La filogenética estudia las relaciones evolutivas entre organismos mediante la búsqueda de caracteres compartidos. Esto permite construir árboles filogenéticos que reflejan la historia evolutiva de un grupo y ubican a las especies ancestrales en puntos de ramificación. Las clasificaciones deben basarse en caracteres homólogos que apunten al linaje evolutivo, no en caracteres análogos. La comprensión de la filogenia es importante para predecir características basadas en relaciones evolutivas y evitar comparaciones erróneas

1. Filogenética
Filogenia, término acuñado por Haeckel (1865), se refiere en su sentido original a una clasificación
que refleja la historia evolutiva de una especie o grupo, y la filogenética es el estudio de esas
relaciones evolutivas. La reconstrucción de una filogenia se basa en la búsqueda de caracteres
compartidos por grupos de organismos.
Una "cronología" de la aparición de esos caracteres nos lleva a la construcción de un árbol
filogenético del grupo en cuestión en el que las especies ancestrales son referenciadas como
puntos de ramificación.
Las relaciones evolutivas y las clasificaciones que las reflejan, debe estar basadas en carácteres
homólogos, o sea, caracteres dependientes de un reciente antepasado común y que, por lo tanto,
apuntan al linaje evolutivo. Carácteresanálagos, o sea, carácteres similares pero que no reflejan a
un antepasado común, encontrados en grupos diferentes, no derivan de un antepasado común y
son inútiles para construir una clasificación.
Las ideas básicas para las teorías de la reconstrucción filogenética son ideas tardías en biología, y
no surgieron hasta el siglo XIX después de que Charles Darwin presentase las nociones del
pensamiento evolutivo. Sin embargo, hoy la reconstrucción filogenética es un aspecto muy
importante en la sistemática, es realmente el corazón.
Actualmente se entiende que la Filogenia expresa las interrelaciones de los componentes de una
especie o grupo como resultado de la evolución debida a la descendencia y a la transformación de
los caracteres hereditarios (PhilippeJanvier, 1984)
La Sistemática filogenética, introducida por el alemán WilliHenning, es un enfoque, muy en boga
actualmente, caracterizado por dos ideas básicas:
Intentar recuperar las relaciones filogenéticas (genealógicas) entre grupos de organismos
Producir clasificaciones que reflejen exactamente esas relaciones genealógicas

2. ¿Por qué es importante la comprensión de la filogenia?
Para predecir las características de unos organismos basadas en las características de sus similares.
Entender las relaciones de los organismos con otras especies es clave para entender sus
características.
Para prevenir comparaciones impropias basadas en relaciones no existentes.
Por ejemplo, durante años fue habitual utilizar Euglena como modelo de sistema unicelular para
estudiar la fotosíntesis, pero Euglena no se relaciona con las plantas, sino con los trypanosomas!
Su "cloroplasto" no es homólogo al "cloroplasto" de las plantas. Chlamydomonas es un ejemplo
mejor ya que realmente es una planta unicelular.
Las dos principales herramientas complementarias usadas en la reconstrucción filogenética son:
Morfología comparativa
es el estudio de las estructuras. Incluye el estudio de: anatomía, embriología, estructura celular
(microscopio), fósiles y conducta, que es una consecuencia de cómo se estructuran el cuerpo y el
sistema nervioso.
Bioquímica comparativa
es el estudio de la organización de molecular en los organismos. Se estudian las sucesiones de
aminoácidos en las proteínas, las sucesiones de nucleótidos en ADN y ARN (puede intentar
obtenerse ADN de los fósiles para la comparación con organismos vivientes).