Presentación del curso PubMed avanzado del mes de octubre de 2016

1. Concepción Campos Asensio Octubre 2016
Bibliotecaria
Hospital Universitario de Getafe
ccampos@salud.madrid.org
Twitter: @biblioGETAFE
Blog: http://ccamposhugf.wordpress.com/

2. PubMed
Iniciación Avanzado
Qué es PubMed
Historia
Acceso
Búsqueda sencilla:
Mapeo automático
Filtros
Operadores booleanos
Visualización de los resultados
Manejo de los resultados
Búsqueda avanzada Personalización
Pantalla de búsqueda
avanzada
Búsqueda booleana
con etiquetas de campos
Búsqueda con
descriptores MeSH
Configuración de una
cuenta
personal en PubMed
Definición de filtros
para los resultados
Salvar los resultados
de mis búsquedas
Salvar estrategias y
Creación de alertas

3. •La mayor base de datos mundial de ciencias de la salud, producida
por la NLM
•Indiza 5.642 revistas de ámbito mundial (30.000 revistas editadas
en todo el mundo) en 40 idiomas (91% en inglés)
•La cobertura temática de ciencias de la salud, especialmente de
biomedicina, abarcando los campos de la medicina, enfermería,
odontología, veterinaria, sistemas de salud, ciencias preclínicas,
salud pública,…
•Recoge unos 21 millones de referencias bibliográficas, desde 1946
hasta el presente
•83% con resumen escrito por los autores de los artículos
•Los artículos son indizados con el tesauro MeSH

5. • PubMed es un motor de búsqueda de libre acceso a la base de datos MEDLINE
• PubMed (24 millones de citas) ofrece servicios añadidos para optimizar las
búsquedas como:
Artículos de revistas del repositorio de PMC con acceso al texto completo
de artículos
No solo citas de artículos… ahora también incluye referencias de libros y
sus capítulos de libros de NCBI Bookshelf
Opciones de búsqueda:
Básica y avanzada
Filtros metodológicos (“Clinical Queries” y “Special Queries”)
Buscador de citas (“Single Citation Matcher”)
Personalización con MyNCBI que permite:
Salvar búsquedas
Guardar resultados
Recibir actualizaciones automática de las búsquedas por correo
electrónico
Personalizar preferencias creando filtros propios
Identificar suscripciones y enlazar al texto completo
Gestionar la actividad reciente
• Es la plataforma de acceso a MEDLINE más utilizada

7. http://m-hug.c17.es/
Sistema de acceso unificado a los recursos de la Biblioteca

8. Ventana de búsqueda básica

9. 999
Clinical Queries: Buscador especializado que tiene incorporados filtros metodológicos:
- Clinical Study Category
- Systematic Reviews
- Medical Genetics
Pantalla Advanced Search Builder

10. OTROS RECURSOS / More Resources
MESH Database: permite buscar por descriptores/ palabras clave (MESH) que la base de
datos ha asignado a los referencias.
Journal Database: incluye todas las revistas indizadas en PubMed, y se pueden localizar por:
título, abreviatura, ISSN, especialidades…

11. • Acrónimo de Medical Subject Headings (MeSH)
• Vocabulario controlado de términos biomédicos que describen el
contenido de cada artículo que se ingresa en la base de datos
Medline
• Es una característica distintiva de MEDLINE
• Aproximadamente 27.500 términos médicos
• Revisados anualmente
• Organizados de manera polijerárquica
• Major/minor terms
• 1 referencia bibliográfica = 12 términos del Tesauro
MeSH Browser disponible en:
http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
MeSH Browser disponible en:
http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
Coletti MH, Bleich HL. Medical subject headings used to search the biomedical literature. J Am Med Inform Assoc. 2001 Jul-Aug;8(4):317-23.
Erratum in: J Am Med Inform Assoc 2001 Nov-Dec;8(6):597. PubMed PMID: 11418538; PubMed Central PMCID: PMC130076.
Coletti MH, Bleich HL. Medical subject headings used to search the biomedical literature. J Am Med Inform Assoc. 2001 Jul-Aug;8(4):317-23.
Erratum in: J Am Med Inform Assoc 2001 Nov-Dec;8(6):597. PubMed PMID: 11418538; PubMed Central PMCID: PMC130076.

14. 1 Identificar los conceptos claves de nuestra
búsqueda
2 Escribir nuestros términos o conceptos claves (en
inglés) en la ventana de búsqueda.
3 Pinchar en botón Search
4 Borrar
Colon cancer

16. Localiza cualquier término/s presente/s en las referencias
(título, resumen, materia… y mapea)
BÚSQUEDA BÁSICA
Colon cancer

17. 171717
Search details: Nos muestra la
verdadera estrategia de búsqueda

18. 181818
Estrategia de búsqueda con
mapeo del término
Lo que hemos escrito en la
ventana de búsqueda

19. 191919
Mapeo automático de términos
Colon cancer
Introducir la palabra o palabras dentro de la ventana de búsqueda y pulsar el
botón SEARCH o la tecla ENTER
Recupera los registros en los que encuentra correspondencia con el término

21. Similar Articles
Las referencias tienen el enlace “Similar Articles”
Es un algoritmo de búsqueda en el que PubMed compara
palabras del Title y Abstract de cada cita, así como los
encabezamientos MeSH asignados.
Los resultados se muestra en orden de relevancia y no por
fecha

22. Hay muchas razones para refinar nuestra
estrategia. Si queremos:
Excluir idiomas que no entendemos
Buscamos artículos que han sido publicados en cierto
periodo de tiempo
Recuperar artículos referentes a una población
específica
Buscar sólo estudios de investigación clínica

24. Sólo los filtros más populares aparecen
por defecto. Si queremos ver mas:
Show additional filters

25. Usando operadores Booleanos
AND, OR, NOT
stress AND depression
depression OR sadness OR unhappy
depression NOT manic

26. En PubMed el operador AND es el que aplica
por defecto
Se procesan de izquierda a derecha
Los operadores booleanos se escriben en mayúsculas

27. ESTRUCTURA TESAURO
Parte alfabética:
todos términos desde A a Z
Parte jerárquica o arbórea:
T. genérico
T.
específico
T. específico
T. + específico T. + específico

29. Revised 2013/09PubMed for Trainers
Entry Terms:
— Neoplasms, Pulmonary
— Neoplasm, Pulmonary
— Pulmonary Neoplasm
— Neoplasms, Lung
— Lung Neoplasm
— Neoplasm, Lung
— Pulmonary Neoplasms
— Lung Cancer
— Cancer, Lung
— Cancers, Lung
— Lung Cancers
— Cancer of Lung
— Pulmonary Cancer
— Cancer, Pulmonary
— Cancers, Pulmonary
— Pulmonary Cancers
— Cancer of the Lung
Lung Neoplasms
Tumors or cancer of the LUNG.

30. Subheadings / Subencabezamientos o
cualificadores
n Describen un aspecto (cualificadores) particular de un
encabezamiento MeSH
n En total hay 83 subheadings organizados por categorías:
Administration & dosage
Adverse effects
Complications
Diagnosis
Drug therapy
Epidemiology
Organization & administration
Pharmacokinetics
Prevention & control
Surgery
Therapeutic use

31. OTROS RECURSOS / More Resources
Seleccionamos MeSH dentro del menú More
Resources de la página de inicio de PubMed

32. MeSH Database
n Es el nombre de una base de datos que ayuda a los
usuarios de PubMed a localizar los términos apropiados
para la búsqueda
n Esta base de datos proporciona información de los
términos MeSH incluyendo:
¨ Definiciones
¨ Sinónimos del concepto
¨ Subencabezamientos
¨ Términos relacionados
¨ La posición del encabezamiento dentro de la estructura
jerárquica MeSH

33. Indización con encabezamientos MeSH
n Los indizadores de MEDLINE de la NLM examinan los
artículos y asignan los encabezamientos MeSH apropiados
más específicos que describan los conceptos principales
que se tratan en el artículo.
n El indizador asigna tantos encabezamientos como sean
apropiados para cubrir los temas del artículo: generalmente
de 5 a 15.
n El término MeSH que refleja los puntos principales o Major
MeSH de un artículo es señalado con un asterisco (*) por
los indizadores.

34. MeSH Database
Una vez en la pantalla de MeSH Database,
escribimos Eye y pulsamos Search:

35. En el resultado encontrado, pinchamos en Eye

36. Subheadings o
subencabezamientos
MeSH Major Topic y Do Not Explode
Nos aparece el registro completo para Eye
Este término está situado en dos ramas
Posición del término en la estructura jerárquica
Términos relacionados de posible interés

37. Ejercicio con MeSH: diagnóstico de la bursitis
En la ventana de búsqueda escribimos Bursitis

38. Seleccionamos el subheading Diagnosis

39. Add to search builder

40. Search PubMed

43. 434343
Pregunta clínica para la que
buscaremos una respuesta
empleando la búsqueda por MeSH
En niños con diarrea ¿la administración
de probióticos produce una disminución
de la Intensidad y/o de la duración
de la diarrhea?

44. 444444
Consideraciones finales
• Realizar búsquedas mediante la opción MeSH
Database es sólo una de las múltiples formas
de buscar en PubMed
• Las búsquedas son mas precisas pero menos
sensibles
• Deberemos tener en cuenta que si buscamos
por MeSH la búsqueda es más precisa pero se
pierde todas aquellas referencias más recientes
no incorporadas a MEDLINE

45. o Esta página muestra las estrategias
de búsqueda y el número de
elementos encontrados para cada
búsqueda.
o Los números de búsqueda se pueden
combinar entre sí o con los nuevos
términos de búsqueda con la lógica
booleana (por ejemplo, # 1 y # 2).

46. 464646

47. 474747

48. 484848

49. 494949

50. 505050

52. o Cada campo de un registro bibliográfico, se
identifica mediante una etiqueta de dos o
más letras (calificadores de campo), que
podemos añadir a continuación de cada
término entre corchetes: ej.:
mycobacterium bovis[mh].
o Tanto los términos de búsqueda como los
calificadores de campo, no importa si se
escriben en mayúscula o minúscula ni el
espacio ej.: cysticercosis [mh] =
Cysticercosis[mh] = CYSTICERCOSIS [MH]

53. Ejemplos de Búsquedas Booleanas con
calificadores de campo
• Etiquetas de los campos más utilizados:
• MeSH Headings [MH]
• Subheadings [SH]
• Pharmacologic Action [PA]
• Text Words [TW]
• Affiliation [AD]
• Title [TI]
• Language [LA]
• Author [AU]
• Journal title [TA]
• Publication type [PT]
• Year [DP]
• Citas que contengan a Perlman como autor,
que trate de tuberculosis y publicado en
1999:
Tuberculosis[mh] AND perlman [au] AND
1999 [dp]
• Artículos que traten de la fiebre o
hipertermia en la tuberculosis pulmonar:
Tuberculosis, pulmonary [mh] AND
(hyperthermia OR fever)
• Artículos de revisiones en inglés que traten
sobre la terapéutica del asma en niños
preescolares:
asthma/therapy [mh] AND review [pt] AND
child, preschool [mh] AND english [la]

54. 54
Es una herramienta que permite
guardar/recuperar en un servidor remoto
(accesible en cualquier momento con solo
conectarse a Internet) estrategias de
búsqueda, crear alertas, guardar referencias
bibliográficas e incluso personalizar,
mediante la elección de filtros, el uso de
PubMed.
•Es necesario un registro previo

57. • Entrar cada uno a su correo para validar el
e-mail y poder recibir alertas.
• Hacerlo antes de las 24 horas del registro
en MyNCBI

66. Solo marcar casilla de “Filter”

76. Visualizamos la referencia en formato Abstract
Pinchamos sobre el icono “Localizar en mi Biblioteca”

78. Acceso al texto completo desde MEDLINE/PubMed
Aparece el texto completo del artículo
Pinchando sobre el icono PDF,
veremos el artículo en este
formato

79. Acceso al texto completo desde MEDLINE/PubMed
Aparece el texto completo del artículo en formato PDF

85. • Últimos 5 años: "published last 5 years"[Filter]
• ARTÍCULOS ESCRITOS EN INGLÉS, FRANCÉS Y ESPAÑOL:
ENGLISH[LA] OR SPANISH[LA] OR FRENCH[LA]
• ECC Y RS
(randomized controlled trial[Publication Type] OR
(randomized[Title/Abstract] AND controlled[Title/Abstract] AND
trial[Title/Abstract])) OR systematic[sb]
• Atención Primaria
("primary care" OR “Primary Healthcare” OR "family practice" OR "family
physician" OR "family physicians" OR “Primary Care Physician” OR
“Primary Care Physicians” OR "general practice" OR "general
practitioners" OR "general practitioner" OR “family medicine” OR
"Primary Health Care"[Mesh] OR "Physicians, Primary Care"[Mesh] OR
"Primary Care Nursing"[Mesh])
• Escritos por enfermer*
(randomi* OR cohort OR systematic OR RCT) AND (nurse* OR nursing
OR LVN OR LPN OR RN OR BSN OR MSN OR ND OR DNSc OR DNP
OR enfermer*)

86. • Crear el filtro de las 5 revistas más
relevantes de medicina general e interna
• Entramos en
MyNCBI > Filters > Manage Filters >
Create custom filter

90. "N Engl J Med"[Journal] OR "Ann Intern
Med"[Journal] OR "Lancet"[Journal] OR
"BMJ"[Journal] OR "JAMA"[Journal]

91. "N Engl J Med"[Journal] OR "Ann Intern
Med"[Journal] OR "Lancet"[Journal] OR
"BMJ"[Journal] OR "JAMA"[Journal]

92. Test This Query

93. :
Test This Query

98. University of Texas Health Science Center
http://libguides.sph.uth.tmc.edu/pubmed_filters
ISSG Search Filters Resource (Filtros por diseño de studio)
https://sites.google.com/a/york.ac.uk/issg-search-filters-resource/home
PubMed Clinical Queries (Filtros por diseño de studio)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/clinical
McMaster Hedges (Filtros por diseño de studio)
http://hiru.mcmaster.ca/hiru/HIRU_Hedges_home.aspx
NLM Resources for Informing Comparative Effectiveness
https://www.nlm.nih.gov/nichsr/cer/cerqueries.html
SIGN Filters
http://www.sign.ac.uk/methodology/filters.html
BMJ Clinical Evidence
http://clinicalevidence.bmj.com/x/set/static/ebm/learn/665076.html
CADTH’s Database Search Filters
https://www.cadth.ca/resources/finding-evidence/strings-attached-cadths-database-search-filters
Fliders Search Filters
http://www.flinders.edu.au/clinical-change/research/flinders-filters/search-filters/search-filters_home.cfm
Flinder filters
http://www.flinders.edu.au/clinical-change/research/flinders-filters/
Cindy Schmidt's Blog: PubMed Search Strategies
http://pubmedsearches.blogspot.com.es/

99. ATRIAL FIBRILLATION AND DABIGATRAN

116. Hospital Universitario de Getafe
ccampos@salud.madrid.org
Twitter: @biblioGETAFE
Blog: http://ccamposhugf.wordpress.com/