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UNIVERSIDAD
POLIT´ECNICA
DE VALENCIA
MASTER INGENIER´IA
BIOM´EDICA
Qu´ımica aplicada a la ingenier´ıa biom´edica
´Acidos nucleicos
Realizado por:
FRANCISCO JAVIER G´ALVEZ S´ANCHEZ
VALENCIA, 7 DE MAYO DE 2009
´Acidos nucl´eicos ´Indice General
´Indice
1. Introduccion 3
2. Bases Nitrogenadas 4
2.1. Bases P´uricas y Pirimid´ınicas . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
3. Nucle´osidos y nucle´otidos 7
4. Estructura del ADN 11
4.1. Introducci´on . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
4.2. Estructura primaria del ADN . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
4.3. Estructura secundaria del ADN . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
4.4. Estructura terciaria del ADN . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
4.5. Estructura cuaternaria del ADN . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
5. Estructura del ARN 20
5.1. Introducci´on . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
5.2. Tipos de ARN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
5.2.1. ARN de transferencia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
5.2.2. ARN ribos´omico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
5.2.3. ARN mensajero . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
5.3. Estructura primaria del ARN . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
5.4. Estructura secundaria del ARN . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
5.5. Estructura terciaria del ARN . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
5.6. Transcripci´on . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
5.7. Diferencias entre ADN y ARN . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
2
´Acidos nucl´eicos
1. Introduccion
Los organismos vivos son sistemas complejos. Existen cientos de miles de pro-
teinas dentro de cada uno de nosotros para ayudarnos a desarrollar nuestras
funciones cotidianas. Estas prote´ınas son producidas localmente, armadas
pieza por pieza con especificaciones exactas. Se requiere una enorme canti-
dad de informaci´on para manejar correctamente este complejo sistema. Esta
informaci´on, detallando la estructura espec´ıfica de las prote´ınas dentro de
nuestros cuerpos, est´a guardada en un conjunto de mol´eculas llamado ´acidos
nucleicos.
Los ´acidos nucleicos , llamados as´ı porque en un principio fueron localizados
en el n´ucleo celular, son macromol´eculas, pol´ımeros formados por la repe-
tici´on de mon´omeros llamados nucle´otidos, unidos mediante enlaces fosfo-
di´ester. Son las mol´eculas de la herencia y por lo tanto van a participar en
los mecanismos mediante los cuales la informaci´on gen´etica se almacena, re-
plica y transcribe. ´Esta no va a ser su ´unica funci´on. Determinados derivados
de estas sustancias: los nucle´otidos, van a tener otras funciones biol´ogicas,
entre las que pueden destacarse, como ejemplo, la de servir de intermediarios
en las transferencias de energ´ıa en las c´elulas (ATP, ADP y otros) o en las
transferencias de electrones (NAD+ , NADP+ , FAD, etc.).
Se forman, as´ı, largas cadenas o polinucle´otidos, lo que hace que algunas de
estas mol´eculas lleguen a alcanzar tama˜nos gigantes (de millones de nucle´oti-
dos de largo). El descubrimiento de los ´acidos nucleicos se debe a Friedrich
Miescher, quien en la d´ecada de 1860 aisl´o de los n´ucleos de las c´elulas una
sustancia ´acida a la que llam´o nucle´ına, nombre que posteriormente se cam-
bi´o a ´acido nucleico,aunque su funci´on biol´ogica no qued´o plenamente confir-
3
´Acidos nucl´eicos Bases Nitrogenadas
mada hasta que Avery y sus colaboradores demostraron en 1944 que el ADN
era la mol´ecula portadora de la informaci´on gen´etica.
De acuerdo a la composici´on qu´ımica, los ´acidos nucleicos se clasifican en
´acidos desoxiribonucleicos (ADN) que se encuentran residiendo en el n´ucleo
celular y algunos organelos, y en ´acidos ribonucleicos (ARN) que act´uan en
el citoplasma. Se conoce con considerable detalle la estructura y funci´on de
los dos tipos de ´acidos.
2. Bases Nitrogenadas
Las bases nitrogenadas son compuestos org´anicos c´ıclicos, que inclu-
yen dos o m´as ´atomos de nitr´ogeno. Son parte fundamental de los nucle´osi-
dos, nucle´otidos, nucle´otidos c´ıclicos (mensajeros intracelulares), dinucle´oti-
dos (poderes reductores) y ´acidos nucleicos. Biol´ogicamente existen seis bases
nitrogenadas principales (en realidad hay muchas m´as), que se clasifican en
tres grupos, bases isoaloxaz´ınicas (derivadas de la estructura de la isoalo-
xazina), bases pur´ınicas (derivadas de la estructura de la purina) y bases
pirimid´ınicas (derivadas de la estructura de la pirimidina). La adenina (A)
y la guanina (G) son p´uricas, y la timina (T), la citosina (C) y el uracilo
(U) son pirimid´ınicas. Por comodidad, cada una de las bases se represen-
ta por la letra indicada. Las bases A, T, G y C se encuentran en el ADN,
mientras que en el ARN en lugar de timina existe el uracilo.
Un punto fundamental es que las bases nitrogenadas son complementarias
entre s´ı, es decir, forman parejas de igual manera que lo har´ıan una llave
y su cerradura. La adenina y la timina son complementarias (A=T), al
igual que la guanina y la citosina (G=C). Dado que en el ARN no existe
timina, la complementariedad se establece entre adenina y uracilo (A=U).
La complementariedad de las bases es la clave de la estructura del ADN y
tiene importantes implicaciones, pues permite procesos como la replicaci´on
del ADN y la traducci´on del ARN en prote´ınas.
4
´Acidos nucl´eicos Bases Nitrogenadas
2.1. Bases P´uricas y Pirimid´ınicas
Las bases nitrogenadas son las que contienen la informaci´on gen´etica y los
az´ucares y los fosfatos tienen una funci´on estructural formando el esqueleto
del polinucle´otido. En el caso del ADN las bases son dos purinas y dos piri-
midinas. Las purinas son Adenina y Guanina. Las pirimidinas son Timina
y Citosina. En el caso del ARN tambi´en son cuatro bases, dos purinas y
dos pirimidinas. Las purinas son Adenina y Guanina y las pirimidinas son
Citosina y Uracilo.
La estructura de la purina est´a compuesta por dos anillos fusionados, uno
de seis ´atomos y el otro de cinco. En total estos anillos presentan cuatro
nitr´ogenos, tres de estos son b´asicos, ya que tienen el par de electrones sin
compartir en orbitales sp2 en el plano del anillo. El nitr´ogeno restante no tiene
car´acter b´asico ya que el par de electrones no compartidos que posee, es parte
del sistema de electrones p del sistema arom´atico, por lo cual se encuentran
deslocalizados e incapaces de captar un prot´on. Dos de las bases de los ´acidos
nucleicos, adenina y guanina, son derivados de una purina. En el ADN, estas
bases se unen con sus pirimidinas complementarias, la timina y la citosina,
a trav´es de enlaces de hidr´ogeno. Cuando las purinas son metabolizadas se
produce ´acido ´urico. Este ´acido ´urico puede cristalizar en las articulaciones,
por diferentes motivos, produciendo gota.
La pirimidina es un compuesto org´anico, similar al benceno, pero con un
anillo heteroc´ıclico: dos ´atomos de nitr´ogeno sustituyen al carbono en las
posiciones 1 y 3. Tres bases de los ´acidos nucleicos (citosina, timina y ura-
cilo) son derivados pirimid´ınicos. En el ADN, estas bases forman puentes de
hidr´ogeno con sus purinas complementarias. A continuaci´on, describiremos
brevemente cada una de estas bases nitrogenadas:
La adenina se representa en el c´odigo gen´etico con la letra A. En el
ADN la adenina siempre se empareja con la timina.. Su f´ormula es
C5H5N5. Es un derivado de la purina en la que un hidr´ogeno ha sido
sustituido por un grupo amino (NH2). Forma los nucle´osidos adenosi-
na (Ado) y desoxiadenosina (dAdo), y los nucle´otidos adenilato (AMP)
y desoxiadenilato (dAMP). La adenina, junto con la timina, fue des-
cubierta en 1885 por el bioqu´ımico alem´an Albrecht Kossel. Presente
tanto en el ADN como en el ARN.
5
´Acidos nucl´eicos Bases Nitrogenadas
La guanina se representa en el c´odigo gen´etico con la letra G. La
guanina siempre se empareja en el ADN con la citosina mediante tres
puentes de hidr´ogeno. Forma los nucle´osidos guanosina (Guo) y desoxi-
guanosina (dGuo), y los nucle´otidos guanilato (GMP) y desoxiguanilato
(dGMP). Su formula es C5H5N5O. Presente tanto en el ADN como en
el ARN.
La citosina se representa en el c´odigo gen´etico con la letra C. La citosi-
na en el ADN siempre se empareja con la guanina. Su f´ormula qu´ımica
es C4H5N3O. Forma los nucle´osidos citidina (Cyd) y desoxicitidina
(dCyd), y los nucle´otidos citidilato (CMP) y desoxicitidilato (dCMP).
La citosina fue descubierta en 1894 cuando fue aislada en tejido del
timo de carnero. Presente tanto en el ADN como en el ARN.
La timina se representa en el c´odigo gen´etico con la letra T. Las otras
cuatro bases son la adenina, la guanina, el uracilo y la citosina. Forma
el nucle´osido timidina (dThd) y el nucle´otido timidilato (dTMP). En
el ADN, la timina siempre se empareja con la adenina. Su f´ormula
es C5H6N2O2. La timina fue descubierta en 1885 por el bioqu´ımico
alem´an Albrecht Kossel. Est´a presente exclusivamente en el ADN.
El uracilo se representa en el c´odigo gen´etico con la letra U. Su f´ormula
molecular es C4H4N2O2. El uracilo reemplaza en el ARN a la timina
del ADN. Al igual que la timina, el uracilo siempre se empareja con la
adenina mediante dos puentes de hidr´ogeno pero le falta el grupo meti-
lo. Forma el nucle´osido uridina (Urd) y el nucle´otido uridilato (UMP).
El uracilo fue descubierto originalmente en el a˜no 1900. El uracilo es
una mol´ecula de estructura planar, unsaturada y que posee la habilidad
de absorber sustancias
6
´Acidos nucl´eicos Nucle´osidos y nucle´otidos
Figura 1: Bases Nitrogenadas
3. Nucle´osidos y nucle´otidos
Las unidades que forman los ´acidos nucleicos son los nucle´otidos. Cada
nucle´otido es una mol´ecula compuesta por la uni´on de tres unidades: un mo-
nosac´arido de cinco carbonos (una pentosa, ribosa en el ARN y desoxirribosa
en el ADN), una base nitrogenada pur´ınica (adenina, guanina) o pirimid´ınica
(citosina, timina o uracilo) y uno o varios grupos fosfato (´acido fosf´orico).
Tanto la base nitrogenada como los grupos fosfato est´an unidos a la pentosa.
La uni´on se realiza mediante un enlace N-glucos´ıdico que se establece entre el
C1´ de la pentosa y un nitr´ogeno de la base (el N1 si es pirimid´ınica y el N9
si es p´urica) con la p´erdida de una mol´ecula de agua. Se nombran a˜nadiendo
al nombre de la base la terminaci´on -osina si es una base p´urica, por ejemplo
la adenosina, o la terminaci´on -idina si se trata de una base pirimid´ınica,
por ejemplo la citidina. Si la pentosa es la desoxirribosa, se a˜nade el prefijo
desoxi-; por ejemplo, desoxiadenosina o desoxicitidina.
La uni´on formada por la pentosa y la base nitrogenada se denomina nu-
cle´osido. Cuando lleva unido una unidad de fosfato al carbono 5’de la ribosa
o desoxirribosa y dicho fosfato sirve de enlace entre nucle´otidos, uni´endo-
7
´Acidos nucl´eicos Nucle´osidos y nucle´otidos
Figura 2: Nucleotido
se al carbono 3’del siguiente nucle´otido; se denomina nucle´otido-monofosfato
(como el AMP) cuando hay un solo grupo fosfato, nucle´otido-difosfato (como
el ADP) si lleva dos y nucle´otido-trifosfato (como el ATP) si lleva tres.
Los nucle´osidos pueden combinarse con un grupo fosf´orico (´acido fsof´orico-
PO4H3) mediante determinadas quinasas de la c´elula, produciendo nucle´oti-
dos, que son los componentes moleculares b´asicos del ADN y el ARN.
Los nucle´osidos pueden ser de dos tipos, dependiendo de la pentosa que
contengan:
Ribonucle´osidos: la pentosa es la ribosa
Dessoxiribonucle´osidos: la pentosa es la 2-desoxiribosa
Los nucle´otidos, por raz´on de que sus grupos de fosfato le confieren un
enlace de alta energ´ıa, son fuentes preferidas en las c´elulas para la transfe-
rencia de energ´ıa. Los nucle´otidos se encuentran en un estado estable cuando
poseen un solo grupo fosfato. Cada grupo de fosfato adicional que posea un
8
´Acidos nucl´eicos Nucle´osidos y nucle´otidos
nucle´otido se encuentra en un estado m´as inestable y el enlace del fosfato
tiende, cuando se rompe por hidr´olisis, a liberar la energ´ıa que lo une al nu-
cle´otido. Las c´elulas poseen enzimas cuya funci´on es precisamente hidrolizar
nucle´otidos para extraer el potencial energ´etico almacenado en sus enlaces.
Por tal raz´on un nucle´otido de trifosfato es la fuente m´as utilizada de energ´ıa
en la c´elula. De ellos, el ATP (un nucle´otido de adenina con tres grupos de
fosfato ricos en energ´ıa), es el eje central en las reacciones celulares para la
transferencia de la energ´ıa demandada. El UTP (uracilo + tres fosfatos) y
GTP (guanina y tres fosfatos) tambi´en complacen las demandas de energ´ıa
de la c´elula en reacciones con az´ucares y cambios de estructuras proteicas,
respectivamente.
Figura 3: Nucleosidos
Mientras que hay s´olo cuatro diferentes bases nucleot´ıdicas que pueden
estar en un ´acido nucleico, cada ´acido nucleico contiene millones de bases
unidas a ´el. El orden en el cual estas bases nucle´otidas aparece en el ´acido
nucleico, codifica la informaci´on contenida en la mol´ecula. En otras pala-
bras, las bases nucle´otidas sirven como una suerte de alfabeto gen´etico donde
est´a codificada la estructura de cada prote´ına de nuestros cuerpos.
9
´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN
La nomenclatura de los nucle´otidos es compleja, pero sigue una estructura-
ci´on. Los nucle´otidos de bases p´uricas se denominan:
1. Adenosin, (mono, di o tri fosfato), para la base nitrogenada Adenina.
2. Guanosin, (mono, di o tri fosfato), para la base nitrogenada Guanina.
Llevan el prefijo desoxi-, en el caso de estar formadas por la pentosa
desoxirribosa.
Los nucle´otidos de bases pirimid´ınicas se llaman:
1. Citidin, (mono, di o tri fosfato), para la base nitrogenada Citosina.
2. Timidin, (mono, di o tri fosfato), para la base nitrogenada Timina.
3. Uridin, (mono, di o tri fosfato), para la base nitrogenada Uracilo. Llevan
el prefijo desoxi-, en el caso de estar formadas por la pentosa desoxirri-
bosa.
En resumen, se podr´ıa deducir que los componentes de los nucle´otidos son:
Un compuesto arom´atico c´ıclico que contiene ´atomos de carbono y de
nitr´ogeno; por sus propiedades qu´ımicas, estos compuestos son las bases
nitrogenadas.
Un carbohidrato de cinco carbonos (aldopentosa): ribosa o desoxirri-
bosa.
Uno, dos o tres grupos fosfato.
En la ribosa hay disponibles tres grupos hidroxilo para esta esterifica-
ci´on y dos en la desoxirribosa; sin embargo, el lugar m´as com´un para for-
mar el enlace ´ester es el grupo hidroxilo del carbono 5‘de las pentosas. Este
producto se denominar´a nucle´osido 5‘- monofosfato o m´as frecuentemente,
5‘-mononucle´otido.
Adem´as de su importante papel como constituyentes de los ´acidos nucleicos,
los nucle´otidos desempe˜nan otras funciones en la c´elula. Los nucle´otidos, en
10
´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN
Figura 4: Ribosa
especial el trifosfato de adenosina (ATP, imagen de la izquierda), funcionan
como transportadores de energ´ıa qu´ımica y pueden liberar, durante la hidr´oli-
sis de un enlace fosfato, la energ´ıa suficiente para suplir la que se necesita en
otras reacciones de la c´elula. Otros nucle´otidos, o derivados de ellos, funcio-
nan en reacciones celulares de oxidaci´on-reducci´on, como transportadores de
az´ucares en la bios´ıntesis de polisac´aridos y como mol´eculas reguladoras que
inhiben o estimulan las actividades de algunas enzimas o v´ıas metab´olicas.
Sin embargo, aqu´ı consideramos el papel de los nucle´otidos como unidades
estructurales de los ´acidos nucleicos, lo que constituye su principal funci´on.
4. Estructura del ADN
4.1. Introducci´on
El ´acido desoxirribonucleico, frecuentemente abreviado como ADN
(o DNA, en ingl´es), es un tipo de ´acido nucleico, una macromol´ecula que
forma parte de todas las c´elulas. Contiene la informaci´on gen´etica usada
en el desarrollo y el funcionamiento de los organismos vivos conocidos y de
algunos virus, siendo el responsable de su transmisi´on hereditaria.
El ADN es como un libro, donde est´an escritas todas las instrucciones de un
ser vivo, la escritura utiliza solo cuatro letras y se escribe a dos renglones,
11
´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN
por duplicado, siguiendo un determinado c´odigo, si en el rengl´on de arriba
hay una A en el de abajo pone una T y si hay una C en el de abajo pone una
G, lo que se escribe en un rengl´on determina lo que se escribe en el otro.
Cada una de esas letras, se reconocen de una manera especial, formando
pares, cada una con su complementaria, esto es, la A solo se une a la T y la
C solo con la G solamente y se dice que el ADN esta ensamblado con esos
dos renglones que son complementarios.
Figura 5: “Renglones” de ADN
Este libro necesita de un medio que sepa leer las instrucciones que all´ı est´an
escritas, un trozo de c´odigo gen´etico puede contener la formula de una pro-
te´ına por ejemplo la que da el color rojo a las flores, a este trozo que contiene
la informaci´on para fabricar una prote´ına lo denominamos gen.
Pero hay que crear esa prote´ına para conseguir el color y eso es algo de lo
que se encarga un sistema celular especializado fuera del n´ucleo, se debe
transmitir la informaci´on, es decir la formula de la prote´ına desde el ADN
hasta dicho sistema y el medio que lo hace, es un mensajero, existe una
mol´ecula llamada ARN mensajero, que es similar al ADN, excepto que tiene
un solo rengl´on y saca una copia del gen y la lleva al sistema que crea la
prote´ına.
El siguiente dibujo es muy esquem´atico y nos muestra como se realiza el
proceso, donde el creador de la prote´ına se denomina ribosoma.
12
´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN
Figura 6: Esquema del ADN
En el siguiente dibujo, se describe lo mismo con m´as detalle, la trascrip-
ci´on del ADN al ARN y a la prote´ına, este proceso es el fundamento de la
biolog´ıa molecular y es representado por cuatro etapas importantes:
1. El ADN replica su informaci´on en un proceso que implica muchas en-
zimas.
2. S´ıntesis del ARN mensajero (ARN m).
3. En las c´elulas eucariotas el ARN m es procesado y migra del n´ucleo al
citoplasma.
4. El ARN mensajero lleva la informaci´on del c´odigo a los ribosomas, Los
ribosomas son org´anulos sin membrana, s´olo visibles al microscopio
electr´onico debido a su reducido tama˜no ,29 nm en c´elulas procariotas
y 32 nm en las eucariotas. Su funci´on es ensamblar prote´ınas a partir
de la informaci´on gen´etica que le llega del ADN transcrita en forma de
ARN mensajero (ARNm).
13
´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN
Figura 7: Esquema del ADN y ARN
El estudio de su estructura se puede hacer a varios niveles, apareciendo
estructuras, primaria, secundaria, terciaria, cuaternaria y niveles de empa-
quetamiento superiores.
4.2. Estructura primaria del ADN
La estructura primaria del ADN es la secuencia de nucle´otidos de una sola
cadena o hebra, que puede presentarse como un simple filamento extendido
o bien algo doblado en s´ı mismo. Se pueden distinguir en ´el un esqueleto de
fosfopolidesoxirribosa y una secuencia de bases nitrogenadas. Los nucle´otidos
se unen entre s´ı mediante el grupo fosfato del segundo nucle´otido, que sirve
de puente de uni´on entre el carbono 5’del primer nucle´otido y el carbono
3’de siguiente nucle´otido. Como el primer nucle´otido tiene libre el carbono
5’y el siguiente nucle´otido tiene libre el carbono 3’, se dice que la secuencia
de nucle´otidos se ordena desde 5´a 3’(5’- 3’).
14
´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN
Figura 8: Estructura primaria del ADN
4.3. Estructura secundaria del ADN
La estructura secundaria del ADN fue propuesta por James Watson y
Francis Crick, y la llamaron el modelo de doble h´elice de ADN.
Este modelo est´a formado por dos hebras de nucle´otidos. Estas dos hebras
se sit´uan de forma antiparalela, es decir, una orientada en sentido 5’- 3’y la
otra de 3’- 5’. Las dos est´an paralelas, formando puentes de Hidr´ogeno entre
las bases nitrogenadas enfrentadas.
Cuando en una hebra encontramos Adenina, en la otra hebra hallamos Timi-
na. Cuando en una hebra encontramos Guanina, en la otra hallamos Citosina.
Estas bases enfrentadas son las que constituyen los puentes de Hidr´ogeno.
15
´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN
Adenina forma dos puentes de Hidr´ogeno con Timina. Guanina forma tres
puentes de Hidr´ogeno con la Citosina.
Las dos hebras est´an enrolladas en torno a un eje imaginario, que gira en
contra del sentido de las agujas de un reloj. Las vueltas de estas h´elices se
estabilizan mediante puentes de Hidr´ogeno.
Esta estructura permite que las hebras que se formen por duplicaci´on de
ADN sean copia complementaria de cada una de las hebras existentes.
Figura 9: Estructura secundaria del ADN en doble h´elice
16
´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN
En la actualidad se conocen tres tipos de estructura de doble h´elice del ADN:
las formas B, A y Z:
La forma B fue descrita por Watson y Crick. Es una h´elice dextr´ogira
con las bases complementarias situadas en planos horizontales, de ma-
nera que el eje de la mol´ecula atraviesa dichos planos por su centro. La
forma B es la m´as corriente en el ADN en dispersi´on.
La forma A tambi´en es dextr´ogira,pero las bases complementarias se
encuentran en planos inclinados y el eje de la mol´ecula atraviesa dichos
planos por puntos desplazados del centro. Esta forma aparece cuando
se deseca la foma A, y no se ha encontrado en condiciones fisiol´ogicas.
La forma Z es lev´ogira, y tiene un enrollamiento irregular que provoca
una configuraci´on en zigzag, a la que hace referencia su nombre.Esta
estructura aparece en regiones del DNA donde se alteran muchas cito-
sinas y guaninas. Se piensa que la forma Z constituye se˜nales para las
prote´ıanas reguladoras de la expresi´on del mensaje gen´etico.
Figura 10: Tipos de ADN
17
´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN
4.4. Estructura terciaria del ADN
El ADN presenta una estructura terciaria, que consiste en que la fibra
de 20 ˚A se halla retorcida sobre s´ı misma, formando una especie de super-
h´elice. Esta disposici´on se denomina ADN Superenrollado, y se debe a la
acci´on de enzimas denominadas Topoisomerasas-II. Este enrollamiento da
estabilidad a la mol´ecula y reduce su longitud. El ADN es una mol´ecula
muy larga en algunas especies y, sin embargo, en las c´elulas eucariotas se
encuentra alojado dentro del min´usculo n´ucleo. Cuando el ADN se une a
prote´ınas b´asicas, la estructura se compacta mucho. Las prote´ınas b´asicas
son Histonas o Protaminas.
La uni´on con Histonas genera la estructura denominada nucleosoma. Cada
nucleosoma est´a compuesto por una estructura voluminosa, denominada core,
seguida por un eslab´on o ”Linker”. El core est´a compuesto por un oct´amero
de prote´ınas, Histonas, denominadas H2A, H2B, H3 y H4. Cada tipo de
histona se presenta en n´umero par. Esta estructura est´a rodeada por un
tramo de ADN que da una vuelta y 3/4 en torno al oct´amero. El Linker
est´a formado por un tramo de ADN que une un nucleosoma con otro y una
histona H1. El conjunto de la estructura se denomina fibra de cromatina
de 100˚A. Tiene un aspecto repetitivo en forma de collar de perlas, donde las
perlas ser´ıan los nucleosomas, unidos por los linker. El ADN debe encontrarse
m´as compacto en el n´ucleo de los espermatozoides. En este caso, el ADN se
une a prote´ınas de car´acter m´as b´asico, denominadas Protaminas. El ADN
se enrolla sobre estas prote´ınas, formando una estructura muy compacta,
denominada estructura cristalina del ADN.
Figura 11: Estructura terciaria del ADN
18
´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN
4.5. Estructura cuaternaria del ADN
La cromatina en el n´ucleo tiene un grosor de 300˚A. La fibra de cromatina
de 100˚A se empaqueta formando una fibra de cromatina de 300˚A. El enrolla-
miento que sufre el conjunto de nucleosomas recibe el nombre de solenoide.
Los solenoides se enrollan formando la cromatina del n´ucleo interf´asico de
la c´elula eucariota. Cuando la c´elula entra en divisi´on, el ADN se compacta
m´as, formando los cromosomas.
Figura 12: Estructura cuaternaria del ADN
19
´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN
5. Estructura del ARN
5.1. Introducci´on
El ´acido ribonucleico (ARN o RNA) es un ´acido nucleico formado por
una cadena de ribonucle´otidos. Est´a presente tanto en las c´elulas procariotas
como en las eucariotas, y es el ´unico material gen´etico de ciertos virus (virus
ARN). El ARN celular es lineal y de hebra sencilla, pero en el genoma de
algunos virus es de doble hebra.
En los organismos celulares desempe˜na diversas funciones. Es la mol´ecula
que dirige las etapas intermedias de la s´ıntesis proteica; el ADN no puede
actuar solo, y se vale del ARN para transferir esta informaci´on vital durante
la s´ıntesis de prote´ınas (producci´on de las prote´ınas que necesita la c´elula
para sus actividades y su desarrollo). Varios tipos de ARN regulan la expre-
si´on g´enica, mientras que otros tienen actividad catal´ıtica. El ARN es, pues,
mucho m´as vers´atil que el ADN.
5.2. Tipos de ARN
5.2.1. ARN de transferencia
Los ARNt constituyen aproximadamente el 15 % del ARN celular total.
Aunque se sintetizan en el n´ucleo, los ARNt son elaborados r´apidamente y
utilizados en el citoplasma. Entre las funciones del ARNt, destaca el trans-
porte de amino´acidos a los polirribosomas (complejo ribosomas · ARNm),
as´ı como la traducci´on del c´odigo gen´etico del ARNm. Los tres nucle´otidos
de la regi´on del bucle de anticod´on de ARNt se unen a tripletes comple-
mentarios de nucle´otidos del ARNm. Seg´un esto, los ARNt van a tener dos
centros activos primarios: el -CCAOH, extremo 3´-hidroxilo, al que se van
a unir covalentemente amino´acidos espec´ıficos, y el triplete anticod´on. ´Estos
centros van a ser los responsables de la conversi´on de la informaci´on codifi-
cada en la secuencia de un ´acido nucleico (ADN o ARNm) en secuencia de
prote´ınas durante la traducci´on.
En una c´elula cualquiera, existen alrededor de 56 variedades diferentes de
ARNt, teniendo cada uno de los ARNt tripletes anticod´on diferentes. A me-
nudo, hay m´as de un ARNt para un amino´acido determinado, pudi´endose
20
´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN
definir ´estos ARNt como ARNt isoaceptores. Por ejemplo, un ARNt que es
portador de tirosina, figurar´ıa como ARNtTyr.
5.2.2. ARN ribos´omico
Los ARNr constituyen el 80 % del ARN celular total y tienen la pro-
piedad de que son metab´olicamente estables. ´Esta estabilidad, indispensable
para el funcionamiento repetido del ribosoma, est´a incrementada por su es-
trecha relaci´on con las prote´ınas ribos´omicas. Existen prote´ınas que se unen
directamente a los ARNr durante la fase de transcripci´on.
Los ribosomas citoplasm´aticos eucari´oticos est´an constituidos por cuatro
mol´eculas de ARN y de 70 a 80 prote´ınas, que se encuentran divididos entre
las dos subunidades ribos´omicas:
Subunidad peque˜na. Part´ıcula 40S. Contiene un ARNr 18S y el 55 %
de las prote´ınas.
Subunidad grande. Part´ıcula 60S. Contiene los restantes ARNr: el 28S
ARNr, el 5,8S ARNr y el ARNr m´as peque˜no, 5S, as´ı como las restantes
prote´ınas.
5.2.3. ARN mensajero
Los ARNm se caracterizan por ser los portadores directos de la informa-
ci´on gen´etica desde el n´ucleo a los ribosomas citoplasm´aticos.
En el citoplasma, los ARNm van a tener una duraci´on relativamente cor-
ta, determinada, en parte, por las necesidades concretas de la c´elula. Se ha
observado que algunos ARNm son sintetizados y almacenados en un estado
inactivo o latente en el citoplasma, preparados para dar una respuesta r´apida
en la s´ıntesis proteica.
Los ARNm eucari´oticos tienen la particularidad de que poseen rasgos es-
tructurales ´unicos que no est´an presentes ni en el ARNr ni en el ARNt;
´estos rasgos van a ser muy importantes para el adecuado funcionamiento del
ARNm.
Debido a que la informaci´on dentro del ARNm se encuentra en la secuencia
21
´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN
lineal de los nucle´otidos, se hace necesario la completa integridad de dicha
secuencia, de tal modo que cualquier p´erdida o cambio de nucle´otidos podr´ıa
producir una alteraci´on en la prote´ına que se est´a traduciendo.
Figura 13: Tipos de ARN
5.3. Estructura primaria del ARN
Al igual que el ADN, se refiere a la secuencia de las bases nitrogenadas
que constituyen sus nucle´otidos. La estructura primaria del ARN es similar
a la del ADN, excepto por la sustituci´on de desoxirribosa por ribosa y de
timina por uracilo. La mol´ecula de ARN est´a formada, adem´as por una sola
cadena.
22
´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN
Figura 14: Estructura primaria del ARN
5.4. Estructura secundaria del ARN
A diferencia del ADN, las mol´eculas de ARN son de cadena simple y no
suelen formar dobles h´elices extensas. No obstante, s´ı se pliega como resul-
tado de la presencia de regiones cortas con apareamiento intramolecular de
bases, es decir, pares de bases formados por secuencias complementarias m´as
o menos distantes dentro de la misma hebra. El ARNt poseen aproximada-
mente el 60
23
´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN
Figura 15: Estructura secundaria del ARN
5.5. Estructura terciaria del ARN
La estructura terciaria del ARN es el resultado del apilamiento de bases y
de los enlaces de hidr´ogeno entre diferentes partes de la mol´ecula. Los ARNt
son un buen ejemplo; en disoluci´on, est´an plegados en forma de ”L¸compacta
estabilizada por apareamientos de Watson y Crick convencionales (A=U,
C=G) y por interacciones de bases entre dos o m´as nucle´otidos, como tripletes
de bases; las bases pueden donar ´atomos de hidr´ogeno para unirse al esqueleto
fosfodi´ester; el OH del carbono 2’de la ribosa es tambi´en un importante dador
y aceptor de hidr´ogenos.
Figura 16: Estructura terciaria del ARN
24
´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN
5.6. Transcripci´on
La transcripci´on es el proceso a trav´es del cual se forma el ARNma partir
de la informaci´on del ADN con la finalidad de sintetizar prote´ınas. El ADN,
presenta dos cadenas de polinucle´otidos. En la s´ıntesis o transcripci´on del
ADN participa una de sus cadenas, que recibe el nombre de cadena molde,
mientras que la otra cadena se le denomina complementaria.
La transcripci´on se inicia cuando el ADN se abre por efecto de la enzima
ARN polimerasa (ARNpol) dejando libre al ADN molde e iniciando el proceso
de alargamiento del ARNm, mediante la complementariedad con la cadena
molde del ADN: donde va la .A
”se coloca la ”T”, donde va la ”T”se coloca
la ¨U”, donde va la ”G”se coloca la C¸2
donde va la C¸”se coloca la ”G”.
En el ADN existen secuencias espec´ıficas que indican al ARNpol donde ter-
mina la lectura del gen y provocan la culminaci´on de la s´ıntesis del ARNm.
El primer triplete de bases del ADN que codifica el primer amino´acido del
GEN (esto lo realiza en el siguiente paso denominado TRADUCCI´ON) es
TAC, por lo que el primer cod´on del ARNmes AUG. Los tripletes de bases
de terminaci´on presentes al final de cada gen son ATT, ATC ´o ACT.
5.7. Diferencias entre ADN y ARN
Las bases nitrogenadas que contienen: adenina, guanina, citosina y ti-
mina en el DNA; adenina, guanina, citosina y uracilo en el RNA.
En los eucariotas la estructura del DNA es de doble cadena, mientras
que la estructura del RNA es monocatenaria, aunque puede presentarse
en forma extendida, como el mRNA (RNA mensajero), o en forma ple-
gada, como el tRNA (RNA transferencia) y el rRNA (RNA ribos´omico).
La masa molecular del DNA es generalmente mayor que la del RNA.
El DNA lleva la informaci´on gen´etica de la c´elula y el RNA act´ua corno
una mol´ecula intermediaria para convertir la informaci´on en secuencias
definidas de amino´acidos en las prote´ınas.
Las bases p´uricas, adenina y guanina, contienen dos anillos con car-
bono y nitr´ogeno unidos, mientras que las bases pirimid´ınicas, timina,
25
´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN
citosina y uracilo, contienen un ´unico anillo hexagonal con carbono y
nitr´ogeno. La guanina, adenina y citosina se encuentran tanto en el
DNA como en el RNA; la timina (salvo raras excepciones) se presenta
s´olo en el DNA, mientras que el uracilo aparece s´olo en el RNA.
Referencias
[1] Conceptos de Bioqu´ımica, Rodney Boyer, Ciencias InteRNAcional
Thomson.
[2] http://www.ferato.com/wiki/index.php/ARN
[3] http://es.encarta.msn.com/encyclopedia 761568032/%C3%
81cidos nucleicos.html
[4] http://web.educastur.princast.es/proyectos/biogeo ov/
2BCH/PDFs/14ADN.pdf
[5] http://superfund.pharmacy.arizona.edu/toxamb/c1-1-1-3.
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Estructura y composición de los ácidos nucleicos

  • 1. UNIVERSIDAD POLIT´ECNICA DE VALENCIA MASTER INGENIER´IA BIOM´EDICA Qu´ımica aplicada a la ingenier´ıa biom´edica ´Acidos nucleicos Realizado por: FRANCISCO JAVIER G´ALVEZ S´ANCHEZ VALENCIA, 7 DE MAYO DE 2009
  • 2. ´Acidos nucl´eicos ´Indice General ´Indice 1. Introduccion 3 2. Bases Nitrogenadas 4 2.1. Bases P´uricas y Pirimid´ınicas . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 3. Nucle´osidos y nucle´otidos 7 4. Estructura del ADN 11 4.1. Introducci´on . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 4.2. Estructura primaria del ADN . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 4.3. Estructura secundaria del ADN . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 4.4. Estructura terciaria del ADN . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 4.5. Estructura cuaternaria del ADN . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 5. Estructura del ARN 20 5.1. Introducci´on . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 5.2. Tipos de ARN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 5.2.1. ARN de transferencia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 5.2.2. ARN ribos´omico . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 5.2.3. ARN mensajero . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 5.3. Estructura primaria del ARN . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 5.4. Estructura secundaria del ARN . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 5.5. Estructura terciaria del ARN . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 5.6. Transcripci´on . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 5.7. Diferencias entre ADN y ARN . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 2
  • 3. ´Acidos nucl´eicos 1. Introduccion Los organismos vivos son sistemas complejos. Existen cientos de miles de pro- teinas dentro de cada uno de nosotros para ayudarnos a desarrollar nuestras funciones cotidianas. Estas prote´ınas son producidas localmente, armadas pieza por pieza con especificaciones exactas. Se requiere una enorme canti- dad de informaci´on para manejar correctamente este complejo sistema. Esta informaci´on, detallando la estructura espec´ıfica de las prote´ınas dentro de nuestros cuerpos, est´a guardada en un conjunto de mol´eculas llamado ´acidos nucleicos. Los ´acidos nucleicos , llamados as´ı porque en un principio fueron localizados en el n´ucleo celular, son macromol´eculas, pol´ımeros formados por la repe- tici´on de mon´omeros llamados nucle´otidos, unidos mediante enlaces fosfo- di´ester. Son las mol´eculas de la herencia y por lo tanto van a participar en los mecanismos mediante los cuales la informaci´on gen´etica se almacena, re- plica y transcribe. ´Esta no va a ser su ´unica funci´on. Determinados derivados de estas sustancias: los nucle´otidos, van a tener otras funciones biol´ogicas, entre las que pueden destacarse, como ejemplo, la de servir de intermediarios en las transferencias de energ´ıa en las c´elulas (ATP, ADP y otros) o en las transferencias de electrones (NAD+ , NADP+ , FAD, etc.). Se forman, as´ı, largas cadenas o polinucle´otidos, lo que hace que algunas de estas mol´eculas lleguen a alcanzar tama˜nos gigantes (de millones de nucle´oti- dos de largo). El descubrimiento de los ´acidos nucleicos se debe a Friedrich Miescher, quien en la d´ecada de 1860 aisl´o de los n´ucleos de las c´elulas una sustancia ´acida a la que llam´o nucle´ına, nombre que posteriormente se cam- bi´o a ´acido nucleico,aunque su funci´on biol´ogica no qued´o plenamente confir- 3
  • 4. ´Acidos nucl´eicos Bases Nitrogenadas mada hasta que Avery y sus colaboradores demostraron en 1944 que el ADN era la mol´ecula portadora de la informaci´on gen´etica. De acuerdo a la composici´on qu´ımica, los ´acidos nucleicos se clasifican en ´acidos desoxiribonucleicos (ADN) que se encuentran residiendo en el n´ucleo celular y algunos organelos, y en ´acidos ribonucleicos (ARN) que act´uan en el citoplasma. Se conoce con considerable detalle la estructura y funci´on de los dos tipos de ´acidos. 2. Bases Nitrogenadas Las bases nitrogenadas son compuestos org´anicos c´ıclicos, que inclu- yen dos o m´as ´atomos de nitr´ogeno. Son parte fundamental de los nucle´osi- dos, nucle´otidos, nucle´otidos c´ıclicos (mensajeros intracelulares), dinucle´oti- dos (poderes reductores) y ´acidos nucleicos. Biol´ogicamente existen seis bases nitrogenadas principales (en realidad hay muchas m´as), que se clasifican en tres grupos, bases isoaloxaz´ınicas (derivadas de la estructura de la isoalo- xazina), bases pur´ınicas (derivadas de la estructura de la purina) y bases pirimid´ınicas (derivadas de la estructura de la pirimidina). La adenina (A) y la guanina (G) son p´uricas, y la timina (T), la citosina (C) y el uracilo (U) son pirimid´ınicas. Por comodidad, cada una de las bases se represen- ta por la letra indicada. Las bases A, T, G y C se encuentran en el ADN, mientras que en el ARN en lugar de timina existe el uracilo. Un punto fundamental es que las bases nitrogenadas son complementarias entre s´ı, es decir, forman parejas de igual manera que lo har´ıan una llave y su cerradura. La adenina y la timina son complementarias (A=T), al igual que la guanina y la citosina (G=C). Dado que en el ARN no existe timina, la complementariedad se establece entre adenina y uracilo (A=U). La complementariedad de las bases es la clave de la estructura del ADN y tiene importantes implicaciones, pues permite procesos como la replicaci´on del ADN y la traducci´on del ARN en prote´ınas. 4
  • 5. ´Acidos nucl´eicos Bases Nitrogenadas 2.1. Bases P´uricas y Pirimid´ınicas Las bases nitrogenadas son las que contienen la informaci´on gen´etica y los az´ucares y los fosfatos tienen una funci´on estructural formando el esqueleto del polinucle´otido. En el caso del ADN las bases son dos purinas y dos piri- midinas. Las purinas son Adenina y Guanina. Las pirimidinas son Timina y Citosina. En el caso del ARN tambi´en son cuatro bases, dos purinas y dos pirimidinas. Las purinas son Adenina y Guanina y las pirimidinas son Citosina y Uracilo. La estructura de la purina est´a compuesta por dos anillos fusionados, uno de seis ´atomos y el otro de cinco. En total estos anillos presentan cuatro nitr´ogenos, tres de estos son b´asicos, ya que tienen el par de electrones sin compartir en orbitales sp2 en el plano del anillo. El nitr´ogeno restante no tiene car´acter b´asico ya que el par de electrones no compartidos que posee, es parte del sistema de electrones p del sistema arom´atico, por lo cual se encuentran deslocalizados e incapaces de captar un prot´on. Dos de las bases de los ´acidos nucleicos, adenina y guanina, son derivados de una purina. En el ADN, estas bases se unen con sus pirimidinas complementarias, la timina y la citosina, a trav´es de enlaces de hidr´ogeno. Cuando las purinas son metabolizadas se produce ´acido ´urico. Este ´acido ´urico puede cristalizar en las articulaciones, por diferentes motivos, produciendo gota. La pirimidina es un compuesto org´anico, similar al benceno, pero con un anillo heteroc´ıclico: dos ´atomos de nitr´ogeno sustituyen al carbono en las posiciones 1 y 3. Tres bases de los ´acidos nucleicos (citosina, timina y ura- cilo) son derivados pirimid´ınicos. En el ADN, estas bases forman puentes de hidr´ogeno con sus purinas complementarias. A continuaci´on, describiremos brevemente cada una de estas bases nitrogenadas: La adenina se representa en el c´odigo gen´etico con la letra A. En el ADN la adenina siempre se empareja con la timina.. Su f´ormula es C5H5N5. Es un derivado de la purina en la que un hidr´ogeno ha sido sustituido por un grupo amino (NH2). Forma los nucle´osidos adenosi- na (Ado) y desoxiadenosina (dAdo), y los nucle´otidos adenilato (AMP) y desoxiadenilato (dAMP). La adenina, junto con la timina, fue des- cubierta en 1885 por el bioqu´ımico alem´an Albrecht Kossel. Presente tanto en el ADN como en el ARN. 5
  • 6. ´Acidos nucl´eicos Bases Nitrogenadas La guanina se representa en el c´odigo gen´etico con la letra G. La guanina siempre se empareja en el ADN con la citosina mediante tres puentes de hidr´ogeno. Forma los nucle´osidos guanosina (Guo) y desoxi- guanosina (dGuo), y los nucle´otidos guanilato (GMP) y desoxiguanilato (dGMP). Su formula es C5H5N5O. Presente tanto en el ADN como en el ARN. La citosina se representa en el c´odigo gen´etico con la letra C. La citosi- na en el ADN siempre se empareja con la guanina. Su f´ormula qu´ımica es C4H5N3O. Forma los nucle´osidos citidina (Cyd) y desoxicitidina (dCyd), y los nucle´otidos citidilato (CMP) y desoxicitidilato (dCMP). La citosina fue descubierta en 1894 cuando fue aislada en tejido del timo de carnero. Presente tanto en el ADN como en el ARN. La timina se representa en el c´odigo gen´etico con la letra T. Las otras cuatro bases son la adenina, la guanina, el uracilo y la citosina. Forma el nucle´osido timidina (dThd) y el nucle´otido timidilato (dTMP). En el ADN, la timina siempre se empareja con la adenina. Su f´ormula es C5H6N2O2. La timina fue descubierta en 1885 por el bioqu´ımico alem´an Albrecht Kossel. Est´a presente exclusivamente en el ADN. El uracilo se representa en el c´odigo gen´etico con la letra U. Su f´ormula molecular es C4H4N2O2. El uracilo reemplaza en el ARN a la timina del ADN. Al igual que la timina, el uracilo siempre se empareja con la adenina mediante dos puentes de hidr´ogeno pero le falta el grupo meti- lo. Forma el nucle´osido uridina (Urd) y el nucle´otido uridilato (UMP). El uracilo fue descubierto originalmente en el a˜no 1900. El uracilo es una mol´ecula de estructura planar, unsaturada y que posee la habilidad de absorber sustancias 6
  • 7. ´Acidos nucl´eicos Nucle´osidos y nucle´otidos Figura 1: Bases Nitrogenadas 3. Nucle´osidos y nucle´otidos Las unidades que forman los ´acidos nucleicos son los nucle´otidos. Cada nucle´otido es una mol´ecula compuesta por la uni´on de tres unidades: un mo- nosac´arido de cinco carbonos (una pentosa, ribosa en el ARN y desoxirribosa en el ADN), una base nitrogenada pur´ınica (adenina, guanina) o pirimid´ınica (citosina, timina o uracilo) y uno o varios grupos fosfato (´acido fosf´orico). Tanto la base nitrogenada como los grupos fosfato est´an unidos a la pentosa. La uni´on se realiza mediante un enlace N-glucos´ıdico que se establece entre el C1´ de la pentosa y un nitr´ogeno de la base (el N1 si es pirimid´ınica y el N9 si es p´urica) con la p´erdida de una mol´ecula de agua. Se nombran a˜nadiendo al nombre de la base la terminaci´on -osina si es una base p´urica, por ejemplo la adenosina, o la terminaci´on -idina si se trata de una base pirimid´ınica, por ejemplo la citidina. Si la pentosa es la desoxirribosa, se a˜nade el prefijo desoxi-; por ejemplo, desoxiadenosina o desoxicitidina. La uni´on formada por la pentosa y la base nitrogenada se denomina nu- cle´osido. Cuando lleva unido una unidad de fosfato al carbono 5’de la ribosa o desoxirribosa y dicho fosfato sirve de enlace entre nucle´otidos, uni´endo- 7
  • 8. ´Acidos nucl´eicos Nucle´osidos y nucle´otidos Figura 2: Nucleotido se al carbono 3’del siguiente nucle´otido; se denomina nucle´otido-monofosfato (como el AMP) cuando hay un solo grupo fosfato, nucle´otido-difosfato (como el ADP) si lleva dos y nucle´otido-trifosfato (como el ATP) si lleva tres. Los nucle´osidos pueden combinarse con un grupo fosf´orico (´acido fsof´orico- PO4H3) mediante determinadas quinasas de la c´elula, produciendo nucle´oti- dos, que son los componentes moleculares b´asicos del ADN y el ARN. Los nucle´osidos pueden ser de dos tipos, dependiendo de la pentosa que contengan: Ribonucle´osidos: la pentosa es la ribosa Dessoxiribonucle´osidos: la pentosa es la 2-desoxiribosa Los nucle´otidos, por raz´on de que sus grupos de fosfato le confieren un enlace de alta energ´ıa, son fuentes preferidas en las c´elulas para la transfe- rencia de energ´ıa. Los nucle´otidos se encuentran en un estado estable cuando poseen un solo grupo fosfato. Cada grupo de fosfato adicional que posea un 8
  • 9. ´Acidos nucl´eicos Nucle´osidos y nucle´otidos nucle´otido se encuentra en un estado m´as inestable y el enlace del fosfato tiende, cuando se rompe por hidr´olisis, a liberar la energ´ıa que lo une al nu- cle´otido. Las c´elulas poseen enzimas cuya funci´on es precisamente hidrolizar nucle´otidos para extraer el potencial energ´etico almacenado en sus enlaces. Por tal raz´on un nucle´otido de trifosfato es la fuente m´as utilizada de energ´ıa en la c´elula. De ellos, el ATP (un nucle´otido de adenina con tres grupos de fosfato ricos en energ´ıa), es el eje central en las reacciones celulares para la transferencia de la energ´ıa demandada. El UTP (uracilo + tres fosfatos) y GTP (guanina y tres fosfatos) tambi´en complacen las demandas de energ´ıa de la c´elula en reacciones con az´ucares y cambios de estructuras proteicas, respectivamente. Figura 3: Nucleosidos Mientras que hay s´olo cuatro diferentes bases nucleot´ıdicas que pueden estar en un ´acido nucleico, cada ´acido nucleico contiene millones de bases unidas a ´el. El orden en el cual estas bases nucle´otidas aparece en el ´acido nucleico, codifica la informaci´on contenida en la mol´ecula. En otras pala- bras, las bases nucle´otidas sirven como una suerte de alfabeto gen´etico donde est´a codificada la estructura de cada prote´ına de nuestros cuerpos. 9
  • 10. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN La nomenclatura de los nucle´otidos es compleja, pero sigue una estructura- ci´on. Los nucle´otidos de bases p´uricas se denominan: 1. Adenosin, (mono, di o tri fosfato), para la base nitrogenada Adenina. 2. Guanosin, (mono, di o tri fosfato), para la base nitrogenada Guanina. Llevan el prefijo desoxi-, en el caso de estar formadas por la pentosa desoxirribosa. Los nucle´otidos de bases pirimid´ınicas se llaman: 1. Citidin, (mono, di o tri fosfato), para la base nitrogenada Citosina. 2. Timidin, (mono, di o tri fosfato), para la base nitrogenada Timina. 3. Uridin, (mono, di o tri fosfato), para la base nitrogenada Uracilo. Llevan el prefijo desoxi-, en el caso de estar formadas por la pentosa desoxirri- bosa. En resumen, se podr´ıa deducir que los componentes de los nucle´otidos son: Un compuesto arom´atico c´ıclico que contiene ´atomos de carbono y de nitr´ogeno; por sus propiedades qu´ımicas, estos compuestos son las bases nitrogenadas. Un carbohidrato de cinco carbonos (aldopentosa): ribosa o desoxirri- bosa. Uno, dos o tres grupos fosfato. En la ribosa hay disponibles tres grupos hidroxilo para esta esterifica- ci´on y dos en la desoxirribosa; sin embargo, el lugar m´as com´un para for- mar el enlace ´ester es el grupo hidroxilo del carbono 5‘de las pentosas. Este producto se denominar´a nucle´osido 5‘- monofosfato o m´as frecuentemente, 5‘-mononucle´otido. Adem´as de su importante papel como constituyentes de los ´acidos nucleicos, los nucle´otidos desempe˜nan otras funciones en la c´elula. Los nucle´otidos, en 10
  • 11. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN Figura 4: Ribosa especial el trifosfato de adenosina (ATP, imagen de la izquierda), funcionan como transportadores de energ´ıa qu´ımica y pueden liberar, durante la hidr´oli- sis de un enlace fosfato, la energ´ıa suficiente para suplir la que se necesita en otras reacciones de la c´elula. Otros nucle´otidos, o derivados de ellos, funcio- nan en reacciones celulares de oxidaci´on-reducci´on, como transportadores de az´ucares en la bios´ıntesis de polisac´aridos y como mol´eculas reguladoras que inhiben o estimulan las actividades de algunas enzimas o v´ıas metab´olicas. Sin embargo, aqu´ı consideramos el papel de los nucle´otidos como unidades estructurales de los ´acidos nucleicos, lo que constituye su principal funci´on. 4. Estructura del ADN 4.1. Introducci´on El ´acido desoxirribonucleico, frecuentemente abreviado como ADN (o DNA, en ingl´es), es un tipo de ´acido nucleico, una macromol´ecula que forma parte de todas las c´elulas. Contiene la informaci´on gen´etica usada en el desarrollo y el funcionamiento de los organismos vivos conocidos y de algunos virus, siendo el responsable de su transmisi´on hereditaria. El ADN es como un libro, donde est´an escritas todas las instrucciones de un ser vivo, la escritura utiliza solo cuatro letras y se escribe a dos renglones, 11
  • 12. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN por duplicado, siguiendo un determinado c´odigo, si en el rengl´on de arriba hay una A en el de abajo pone una T y si hay una C en el de abajo pone una G, lo que se escribe en un rengl´on determina lo que se escribe en el otro. Cada una de esas letras, se reconocen de una manera especial, formando pares, cada una con su complementaria, esto es, la A solo se une a la T y la C solo con la G solamente y se dice que el ADN esta ensamblado con esos dos renglones que son complementarios. Figura 5: “Renglones” de ADN Este libro necesita de un medio que sepa leer las instrucciones que all´ı est´an escritas, un trozo de c´odigo gen´etico puede contener la formula de una pro- te´ına por ejemplo la que da el color rojo a las flores, a este trozo que contiene la informaci´on para fabricar una prote´ına lo denominamos gen. Pero hay que crear esa prote´ına para conseguir el color y eso es algo de lo que se encarga un sistema celular especializado fuera del n´ucleo, se debe transmitir la informaci´on, es decir la formula de la prote´ına desde el ADN hasta dicho sistema y el medio que lo hace, es un mensajero, existe una mol´ecula llamada ARN mensajero, que es similar al ADN, excepto que tiene un solo rengl´on y saca una copia del gen y la lleva al sistema que crea la prote´ına. El siguiente dibujo es muy esquem´atico y nos muestra como se realiza el proceso, donde el creador de la prote´ına se denomina ribosoma. 12
  • 13. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN Figura 6: Esquema del ADN En el siguiente dibujo, se describe lo mismo con m´as detalle, la trascrip- ci´on del ADN al ARN y a la prote´ına, este proceso es el fundamento de la biolog´ıa molecular y es representado por cuatro etapas importantes: 1. El ADN replica su informaci´on en un proceso que implica muchas en- zimas. 2. S´ıntesis del ARN mensajero (ARN m). 3. En las c´elulas eucariotas el ARN m es procesado y migra del n´ucleo al citoplasma. 4. El ARN mensajero lleva la informaci´on del c´odigo a los ribosomas, Los ribosomas son org´anulos sin membrana, s´olo visibles al microscopio electr´onico debido a su reducido tama˜no ,29 nm en c´elulas procariotas y 32 nm en las eucariotas. Su funci´on es ensamblar prote´ınas a partir de la informaci´on gen´etica que le llega del ADN transcrita en forma de ARN mensajero (ARNm). 13
  • 14. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN Figura 7: Esquema del ADN y ARN El estudio de su estructura se puede hacer a varios niveles, apareciendo estructuras, primaria, secundaria, terciaria, cuaternaria y niveles de empa- quetamiento superiores. 4.2. Estructura primaria del ADN La estructura primaria del ADN es la secuencia de nucle´otidos de una sola cadena o hebra, que puede presentarse como un simple filamento extendido o bien algo doblado en s´ı mismo. Se pueden distinguir en ´el un esqueleto de fosfopolidesoxirribosa y una secuencia de bases nitrogenadas. Los nucle´otidos se unen entre s´ı mediante el grupo fosfato del segundo nucle´otido, que sirve de puente de uni´on entre el carbono 5’del primer nucle´otido y el carbono 3’de siguiente nucle´otido. Como el primer nucle´otido tiene libre el carbono 5’y el siguiente nucle´otido tiene libre el carbono 3’, se dice que la secuencia de nucle´otidos se ordena desde 5´a 3’(5’- 3’). 14
  • 15. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN Figura 8: Estructura primaria del ADN 4.3. Estructura secundaria del ADN La estructura secundaria del ADN fue propuesta por James Watson y Francis Crick, y la llamaron el modelo de doble h´elice de ADN. Este modelo est´a formado por dos hebras de nucle´otidos. Estas dos hebras se sit´uan de forma antiparalela, es decir, una orientada en sentido 5’- 3’y la otra de 3’- 5’. Las dos est´an paralelas, formando puentes de Hidr´ogeno entre las bases nitrogenadas enfrentadas. Cuando en una hebra encontramos Adenina, en la otra hebra hallamos Timi- na. Cuando en una hebra encontramos Guanina, en la otra hallamos Citosina. Estas bases enfrentadas son las que constituyen los puentes de Hidr´ogeno. 15
  • 16. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN Adenina forma dos puentes de Hidr´ogeno con Timina. Guanina forma tres puentes de Hidr´ogeno con la Citosina. Las dos hebras est´an enrolladas en torno a un eje imaginario, que gira en contra del sentido de las agujas de un reloj. Las vueltas de estas h´elices se estabilizan mediante puentes de Hidr´ogeno. Esta estructura permite que las hebras que se formen por duplicaci´on de ADN sean copia complementaria de cada una de las hebras existentes. Figura 9: Estructura secundaria del ADN en doble h´elice 16
  • 17. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN En la actualidad se conocen tres tipos de estructura de doble h´elice del ADN: las formas B, A y Z: La forma B fue descrita por Watson y Crick. Es una h´elice dextr´ogira con las bases complementarias situadas en planos horizontales, de ma- nera que el eje de la mol´ecula atraviesa dichos planos por su centro. La forma B es la m´as corriente en el ADN en dispersi´on. La forma A tambi´en es dextr´ogira,pero las bases complementarias se encuentran en planos inclinados y el eje de la mol´ecula atraviesa dichos planos por puntos desplazados del centro. Esta forma aparece cuando se deseca la foma A, y no se ha encontrado en condiciones fisiol´ogicas. La forma Z es lev´ogira, y tiene un enrollamiento irregular que provoca una configuraci´on en zigzag, a la que hace referencia su nombre.Esta estructura aparece en regiones del DNA donde se alteran muchas cito- sinas y guaninas. Se piensa que la forma Z constituye se˜nales para las prote´ıanas reguladoras de la expresi´on del mensaje gen´etico. Figura 10: Tipos de ADN 17
  • 18. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN 4.4. Estructura terciaria del ADN El ADN presenta una estructura terciaria, que consiste en que la fibra de 20 ˚A se halla retorcida sobre s´ı misma, formando una especie de super- h´elice. Esta disposici´on se denomina ADN Superenrollado, y se debe a la acci´on de enzimas denominadas Topoisomerasas-II. Este enrollamiento da estabilidad a la mol´ecula y reduce su longitud. El ADN es una mol´ecula muy larga en algunas especies y, sin embargo, en las c´elulas eucariotas se encuentra alojado dentro del min´usculo n´ucleo. Cuando el ADN se une a prote´ınas b´asicas, la estructura se compacta mucho. Las prote´ınas b´asicas son Histonas o Protaminas. La uni´on con Histonas genera la estructura denominada nucleosoma. Cada nucleosoma est´a compuesto por una estructura voluminosa, denominada core, seguida por un eslab´on o ”Linker”. El core est´a compuesto por un oct´amero de prote´ınas, Histonas, denominadas H2A, H2B, H3 y H4. Cada tipo de histona se presenta en n´umero par. Esta estructura est´a rodeada por un tramo de ADN que da una vuelta y 3/4 en torno al oct´amero. El Linker est´a formado por un tramo de ADN que une un nucleosoma con otro y una histona H1. El conjunto de la estructura se denomina fibra de cromatina de 100˚A. Tiene un aspecto repetitivo en forma de collar de perlas, donde las perlas ser´ıan los nucleosomas, unidos por los linker. El ADN debe encontrarse m´as compacto en el n´ucleo de los espermatozoides. En este caso, el ADN se une a prote´ınas de car´acter m´as b´asico, denominadas Protaminas. El ADN se enrolla sobre estas prote´ınas, formando una estructura muy compacta, denominada estructura cristalina del ADN. Figura 11: Estructura terciaria del ADN 18
  • 19. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ADN 4.5. Estructura cuaternaria del ADN La cromatina en el n´ucleo tiene un grosor de 300˚A. La fibra de cromatina de 100˚A se empaqueta formando una fibra de cromatina de 300˚A. El enrolla- miento que sufre el conjunto de nucleosomas recibe el nombre de solenoide. Los solenoides se enrollan formando la cromatina del n´ucleo interf´asico de la c´elula eucariota. Cuando la c´elula entra en divisi´on, el ADN se compacta m´as, formando los cromosomas. Figura 12: Estructura cuaternaria del ADN 19
  • 20. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN 5. Estructura del ARN 5.1. Introducci´on El ´acido ribonucleico (ARN o RNA) es un ´acido nucleico formado por una cadena de ribonucle´otidos. Est´a presente tanto en las c´elulas procariotas como en las eucariotas, y es el ´unico material gen´etico de ciertos virus (virus ARN). El ARN celular es lineal y de hebra sencilla, pero en el genoma de algunos virus es de doble hebra. En los organismos celulares desempe˜na diversas funciones. Es la mol´ecula que dirige las etapas intermedias de la s´ıntesis proteica; el ADN no puede actuar solo, y se vale del ARN para transferir esta informaci´on vital durante la s´ıntesis de prote´ınas (producci´on de las prote´ınas que necesita la c´elula para sus actividades y su desarrollo). Varios tipos de ARN regulan la expre- si´on g´enica, mientras que otros tienen actividad catal´ıtica. El ARN es, pues, mucho m´as vers´atil que el ADN. 5.2. Tipos de ARN 5.2.1. ARN de transferencia Los ARNt constituyen aproximadamente el 15 % del ARN celular total. Aunque se sintetizan en el n´ucleo, los ARNt son elaborados r´apidamente y utilizados en el citoplasma. Entre las funciones del ARNt, destaca el trans- porte de amino´acidos a los polirribosomas (complejo ribosomas · ARNm), as´ı como la traducci´on del c´odigo gen´etico del ARNm. Los tres nucle´otidos de la regi´on del bucle de anticod´on de ARNt se unen a tripletes comple- mentarios de nucle´otidos del ARNm. Seg´un esto, los ARNt van a tener dos centros activos primarios: el -CCAOH, extremo 3´-hidroxilo, al que se van a unir covalentemente amino´acidos espec´ıficos, y el triplete anticod´on. ´Estos centros van a ser los responsables de la conversi´on de la informaci´on codifi- cada en la secuencia de un ´acido nucleico (ADN o ARNm) en secuencia de prote´ınas durante la traducci´on. En una c´elula cualquiera, existen alrededor de 56 variedades diferentes de ARNt, teniendo cada uno de los ARNt tripletes anticod´on diferentes. A me- nudo, hay m´as de un ARNt para un amino´acido determinado, pudi´endose 20
  • 21. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN definir ´estos ARNt como ARNt isoaceptores. Por ejemplo, un ARNt que es portador de tirosina, figurar´ıa como ARNtTyr. 5.2.2. ARN ribos´omico Los ARNr constituyen el 80 % del ARN celular total y tienen la pro- piedad de que son metab´olicamente estables. ´Esta estabilidad, indispensable para el funcionamiento repetido del ribosoma, est´a incrementada por su es- trecha relaci´on con las prote´ınas ribos´omicas. Existen prote´ınas que se unen directamente a los ARNr durante la fase de transcripci´on. Los ribosomas citoplasm´aticos eucari´oticos est´an constituidos por cuatro mol´eculas de ARN y de 70 a 80 prote´ınas, que se encuentran divididos entre las dos subunidades ribos´omicas: Subunidad peque˜na. Part´ıcula 40S. Contiene un ARNr 18S y el 55 % de las prote´ınas. Subunidad grande. Part´ıcula 60S. Contiene los restantes ARNr: el 28S ARNr, el 5,8S ARNr y el ARNr m´as peque˜no, 5S, as´ı como las restantes prote´ınas. 5.2.3. ARN mensajero Los ARNm se caracterizan por ser los portadores directos de la informa- ci´on gen´etica desde el n´ucleo a los ribosomas citoplasm´aticos. En el citoplasma, los ARNm van a tener una duraci´on relativamente cor- ta, determinada, en parte, por las necesidades concretas de la c´elula. Se ha observado que algunos ARNm son sintetizados y almacenados en un estado inactivo o latente en el citoplasma, preparados para dar una respuesta r´apida en la s´ıntesis proteica. Los ARNm eucari´oticos tienen la particularidad de que poseen rasgos es- tructurales ´unicos que no est´an presentes ni en el ARNr ni en el ARNt; ´estos rasgos van a ser muy importantes para el adecuado funcionamiento del ARNm. Debido a que la informaci´on dentro del ARNm se encuentra en la secuencia 21
  • 22. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN lineal de los nucle´otidos, se hace necesario la completa integridad de dicha secuencia, de tal modo que cualquier p´erdida o cambio de nucle´otidos podr´ıa producir una alteraci´on en la prote´ına que se est´a traduciendo. Figura 13: Tipos de ARN 5.3. Estructura primaria del ARN Al igual que el ADN, se refiere a la secuencia de las bases nitrogenadas que constituyen sus nucle´otidos. La estructura primaria del ARN es similar a la del ADN, excepto por la sustituci´on de desoxirribosa por ribosa y de timina por uracilo. La mol´ecula de ARN est´a formada, adem´as por una sola cadena. 22
  • 23. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN Figura 14: Estructura primaria del ARN 5.4. Estructura secundaria del ARN A diferencia del ADN, las mol´eculas de ARN son de cadena simple y no suelen formar dobles h´elices extensas. No obstante, s´ı se pliega como resul- tado de la presencia de regiones cortas con apareamiento intramolecular de bases, es decir, pares de bases formados por secuencias complementarias m´as o menos distantes dentro de la misma hebra. El ARNt poseen aproximada- mente el 60 23
  • 24. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN Figura 15: Estructura secundaria del ARN 5.5. Estructura terciaria del ARN La estructura terciaria del ARN es el resultado del apilamiento de bases y de los enlaces de hidr´ogeno entre diferentes partes de la mol´ecula. Los ARNt son un buen ejemplo; en disoluci´on, est´an plegados en forma de ”L¸compacta estabilizada por apareamientos de Watson y Crick convencionales (A=U, C=G) y por interacciones de bases entre dos o m´as nucle´otidos, como tripletes de bases; las bases pueden donar ´atomos de hidr´ogeno para unirse al esqueleto fosfodi´ester; el OH del carbono 2’de la ribosa es tambi´en un importante dador y aceptor de hidr´ogenos. Figura 16: Estructura terciaria del ARN 24
  • 25. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN 5.6. Transcripci´on La transcripci´on es el proceso a trav´es del cual se forma el ARNma partir de la informaci´on del ADN con la finalidad de sintetizar prote´ınas. El ADN, presenta dos cadenas de polinucle´otidos. En la s´ıntesis o transcripci´on del ADN participa una de sus cadenas, que recibe el nombre de cadena molde, mientras que la otra cadena se le denomina complementaria. La transcripci´on se inicia cuando el ADN se abre por efecto de la enzima ARN polimerasa (ARNpol) dejando libre al ADN molde e iniciando el proceso de alargamiento del ARNm, mediante la complementariedad con la cadena molde del ADN: donde va la .A ”se coloca la ”T”, donde va la ”T”se coloca la ¨U”, donde va la ”G”se coloca la C¸2 donde va la C¸”se coloca la ”G”. En el ADN existen secuencias espec´ıficas que indican al ARNpol donde ter- mina la lectura del gen y provocan la culminaci´on de la s´ıntesis del ARNm. El primer triplete de bases del ADN que codifica el primer amino´acido del GEN (esto lo realiza en el siguiente paso denominado TRADUCCI´ON) es TAC, por lo que el primer cod´on del ARNmes AUG. Los tripletes de bases de terminaci´on presentes al final de cada gen son ATT, ATC ´o ACT. 5.7. Diferencias entre ADN y ARN Las bases nitrogenadas que contienen: adenina, guanina, citosina y ti- mina en el DNA; adenina, guanina, citosina y uracilo en el RNA. En los eucariotas la estructura del DNA es de doble cadena, mientras que la estructura del RNA es monocatenaria, aunque puede presentarse en forma extendida, como el mRNA (RNA mensajero), o en forma ple- gada, como el tRNA (RNA transferencia) y el rRNA (RNA ribos´omico). La masa molecular del DNA es generalmente mayor que la del RNA. El DNA lleva la informaci´on gen´etica de la c´elula y el RNA act´ua corno una mol´ecula intermediaria para convertir la informaci´on en secuencias definidas de amino´acidos en las prote´ınas. Las bases p´uricas, adenina y guanina, contienen dos anillos con car- bono y nitr´ogeno unidos, mientras que las bases pirimid´ınicas, timina, 25
  • 26. ´Acidos nucl´eicos Estructura del ARN citosina y uracilo, contienen un ´unico anillo hexagonal con carbono y nitr´ogeno. La guanina, adenina y citosina se encuentran tanto en el DNA como en el RNA; la timina (salvo raras excepciones) se presenta s´olo en el DNA, mientras que el uracilo aparece s´olo en el RNA. Referencias [1] Conceptos de Bioqu´ımica, Rodney Boyer, Ciencias InteRNAcional Thomson. [2] http://www.ferato.com/wiki/index.php/ARN [3] http://es.encarta.msn.com/encyclopedia 761568032/%C3% 81cidos nucleicos.html [4] http://web.educastur.princast.es/proyectos/biogeo ov/ 2BCH/PDFs/14ADN.pdf [5] http://superfund.pharmacy.arizona.edu/toxamb/c1-1-1-3. html 26