Charla impartida en el II Seminario EC3 sobre evaluación y comunicación de la ciencia http://ec3.ugr.es/seminario2009/

1. Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina II Seminario EC3 sobre evaluación y comunicación de la ciencia Alberto Labarga [email_address] http://ec3.ugr.es/seminario2009/

2. La generación de información es un aspecto clave de la investigación biomédica

4. No sólo es importante la cantidad sino la complejidad de las interacciones

5. Applied Biosystems ABI 3730XL Illumina / Solexa Genetic Analyzer Applied Biosystems SOLiD Roche / 454 Genome Sequencer 1 Mb/day 100 Mb/run 3000 Mb/run La tecnología ha aumentado recientemente esta capacidad de generación de datos

6. Lo que se traduce en un incremento en la producción científica PubMed statistics http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez >17 million citations >400,000 added/year ~70 million searches/month PubMedCentral statistics http://www.pubmedcentral.nih.gov > 500 journals >2 million full text papers ~20 million retrievals/month

7. Scientific information available in 2010 will double every 72 hours

8. Tradicionalmente, las bases de datos (Uniprot, EMBLbank) son el nodo central del conocimiento científico

9. y las referencias son material de soporte

10. pero eso está cambiando

11. A contest created to improve the way scientific information is communicated and used . The contest invites members of the scientific community to describe and prototype a tool to improve the interpretation and identification of meaning in (online) journals and text databases relating to the life sciences.

12. hay tres formas básicas de explicitar el conocimiento almacenado en las publicaciones científicas

13. 1. capturar el conocimiento explicitamente

17. 2. extraer el conocimiento usando minería de textos

18. http://www.ihop-net.org

20. http://www.knewco.com/

22. generar conocimiento colectivamente

24. redes sociales

26. wikis científicas

27. http://www.wikigenes.org

28. http://www.wikiproteins.org

29. blogs

30. I was lost but now I live here http://shirleywho.wordpress.com/ Shirley Wu

31. What You’re Doing Is Rather Desperate http://nsaunders.wordpress.com Neil Saunders

32. Public Rambling http://pbeltrao.blogspot.com Pedro Beltrao

33. HubLog Alf Eaton http://hublog.hubmed.org/

34. Open Reading Frame http://www.sennoma.net/ Bill Hooker

35. Nodalpoint http://www.nodalpoint.org/

36. microblogging

39. living document

41. arquitectura

42. retrieval SPI annotation SPI Elsevier Pubmed BMC Custom whatizit reflect knewco ihop XSLT+DHTML +CSS user management (FOAF) tag management (MOAT) document management (POAP) web application

45. interfaces

46. Antileukoproteinase, Secretory leukocyte protease inhibitor, P03973 uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/ P03973 genecards: http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?id= P03973 dasty: http://www.ebi.ac.uk/dasty/client/ebi.php?q=P03973 >sp|P03973|SLPI_HUMAN Antileukoproteinase OS=Homo sapiens GN=SLPI MKSSGLFPFLVLLALGTLAPWAVEGSGKSFKAGVCPPKKSAQCLRYKKPECQSDWQCPGK KRCCPDTCGIKCLDPVDTPNPTRRKPGKCPVTYGQCLMLNPPNFCEMDGQCKRDLKCCMG MCGKSCVSPVKA

47. For a given annotation you can define links and ways to retrieve information. Links will be shown in the tag popup so you can visit the site Retrieval links will be used to download information in a given format, for example, all protein sequences mentioned in the text. Links uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$ genecards: http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?id=$ID$ Add new Retrieve uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$.txt uniprotXML : http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$.xml fasta: http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$.fasta Add new fasta Download ALP Antileukoproteinase Secretory leukocyte protease inhibitor WAP4 HUSI-1 BLPI

48. http://www.wired-marker.org

49. http://www.shiftspace.org/

57. web services high thoughput text visualization integration mining data analysis ontologies

58. muchas gracias! Para saber más: http://www.scientifik.info