1. Grupo de Investigación
Ingeniería del Software
Computación distribuida, multinúcleo y
bioinformática
Ana Lorena Uribe Hurtado
auribe@autonoma.edu.co
Jorge Iván Meza Martínez
jimezam@autonoma.edu.co
Manizales, marzo de 2012

2. Intereses
1. Computacionales
2. Bioinformática

3. Intereses computacionales
Computación Distribuida
– Cluster
– Grid
– Cloud
– Seguridad

4. Proyectos Cluster/Grid
● Proyecto GridUAM/LMS → infraestructura
– Grid Colombia
– Condor (High Throughput Computing)
– Open Science Grid (USA)
● Proyecto 7M (Unión Europea)
– Estado del arte de la computación de alto
desempeño (HPC)
http://griduam.esencial.co/ | http://cd.esencial.co/

5. Ideas Cloud
● Identificación de características y
conceptos.
● Revisión de implementaciones
● Implementación de prototipos de
infraestructura
● Identificación de metodologías y
desarrollo de software (SaaS)
● Integración Grid/Cloud

6. Intereses computacionales
Computación Multinúcleo
– OpenMP
– Threads
– OpenMPI (*)
– Cuda
– OpenCL

7. Ideas computacionales
● Identificación de conceptos
● Comparación de tecnologías → contextos
idóneos
● Desarrollo de nuevo software
● Adaptación de software existente
● Integración de nuevas plataformas
● Integración de nuevas tecnologías
● Aprovechar la infraestructura HPC/HTC

8. Intereses bioinformática
– Constituciónde la Organización
Virtual (VOBIO)
– Convenio con Cenicafé
http://bioinformatica.esencial.co/

9. Convenio Cenicafé
Plan operativo
– Ensamblajes
– Alineaciones
– Anotaciones
– Relaciones entre genes
– Genómica comparativa
– Proteómica
– Búsqueda secuencias repetitivas
– Familias de genes

10. Ideas computacionales /
bioinformática
● Experimentación, adaptación y desarrollo de
recursos
● Aprovechamiento de la infraestructura de alto
rendimiento/desempeño para la investigación
● Actualización de la infraestructura
● Desarrollo de interfaces de interacción

11. Preguntas ?