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USO DEL SOFTWARE SNAPGENE PARA SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA

Utilización del programa SnapGene para realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa

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INVESTIGACIÓN
TRABAJO DE
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
A U T O R :
C á c e r e s Q u i r o g a , M a r í a F e r n a n d a
USO DEL SOFTWARE SNAPGENE PARA
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TEMA:
Uso del software SnapGene para simulación de electroforesis
en gel de agarosa con datos del artículo científico
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades
bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en
Condorcanqui – Amazonas – Perú”
AUTOR:
Cáceres Quiroga, María Fernanda
DOCENTE:
Dr. Hebert Hernan Soto Gonzales
02 de junio del 2023
Ilo – Moquegua – Perú
ÍNDICE
1. INTRODUCCIÓN...................................................................................... 1
2. OBJETIVOS............................................................................................... 1
2.1. Objetivo general .................................................................................. 1
2.2. Objetivos específicos........................................................................... 1
3. MARCO TEÓRICO ................................................................................... 2
3.1. Electroforesis....................................................................................... 2
3.2. Gel de agarosa..................................................................................... 2
3.3. NCBI (National Center for Biotechnology Information).................... 2
3.4. Software SnapGene............................................................................. 3
3.5. Análisis de secuencias de ADN........................................................... 3
4. METODOLOGÍA....................................................................................... 3
4.1. Materiales y equipos............................................................................ 3
4.2. Procedimiento...................................................................................... 4
5. RESULTADOS........................................................................................... 8
6. CONCLUSIONES...................................................................................... 9
7. BIBLIOGRAFÍA........................................................................................ 9
LISTA DE FIGURAS
Figura N° 1. Abrimos el artículo científico que contiene los códigos genéticos. 4
Figura N° 2. Introducimos el primer código en la página del NCBI................... 4
Figura N° 3. Lo guardamos en nuestro dispositivo en formato FASTA.............. 5
Figura N° 4. Le asignamos el nombre del microorganismo para guardarlo........ 5
Figura N° 5. Abrimos el archivo en SnapGene y lo guardamos en formato
SnapGene DNA................................................................................................................ 6
Figura N° 6. Al nombre del archivo le añadimos nuestras iniciales.................... 6
Figura N° 7. Nos dirigimos a la herramienta Tools y abrimos el archivo en gel
de agarosa al 1%............................................................................................................... 7
Figura N° 8. Repetimos los mismos pasos hasta completar los 13 códigos
genéticos........................................................................................................................... 7
Figura N° 9. Secuencia de ADN de los 13 códigos genéticos............................. 8
Figura N° 10. Secuencia de 13 códigos genéticos en gel de agarosa al 1%........ 8
1
1. INTRODUCCIÓN
SnapGene es un software de clonación de secuencias de ADN que ayuda a
planear y simular la manipulación del ADN. Permite de forma sencilla y segura
planificar, observar y documentar los procesos diarios ocurridos en la biología
molecular.
Además de permitir la visualización, anotación, edición y clonación de
secuencias de ADN, igualmente con la visualización de proteínas, las documentación e
intercambio de datos y la simulación de métodos de clonación similares.
Es por ello que SnapGene es un programa de gran utilidad debido a su alta
capacidad de visualizar y documentar los procesos diarios ocurridos en la biología
molecular, debido a estas razones es que este software es utilizado por científicos,
instituciones educativas y empresas de todo el mundo.
2. OBJETIVOS
2.1. Objetivo general
• Realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el
software SnapGene, con los códigos genéticos proporcionados por el
artículo científico “Aislamiento de bacterias con potencial
biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona
impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas –
Perú”
2.2. Objetivos específicos
• Aprender sobre el manejo del software SnapGene
• Conocer el proceso de electroforesis en gel de agarosa
2
3. MARCO TEÓRICO
3.1. Electroforesis
La electroforesis es una técnica de laboratorio muy utilizada que consiste en la
separación de las moléculas de ADN y ARN en función de su tamaño con mediante el
uso de corriente eléctrica. Tiene gran variedad de usos pero mayormente se utiliza en la
identificación de personas.
Esta técnica se realiza con un equipo compuesto por un extremo con carga
negativa y otro extremo con carga positiva. Al insertar las moléculas cargadas en el
medio, las negativas se irán a un extremo y las positivas al otro extremo.
3.2. Gel de agarosa
El gel de agarosa al 1% es un tipo de material similar a la gelatina por su textura.
Estos geles suelen estar hechos del polisacárido llamado agarosa (encontrados en
hojuelas secas) para separar el ADN.
Cuando la agarosa es calentada en una solución de agua mezclada con sales para
luego llevarla a enfriar, se forma un gel sólido blando. Al bloque de gel se le hacen
pequeñas ranuras, también llamadas pozos, para permitir el ingreso de las muestras de
ADN.
3.3. NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Es una parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos en la que
se encuentra información genética de gran importancia biológica molecular. Esta se
encarga del almacenamiento y constante actualización de información referente a
secuencias genómicas del banco de genes.
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USO DEL SOFTWARE SNAPGENE PARA SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA

  • 1. INVESTIGACIÓN TRABAJO DE UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA A U T O R : C á c e r e s Q u i r o g a , M a r í a F e r n a n d a USO DEL SOFTWARE SNAPGENE PARA SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA CON DATOS DEL ARTÍCULO CIENTÍFICO “AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANÁLISIS DE COMUNIDADES BACTERIANAS DE ZONA IMPACTADA POR DERRAME DE PETRÓLEO EN CONDORCANQUI – AMAZONAS – PERÚ” D O C E N T E : D r . H e b e r t H e r n a n S o t o G o n z a l e s
  • 2. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL “Año de la unidad, la paz y el desarrollo” CURSO: BIOTECNOLOGÍA CICLO: VII INFORME DE PRÁCTICA TEMA: Uso del software SnapGene para simulación de electroforesis en gel de agarosa con datos del artículo científico “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú” AUTOR: Cáceres Quiroga, María Fernanda DOCENTE: Dr. Hebert Hernan Soto Gonzales 02 de junio del 2023 Ilo – Moquegua – Perú
  • 3. ÍNDICE 1. INTRODUCCIÓN...................................................................................... 1 2. OBJETIVOS............................................................................................... 1 2.1. Objetivo general .................................................................................. 1 2.2. Objetivos específicos........................................................................... 1 3. MARCO TEÓRICO ................................................................................... 2 3.1. Electroforesis....................................................................................... 2 3.2. Gel de agarosa..................................................................................... 2 3.3. NCBI (National Center for Biotechnology Information).................... 2 3.4. Software SnapGene............................................................................. 3 3.5. Análisis de secuencias de ADN........................................................... 3 4. METODOLOGÍA....................................................................................... 3 4.1. Materiales y equipos............................................................................ 3 4.2. Procedimiento...................................................................................... 4 5. RESULTADOS........................................................................................... 8 6. CONCLUSIONES...................................................................................... 9 7. BIBLIOGRAFÍA........................................................................................ 9
  • 4. LISTA DE FIGURAS Figura N° 1. Abrimos el artículo científico que contiene los códigos genéticos. 4 Figura N° 2. Introducimos el primer código en la página del NCBI................... 4 Figura N° 3. Lo guardamos en nuestro dispositivo en formato FASTA.............. 5 Figura N° 4. Le asignamos el nombre del microorganismo para guardarlo........ 5 Figura N° 5. Abrimos el archivo en SnapGene y lo guardamos en formato SnapGene DNA................................................................................................................ 6 Figura N° 6. Al nombre del archivo le añadimos nuestras iniciales.................... 6 Figura N° 7. Nos dirigimos a la herramienta Tools y abrimos el archivo en gel de agarosa al 1%............................................................................................................... 7 Figura N° 8. Repetimos los mismos pasos hasta completar los 13 códigos genéticos........................................................................................................................... 7 Figura N° 9. Secuencia de ADN de los 13 códigos genéticos............................. 8 Figura N° 10. Secuencia de 13 códigos genéticos en gel de agarosa al 1%........ 8
  • 5. 1 1. INTRODUCCIÓN SnapGene es un software de clonación de secuencias de ADN que ayuda a planear y simular la manipulación del ADN. Permite de forma sencilla y segura planificar, observar y documentar los procesos diarios ocurridos en la biología molecular. Además de permitir la visualización, anotación, edición y clonación de secuencias de ADN, igualmente con la visualización de proteínas, las documentación e intercambio de datos y la simulación de métodos de clonación similares. Es por ello que SnapGene es un programa de gran utilidad debido a su alta capacidad de visualizar y documentar los procesos diarios ocurridos en la biología molecular, debido a estas razones es que este software es utilizado por científicos, instituciones educativas y empresas de todo el mundo. 2. OBJETIVOS 2.1. Objetivo general • Realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software SnapGene, con los códigos genéticos proporcionados por el artículo científico “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú” 2.2. Objetivos específicos • Aprender sobre el manejo del software SnapGene • Conocer el proceso de electroforesis en gel de agarosa
  • 6. 2 3. MARCO TEÓRICO 3.1. Electroforesis La electroforesis es una técnica de laboratorio muy utilizada que consiste en la separación de las moléculas de ADN y ARN en función de su tamaño con mediante el uso de corriente eléctrica. Tiene gran variedad de usos pero mayormente se utiliza en la identificación de personas. Esta técnica se realiza con un equipo compuesto por un extremo con carga negativa y otro extremo con carga positiva. Al insertar las moléculas cargadas en el medio, las negativas se irán a un extremo y las positivas al otro extremo. 3.2. Gel de agarosa El gel de agarosa al 1% es un tipo de material similar a la gelatina por su textura. Estos geles suelen estar hechos del polisacárido llamado agarosa (encontrados en hojuelas secas) para separar el ADN. Cuando la agarosa es calentada en una solución de agua mezclada con sales para luego llevarla a enfriar, se forma un gel sólido blando. Al bloque de gel se le hacen pequeñas ranuras, también llamadas pozos, para permitir el ingreso de las muestras de ADN. 3.3. NCBI (National Center for Biotechnology Information) Es una parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos en la que se encuentra información genética de gran importancia biológica molecular. Esta se encarga del almacenamiento y constante actualización de información referente a secuencias genómicas del banco de genes.
  • 7. 3 En esta página biológica molecular también se pueden encontrar artículos científicos referentes a medicina, genética, genómica y también se encuentran enfermedades genéticas. Además de algunos otros datos biotecnológicos importantes. 3.4. Software SnapGene Es un software de clonación de secuencias de ADN que ayuda a planear y simular la manipulación del ADN, permitiendo de forma sencilla y segura planificar, observar y documentar los procesos diarios ocurridos en la biología molecular. 3.5. Análisis de secuencias de ADN Secuenciar todo el ADN de un organismo sigue siendo una tarea complicada ya que este proceso requiere romper las cadenas de ADN del genoma en pedazos más pequeños, secuenciarlos y ensamblarlos en una única larga cadena. Sin embargo, gracias a los nuevos avances tecnológicos de la ciencia, es que en las últimas 2 décadas se desarrollaron técnicas que faciliten la secuenciación de un gen de forma más acelerada y sin un costo tan elevado. 4. METODOLOGÍA 4.1. Materiales y equipos • Página NCBI • Artículo con códigos genéticos • Software SnapGene • Laptop
  • 8. 4 4.2. Procedimiento Figura N° 1. Abrimos el artículo científico que contiene los códigos genéticos Figura N° 2. Introducimos el primer código en la página del NCBI
  • 9. 5 Figura N° 3. Lo guardamos en nuestro dispositivo en formato FASTA Figura N° 4. Le asignamos el nombre del microorganismo para guardarlo
  • 10. 6 Figura N° 5. Abrimos el archivo en SnapGene y lo guardamos en formato SnapGene DNA Figura N° 6. Al nombre del archivo le añadimos nuestras iniciales
  • 11. 7 Figura N° 7. Nos dirigimos a la herramienta Tools y abrimos el archivo en gel de agarosa al 1% Figura N° 8. Repetimos los mismos pasos hasta completar los 13 códigos genéticos
  • 12. 8 5. RESULTADOS • Luego de copiar, guardar y abrir los 13 códigos genéticos de las especies en el software SnapGene, tenemos la secuencia de ADN completa y también podemos observar las 13 secuencias en gel de agarosa al 1%. Figura N° 9. Secuencia de ADN de los 13 códigos genéticos Figura N° 10. Secuencia de 13 códigos genéticos en gel de agarosa al 1%
  • 13. 9 6. CONCLUSIONES • El software SnapGene es un perfecto simulador de laboratorio ya que ayuda a realizar procesos como la electroforesis en gel de agarosa con una manipulación sencilla y entendible, proporcionando conocimiento sobre el tema de una manera más fácil. • Con ayuda de la presente práctica se pudo conocer más a fondo en qué consiste la técnica de electroforesis, que básicamente es la separación de moléculas para el análisis y caracterización de ácidos nucleicos de distintas procedencias. 7. BIBLIOGRAFÍA • Castillo Rogel, R. T., Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional de Piura, Piura Perú., More Calero, F. J., Cornejo La Torre, M., Fernández Ponce, J. N., Mialhe Matonnier, E. L., Empresa de investigación y capacitación en Biotecnología Molecular, IncaBiotec - Tumbes Perú, Cooperativa de trabajadores Biotecoop - Lima, Perú, Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional de Piura, Piura Perú., & Empresa de investigación y capacitación en Biotecnología Molecular, IncaBiotec - Tumbes Perú. (2020). Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú. Revista de Investigaciones Altoandinas - Journal of High Andean Research, 22(3), 2015–2225. https://doi.org/10.18271/ria.2020.656
  • 14. 10 • Geater, J. (s/f). ¿Qué Es SnapGene? (de GSL Biotech LLC). Solvusoft.com. Recuperado el 2 de junio de 2023, de https://www.solvusoft.com/es/file- extensions/software/gsl-biotech-llc/snapgene/ • Huq, N. L., DeAngelis, A., Rahim, Z. H. A., J. Lucas, M. U., Cross, K. J., & Reynolds, E. C. (2004). Whole And Parotid Saliva - Protein Profiles As Separated On 5-20% SDS-Polyacrylamide Gradient gel Electrophoresis And Using Maldi-tof Mass Spectrometry. Annals of Dentistry, 11(1), 24–29. https://doi.org/10.22452/adum.vol11no1.4 • National center for biotechnology information. (s/f). Nih.gov. Recuperado el 2 de junio de 2023, de https://www.ncbi.nlm.nih.gov/