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IMPORTANCIA BIOMÉDICA
En la naturaleza, la forma sigue la función. Para que un polipépti-
do recién sintetizado madure en una proteína biológicamente fun-
cional capaz de catalizar una reacción metabólica, potenciar un
movimiento celular, o formar armazones macromoleculares que
brindan integridad estructural a los vellos, huesos, tendones y
dientes, debe plegarse en una disposición tridimensional especí-
fica, o conformación. Además, durante la maduración, las modifi-
caciones postraduccionales pueden agregar nuevos grupos quí-
micos o quitar segmentos de péptidos necesitados de manera
transitoria. Las deficiencias nutricionales o genéticas que impi-
den la maduración de la proteína son perjudiciales para la salud.
Ejemplo de las primeras incluyen la enfermedad de Creutz­
feldt-
Jakob, prurigo lumbar, enfermedad de Alzheimer, encefalopatía
espongiforme bovina (enfermedad de la vaca loca). Las últimas
incluyen el escorbuto (ácido ascórbico) y el síndrome de Menkes
(Cu). Por el contrario, la terapéutica de próxima generación para
enfermedades virales como la hepatitis C bloquea la maduración
de proteínas viralmente codificadas por inhibición de la actividad de
las ciclofilinas, una familia de isomerasas cis-trans de la proteína
peptidil.
CONFORMACIÓN
VERSUS CONFIGURACIÓN
Los términos configuración y conformación son confundidos con
frecuencia. La configuración se refiere a la relación geométrica en-
tre un grupo de átomos dado, por ejemplo, aquellos que distinguen
los l-aminoácidos de los d-aminoácidos. La interconversión de las
alternativas de configuraciones requiere romper (y reformar) enla-
ces covalentes. La conformación se refiere a la relación espacial de
cada átomo en una molécula. La interconversión entre confórmeros
ocurre con la retención de la configuración, por lo general a través
de la rotación sobre enlaces simples.
O B J E T I V O S :
Después de estudiar este
capítulo, usted deberá
ser capaz de:
■
■ Indicar las ventajas y desventajas de varios enfoques para clasificar las pro­
teínas.
■
■ Explicar e ilustrar las estructuras primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria de
las proteínas.
■
■ Identificar los principales tipos de estructura secundaria y explicar los motivos
supersecundarios.
■
■ Describir el tipo de intensidad relativa de las fuerzas que estabilizan cada orden
de las estructuras de las proteínas.
■
■ Describir la información resumida por un gráfico de Ramachandran.
■
■ Resumir los principios operativos básicos que subyacen en tres métodos
clave para determinar la estructura de las proteínas: cristalografía de
rayos X, espectroscopia de resonancia magnética nuclear y criomicroscopia
electrónica.
■
■ Indicar el estado actual del conocimiento sobre el proceso gradual mediante el
cual se considera que las proteínas alcanzan su conformación nativa.
■
■ Identificar la función fisiológica en la maduración de proteínas chaperonas, pro­
teína disulfuro isomerasa, e isomerasa cis-trans de la peptidilprolina.
■
■ Describir las principales técnicas biofísicas empleadas en el estudio de las es­
tructuras terciaria y cuaternaria de las proteínas.
■
■ Explicar cómo los trastornos genéticos y nutricionales de la maduración de
los colágenos ilustra el estrecho vínculo entre la estructura de la proteína y la
función.
■
■ Para las enfermedades previas, describir los eventos generales en su patología
molecular y nombrar las formas de vida que afecta.
Proteínas: estructuras
de categoría
superior
Peter J. Kennelly, PhD y Victor W. Rodwell, PhD
C A P Í T U L O
5
34 SECCIÓN I Estructuras y funciones de las proteínas y enzimas
LAS PROTEÍNAS FUERON
INICIALMENTE CLASIFICADAS
POR SUS MACROCARACTERÍSTICAS
Los científicos al inicio abordaron la elucidación de la relación en-
tre estructura y función en las proteínas separándolas en clases
basadas en propiedades tales como la solubilidad, la forma o la
presencia de grupos no proteicos. Por ejemplo, las proteínas que se
pueden extraer de las células usando soluciones acuosas de pH fi-
siológico y fuerza iónica se clasifican como solubles. La extracción
de proteínas integrales de membrana requiere la disolución de la
membrana con detergentes. Las proteínas globulares son molécu-
las compactas, aproximadamente esféricas que tienen proporcio-
nes axiales (proporción entre sus dimensiones más cortas y las más
largas) de no más de tres. La mayoría de las enzimas son proteínas
globulares. Por el contrario, muchas proteínas estructurales adop-
tan conformaciones muy extendidas. Estas proteínas fibrosas pue-
den poseer proporciones axiales de 10 o más.
Las lipoproteínas y glucoproteínas contienen lípidos y carbohi-
dratos unidos de forma covalente, respectivamente. La mioglo­
bina, la hemoglobina, los citocromos y muchas otras metaloproteí-
nas contienen iones metálicos estrechamente asociados. Aunque
han surgido esquemas de clasificación más precisos basados en la
similitud u homología, en la secuencia de aminoácidos y la estruc-
tura tridimensional, muchos términos de la clasificación temprana
siguen en uso.
LAS PROTEÍNAS SE CONSTRUYEN
USANDO PRINCIPIOS MODULARES
Las proteínas realizan funciones físicas y catalíticas complejas me-
diante el posicionamiento de grupos químicos específicos en una
disposición tridimensional precisa. El andamiaje polipeptídico que
contiene estos grupos debe adoptar una conformación que sea efi-
ciente en lo funcional y físicamente fuerte. A primera vista, la bio-
síntesis de polipéptidos compuestos por decenas de miles de áto-
mos individuales parece ser extremadamente desafiante. Cuando
se considera que un polipéptido típico puede adoptar ≥1050
confor-
maciones distintas, plegarse a la conformación adecuada a su fun-
ción biológica parecería ser aún más difícil. Como se describe en
los capítulos 3 y 4, la síntesis de las cadenas principales de polipép-
tidos de proteínas emplea un pequeño conjunto de bloques de
construcción o módulos comunes, los aminoácidos, unidos por un
enlace común, el enlace peptídico. De forma similar, una vía mo-
dular de paso moderado simplifica el plegamiento y el procesa-
miento de polipéptidos recién sintetizados en proteínas maduras.
CUATRO CATEGORÍAS
DE LA ESTRUCTURA PROTEICA
La naturaleza modular de la síntesis y el plegamiento de proteínas
se materializa en el concepto de categorías de la estructura de las
proteínas: estructura primaria: la secuencia de aminoácidos en
una cadena de polipéptido; estructura secundaria: plegamiento de
segmentos cortos (3-30 residuos) contiguos de polipéptido en uni-
dades geométricamente ordenadas; estructura terciaria: el ensam-
blaje de unidades estructurales secundarias en unidades funciona-
les mayores, tales como el polipéptido maduro y sus dominios
componentes, y estructura cuaternaria: el número y tipos de uni-
dades polipeptídicas de proteínas oligoméricas y su disposición
espacial.
Estructura secundaria
Los enlaces peptídicos restringen posibles
conformaciones secundarias
La rotación libre es posible sólo sobre dos de los tres tipos de enla-
ces covalentes que comprenden la cadena principal del polipépti-
do: el enlace que une el α-carbono (Cα) al carbono del carbonilo
(Co) y el enlace que une Cα a nitrógeno (véase figura 3-8). El carác-
ter de doble enlace parcial del enlace peptídico que une el Co al
nitrógeno-α requiere que el carbono carbonilo, el oxígeno del car-
bonilo y el nitrógeno-α permanezcan coplanares, y se evite así la
rotación. El ángulo sobre el enlace Cα — N se denomina ángulo phi
(ϕ), y sobre el enlace Co — Cα es el ángulo psi (ψ). En los péptidos,
para los aminoácidos distintos de la glicina, la mayoría de las com-
binaciones de ángulos phi y psi no se permiten debido a impedi-
mentos estéricos (véase figura 5-1). Las conformaciones de prolina
son incluso más restringidas ya que su estructura cíclica evita la
rotación libre del enlace N — Cα.
Las regiones de estructura secundaria ordenada surgen cuando
una serie de residuos de aminoacilo adoptan ángulos phi y psi si-
milares. Los segmentos extendidos de polipéptido (p. ej., bucles)
pueden poseer una variedad de tales ángulos. Los ángulos que de-
finen los dos tipos más comunes de estructura secundaria, la hélice
α y la lámina β, caen dentro de los cuadrantes de la izquierda infe-
rior y superior de un diagrama de Ramachandran, respectivamen-
te (véase figura 5-1).
–180°
180°
0°
–180°
0°
ϕ
ψ
Lámina β antiparalela
Lámina β
paralela
Hélice α
(izquierda)
Hélice α (derecha)
Hélice 310
Giro tipo II
Giro tipo II
FIGURA 5-1 Gráfico de Ramachandran. Las regiones azules
indican combinaciones estéricamente permisibles de ángulos
phi-psi para aminoácidos no glicina y no prolina en una cadena
polipeptídica. Cuanto más profundo es el azul, más termodinámica
es la combinación de phi-psi. Los ángulos phi-psi correspondientes
a tipos específicos de estructuras secundarias están etiquetados.
35
CAPÍTULO 5 Proteínas: estructuras de categoría superior
Hélice alfa
La cadena principal polipeptídica de una hélice α se retuerce en
una cantidad igual alrededor de cada carbono α con un ángulo phi
de aproximadamente –57° y un ángulo psi de aproximadamente
–47°. Un giro completo de la hélice contiene un promedio de 3.6
residuos de aminoacilo, y la distancia que asciende por giro (su
grado de inclinación) es de 0.54 nm (consúltese figura 5-2). Los gru-
pos R de cada residuo de aminoacilo en una hélice α miran hacia
afuera (véase figura 5-3). Las proteínas contienen sólo l-aminoáci-
dos, para los cuales una hélice α derecha es, con mucho, la más
estable, y sólo hélices α derechas están presentes en las proteínas.
Los diagramas esquemáticos de proteínas representan las hélices α
como bobinas o cilindros.
La estabilidad de una hélice α surge principalmente de enla-
ces de hidrógeno formados entre el oxígeno del carbonilo del
enlace peptídico y el átomo de hidrógeno del nitrógeno del enla-
ce peptídico del cuarto residuo de la cadena de polipéptido (con-
súltese figura 5-4). La capacidad de formar el número máximo
de enlaces de hidrógeno, complementada por las interacciones de
Van der Waals en el núcleo de esta estructura compactada, pro-
porciona la fuerza de conducción termodinámica para la forma-
ción de una hélice α. Dado que el nitrógeno del enlace peptídico
de la prolina carece de un átomo de hidrógeno, es incapaz de
formar un enlace de hidrógeno con un oxígeno de carbonilo. En
consecuencia, la prolina sólo puede ser acomodada de manera
estable dentro de la primera vuelta de una hélice α. Cuando está
presente en otra parte, la prolina altera la conformación de la
hélice, y produce una torsión. Debido a que posee un grupo R
tan pequeño, la glicina también induce con frecuencia torsiones
dentro de las hélices α.
C
C
N
C
N
C
C
C
C
N
C
N
C
C
0.15 nm
Paso de 0.54 nm
(3.6 residuos) C
N
C
C
N
C
C
N
C
C
N
C
C
N
C
N
C
N
FIGURA 5-2 Orientación de los átomos de la cadena prin-
cipal de un péptido sobre el eje de una hélice α.
R
R R
R
R
R
R
R
R
FIGURA 5-3 Véase el eje de un polipéptido hélice α. Las
cadenas laterales (R) están en el exterior de la hélice. Los radios
de Van der Waals de los átomos son más grandes que lo que aquí
se muestra; por tanto, casi no hay espacio libre dentro de la hélice.
C
R
C
N
C
C R
C
N
C
R
C
N
C
C
R
N
R
C
N O
C
N
R
C
N
R
C
C
C
N
C
R
C
C
R
C
R
N
C
N
C
N
C
R
FIGURA 5-4 Los enlaces de hidrógeno (líneas de puntos)
formados entre los átomos H y O estabilizan un polipéptido en
una conformación de la hélice α.
36 SECCIÓN I Estructuras y funciones de las proteínas y enzimas
Muchas hélices α tienen grupos R predominantemente hidrofó-
bicos que se proyectan desde un lado del eje de la hélice y grupos
R predominantemente hidrofílicos que se proyectan desde el otro
lado. Estas hélices anfipáticas están bien adaptadas a la formación
de interfaces entre regiones polares y no polares, tales como el in-
terior hidrofóbico de una proteína y su entorno acuoso. Los grupos
de hélices anfipáticas pueden crear canales, o poros, a través de
membranas celulares hidrofóbicas que permiten el paso de molé-
culas polares específicas.
Lámina beta
La segunda (de ahí “beta”) estructura secundaria regular reconoci-
ble en proteínas es la lámina β. Los residuos de aminoácidos de
una lámina β, cuando se ven desde el borde, forman un patrón en
zigzag o plisado en el que los grupos R de residuos adyacentes se
proyectan en direcciones opuestas. A diferencia de la estructura
compacta de la hélice α, la cadena principal del péptido de la lámi-
na β está muy extendida. Sin embargo, al igual que la hélice α, las
láminas β obtienen gran parte de su estabilidad a partir de enlaces
de hidrógeno entre los oxígenos de carbonilo y los hidrógenos de
amida de enlaces peptídicos. Sin embargo, a diferencia de la hélice
α, estos enlaces se forman con segmentos adyacentes de la lámina
β (véase figura 5-5).
Las láminas beta que interaccionan pueden disponerse para
formar una lámina beta paralela, en la que los segmentos adyacen-
tes de la cadena polipeptídica proceden en la misma dirección ami-
no a carboxilo, o una lámina antiparalela, en la que proceden en
direcciones opuestas (véase figura 5-5). Cualquiera de las configu-
raciones permite el número máximo de enlaces de hidrógeno entre
los segmentos o hebras de la lámina. La mayoría de las láminas β
no son perfectamente planas, pero tienden a tener un giro a la
derecha. Los grupos de hebras trenzadas de lámina β, a veces deno-
minadas barriles β, forman el núcleo de muchas proteínas globula-
res (consúltese figura 5-6). Los diagramas esquemáticos represen-
tan láminas β como flechas que apuntan en el amino a la dirección
carboxilo terminal.
Bucles y torsiones
Aproximadamente la mitad de los residuos en una proteína globu-
lar “típica” residen en hélices α o láminas β, y la mitad en bucles,
giros, torsiones y otras características conformacionales extendi-
das. Los giros y las torsiones se refieren a segmentos cortos de ami-
noácidos que unen dos unidades de la estructura secundaria, como
dos hebras adyacentes de una lámina β antiparalela. Un giro β im-
plica cuatro residuos de aminoacilo, en los que el primer residuo
está unido por enlaces de hidrógeno al cuarto, lo que da como re-
sultado un giro apretado de 180° (véase figura 5-7). La prolina y la
glicina a menudo están presentes en giros β.
Los bucles son regiones que contienen residuos más allá del
número mínimo necesario para conectar las regiones adyacentes
de la estructura secundaria. Irregulares en su conformación, los
bucles sin embargo cumplen funciones biológicas clave. Para mu-
chas enzimas, los bucles que unen los dominios responsables de
los sustratos de unión a menudo contienen residuos de aminoacilo
que participan en la catálisis. Una hélice-bucle-hélice básica es un
motivo estructural de proteínas que caracteriza a una familia de
factores de transcripción. Los motivos estructurales como el moti-
vo hélice-bucle-hélice o las manos EF de la calmodulina (véase
capítulo 51), que son de escala intermedia entre estructuras secun-
darias y terciarias, a menudo se denominan estructuras superse-
cundarias. Dado que muchos bucles y torsiones residen en la su-
perficie de las proteínas, y por tanto están expuestos al disolvente,
constituyen sitios de fácil acceso, o epítopes, para el reconocimien-
to y la unión de anticuerpos.
Aunque los bucles carecen de aparente regularidad estructural,
muchos adoptan una conformación específica estabilizada a través
de enlaces de hidrógeno, puentes salinos e interacciones hidrofóbi-
cas con otras porciones de la proteína. Sin embargo, no todas las
porciones de proteínas están necesariamente ordenadas. Las pro-
teínas pueden contener regiones “desordenadas”, a menudo en el
extremo terminal amino o carboxilo, caracterizadas por una alta
flexibilidad conformacional. En muchos casos, estas regiones des-
ordenadas asumen una conformación ordenada tras la unión de un
ligando. Esta flexibilidad estructural permite que dichas regiones
actúen como interruptores controlados por ligandos que afectan la
estructura y función de la proteína.
Estructuras terciaria y cuaternaria
El término “estructura terciaria” se refiere a la conformación tridi-
mensional completa de un polipéptido. Indica, en el espacio tri­
FIGURA 5-5 Ángulos espaciado y de unión de los enlaces
de hidrógeno de láminas plegadas β paralelas y antiparalelas.
Las flechas indican la dirección de cada filamento. Los enlaces de
hidrógeno están indicados por líneas de puntos con los átomos
de nitrógeno-α participantes (donantes de hidrógeno) y átomos de
oxígeno (aceptores de hidrógeno) que se muestran en azul y
rojo, respectivamente. Los átomos de carbono de la estructura
se muestran en negro. Para mayor claridad en la presentación, se
omiten los grupos R y los átomos de hidrógeno. Arriba: lámina β
antiparalela. Los pares de enlaces de hidrógeno se alternan entre
estar muy juntos y separados, y están orientados aproximadamente
perpendiculares a la cadena principal del polipéptido. Abajo: lá­
mina β paralela. Los enlaces de hidrógeno están uniformemente
espaciados, pero oblicuos en direcciones alternativas.
37
CAPÍTULO 5 Proteínas: estructuras de categoría superior
dimensional, cómo las características estructurales secundarias —
hélices, láminas, torsiones, giros y bucles— se ensamblan para
formar dominios y cómo estos dominios se relacionan entre sí de
manera espacial. Un dominio es una sección de la estructura de
proteína suficiente para realizar una tarea química o física particu-
lar tal como la unión de un sustrato u otro ligando. La mayoría de
los dominios son de naturaleza modular, es decir, contiguos tanto
en secuencia primaria como en espacio tridimensional (consúltese
figura 5-8). Las proteínas simples, en particular las que interactúan
con un único sustrato u otro ligando, como la lisozima, la triosa
fosfato isomerasa (véase figura 5-6) o la mioglobina, proteína de
almacenamiento de oxígeno (véase capítulo 6), a menudo consis-
ten en un solo dominio. Por el contrario, la lactato deshidrogenasa
está compuesta por dos dominios, un dominio de unión NAD+
N-terminal y un dominio de unión C-terminal para el segundo sus-
trato, el piruvato (véase figura 5-8). La lactato deshidrogenasa es
una de las familias de oxidorreductasas que comparten un dominio
de unión NAD(P)+
N-terminal común conocido como plegamien-
to de Rossmann. Al fusionar un segmento de DNA que codifica un
dominio de plegamiento de Rossmann con el que codifica una va-
riedad de dominios C-terminales, se ha desarrollado una gran fa-
milia de oxidorreductasas que utilizan NAD(P)+
/NAD(P)H para la
oxidación y reducción de una amplia gama de metabolitos. Los
ejemplos incluyen alcohol deshidrogenasa, gliceraldehído-3-fosfato
deshidrogenasa, malato deshidrogenasa, quinona oxidorreducta-
sa, 6-fosfogluconato deshidrogenasa, d-glicerato deshidrogenasa y
formiato deshidrogenasa.
No todos los dominios unen sustratos. Los dominios hidrofóbi-
cos anclan proteínas a las membranas o les permiten abarcar mem-
branas. Las secuencias de localización dirigen las proteínas a ubica-
ciones subcelulares o extracelulares específicas, como el núcleo, las
mitocondrias, las vesículas secretoras, etc. Los dominios regulado-
res desencadenan cambios en la función de la proteína en respues-
ta a la unión de efectores alostéricos o modificaciones covalentes
(véase capítulo 9). La combinación de la codificación del material
genético para los módulos de dominio individuales proporciona
FIGURA 5-6 Ejemplos de la estructura terciaria de las proteínas. Izquierda: la enzima triosa fosfato isomerasa complejizada con el
sustrato análogo 2-fosfoglicerato (rojo). Nótese la disposición elegante y simétrica de láminas β alternas (gris) y hélices α (verde), con
las láminas β formando un núcleo barril β rodeado por las hélices. (Adaptada de Protein Data Bank ID núm. 1o5x). Derecha: la lisozima
complejizada con el sustrato análogo penta-N-acetil-quitopentaosa (rojo). El color de la cadena polipeptídica se clasifica a lo largo del
espectro visible desde púrpura (N-terminal) hasta color canela (C-terminal). Obsérvese que la forma cóncava del dominio forma un bolsillo de
unión para el pentasacárido, la falta de lámina β y la alta proporción de bucles y torsiones. (Adaptada de Protein Data Bank ID nro. de 1sfb).
O
C
C
COOH
N
N
H
CH3
CH2
CH2OH
Cα
Cα
Cα
Cα
O H
H
H
H
H
H
H
N
C
O
FIGURA 5-7 Un giro β que une dos segmentos de lámina β
antiparalela. La línea de puntos indica el enlace de hidrógeno
entre el primer y el cuarto aminoácidos del segmento de cuatro
residuos Ala-Gly-Asp-Ser.
38 SECCIÓN I Estructuras y funciones de las proteínas y enzimas
una ruta fácil para generar proteínas de gran complejidad estructu-
ral y sofisticación funcional (consúltese figura 5-9).
Las proteínas que contienen dominios múltiples también se
pueden ensamblar a través de la asociación de múltiples polipépti-
dos o protómeros. La estructura cuaternaria define la composición
polipeptídica de una proteína y, para una proteína oligomérica, las
relaciones espaciales entre sus protómeros o subunidades. Las pro-
teínas monoméricas consisten en una única cadena polipeptídica.
Las proteínas diméricas contienen dos cadenas polipeptídicas. Los
homodímeros contienen dos copias de la misma cadena polipeptí-
dica, mientras que en un heterodímero los polipéptidos difieren.
Las letras griegas (α, β, γ, etc.) se utilizan para distinguir diferentes
subunidades de una proteína heterooligomérica, y los subíndices
indican el número de cada tipo de subunidad. Por ejemplo, α4 de-
signa una proteína homotetramérica, y α2β2γ, una proteína con
cinco subunidades de tres tipos diferentes.
Los diagramas esquemáticos resaltan
las características estructurales específicas
Se puede acceder a la estructura tridimensional para literalmente
miles de proteínas a través del Banco de Datos de Poteínas (Protein
Data Bank, http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do) y otros re-
positorios. Aunque se pueden obtener imágenes que indican la
posición de cada átomo, dado que incluso las proteínas pequeñas
contienen muchos miles de átomos, tales representaciones son por
lo general demasiado complejas para ser interpretadas con facili-
dad. Por tanto, los libros de texto, las revistas, los sitios web, a
menudo utilizan diagramas esquemáticos simplificados diseñados
para resaltar las características específicas de la estructura terciaria
y cuaternaria de una proteína. Los diagramas de cinta (véanse figu-
ras 5-6 y 5-8) trazan la conformación de la estructura del polipépti-
do, con cilindros y flechas que indican regiones de hélice α y lámi-
na β, respectivamente. En una representación aún más simple, los
FIGURA 5-8 Polipéptidos que contienen dos dominios. Izquierda: se muestra la estructura tridimensional de una unidad monomé­
rica de la enzima tetramérica lactato deshidrogenasa con los sustratos NADH (rojo) y piruvato (azul) unidos. No se muestran todos los
enlaces en NADH. El color de la cadena polipeptídica se clasifica a lo largo del espectro visible desde azul (N-terminal) hasta naranja
(C-terminal). Obsérvese cómo la porción N-terminal del polipéptido forma un dominio contiguo, que abarca la porción superior de la
enzima, responsable de unirse al NADH. De forma similar, la porción C-terminal forma un dominio contiguo responsable de unirse al piruvato.
(Adaptada de Protein Data Bank ID núm. 3ldh.) Derecha: se muestra la estructura tridimensional de la subunidad catalítica de la proteína
cinasa dependiente de cAMP (véase capítulo 42) con los análogos de sustrato ADP (rojo) y péptido (cinta morada) unidos. El color de la
cadena polipeptídica se clasifica a lo largo del espectro visible desde azul (N-terminal) hasta naranja (C-terminal). Las proteínas cinasas
transfieren el grupo γ-fosforil del ATP a los sustratos de proteínas y péptidos (véase capítulo 9). Obsérvese cómo la porción N-terminal
del polipéptido forma un dominio contiguo rico en lámina β que se une a ADP. De forma similar, la porción C-terminal forma un dominio
contiguo, rico en hélice α, responsable de unirse al sustrato peptídico. (Adaptada de Protein Data Bank ID núm. 1jbp).

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  • 1. IMPORTANCIA BIOMÉDICA En la naturaleza, la forma sigue la función. Para que un polipépti- do recién sintetizado madure en una proteína biológicamente fun- cional capaz de catalizar una reacción metabólica, potenciar un movimiento celular, o formar armazones macromoleculares que brindan integridad estructural a los vellos, huesos, tendones y dientes, debe plegarse en una disposición tridimensional especí- fica, o conformación. Además, durante la maduración, las modifi- caciones postraduccionales pueden agregar nuevos grupos quí- micos o quitar segmentos de péptidos necesitados de manera transitoria. Las deficiencias nutricionales o genéticas que impi- den la maduración de la proteína son perjudiciales para la salud. Ejemplo de las primeras incluyen la enfermedad de Creutz­ feldt- Jakob, prurigo lumbar, enfermedad de Alzheimer, encefalopatía espongiforme bovina (enfermedad de la vaca loca). Las últimas incluyen el escorbuto (ácido ascórbico) y el síndrome de Menkes (Cu). Por el contrario, la terapéutica de próxima generación para enfermedades virales como la hepatitis C bloquea la maduración de proteínas viralmente codificadas por inhibición de la actividad de las ciclofilinas, una familia de isomerasas cis-trans de la proteína peptidil. CONFORMACIÓN VERSUS CONFIGURACIÓN Los términos configuración y conformación son confundidos con frecuencia. La configuración se refiere a la relación geométrica en- tre un grupo de átomos dado, por ejemplo, aquellos que distinguen los l-aminoácidos de los d-aminoácidos. La interconversión de las alternativas de configuraciones requiere romper (y reformar) enla- ces covalentes. La conformación se refiere a la relación espacial de cada átomo en una molécula. La interconversión entre confórmeros ocurre con la retención de la configuración, por lo general a través de la rotación sobre enlaces simples. O B J E T I V O S : Después de estudiar este capítulo, usted deberá ser capaz de: ■ ■ Indicar las ventajas y desventajas de varios enfoques para clasificar las pro­ teínas. ■ ■ Explicar e ilustrar las estructuras primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria de las proteínas. ■ ■ Identificar los principales tipos de estructura secundaria y explicar los motivos supersecundarios. ■ ■ Describir el tipo de intensidad relativa de las fuerzas que estabilizan cada orden de las estructuras de las proteínas. ■ ■ Describir la información resumida por un gráfico de Ramachandran. ■ ■ Resumir los principios operativos básicos que subyacen en tres métodos clave para determinar la estructura de las proteínas: cristalografía de rayos X, espectroscopia de resonancia magnética nuclear y criomicroscopia electrónica. ■ ■ Indicar el estado actual del conocimiento sobre el proceso gradual mediante el cual se considera que las proteínas alcanzan su conformación nativa. ■ ■ Identificar la función fisiológica en la maduración de proteínas chaperonas, pro­ teína disulfuro isomerasa, e isomerasa cis-trans de la peptidilprolina. ■ ■ Describir las principales técnicas biofísicas empleadas en el estudio de las es­ tructuras terciaria y cuaternaria de las proteínas. ■ ■ Explicar cómo los trastornos genéticos y nutricionales de la maduración de los colágenos ilustra el estrecho vínculo entre la estructura de la proteína y la función. ■ ■ Para las enfermedades previas, describir los eventos generales en su patología molecular y nombrar las formas de vida que afecta. Proteínas: estructuras de categoría superior Peter J. Kennelly, PhD y Victor W. Rodwell, PhD C A P Í T U L O 5
  • 2. 34 SECCIÓN I Estructuras y funciones de las proteínas y enzimas LAS PROTEÍNAS FUERON INICIALMENTE CLASIFICADAS POR SUS MACROCARACTERÍSTICAS Los científicos al inicio abordaron la elucidación de la relación en- tre estructura y función en las proteínas separándolas en clases basadas en propiedades tales como la solubilidad, la forma o la presencia de grupos no proteicos. Por ejemplo, las proteínas que se pueden extraer de las células usando soluciones acuosas de pH fi- siológico y fuerza iónica se clasifican como solubles. La extracción de proteínas integrales de membrana requiere la disolución de la membrana con detergentes. Las proteínas globulares son molécu- las compactas, aproximadamente esféricas que tienen proporcio- nes axiales (proporción entre sus dimensiones más cortas y las más largas) de no más de tres. La mayoría de las enzimas son proteínas globulares. Por el contrario, muchas proteínas estructurales adop- tan conformaciones muy extendidas. Estas proteínas fibrosas pue- den poseer proporciones axiales de 10 o más. Las lipoproteínas y glucoproteínas contienen lípidos y carbohi- dratos unidos de forma covalente, respectivamente. La mioglo­ bina, la hemoglobina, los citocromos y muchas otras metaloproteí- nas contienen iones metálicos estrechamente asociados. Aunque han surgido esquemas de clasificación más precisos basados en la similitud u homología, en la secuencia de aminoácidos y la estruc- tura tridimensional, muchos términos de la clasificación temprana siguen en uso. LAS PROTEÍNAS SE CONSTRUYEN USANDO PRINCIPIOS MODULARES Las proteínas realizan funciones físicas y catalíticas complejas me- diante el posicionamiento de grupos químicos específicos en una disposición tridimensional precisa. El andamiaje polipeptídico que contiene estos grupos debe adoptar una conformación que sea efi- ciente en lo funcional y físicamente fuerte. A primera vista, la bio- síntesis de polipéptidos compuestos por decenas de miles de áto- mos individuales parece ser extremadamente desafiante. Cuando se considera que un polipéptido típico puede adoptar ≥1050 confor- maciones distintas, plegarse a la conformación adecuada a su fun- ción biológica parecería ser aún más difícil. Como se describe en los capítulos 3 y 4, la síntesis de las cadenas principales de polipép- tidos de proteínas emplea un pequeño conjunto de bloques de construcción o módulos comunes, los aminoácidos, unidos por un enlace común, el enlace peptídico. De forma similar, una vía mo- dular de paso moderado simplifica el plegamiento y el procesa- miento de polipéptidos recién sintetizados en proteínas maduras. CUATRO CATEGORÍAS DE LA ESTRUCTURA PROTEICA La naturaleza modular de la síntesis y el plegamiento de proteínas se materializa en el concepto de categorías de la estructura de las proteínas: estructura primaria: la secuencia de aminoácidos en una cadena de polipéptido; estructura secundaria: plegamiento de segmentos cortos (3-30 residuos) contiguos de polipéptido en uni- dades geométricamente ordenadas; estructura terciaria: el ensam- blaje de unidades estructurales secundarias en unidades funciona- les mayores, tales como el polipéptido maduro y sus dominios componentes, y estructura cuaternaria: el número y tipos de uni- dades polipeptídicas de proteínas oligoméricas y su disposición espacial. Estructura secundaria Los enlaces peptídicos restringen posibles conformaciones secundarias La rotación libre es posible sólo sobre dos de los tres tipos de enla- ces covalentes que comprenden la cadena principal del polipépti- do: el enlace que une el α-carbono (Cα) al carbono del carbonilo (Co) y el enlace que une Cα a nitrógeno (véase figura 3-8). El carác- ter de doble enlace parcial del enlace peptídico que une el Co al nitrógeno-α requiere que el carbono carbonilo, el oxígeno del car- bonilo y el nitrógeno-α permanezcan coplanares, y se evite así la rotación. El ángulo sobre el enlace Cα — N se denomina ángulo phi (ϕ), y sobre el enlace Co — Cα es el ángulo psi (ψ). En los péptidos, para los aminoácidos distintos de la glicina, la mayoría de las com- binaciones de ángulos phi y psi no se permiten debido a impedi- mentos estéricos (véase figura 5-1). Las conformaciones de prolina son incluso más restringidas ya que su estructura cíclica evita la rotación libre del enlace N — Cα. Las regiones de estructura secundaria ordenada surgen cuando una serie de residuos de aminoacilo adoptan ángulos phi y psi si- milares. Los segmentos extendidos de polipéptido (p. ej., bucles) pueden poseer una variedad de tales ángulos. Los ángulos que de- finen los dos tipos más comunes de estructura secundaria, la hélice α y la lámina β, caen dentro de los cuadrantes de la izquierda infe- rior y superior de un diagrama de Ramachandran, respectivamen- te (véase figura 5-1). –180° 180° 0° –180° 0° ϕ ψ Lámina β antiparalela Lámina β paralela Hélice α (izquierda) Hélice α (derecha) Hélice 310 Giro tipo II Giro tipo II FIGURA 5-1 Gráfico de Ramachandran. Las regiones azules indican combinaciones estéricamente permisibles de ángulos phi-psi para aminoácidos no glicina y no prolina en una cadena polipeptídica. Cuanto más profundo es el azul, más termodinámica es la combinación de phi-psi. Los ángulos phi-psi correspondientes a tipos específicos de estructuras secundarias están etiquetados.
  • 3. 35 CAPÍTULO 5 Proteínas: estructuras de categoría superior Hélice alfa La cadena principal polipeptídica de una hélice α se retuerce en una cantidad igual alrededor de cada carbono α con un ángulo phi de aproximadamente –57° y un ángulo psi de aproximadamente –47°. Un giro completo de la hélice contiene un promedio de 3.6 residuos de aminoacilo, y la distancia que asciende por giro (su grado de inclinación) es de 0.54 nm (consúltese figura 5-2). Los gru- pos R de cada residuo de aminoacilo en una hélice α miran hacia afuera (véase figura 5-3). Las proteínas contienen sólo l-aminoáci- dos, para los cuales una hélice α derecha es, con mucho, la más estable, y sólo hélices α derechas están presentes en las proteínas. Los diagramas esquemáticos de proteínas representan las hélices α como bobinas o cilindros. La estabilidad de una hélice α surge principalmente de enla- ces de hidrógeno formados entre el oxígeno del carbonilo del enlace peptídico y el átomo de hidrógeno del nitrógeno del enla- ce peptídico del cuarto residuo de la cadena de polipéptido (con- súltese figura 5-4). La capacidad de formar el número máximo de enlaces de hidrógeno, complementada por las interacciones de Van der Waals en el núcleo de esta estructura compactada, pro- porciona la fuerza de conducción termodinámica para la forma- ción de una hélice α. Dado que el nitrógeno del enlace peptídico de la prolina carece de un átomo de hidrógeno, es incapaz de formar un enlace de hidrógeno con un oxígeno de carbonilo. En consecuencia, la prolina sólo puede ser acomodada de manera estable dentro de la primera vuelta de una hélice α. Cuando está presente en otra parte, la prolina altera la conformación de la hélice, y produce una torsión. Debido a que posee un grupo R tan pequeño, la glicina también induce con frecuencia torsiones dentro de las hélices α. C C N C N C C C C N C N C C 0.15 nm Paso de 0.54 nm (3.6 residuos) C N C C N C C N C C N C C N C N C N FIGURA 5-2 Orientación de los átomos de la cadena prin- cipal de un péptido sobre el eje de una hélice α. R R R R R R R R R FIGURA 5-3 Véase el eje de un polipéptido hélice α. Las cadenas laterales (R) están en el exterior de la hélice. Los radios de Van der Waals de los átomos son más grandes que lo que aquí se muestra; por tanto, casi no hay espacio libre dentro de la hélice. C R C N C C R C N C R C N C C R N R C N O C N R C N R C C C N C R C C R C R N C N C N C R FIGURA 5-4 Los enlaces de hidrógeno (líneas de puntos) formados entre los átomos H y O estabilizan un polipéptido en una conformación de la hélice α.
  • 4. 36 SECCIÓN I Estructuras y funciones de las proteínas y enzimas Muchas hélices α tienen grupos R predominantemente hidrofó- bicos que se proyectan desde un lado del eje de la hélice y grupos R predominantemente hidrofílicos que se proyectan desde el otro lado. Estas hélices anfipáticas están bien adaptadas a la formación de interfaces entre regiones polares y no polares, tales como el in- terior hidrofóbico de una proteína y su entorno acuoso. Los grupos de hélices anfipáticas pueden crear canales, o poros, a través de membranas celulares hidrofóbicas que permiten el paso de molé- culas polares específicas. Lámina beta La segunda (de ahí “beta”) estructura secundaria regular reconoci- ble en proteínas es la lámina β. Los residuos de aminoácidos de una lámina β, cuando se ven desde el borde, forman un patrón en zigzag o plisado en el que los grupos R de residuos adyacentes se proyectan en direcciones opuestas. A diferencia de la estructura compacta de la hélice α, la cadena principal del péptido de la lámi- na β está muy extendida. Sin embargo, al igual que la hélice α, las láminas β obtienen gran parte de su estabilidad a partir de enlaces de hidrógeno entre los oxígenos de carbonilo y los hidrógenos de amida de enlaces peptídicos. Sin embargo, a diferencia de la hélice α, estos enlaces se forman con segmentos adyacentes de la lámina β (véase figura 5-5). Las láminas beta que interaccionan pueden disponerse para formar una lámina beta paralela, en la que los segmentos adyacen- tes de la cadena polipeptídica proceden en la misma dirección ami- no a carboxilo, o una lámina antiparalela, en la que proceden en direcciones opuestas (véase figura 5-5). Cualquiera de las configu- raciones permite el número máximo de enlaces de hidrógeno entre los segmentos o hebras de la lámina. La mayoría de las láminas β no son perfectamente planas, pero tienden a tener un giro a la derecha. Los grupos de hebras trenzadas de lámina β, a veces deno- minadas barriles β, forman el núcleo de muchas proteínas globula- res (consúltese figura 5-6). Los diagramas esquemáticos represen- tan láminas β como flechas que apuntan en el amino a la dirección carboxilo terminal. Bucles y torsiones Aproximadamente la mitad de los residuos en una proteína globu- lar “típica” residen en hélices α o láminas β, y la mitad en bucles, giros, torsiones y otras características conformacionales extendi- das. Los giros y las torsiones se refieren a segmentos cortos de ami- noácidos que unen dos unidades de la estructura secundaria, como dos hebras adyacentes de una lámina β antiparalela. Un giro β im- plica cuatro residuos de aminoacilo, en los que el primer residuo está unido por enlaces de hidrógeno al cuarto, lo que da como re- sultado un giro apretado de 180° (véase figura 5-7). La prolina y la glicina a menudo están presentes en giros β. Los bucles son regiones que contienen residuos más allá del número mínimo necesario para conectar las regiones adyacentes de la estructura secundaria. Irregulares en su conformación, los bucles sin embargo cumplen funciones biológicas clave. Para mu- chas enzimas, los bucles que unen los dominios responsables de los sustratos de unión a menudo contienen residuos de aminoacilo que participan en la catálisis. Una hélice-bucle-hélice básica es un motivo estructural de proteínas que caracteriza a una familia de factores de transcripción. Los motivos estructurales como el moti- vo hélice-bucle-hélice o las manos EF de la calmodulina (véase capítulo 51), que son de escala intermedia entre estructuras secun- darias y terciarias, a menudo se denominan estructuras superse- cundarias. Dado que muchos bucles y torsiones residen en la su- perficie de las proteínas, y por tanto están expuestos al disolvente, constituyen sitios de fácil acceso, o epítopes, para el reconocimien- to y la unión de anticuerpos. Aunque los bucles carecen de aparente regularidad estructural, muchos adoptan una conformación específica estabilizada a través de enlaces de hidrógeno, puentes salinos e interacciones hidrofóbi- cas con otras porciones de la proteína. Sin embargo, no todas las porciones de proteínas están necesariamente ordenadas. Las pro- teínas pueden contener regiones “desordenadas”, a menudo en el extremo terminal amino o carboxilo, caracterizadas por una alta flexibilidad conformacional. En muchos casos, estas regiones des- ordenadas asumen una conformación ordenada tras la unión de un ligando. Esta flexibilidad estructural permite que dichas regiones actúen como interruptores controlados por ligandos que afectan la estructura y función de la proteína. Estructuras terciaria y cuaternaria El término “estructura terciaria” se refiere a la conformación tridi- mensional completa de un polipéptido. Indica, en el espacio tri­ FIGURA 5-5 Ángulos espaciado y de unión de los enlaces de hidrógeno de láminas plegadas β paralelas y antiparalelas. Las flechas indican la dirección de cada filamento. Los enlaces de hidrógeno están indicados por líneas de puntos con los átomos de nitrógeno-α participantes (donantes de hidrógeno) y átomos de oxígeno (aceptores de hidrógeno) que se muestran en azul y rojo, respectivamente. Los átomos de carbono de la estructura se muestran en negro. Para mayor claridad en la presentación, se omiten los grupos R y los átomos de hidrógeno. Arriba: lámina β antiparalela. Los pares de enlaces de hidrógeno se alternan entre estar muy juntos y separados, y están orientados aproximadamente perpendiculares a la cadena principal del polipéptido. Abajo: lá­ mina β paralela. Los enlaces de hidrógeno están uniformemente espaciados, pero oblicuos en direcciones alternativas.
  • 5. 37 CAPÍTULO 5 Proteínas: estructuras de categoría superior dimensional, cómo las características estructurales secundarias — hélices, láminas, torsiones, giros y bucles— se ensamblan para formar dominios y cómo estos dominios se relacionan entre sí de manera espacial. Un dominio es una sección de la estructura de proteína suficiente para realizar una tarea química o física particu- lar tal como la unión de un sustrato u otro ligando. La mayoría de los dominios son de naturaleza modular, es decir, contiguos tanto en secuencia primaria como en espacio tridimensional (consúltese figura 5-8). Las proteínas simples, en particular las que interactúan con un único sustrato u otro ligando, como la lisozima, la triosa fosfato isomerasa (véase figura 5-6) o la mioglobina, proteína de almacenamiento de oxígeno (véase capítulo 6), a menudo consis- ten en un solo dominio. Por el contrario, la lactato deshidrogenasa está compuesta por dos dominios, un dominio de unión NAD+ N-terminal y un dominio de unión C-terminal para el segundo sus- trato, el piruvato (véase figura 5-8). La lactato deshidrogenasa es una de las familias de oxidorreductasas que comparten un dominio de unión NAD(P)+ N-terminal común conocido como plegamien- to de Rossmann. Al fusionar un segmento de DNA que codifica un dominio de plegamiento de Rossmann con el que codifica una va- riedad de dominios C-terminales, se ha desarrollado una gran fa- milia de oxidorreductasas que utilizan NAD(P)+ /NAD(P)H para la oxidación y reducción de una amplia gama de metabolitos. Los ejemplos incluyen alcohol deshidrogenasa, gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa, malato deshidrogenasa, quinona oxidorreducta- sa, 6-fosfogluconato deshidrogenasa, d-glicerato deshidrogenasa y formiato deshidrogenasa. No todos los dominios unen sustratos. Los dominios hidrofóbi- cos anclan proteínas a las membranas o les permiten abarcar mem- branas. Las secuencias de localización dirigen las proteínas a ubica- ciones subcelulares o extracelulares específicas, como el núcleo, las mitocondrias, las vesículas secretoras, etc. Los dominios regulado- res desencadenan cambios en la función de la proteína en respues- ta a la unión de efectores alostéricos o modificaciones covalentes (véase capítulo 9). La combinación de la codificación del material genético para los módulos de dominio individuales proporciona FIGURA 5-6 Ejemplos de la estructura terciaria de las proteínas. Izquierda: la enzima triosa fosfato isomerasa complejizada con el sustrato análogo 2-fosfoglicerato (rojo). Nótese la disposición elegante y simétrica de láminas β alternas (gris) y hélices α (verde), con las láminas β formando un núcleo barril β rodeado por las hélices. (Adaptada de Protein Data Bank ID núm. 1o5x). Derecha: la lisozima complejizada con el sustrato análogo penta-N-acetil-quitopentaosa (rojo). El color de la cadena polipeptídica se clasifica a lo largo del espectro visible desde púrpura (N-terminal) hasta color canela (C-terminal). Obsérvese que la forma cóncava del dominio forma un bolsillo de unión para el pentasacárido, la falta de lámina β y la alta proporción de bucles y torsiones. (Adaptada de Protein Data Bank ID nro. de 1sfb). O C C COOH N N H CH3 CH2 CH2OH Cα Cα Cα Cα O H H H H H H H N C O FIGURA 5-7 Un giro β que une dos segmentos de lámina β antiparalela. La línea de puntos indica el enlace de hidrógeno entre el primer y el cuarto aminoácidos del segmento de cuatro residuos Ala-Gly-Asp-Ser.
  • 6. 38 SECCIÓN I Estructuras y funciones de las proteínas y enzimas una ruta fácil para generar proteínas de gran complejidad estructu- ral y sofisticación funcional (consúltese figura 5-9). Las proteínas que contienen dominios múltiples también se pueden ensamblar a través de la asociación de múltiples polipépti- dos o protómeros. La estructura cuaternaria define la composición polipeptídica de una proteína y, para una proteína oligomérica, las relaciones espaciales entre sus protómeros o subunidades. Las pro- teínas monoméricas consisten en una única cadena polipeptídica. Las proteínas diméricas contienen dos cadenas polipeptídicas. Los homodímeros contienen dos copias de la misma cadena polipeptí- dica, mientras que en un heterodímero los polipéptidos difieren. Las letras griegas (α, β, γ, etc.) se utilizan para distinguir diferentes subunidades de una proteína heterooligomérica, y los subíndices indican el número de cada tipo de subunidad. Por ejemplo, α4 de- signa una proteína homotetramérica, y α2β2γ, una proteína con cinco subunidades de tres tipos diferentes. Los diagramas esquemáticos resaltan las características estructurales específicas Se puede acceder a la estructura tridimensional para literalmente miles de proteínas a través del Banco de Datos de Poteínas (Protein Data Bank, http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do) y otros re- positorios. Aunque se pueden obtener imágenes que indican la posición de cada átomo, dado que incluso las proteínas pequeñas contienen muchos miles de átomos, tales representaciones son por lo general demasiado complejas para ser interpretadas con facili- dad. Por tanto, los libros de texto, las revistas, los sitios web, a menudo utilizan diagramas esquemáticos simplificados diseñados para resaltar las características específicas de la estructura terciaria y cuaternaria de una proteína. Los diagramas de cinta (véanse figu- ras 5-6 y 5-8) trazan la conformación de la estructura del polipépti- do, con cilindros y flechas que indican regiones de hélice α y lámi- na β, respectivamente. En una representación aún más simple, los FIGURA 5-8 Polipéptidos que contienen dos dominios. Izquierda: se muestra la estructura tridimensional de una unidad monomé­ rica de la enzima tetramérica lactato deshidrogenasa con los sustratos NADH (rojo) y piruvato (azul) unidos. No se muestran todos los enlaces en NADH. El color de la cadena polipeptídica se clasifica a lo largo del espectro visible desde azul (N-terminal) hasta naranja (C-terminal). Obsérvese cómo la porción N-terminal del polipéptido forma un dominio contiguo, que abarca la porción superior de la enzima, responsable de unirse al NADH. De forma similar, la porción C-terminal forma un dominio contiguo responsable de unirse al piruvato. (Adaptada de Protein Data Bank ID núm. 3ldh.) Derecha: se muestra la estructura tridimensional de la subunidad catalítica de la proteína cinasa dependiente de cAMP (véase capítulo 42) con los análogos de sustrato ADP (rojo) y péptido (cinta morada) unidos. El color de la cadena polipeptídica se clasifica a lo largo del espectro visible desde azul (N-terminal) hasta naranja (C-terminal). Las proteínas cinasas transfieren el grupo γ-fosforil del ATP a los sustratos de proteínas y péptidos (véase capítulo 9). Obsérvese cómo la porción N-terminal del polipéptido forma un dominio contiguo rico en lámina β que se une a ADP. De forma similar, la porción C-terminal forma un dominio contiguo, rico en hélice α, responsable de unirse al sustrato peptídico. (Adaptada de Protein Data Bank ID núm. 1jbp).