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Laboratorio


                                                                                        5
Enzimas

                                            Objetivos

      Al finalizar este laboratorio el estudiante podrá:

      1. Explicar qué es una enzima y cómo éstas actúan en reacciones intracelulares.
      2. Identificar factores que afectan la actividad enzimática.
      3. Distinguir entre inhibición competitiva e inhibición no-competitiva.


INTRODUCCIÓN


 L        as células llevan a cabo simultáneamente una gran cantidad de reacciones químicas necesarias
          para la vida. Muchos de los productos de esas reacciones se necesitan inmediatamente, y si
          no fuera por la participación de las enzimas, algunas reacciones no se producirían tan rápido.
Las enzimas, en su mayoría proteínas o RNA (riboenzimas), son catalizadores químicos que agilizan
una reacción que envuelve la formación o rompimiento de enlaces químicos.

Las enzimas no se consumen en las reacciones, ni tampoco se alteran, razón por lo cual no se necesitan
en grandes cantidades. Las enzimas actúan sobre los sustratos formando un complejo enzima-
sustrato; esto ocurre en un lugar en específico conocido como el sitio activo de la enzima. Las
enzimas son muy selectivas porque pocas moléculas pueden interactuar bien con este sitio (Figura 5.1).




                                                       1
Sustratos




                                       Sitio activo




          Complejo Enzima-Sustrato                              Producto             Enzima


Figura        5.1
Reacción con participación de una enzima. Se forma el complejo Enzima-Sustrato al unirse la enzima a los
sustratos en lugares específicos de la enzima donde “encajan” los sustratos. Se forma el producto y la enzima no
se altera en el proceso; quedando libre para otra reacción.


Las enzimas reducen la energía de activación necesaria para llevar a cabo una reacción; es decir, reducen la
barrera de energía que hay que sobrepasar para que la reacción se lleve a cabo (Figura 5.2).




                                                            Sin enzima
                                                               Con enzima
  Energía de activación




                                              Curso de la reacción


Figura        5.2
Energía de activación necesaria para iniciar la reacción.


Las enzimas trabajan óptimamente bajo condiciones específicas y ciertos cambios pueden alterar el
funcionamiento de la enzima, desactivarla o hasta destruirla. Algunas enzimas necesitan activadores
para cambiar su conformación de modo que pueda formarse el complejo enzima–sustrato. Estos

                                                            2
activadores se conocen como cofactores y pueden ser tan simples como iones metálicos. Los
cofactores orgánicos se conocen como coenzimas. Las enzimas pueden afectarse negativamente por
inhibidores que impidan la actividad enzimática. Estos inhibidores pueden afectar el sitio activo de dos
maneras: competitivamente, al bloquear el sitio activo, o no competitivamente, al pegarse en otro lugar
de la enzima y alterar indirectamente la forma del sitio activo.



                                       EJERCICIO 5.1
       FUNCIONAMIENTO             DE   LA   CATALASA           EN   VARIOS    ORGANISMOS




A. Factores que afectan el funcionamiento de la catalasa
En los ejercicios siguientes se estudiará el funcionamiento de la catalasa. Esta enzima está presente en
casi todas las células aeróbicas y actúa descomponiendo peróxido de hidrógeno (agua oxigenada) en agua
y oxígeno, según la siguiente reacción:


                                             catalasa
                                   2H2O2                 2H2O + O2




A.1. Funcionamiento de la enzima catalasa en varios organismos
M A T E R I A L E S


Por laboratorio:

   •    Peróxido de hidrógeno                              •    Gasa (cheesecloth)
   •    Papa                                               •    Placas de porcelana
   •    Hígado                                             •    Goteros
   •    Setas                                              •    Morteros o licuadora
   •    Espinaca

P R O C E D I M I E N T O



En este ejercicio se prepararán varios homogenados para obtener partículas pequeñas y uniformes al
mezclarlas con el agua.
   1. Para preparar los homogenados, corte en pedazos por separado las muestras de papa, hígado,
      setas y espinaca.
   2. Usando una licuadora o mortero, muela el material con un poco de agua hasta diluir parte de la
      muestra; no muela excesivamente para que no queden pedazos muy pequeños del material.
   3. De ser necesario, filtre el macerado con una gasa (cheesecloth).

                                                   3
4. Coloque cada homogenado en un tubo de ensayo.
5. Usando un gotero, coloque cinco gotas de cada homogenado en las fosas de la placa de
   porcelana y añada tres gotas de peróxido de hidrógeno (Película 2).

    Para observar algunas reacciones, vea las siguientes películas cortas:

                                   PELÍCULA1
                                   PELÍCULA2

4. Observe y anote los resultados en la Tabla 5.1:

          Tabla 5.1 Resultados homogenado con peróxido de hidrógeno
            Homogenado           Reacción al añadir gotas de peróxido
                 Agua
                  Papas
                  Setas
                 Hígado
                Espinaca



5. ¿Qué ocurrió al añadir el peróxido?


6. ¿Ocurrió lo mismo en todas las muestras?


7. ¿Por qué se forman burbujas?




8. ¿Qué otros organismos podrían usarse para esta prueba?



9. ¿Por qué se prepararon los homogenados? ¿Por qué no se añadió el peróxido directamente a los
   tejidos sin macerarlos?



10. Explique por qué la gran mayoría de las especies de plantas y de animales producen la enzima
    catalasa.


                                               4
A.2. ¿Se comporta la catalasa de igual manera en todos los organismos?

M A T E R I A L E S


Por laboratorio:

   •   Homogenado de hígado, papa, setas y                 •   Peróxido de hidrógeno
       espinaca                                            •   Goteros
   •   Tubos de ensayo grandes

P R O C E D I M I E N T O


   1. Rotule cinco tubos de ensayo con las letras A a la E.
   2. Ponga 3 mL de cada homogenado en los tubos como sigue:
         A - Hígado
         B - Papa
         C - Setas
         D - Espinaca
         E - Agua
   3. Marque el nivel hasta donde llega cada homogenado.
   4. Ponga 3 mL de peróxido de hidrógeno en cada tubo de ensayo.
   5. Observe la reacción que sucede en cada tubo y marque el cambio en el nivel del líquido.
   6. Tabule los resultados en la Tabla 5.2.


           Tabla 5.2        Resultados producción de catalasa en varios organismos
            Tubo            Cantidad de burbujas     Cantidad de homogenado consumido
              A
              B
              C
              D
              E


   7. ¿Fue igual la producción de catalasa en todas las muestras?



   8. ¿Qué indican los resultados sobre la fisiología de estos organismos?




                                                  5
A.3. Efecto de la temperatura sobre el funcionamiento de las enzimas

M A T E R I A L E S



   •   Homogenado de hígado
   •   Baño de agua
   •   Termómetro
   •   Agarradera de tubo
   •   Hielo
   •   Congelador


P R O C E D I M I E N T O



   1. Rotule cinco tubos de ensayo del 1 al 5 y caliente un baño de agua hasta 37 °C y otro hasta
      80°C.
   2. Añada 5 mL de hígado homogenado a cada tubo.
   3. Mantenga los tubos a las siguientes temperaturas:
              Tubo 1 = 80 °C por 15 minutos
              Tubo 2 = 37 °C por 15 minutos
              Tubo 3 = Temperatura ambiental
              Tubo 4 = Hielo por 30 minutos
              Tubo 5 = Congelador a 4 °C por 30 minutos
   4. Añada 2 mL de peróxido de hidrógeno al tubo 1.
   5. Mida el tiempo transcurrido desde que se añadió el peróxido hasta que se comienzan a producir
      burbujas, y anótelo en la Tabla 5.3.
   6. Repita con los demás tubos.
   7. Compare sus resultados en término de tiempo de reacción vs. temperatura.


         Tabla 5.3      Resultados del efecto de temperatura
                                           Tiempo que tardó en         Observaciones
         Tubo          Temperatura
                                            comenzar reacción
            1              80 °C
            2              37 °C
            3            Ambiente
            4              Hielo
            5         Congelador (4°C)


   8. ¿Cómo se relacionan la temperatura y la actividad enzimática?




                                                 6
9. ¿Qué le sucede a las enzimas cuando se exponen a temperaturas extremas (muy frías o muy
      calientes?




A.4. El efecto del pH sobre el funcionamiento de las enzimas

P R O C E D I M I E N T O


   1. Rotule tres tubos de ensayo A, B y C
   2. Añada 3 mL de homogenado de hígado a cada tubo.
   3. Añada soluciones 3M de HCl y 3M de NaOH a los tubos como sigue, y agite suavemente
      hasta mezclar:

           Tubo A – 3 ml de 3M HCl
           Tubo B – 3 ml de 3M NaOH
           Tubo C – control (sin ácido ni base)

   4. Añada 3 mL de peróxido de hidrógeno a cada tubo.
   5. Observe y anote las reacciones en la Tabla 5.4.


          Tabla 5.4   Resultados del efecto del pH sobre la actividad enzimática

             Tubo             Tiempo que toma la        Descripción comparativa de las
                            reacción en completarse               reacciones
               A

               B

               C


   6. ¿Cómo se relacionan el pH y la actividad enzimática?


   7.    Las enzimas del estómago funcionan óptimamente a un pH de 2. ¿Cómo se afectaría la
        digestión si el pH aumenta a 4?


   8. ¿De qué otras maneras se podría explorar el funcionamiento de las enzimas estudiadas en el
      laboratorio?



                                                  7
9. ¿Puede mencionar otras enzimas que actúan en nuestro cuerpo?




10. ¿Qué efecto podría tener una fiebre alta prolongada sobre el funcionamiento de las enzimas?




11. ¿Conoce alguna condición médica que se deba al mal funcionamiento de una enzima?




                               INFORMACIÓN ADICIONAL

            •     La catalasa: se encuentra en casi todas las células aeróbicas, donde acelera el
                rompimiento de peróxido de hidrógeno (producto tóxico de las células). A veces, la
                reducción de oxigeno al agua es incompleta y se produce “superóxido”, una
                sustancia sumamente tóxica. Una enzima rompe el “superóxido” y forma agua y
                peróxido de hidrógeno, que es menos tóxico. La catalasa entonces rompe el
                peróxido de hidrógeno para producir agua y oxígeno.
                     Recursos del tema se pueden encontrar en:
                Solomon, Berg & Martin (2004). Biology, 7th Ed. Brooks Cole Publ.
                http://www.mhhe.com/physsci/chemistry/chang
                Denniston, Topping and Caret (2004). General, Organic, and Biochemistry , 4ta Ed. Mc
                     Graw Hill. New York. USA
                Boyer, B (1999). Concepts in Biochemistry, Brooks/Cole Publishing.
                http://www.seps.org/cvoracle/faq/catalase.html
                www.worthington-biochem.com/introdBiochem/introEnzymes.html




                                                8
LABORATORIO 5: ENZIMAS

            PLAN DE ENSEÑANZA                PARA LOS         INSTRUCTORES


Destrezas que el estudiante adquirirá a partir de este laboratorio:
       1.   Trabajo individual y grupal.
       2.   Se enfatiza la división óptima de tiempo para tareas en grupos.
       3.   Se aprenderán técnicas de laboratorio.
       4.   Se practicarán destrezas de comunicación escrita y se reforzarán los conceptos de
            investigación científica.

Manejo del laboratorio:

   •   El instructor debe introducir los términos generales brevemente, dejando para la
       discusión final los términos más específicos.
   •   Asegúrese de explicar bien el procedimiento a seguirse, recalcando el uso eficiente del
       tiempo.
   •   Debe discutirse qué se espera del informe escrito y debe repasarse el método científico.
   •   Vocabulario que los estudiantes deben conocer al finalizar el laboratorio:

               Enzima, catalizador, sustrato, producto, sitio activo, complejo
               enzima-sustrato, activadores, cofactores, coenzimas, inhibidores
               competitivos, inhibidores no-competitivos y energía de activación

   •   Recordarles a los estudiantes que vengan preparados para el próximo laboratorio y
       anunciarles la prueba corta de la semana (si va a ofrecerse).


Manejo del tiempo:
       1. Presentación de objetivos e introducción ........................10 minutos
       2. Visita al invernadero para tomar datos
              (Laboratorio 2) ………………………………………...10 minutos
       3. Ejercicio 5.1
              A.1: Enzima catalasa en varios organismos…………30 minutos
              A.2: ¿Se comportan los organismos iguales?...............30 minutos
              A.3: Efecto de la temperatura sobre las enzimas …..30 minutos
              A.4: Efecto del pH sobre las enzimas ………………30 minutos
       4. Discusión y repaso de objetivos ..…………….……………15 minutos
       5. Prueba corta …………………………………...…………...10 minutos
       5. Discutir asignación de informe corto:
              Preparar introducción …………………………………10 minutos
       6. Recoger el laboratorio ………………………………………5 minutos



                                                  9

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Biocatalisis juan
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Practica de-el-laboratorio
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Laboratorio de enzimas. bioquímica.

  • 1. Laboratorio 5 Enzimas Objetivos Al finalizar este laboratorio el estudiante podrá: 1. Explicar qué es una enzima y cómo éstas actúan en reacciones intracelulares. 2. Identificar factores que afectan la actividad enzimática. 3. Distinguir entre inhibición competitiva e inhibición no-competitiva. INTRODUCCIÓN L as células llevan a cabo simultáneamente una gran cantidad de reacciones químicas necesarias para la vida. Muchos de los productos de esas reacciones se necesitan inmediatamente, y si no fuera por la participación de las enzimas, algunas reacciones no se producirían tan rápido. Las enzimas, en su mayoría proteínas o RNA (riboenzimas), son catalizadores químicos que agilizan una reacción que envuelve la formación o rompimiento de enlaces químicos. Las enzimas no se consumen en las reacciones, ni tampoco se alteran, razón por lo cual no se necesitan en grandes cantidades. Las enzimas actúan sobre los sustratos formando un complejo enzima- sustrato; esto ocurre en un lugar en específico conocido como el sitio activo de la enzima. Las enzimas son muy selectivas porque pocas moléculas pueden interactuar bien con este sitio (Figura 5.1). 1
  • 2. Sustratos Sitio activo Complejo Enzima-Sustrato Producto Enzima Figura 5.1 Reacción con participación de una enzima. Se forma el complejo Enzima-Sustrato al unirse la enzima a los sustratos en lugares específicos de la enzima donde “encajan” los sustratos. Se forma el producto y la enzima no se altera en el proceso; quedando libre para otra reacción. Las enzimas reducen la energía de activación necesaria para llevar a cabo una reacción; es decir, reducen la barrera de energía que hay que sobrepasar para que la reacción se lleve a cabo (Figura 5.2). Sin enzima Con enzima Energía de activación Curso de la reacción Figura 5.2 Energía de activación necesaria para iniciar la reacción. Las enzimas trabajan óptimamente bajo condiciones específicas y ciertos cambios pueden alterar el funcionamiento de la enzima, desactivarla o hasta destruirla. Algunas enzimas necesitan activadores para cambiar su conformación de modo que pueda formarse el complejo enzima–sustrato. Estos 2
  • 3. activadores se conocen como cofactores y pueden ser tan simples como iones metálicos. Los cofactores orgánicos se conocen como coenzimas. Las enzimas pueden afectarse negativamente por inhibidores que impidan la actividad enzimática. Estos inhibidores pueden afectar el sitio activo de dos maneras: competitivamente, al bloquear el sitio activo, o no competitivamente, al pegarse en otro lugar de la enzima y alterar indirectamente la forma del sitio activo. EJERCICIO 5.1 FUNCIONAMIENTO DE LA CATALASA EN VARIOS ORGANISMOS A. Factores que afectan el funcionamiento de la catalasa En los ejercicios siguientes se estudiará el funcionamiento de la catalasa. Esta enzima está presente en casi todas las células aeróbicas y actúa descomponiendo peróxido de hidrógeno (agua oxigenada) en agua y oxígeno, según la siguiente reacción: catalasa 2H2O2 2H2O + O2 A.1. Funcionamiento de la enzima catalasa en varios organismos M A T E R I A L E S Por laboratorio: • Peróxido de hidrógeno • Gasa (cheesecloth) • Papa • Placas de porcelana • Hígado • Goteros • Setas • Morteros o licuadora • Espinaca P R O C E D I M I E N T O En este ejercicio se prepararán varios homogenados para obtener partículas pequeñas y uniformes al mezclarlas con el agua. 1. Para preparar los homogenados, corte en pedazos por separado las muestras de papa, hígado, setas y espinaca. 2. Usando una licuadora o mortero, muela el material con un poco de agua hasta diluir parte de la muestra; no muela excesivamente para que no queden pedazos muy pequeños del material. 3. De ser necesario, filtre el macerado con una gasa (cheesecloth). 3
  • 4. 4. Coloque cada homogenado en un tubo de ensayo. 5. Usando un gotero, coloque cinco gotas de cada homogenado en las fosas de la placa de porcelana y añada tres gotas de peróxido de hidrógeno (Película 2). Para observar algunas reacciones, vea las siguientes películas cortas: PELÍCULA1 PELÍCULA2 4. Observe y anote los resultados en la Tabla 5.1: Tabla 5.1 Resultados homogenado con peróxido de hidrógeno Homogenado Reacción al añadir gotas de peróxido Agua Papas Setas Hígado Espinaca 5. ¿Qué ocurrió al añadir el peróxido? 6. ¿Ocurrió lo mismo en todas las muestras? 7. ¿Por qué se forman burbujas? 8. ¿Qué otros organismos podrían usarse para esta prueba? 9. ¿Por qué se prepararon los homogenados? ¿Por qué no se añadió el peróxido directamente a los tejidos sin macerarlos? 10. Explique por qué la gran mayoría de las especies de plantas y de animales producen la enzima catalasa. 4
  • 5. A.2. ¿Se comporta la catalasa de igual manera en todos los organismos? M A T E R I A L E S Por laboratorio: • Homogenado de hígado, papa, setas y • Peróxido de hidrógeno espinaca • Goteros • Tubos de ensayo grandes P R O C E D I M I E N T O 1. Rotule cinco tubos de ensayo con las letras A a la E. 2. Ponga 3 mL de cada homogenado en los tubos como sigue: A - Hígado B - Papa C - Setas D - Espinaca E - Agua 3. Marque el nivel hasta donde llega cada homogenado. 4. Ponga 3 mL de peróxido de hidrógeno en cada tubo de ensayo. 5. Observe la reacción que sucede en cada tubo y marque el cambio en el nivel del líquido. 6. Tabule los resultados en la Tabla 5.2. Tabla 5.2 Resultados producción de catalasa en varios organismos Tubo Cantidad de burbujas Cantidad de homogenado consumido A B C D E 7. ¿Fue igual la producción de catalasa en todas las muestras? 8. ¿Qué indican los resultados sobre la fisiología de estos organismos? 5
  • 6. A.3. Efecto de la temperatura sobre el funcionamiento de las enzimas M A T E R I A L E S • Homogenado de hígado • Baño de agua • Termómetro • Agarradera de tubo • Hielo • Congelador P R O C E D I M I E N T O 1. Rotule cinco tubos de ensayo del 1 al 5 y caliente un baño de agua hasta 37 °C y otro hasta 80°C. 2. Añada 5 mL de hígado homogenado a cada tubo. 3. Mantenga los tubos a las siguientes temperaturas: Tubo 1 = 80 °C por 15 minutos Tubo 2 = 37 °C por 15 minutos Tubo 3 = Temperatura ambiental Tubo 4 = Hielo por 30 minutos Tubo 5 = Congelador a 4 °C por 30 minutos 4. Añada 2 mL de peróxido de hidrógeno al tubo 1. 5. Mida el tiempo transcurrido desde que se añadió el peróxido hasta que se comienzan a producir burbujas, y anótelo en la Tabla 5.3. 6. Repita con los demás tubos. 7. Compare sus resultados en término de tiempo de reacción vs. temperatura. Tabla 5.3 Resultados del efecto de temperatura Tiempo que tardó en Observaciones Tubo Temperatura comenzar reacción 1 80 °C 2 37 °C 3 Ambiente 4 Hielo 5 Congelador (4°C) 8. ¿Cómo se relacionan la temperatura y la actividad enzimática? 6
  • 7. 9. ¿Qué le sucede a las enzimas cuando se exponen a temperaturas extremas (muy frías o muy calientes? A.4. El efecto del pH sobre el funcionamiento de las enzimas P R O C E D I M I E N T O 1. Rotule tres tubos de ensayo A, B y C 2. Añada 3 mL de homogenado de hígado a cada tubo. 3. Añada soluciones 3M de HCl y 3M de NaOH a los tubos como sigue, y agite suavemente hasta mezclar: Tubo A – 3 ml de 3M HCl Tubo B – 3 ml de 3M NaOH Tubo C – control (sin ácido ni base) 4. Añada 3 mL de peróxido de hidrógeno a cada tubo. 5. Observe y anote las reacciones en la Tabla 5.4. Tabla 5.4 Resultados del efecto del pH sobre la actividad enzimática Tubo Tiempo que toma la Descripción comparativa de las reacción en completarse reacciones A B C 6. ¿Cómo se relacionan el pH y la actividad enzimática? 7. Las enzimas del estómago funcionan óptimamente a un pH de 2. ¿Cómo se afectaría la digestión si el pH aumenta a 4? 8. ¿De qué otras maneras se podría explorar el funcionamiento de las enzimas estudiadas en el laboratorio? 7
  • 8. 9. ¿Puede mencionar otras enzimas que actúan en nuestro cuerpo? 10. ¿Qué efecto podría tener una fiebre alta prolongada sobre el funcionamiento de las enzimas? 11. ¿Conoce alguna condición médica que se deba al mal funcionamiento de una enzima? INFORMACIÓN ADICIONAL • La catalasa: se encuentra en casi todas las células aeróbicas, donde acelera el rompimiento de peróxido de hidrógeno (producto tóxico de las células). A veces, la reducción de oxigeno al agua es incompleta y se produce “superóxido”, una sustancia sumamente tóxica. Una enzima rompe el “superóxido” y forma agua y peróxido de hidrógeno, que es menos tóxico. La catalasa entonces rompe el peróxido de hidrógeno para producir agua y oxígeno. Recursos del tema se pueden encontrar en: Solomon, Berg & Martin (2004). Biology, 7th Ed. Brooks Cole Publ. http://www.mhhe.com/physsci/chemistry/chang Denniston, Topping and Caret (2004). General, Organic, and Biochemistry , 4ta Ed. Mc Graw Hill. New York. USA Boyer, B (1999). Concepts in Biochemistry, Brooks/Cole Publishing. http://www.seps.org/cvoracle/faq/catalase.html www.worthington-biochem.com/introdBiochem/introEnzymes.html 8
  • 9. LABORATORIO 5: ENZIMAS PLAN DE ENSEÑANZA PARA LOS INSTRUCTORES Destrezas que el estudiante adquirirá a partir de este laboratorio: 1. Trabajo individual y grupal. 2. Se enfatiza la división óptima de tiempo para tareas en grupos. 3. Se aprenderán técnicas de laboratorio. 4. Se practicarán destrezas de comunicación escrita y se reforzarán los conceptos de investigación científica. Manejo del laboratorio: • El instructor debe introducir los términos generales brevemente, dejando para la discusión final los términos más específicos. • Asegúrese de explicar bien el procedimiento a seguirse, recalcando el uso eficiente del tiempo. • Debe discutirse qué se espera del informe escrito y debe repasarse el método científico. • Vocabulario que los estudiantes deben conocer al finalizar el laboratorio: Enzima, catalizador, sustrato, producto, sitio activo, complejo enzima-sustrato, activadores, cofactores, coenzimas, inhibidores competitivos, inhibidores no-competitivos y energía de activación • Recordarles a los estudiantes que vengan preparados para el próximo laboratorio y anunciarles la prueba corta de la semana (si va a ofrecerse). Manejo del tiempo: 1. Presentación de objetivos e introducción ........................10 minutos 2. Visita al invernadero para tomar datos (Laboratorio 2) ………………………………………...10 minutos 3. Ejercicio 5.1 A.1: Enzima catalasa en varios organismos…………30 minutos A.2: ¿Se comportan los organismos iguales?...............30 minutos A.3: Efecto de la temperatura sobre las enzimas …..30 minutos A.4: Efecto del pH sobre las enzimas ………………30 minutos 4. Discusión y repaso de objetivos ..…………….……………15 minutos 5. Prueba corta …………………………………...…………...10 minutos 5. Discutir asignación de informe corto: Preparar introducción …………………………………10 minutos 6. Recoger el laboratorio ………………………………………5 minutos 9