La línea de modelación matemática y simulación computacional permite predecir el comportamiento de sistemas naturales, de ingeniería y de interés público y privado mediante la formulación matemática y simulación computacional para optimizar y controlar dichos sistemas. Identifica grupos interesados como centros de investigación y facultades de la UNAM y propone un plan de acciones que incluye seminarios, formación de recursos humanos y desarrollo de software de código abierto.