La contaminación orgánica del Río Rocha se debe principalmente a la descarga directa de aguas residuales sin tratamiento de las ciudades cercanas, lo que provoca altos niveles de materia orgánica y bacterias en el agua. Esto ha degradado el ecosistema del río y lo ha convertido en un cuerpo de agua con una calidad inaceptable para usos domésticos, agrícolas o pecuarios según estudios recientes.