Autor : Juliana Ahumada D

1. JULIANA AHUMADA DUQUE
Biología Molecular Universidad Pontificia Bolivariana.Seminario

2. Introduction.
DNA sequencing is the process that
determines the base sequence of
nucleotides in a fragment of DNA.
It has allowed researchers to know
our genetic information, predict what
the risk of developing certain
illnesses is, and adapt treatments
according to our genome.
The Salmonella genus belongs to the
enterobacteriaceae family.
This family is composed of bacteria
that reproduce in the intestines.
Salmonella genus is formed by
flagellated, gram-negative, bacillary
shaped bacteria. They are facultative
anaerobic microorganisms.

3. DNA Sequencing has been widely used to investigate outbreaks
of different species of pathogens such as Staphylococcus
aureus, Vibrio cholerae and Salmonella typhimurium.
Introduction.

4. Objectives
To investigate the outbreak caused by the
consumption of contaminated spiced donkey
meat. This was achieved by serotyping,
antibiotic susceptibility testing, pulse field gel
electrophoresis and Next-Generation
Sequencing (NGS). They showed that NGS
could be informative in similar investigations,
and that the standard of confirming an
outbreak may vary between different species
of pathogens and different kind of outbreaks.

5. Métodos
Microbiología y selección de muestra.
Se tipificaron tres brotes humanos aislados y uno de alimentos para poder extraer el DNA, por medio del
kit de purificación de DNA genómico, siendo un método simple basado en soluciones para el aislamiento
de DNA.
Prueba de sensibilidad a antibióticos.
Es la concentración mínima del antibiótico requerida para impedir el crecimiento bacteriano.
Se usó el método de concentración inhibitoria mínima (MIC).
Usan cepas de referencia (E. coli) con el fin de que los resultados sean reproducibles y comparables, por
medio de:
1.- Difusión en agar: Disco placa y E test.
2.- Dilución: Medio sólido y Medio líquido (micro/macrodilución).
3.- Procesos Mecanizados y Automatizados.
Este método nos ofrece información sobre la sensibilidad de las bacterias S (sensible), I (intermedia) y R
(resistente). Los antimicrobianos probados fueron: ampicilina, cloranfenicol, sulfisoxazol,
tetraciclina, trimetoprima / sulfametoxazol, doxiciclina, ceftriaxona, ciprofloxacina,
cefepima, imipenem, cefoxitina, gentamicina, amoxicilina-ácido clavulánico,
estreptomicina, trimetoprima y eritropoyetina.

6. Métodos
Electroforésis en Gel de Campo Pulsado(PFGE).
La PFGE consigue la separación de fragmentos de DNA induciendo su reorientación por
cambios periódicos en el campo eléctrico de distinta orientación, cuya duración
determina el intervalo de tamaños que se pueden separar.
Es utilizado para separar fragmentos de DNA en función de su tamaño.
La secuenciación completa del genoma.
Determina la secuencia completa de DNA en el genoma de un organismo.
En el método utilizado ( Método enzimático de Sanger) no se da la degradación del DNA,
sino que se interrumpe la replicación de éste, por medio de una DNA Polimerasa.
Proporciona información detallada sobre los genes involucrados en el crecimiento y
desarrollo en todas las regiones del genoma simultáneamente.

7. Métodos
Ensamblaje del genoma e identificación de SNPs (Polimorfismo de nucleótido único).
Consiste en tres pasos: (1) alineamiento de las lecturas de diferentes genotipos contra un
genoma de referencia ( CVM19633 ); (2) generación de una secuencia consenso para cada
genotipo; y (3) la identificación de los SNPs bajo la comparación con un genoma de
referencia. Para esto utilizaron los métodos SPAdes ( ensambla el genoma ) y MuMMER
(alinea y compara las secuencias).
Análisis genético filogenético y comparativo:
Además de los 4 genomas secuenciados en este estudio como se describe en la
secuenciación del genoma completo, también se incluyeron 25 genomas de GenBank. Se
construyó un árbol de máxima verosimilitud usando SNPs obtenidos con RAxML para ampliar
la muestra.

8. Resultados
Las 4 Muestras arrojaron el mismo resultado a la prueba de
susceptibilidad
frente a antibióticos, siendo resistentes al sulfametoxazol.

9. Resultados
Todos los 4 aislamientos
exhibieron
un patrón PFGE indistinguible.
Mostrando que provenían de la
misma bacteria (Salmonella) .

10. Resultados
Se muestra que a medida
que se va expandiendo la
filogenia son más
similares las especies,
debido a que los cambios
en su genoma son más
pequeños y puntuales.

11. Resultados
Dando a entender que
entre más próximos a su
origen, más diferentes
son entre sí.
Por ende se determina
que las 4 muestras
usadas en el estudio
son iguales.

12. Discussion
Author Point of view Agree or Disagree
• A. Bangtrakulnonth, S. Pornreongwong,
C. Pulsrikarn, P. Sawanpanyalert, R.S.
Hendriksen, D.M. Lo Fo Wong
• H.J. Tsai, P.H. Hsiang,
“Poultry especially chicken has
reported to be the major sources
of the disease cases caused by S.
schwarzengrund”
Agree
• Centers for Disease C
“And pet food has also reported
to cause human S.
schwarzengrund infection
outbreak”
Agree
• P.M. Ashton, T. Peters, L.
Ameh, R. McAleer, S. Petrie, S.
Nair
“There are at least several aspects need
to be considered. First, the population
that caused the outbreak will influence
the diversity of the stains that were
isolated in the outbreak”
Agree
*There were just three.

13. Conclusions
After analyzing the results of the
investigation, it can be determined
that NGS at present is a good
method in the detection of diseases
caused by the Salmonella
schwarzengrund strain.
The resistance of the strain
Salmonella schwarzengrund
against sulfamethoxazole was found
to be refined, indicating that it would
not be the ideal antibiotic for
treatment in this outbreak.