La ESPE creó la Unidad de Gestión de Postgrados en 1994 para desarrollar programas de postgrado nacionales e internacionales que vayan más allá del "saber" hacia el "saber hacer". La unidad ofreció inicialmente una especialización en gestión de calidad y maestrías en administración de la construcción, gestión ambiental y un MBA en habilidades múltiples, todos en horario nocturno. El programa MBA ha graduado a veintiocho promociones de profesionales en campos comerciales, administrativos y gerenciales