La Subdirección Sectorial de InnovaChile tiene como misión poner a disposición de sus clientes una visión multisectorial y redes estratégicas para facilitar la innovación y el emprendimiento. Ha desarrollado programas público-privados en 7 sectores clave como minería, alimentos, turismo, construcción, pesca, defensa y tecnología, con el objetivo de contribuir al desarrollo de nuevas industrias nacionales aprovechando oportunidades de mercado global. Cada programa ha logrado articular a actores clave, real