La Iglesia colonial durante el Virreinato estuvo organizada por las principales órdenes religiosas como los dominicos y franciscanos. El clero estaba dividido en secular, que respondía al obispo, y regular, que seguía las reglas de cada orden. La Iglesia evangelizó a través de doctrinas y parroquias, encargándose de las reducciones. La Inquisición se encargó de perseguir herejías, magia, libros prohibidos y mantener la pureza de la fe católica.