La Corte determinó que había pruebas suficientes para ordenar la captura internacional de Imad Mughniyah, líder de seguridad de Hezbollah, por su presunta responsabilidad en el atentado a la embajada de Israel. La investigación también encontró vínculos entre Hezbollah y personas sospechosas en la Triple Frontera, aunque la información no pudo ser corroborada. Estados Unidos, Israel y Argentina realizaron sus propias investigaciones sobre el atentado, pero ninguna llevó a enjuiciamientos públicos.

1. Sospechosos
La Corte “entendió que se había creado un estado de sospecha suficiente
como para disponer el procesamiento de ImadMughniyah, librándose la
consecuente orden de captura internacional”.
Sobre la base de información brindada por el Departamento de Estado del
Gobierno de los Estados Unidos, por el gobierno de la República Federal de
Alemania y por la Secretaría de Inteligencia del Estado, se concluyó que
Mughniyah “dirigía el aparato de seguridad central y exterior del Hezbollah y
era el responsable de la Jihad Islámica al momento de cometerse el atentado”.
La investigación de la Corte continuó siguiendo pistas “entre Hezbollah y
personas sospechosas que desarrollaban actividades supuestamente
comerciales en la zona conocida como Triple Frontera” que liga a la Argentina
con Paraguay y Brasil.
El flamante resumen de la Corte sobre el atentado a la Embajada admite que
esa información “hasta el momento no pudo ser corroborada”.
Se realizaron varias investigaciones del atentado en Estados Unidos, Israel y
Argentina.
Investigaciones en Estados Unidos
En Estados Unidos el atentado fue investigado por el FBI sin que diera a
conocer públicamente sus resultados y la jueza, quién en 2008 condenó a Irán
a indemnizar a los familiares de una de las víctimas. El fallo de la jueza atribuye
el atentado a la organización Hezbollah con el apoyo de Irán y sostiene que
murieron 29 personas, dato que se contradice con la mayoría de las fuentes
que sostienen que murieron 22 personas. También sostiene que el atentado
fue realizado mediante un coche bomba detonado en la calle por un
perpetrador suicida.El fallo aclara que la prueba en la que se apoya para dar
por ciertos los hechos mencionados es la declaración de Patrick L. Clawson, un
asesor independiente de la CIA, la Agencia Nacional de Seguridad y el
Departamento de Estado de los Estados Unidos, descripto en el fallo como
"experto en asuntos iraníes".

2. Investigaciones en Israel
En Israel el Mosad investigó el atentado sin dar a conocer los resultados, pero
en marzo de 2010, el embajador de Israel en Argentina, Daniel Gazit declaró a
la prensa que Israel había eliminado a los autores del atentado.
Investigación en Argentina
En Argentina la investigación del caso correspondió a la Corte Suprema debido
a que los artículos 116 y 117 de la Constitución argentina establecen la
"competencia originaria" de ese tribunal cuando se trata de asuntos
relacionados a embajadores, ministros y cónsules extranjeros. Originalmente
estuvo a cargo del, secretario penal de la Corte, bajo supervisión del presidente
del tribunal. Hasta 2015 la causa investigada por la Corte no había sido
elevada a juicio.
El 23 de diciembre de 1999 la Corte Suprema dictó una acordada
estableciendo que los muertos habían sido 22 (y no 29 como se había
informado oficialmente los años anteriores) y que la investigación debía
orientarse a reunir las pruebas que establecieran la certeza de que el atentado
había sido realizado por la Jihad islámica, brazo armado del Hezbollah,
mediante un coche bomba para el que se utilizó una Ford F-100, comprada a
un fotógrafo policial por un hombre con un documento a nombre de un
ciudadano brasileñ.
En 2015, el presidente de la Corte Suprema Ricardo Lorenzetti declaró
públicamente que en la causa había cosa juzgada debido a la acordada de
1999. La declaración produjo confusión ya que en 2006 la Corte Suprema
había dictado en la causa una resolución estableciendo que la misma no había
prescripto.