Las enfermedades que pueden producir los ciliados incluyen saprolegniasis en peces, bronquiectasia que es la dilatación del árbol bronquial, rinitis que es la inflamación de la mucosa nasal, bronquitis que es la inflamación de los bronquios, neoplasias cerebelosas que son tumores cerebrales, y toxoplasmosis que es causada por el parásito Toxoplasma gondii.