El documento describe los diferentes enfoques y análisis bioinformáticos utilizados para determinar el microbioma intestinal a partir de datos de secuenciación. Estos incluyen el control de calidad, eliminación de quimeras, agrupamiento, asignación taxonómica, análisis descriptivos, estadísticos y de diversidad alfa y beta. Los análisis bioinformáticos son cruciales para comparar estudios y obtener información sobre la composición y estructura de las comunidades microbianas intestinales.

1. Jornada de Microbiota Intestinal: Implicaciones en la Salud y Enfermedad
Fund. Ramón Areces
El papel del análisis bioinformático
en la determinación del microbioma
intestinal
Madrid, 23/10/2017
Madrid, 23/10/2017

4. Grandes consorcios/proyectos
La bioinformatica nos ayuda en:

5. Realmente están localizados y no se
trata de suciedad

6. Una buena noticia:
Los estudios son comparables entre sì
The American Gut Project
AGP: American Gut Project
HMP: Human Microbiome Project
PGP: Personal Genome Project

7. Abordajes

8. Abordajes

9. Abordajes

10. Metagenómica
NO ES
Amplicones
(Metataxonomy)
Abordajes

11. Abordajes - complejidad

12. Control de
calidad
Transformación
de formato
Eliminación de
quiméras
Clustering
Asignación
taxonómica
Análisis upstream

13. FASTQ
FASTA
Análisis upstream
Control de
calidad
Transformación
de formato
Eliminación de
quiméras
Clustering
Asignación
taxonómica

14. Eliminación de
quiméras
Análisis upstream
Control de
calidad
Transformación
de formato
Clustering
Asignación
taxonómica

15. 16S/18S – 23S/28S
16S – 28S - ITS
16S
Análisis upstream
Control de
calidad
Transformación
de formato
Eliminación de
quiméras
Clustering
Asignación
taxonómica

16. Anotación a nivel de especies
Análisis upstream
Control de
calidad
Transformación
de formato
Eliminación de
quiméras
Clustering
Asignación
taxonómica

17. Pero…..
Operative Taxonomic Units
Análisis upstream
Control de
calidad
Transformación
de formato
Eliminación de
quiméras
Clustering
Asignación
taxonómica

18. Pero…..
Operative Taxonomic Units
Análisis upstream
Control de
calidad
Transformación
de formato
Eliminación de
quiméras
Clustering
Asignación
taxonómica

19. Operative Phylogenetic Units
Análisis upstream
Control de
calidad
Transformación
de formato
Eliminación de
quiméras
Clustering
Asignación
taxonómica

20. Operative Phylogenetic Units
Análisis upstream
Control de
calidad
Transformación
de formato
Eliminación de
quiméras
Clustering
Asignación
taxonómica

21. Análisis downstream
Análisis descriptivo
Análisis estadístico
Normalización
Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5
Taxon1 50 40 37 90 80
Taxon2 0 0 1 4 4
Taxon3 12 5 7 5 2
Taxon4 1 1 0 1 4
Taxon5 120 37 90 95 77
Taxon6 2 5 7 4 3
Treated
Sample1 y
Sample2 y
Sample3 n
Sample4 n
Sample5 n

22. Análisis descriptivo
Análisis estadístico
Análisis downstream
> diversity(t(cts), index=c("shannon"))
Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5
0.8889756 1.0994559 1.1058564 1.1313226 1.0787779
> diversity(t(cts), index=c("simpson"))
Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5
0.5018554 0.6100207 0.5941823 0.6218707 0.6207635
S.obs Shannon Simpson S.chao1 se.chao1 S.ACE se.ACE
Sample1 5.00 0.89 0.50 5.00 0.22 6.00 0.95
Sample2 5.00 1.10 0.61 5.00 0.45 5.52 1.06
Sample3 5.00 1.11 0.59 5.00 0.45 6.10 1.12
Sample4 6.00 1.13 0.62 6.00 0.46 6.52 1.13
Sample5 6.00 1.08 0.62 6.00 0.00 6.00 1.22
Alpha diversity
Normalización

23. Análisis downstream
Análisis descriptivo
Análisis estadístico
Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5
Taxon1 50 40 37 90 80
Taxon2 0 0 1 4 4
Taxon3 12 5 7 5 2
Taxon4 1 1 0 1 4
Taxon5 120 37 90 95 77
Taxon6 2 5 7 4 3
Treated
Sample1 y
Sample2 y
Sample3 n
Sample4 n
Sample5 n
Normalización

24. Análisis descriptivo
Análisis estadístico
Normalización
Análisis downstream
Beta diversity
Ordenación

25. Cómo se hace

26. Cómo se hace

27. Donde vamos?

28. Muchas gracias…….
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Llucia Martinez Priego
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David Pérez-Villarroya
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Loreto Ferrús
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Paula Corell