eye
Este término está situado en dos ramas
Posición del término en la estructura jerárquica
Términos relacionados de posible interés

31. 313131
...
Término que escribo: Probiotics
Pulsar sobre “Search”...
En niños con diarrea ¿la administración
de probióticos produce una disminución
de la Intensidad y/o de la duración
de la diarrhea?
Introducimos “probiotics” en la ventana de
Mesh Database

32. 323232
Término Mesh “Probiotics”: leer la definición y
escoger uno o varios subdescriptores
DefiniciónDefinición
Subencabezamientos: escoger
el o los que tengan relación con
nuestra pregunta
Subencabezamientos: escoger
el o los que tengan relación con
nuestra pregunta
...Así que marcaremos la casilla
“therapeutic use”
...Así que marcaremos la casilla
“therapeutic use”
Del término “Probiotics” nos interesa
su utilidad terapéutica...

33. 333333
Para ello en la ventana “PubMed search builder”,
pulsamos sobre el botón “Add to search builder”, y
el término, con su subencabezamiento, aparece
en la ventana
Para ello en la ventana “PubMed search builder”,
pulsamos sobre el botón “Add to search builder”, y
el término, con su subencabezamiento, aparece
en la ventana

34. 343434
Introducimos el nuevo término y hacemos clic sobre “Search”...Introducimos el nuevo término y hacemos clic sobre “Search”...
... Así que marcamos aquellos subdescriptores que se refieran a tratamiento:
“diet therapy”, “drug therapy” y “therapy”
... Así que marcamos aquellos subdescriptores que se refieran a tratamiento:
“diet therapy”, “drug therapy” y “therapy”

35. 353535
...y lo hacemos seleccionando:
1): el operador booleano AND
2): haciendo clic posteriormente sobre botón de
“Add to search builder”
...y lo hacemos seleccionando:
1): el operador booleano AND
2): haciendo clic posteriormente sobre botón de
“Add to search builder”
Para lanzar nuestra búsqueda y ver los resultados
recuperados con esta estrategia hacemos clic en el botón de “Search PubMed”
Para lanzar nuestra búsqueda y ver los resultados
recuperados con esta estrategia hacemos clic en el botón de “Search PubMed”

36. 363636
Limitamos el resultado marcaremos, por ejemplo, “Meta-Analysis”
(tipo de artículo), “All Child” (Edad)

37. Desde 1996 en MEDLINE para cada MeSH de una sustancia
química y fármaco hay asignado uno o más encabezamientos
que describen su acción farmacológica (“Pharmacological
Action” o PA)

39. 1. Cuando buscamos por la acción específica de un
medicamento, la etiqueta del término de la acción es [mh]
Medicamento AND Pharmacological Action [mh]
Ej.:
recupera artículos sobre el litio como antidepresivo
2. Cuando buscamos por un grupo de medicamentos con una
misma acción farmacológica con una enfermedad la etiqueta
es [pa]
Enfermedad AND Pharmacological Action[pa]
Ej.:
recupera artículos sobre cualquier medicamento antidepresivo
y desorden de pánico

40. • MeSH es el vocabulario controlado para la indización temática y búsqueda en
MEDLINE/PubMed
• Hay cuatro tipos de MeSH:
• Headings
• Subheadings
• Publication Types
• Supplementary Concept Records
• MeSH utiliza sinónimos conocidos como “Entry terms”
• MeSH tiene una organización jerárquica o arbórea
• Los indizadores designan los temas principales de los artículos como MeSH
Major Topics
• Para encontrar los término MeSH hay que usar la MeSH Database
• Utilizar My NCBI Site Preferences para personalizar la visualización de
PubMed (más adelante)

41. •Realizar búsquedas mediante la opción MeSH
Database es sólo una de las múltiples formas de
buscar en PubMed
•Las búsquedas son más precisas pero menos
sensibles
•Debemos tener en cuenta que si buscamos por
MeSH la búsqueda es más precisa pero se pierde
todas aquellas referencias más recientes no
incorporadas a MEDLINE
Medline Indexing Online Training Course disponible en:
http://www.nlm.nih.gov/bsd/indexing/training/USE_010.htm

42. 42
Es una herramienta que permite guardar/recuperar en un
servidor remoto (accesible en cualquier momento con
solo conectarse a Internet) estrategias de búsqueda, crear
alertas, guardar referencias bibliográficas e incluso
personalizar, mediante la elección de filtros, el uso de
PubMed.
Es necesario un registro previo

50. Artículos que sean ECC o RS: (randomized controlled trial[Publication Type] OR (randomized[Title/Abstract]
AND controlled[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract])) OR systematic[sb]
Temática Atención Primaria: ("primary care" OR “Primary Healthcare” OR "family practice" OR "family
physician" OR "family physicians" OR “Primary Care Physician” OR “Primary Care Physicians” OR "general
practice" OR "general practitioners" OR "general practitioner" OR “family medicine” OR "Primary Health
Care"[Mesh] OR "Physicians, Primary Care"[Mesh] OR "Primary Care Nursing"[Mesh])
Ancianos: (geriatr* OR elder* OR older OR "senior citizen" OR "senior citizens" OR retired OR retirement OR
Retiree* OR "social security" OR "nursing home" OR "assisted living" OR "nursing home" OR "nursing
homes" OR pension* OR senil* OR dementia OR grandparent* OR grandmother* OR grandfather* OR
grandma* OR grandpa* OR septuagenarian* OR octagenarian* OR sexagenarian* OR nonagenarian* OR
centenarian* OR supercentenarian*) AND (aged[mesh]OR elderly[TI] OR AGED[TI] OR SENIOR[TI] OR
"aged, 80 and over")

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