Este documento presenta una metodología para analizar y comparar los fondos de agua FONAG y FONAPA en Ecuador. La metodología incluye 1) analizar las actividades de los fondos, 2) examinar los vínculos entre ellos, 3) realizar un diagnóstico socioambiental y analizar sus fideicomisos, 4) monitorear datos hidroclimáticos y valorar servicios hídricos, y 5) publicar artículos científicos para apoyar la protección ambiental y gobernanza de cuencas.