GEN 16 S

1. "Año del Bicentenario del Perú: 200 años de Independencia"
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UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE ING.AMBIENTAL
INFORME Nº 1 PRACTICA VIRTUAL
ANALISIS DE SECUENCIAS DEL GEN 16S
Docente: Dr. Hebert Hernan Soto Gonzales
Alumna: Noemí Esther Escobar Ferro
Curso: Biotecnología
Ciclo: VII
Fecha de entrega: 17-09-21
ILO-PERU
2021

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1. INTRODUCCION
La comparación de las secuencias de los ARNr 16S (o de los genes que los
codifican) permite establecer las relaciones filogenéticas existentes entre los
organismos procariotas. Este hecho ha tenido una enorme repercusión en taxonomía
bacteriana, dando lugar al sistema de clasificación vigente y permitiendo la identificación
rápida y precisa de las bacterias. En microbiología clínica la identificación molecular
basada en el ADNr 16S se utiliza fundamentalmente para bacterias cuya identificación
mediante otro tipo de técnicas resulta imposible, difícil o requiere mucho tiempo. (María
del Rosario Rodicioa, 2004).
El estudio del ADN de los microorganismos ha potenciado la identificación de
estos a partir de diferentes técnicas moleculares, tal es caso de la electroforesis, que es
aquella técnica que tiene como función la separación de moléculas según la movilidad
de estas en un campo eléctrico (QuimiNet, 2012)
La secuenciación del ADN significa determinar el orden de los cuatro
componentes básicos químicos, llamados "bases", que forman la molécula de ADN
(National Human Genome Research Institute, 2019).
No obstante, existen otros métodos electroforéticos por ejemplo como la
electroforesis en campo pulsado, mayormente manipulado para separar fragmentos
más grandes de ADN y la electroforesis bidimensional que brinda un análisis más
acertado de las proteínas. (Yabar Varas, 2003).
La presente practica identifica el tipo de secuencia y reconocimiento del
microorganismo para lo cual se utilizó el programa de BIOEDIT y verificar la secuencia,
posteriormente comprobar en nuestra base de datos del NCBI (Base de datos de
búsqueda de información del Centro Nacional de Biotecnología) y el respectivo análisis
de la secuencia de ADN con la asimilación del gen .

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2. OBJETIVOS
2.1. Revisar los fundamentos de las técnicas de secuenciación de ácidos nucleicos.
2.2. Efectuar el análisis y la selección de electroferogramas automatizados de
secuenciación mediante la aplicación de software libre BIOEDIT en específico el
estudio del gen ribosomal 16S.

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3. REVISION LITERARIA
3.1. Electroferograma
Un electroferograma es una representación gráfica de la secuencia de
datos producida por una máquina automática de secuenciación del ADN. Se
pueden realizar electroferogramas con resultados derivados de: Pruebas
genéticas de ADN.
3.2. Electroforesis
Es una técnica para separar el ADN, el ARN, o moléculas o proteínas en
base a su tamaño y carga eléctrica. Se realiza generalmente en una especie de
caja que tiene una carga positiva en un extremo y una carga negativa en el otro
(Austin, s.f.).
3.3. Secuencia de ADN
La secuenciación del ADN significa determinar el orden de los cuatro
componentes básicos químicos, llamados "bases", que forman la molécula de
ADN.
Además, y de manera muy importante, los datos de las secuencias
pueden resaltar los cambios en un gen que pueden causar enfermedades
(National Human Genome Research Institute, 2019).
3.4. NCBI
Centro nacional para la información biotecnológica de los estados unidos:
un palacio de la información para la medicina molecular (Rubén Cañedo
Andalia, 2009)
4. MATERIALES
 SOFTWARE BIOEDIT
 NCBI
 BLAST
 WORD
 EXCL
 LAPTO

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5. METODOS
El método que se uso fue el siguiente ; para analizar los cromatogramas se uso
el BIOEDIT y para comparar el NCBI (BLAST) ,cumpliendo los siguientes
pasos:
1-Primero se abrió la carpeta con los 71 archivos con el programa de BIOEDIT
guardándolo en fasta en una carpeta.
2-Paso 2 se analizaba la secuencia en BIOEDIT para luego ser guardada.

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3-Paso 3 se abre en la web el NCBI (BLAST).
4-paso 4 se ingresa a nucleotide (BLAST).

7. "Año del Bicentenario del Perú: 200 años de Independencia"
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5-paso 5 se abre en bloc de notas el archivo y se copia la secuencia .
6-paso 6 se pega la secuencia en el NCBI para identificar y comprobar.

8. "Año del Bicentenario del Perú: 200 años de Independencia"
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7-paso 7 nos da toda la información acerca de este gen.
8-paso 8 nos ofrece la información y el nombre científico de este gen.

9. "Año del Bicentenario del Perú: 200 años de Independencia"
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9-paso 9 se guarda esta información en un cuadro de datos para todos los genes a
evaluar para finalmente hacer un informe.

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6. RESULTADOS
Los siguientes resultados se llevaron en una tabla de Excel donde analizaron 69
muestras de cromatogramas en el cual lo calificamos como bueno malo y regular los
buenos son aquellos genes que tienen más del 85% y los de regular los de entre 75 y 80
% y los malos los que no son identificados , a continuación los resultados.
Tabla 1
Tabla 2

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Tabla 3
Tabla 4

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7. CONCLUSIONES
El programa BIOEDIT fue fácil de manipular ya que fueron muy claras las
explicaciones de nuestro docente, en el cual el total de muestras escogidas
permitió dar a conocer el grafico de la secuencia de cada gen, y mostrando los
errores de identificación que posteriormente con el NCBI podríamos comprobar
la lectura.
Conocer los términos para esta práctica fue crucial para entablar los objetivos,
el procedimiento y por ende las conclusiones finales de la práctica de
electroforesis.
Las 71 secuencias proporcionadas, positivas con reconocimiento de
microorganismo nos da 30 con buena lectura 12 con regular y 29 no fueron
reconocidas por tener fallas en su secuencia, por lo cual se acogió en un cuadro
en Excel como una data para posteriores trabajos de investigación.

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Bibliografía
Austin, C. P. (s.f.). Electroforesis. Obtenido de https://www.genome.gov/es/genetics-
glossary/Electroforesis
María del Rosario Rodicioa, M. d. (2004). Identificación bacteriana mediante secuenciación del
ARNr 16S: fundamento, metodología y aplicaciones en microbiología clínica. Obtenido
de https://www.elsevier.es/es-revista-enfermedades-infecciosas-microbiologia-clinica-
28-articulo-identificacion-bacteriana-mediante-secuenciacion-del-13059055
National Human Genome Research Institute. (27 de Septiembre de 2019). Obtenido de
Secuenciación del ADN: https://www.genome.gov/es/about-genomics/fact-
sheets/Secuenciacion-del-ADN
QuimiNet. (15 de Noviembre de 2012). Obtenido de La electroforesis y sus aplicaciones en la
biotecnología: https://www.quiminet.com/articulos/la-electroforesis-y-sus-
aplicaciones-en-la-biotecnologia-3005538.htm
Rubén Cañedo Andalia, R. R. (2009). Centro Nacional para la Información Biotecnológica de los
Estados Unidos: un palacio de la información para la medicina molecular. Obtenido de
http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1024-94352009000400003