Simulación Electroforesis SnapGene

SIMULACION DE ELECTROFORESIS
EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO
EL PROGRAMA SNAPGENE
Estudiante: Mora Pino, Jose Joaquín
BIOTECNOLOGIA
Docente: Blgo. Hebert Hernan, Soto Gonzales
2023

UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
“Año de la unidad, la paz y el desarrollo”
BIOTECNOLOGIA
Vll CICLO
TEMA:
Simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa
SnapGene
ESTUDIANTE:
Mora Pino, Jose Joaquin
DOCENTE:
Blgo. Hebert Hernan, Soto Gonzales
Ilo, 02 de junio del 2023

INDICE
INTRODUCCION .................................................................................................................4
OBEJTIVOS..........................................................................................................................5
MARCO TEORICO..............................................................................................................5
Snap Gene............................................................................................................................5
Electrolisis .............................................................................................................................6
Gel de agarosa.....................................................................................................................7
Electroforesis........................................................................................................................7
Nucleótido .............................................................................................................................7
METODOLOGIA ..................................................................................................................8
Procedimiento.......................................................................................................................8
RESULTADOS ...................................................................................................................11
CONCLUSIONES ..............................................................................................................12
BIBLIOGRAFIA ..................................................................................................................12

INTRODUCCION
El software SnapGene facilita una forma más sencilla de forma sencilla
y segura de planificar, visualizar y autorizar los procedimientos diarios
de la biología molecular. El programa tiene una interfaz intuitiva que
puede realizar visualización de secuencias ADN, a la anotación de
secuencias, edición de secuencias, edición, clonación y visualización de
proteínas y simulación de métodos de clonación comunes.
La electroforesis en geles de agarosa, llamada también poliacrilamida,
ya que es una de las metodologías más usadas en el laboratorio en todo
lo relacionado con el trabajo de ácidos nucleicos, la electroforesis puede
separar los fragmentos tanto como ADN Y ARN en función de su
tamaño que en lo cual que se pueden observar mediante una sencilla
tinción.
En el presente informe se da conocer a la realización de una simulación
de añadir enzimas dentro del plásmido pgem t-easy usando el programa
SnapGene, para si adquirir el conocimiento del proceso.

OBEJTIVOS
Objetivo general
➢ Explicar en el programa SnapGene la electroforesis y el análisis
de secuencia del ADN.
Objetivos específicos
➢ Estudiar el uso del programa SnapGene y sus funciones básicas.
➢ Aplicar los conceptos básicos sobre las secuencias de ADN tanto
como el uso de los programas de simulación con la ayuda de las
plataformas de datos como el NCBI.
MARCO TEORICO
Snap Gene
Es un programa de biología molecular utilizado para documentar
secuencias de ADN. Es similar a SnapGene Viewer, que es gratuito,
pero no ofrece las mismas funciones avanzadas que SnapGene. Ambos
programas están disponibles para Windows, macOS y Linux.
SnapGene proporciona herramientas que le permiten planificar,
visualizar y documentar todos sus procedimientos de biología
molecular. La herramienta de clonación In-Fusion del programa simula
fusiones de genes de sus fragmentos de ADN seleccionados.
SnapGene puede importar y exportar una variedad de formatos de
archivos de secuenciación de ADN comunes, como ApE, Gene
Construction Kit, GenBank, DNASTAR Lasergene y MacVector, ya que
con la aplicación le permite explorar grandes secuencias de ADN y

navegar rápidamente por los cromosomas con la ayuda de controles de
búsqueda y zoom.
Electrolisis
Es un proceso mediante el cual los elementos que forman un compuesto
se separan cuando se les aplica electricidad, este proceso es en el que
la energía eléctrica se convierte en energía química. Para realizar la
electrólisis hay que hacer pasar la corriente eléctrica por un electrolítico
y entre dos electrodos llamados cátodo y ánodo.

Gel de agarosa
La agarosa es un polímero lineal de galactosa y 3,6-anhidrogalactosa.
El gel se obtiene disolviendo la agarosa en un buffer de TAE o TBE y se
funde usando un microondas, hasta obtener una solución homogénea y
transparente. La disolución se vacía en un molde y se coloca un peine.
Se deja enfriar para polimerizar para formar una matriz porosa variando
el tamaño del poro según la concentración de agarosa contenida en la
disolución, ya que la migración de los fragmentos de ADN variarán
dependiendo del tamaño, conformación molecular.
Electroforesis
La electroforesis es una técnica de laboratorio que se usa para separar
moléculas de ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga
eléctrica. Se usa una corriente eléctrica para mover las moléculas a
través de un gel o de otra matriz, los poros del gel o la matriz actúan
como un tamiz, lo cual permite que las moléculas más pequeñas se
muevan más rápido que las moléculas más grandes.
Nucleótido
Es la estructura fundamental básica de los ácidos nucleicos (ARN y
ADN). Un nucleótido consta de una molécula de azúcar (ya sea ribosa
en el ARN o desoxirribosa en el ADN) unida a un grupo fosfato y a una
base nitrogenada.

METODOLOGIA
Materiales
Laptop
NCBI Snap Gene
Procedimiento
- Primero nos dirigimos a la pagina del NCBI, para descargar las
siguientes secuencias de acuerdo en el siguiente articulo “Aislamiento
de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades
bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en
Condorcanqui – Amazonas – Perú”.

- Ahora descargaremos cada una de las secuencias mencionadas
anteriormente, dándole click a expendiente, formato FASTA para crear
un archivo.

- Una vez guardadas todas las secuencias, abrimos el programa
“SnapGene”, haciendo click en open, luego open Files, seleccionamos
las secuencias guardadas.
- Luego para agregar el resto de las secuencias, hacemos click en
“tools”, de ahí en Simulate Agarose Gel.

- Aplicaremos 1% de agarosa, de ahí incorporamos el resto de las
secuencias haciendo click en los números.
RESULTADOS
Después de insertar las 13 especies del artículo, la simulación con gel
de agarosa podemos evaluar el comportamiento de los 13 nucleótidos.

CONCLUSIONES
➢ Se pudo precisar la práctica, gracias con los comandos básicos
estudiados del programa, ya que contaba con una interfaz intuitiva
el software nos permite la visualización de secuencias de ADN.
➢ Cuando la molécula de ADN es cortada con una enzima de
restricción y los fragmentos se produce sopran por electroforesis
en un gel de agarosa.
➢ La simulación del electroforesis en gel de agarosa utilizando el
programa SnapGene es una forma útil y de practicar acerca del
procedimiento.
BIBLIOGRAFIA
➢ filehorse. Joaquin, Perez. 2023. s.l. :
https://www.filehorse.com/es/descargar-snapgene/, 2023.
➢ Nucleotido. Pérez Porto, Gardey. 2012. s.l. :
https://definicion.de/nucleotido/, 2012.

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