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Enzimología

CINÉTICA ENZIMÁTICA
CINÉTICA
   Los experimentos de cinética examinan la relación que existe entre
    la cantidad de producto (P) Formado en la unidad de tiempo, Δ[P]/Δt
    (donde Δ es el símbolo universal de cambio), de acuerdo a las
    condiciones experimentales bajo las cuales se realiza la reacción.
   La base de la mayoría de las determinaciones cinéticas es la
    observación de como la velocidad (v), de una reacción varía
    directamente con la concentración de cada una de las sustancias
    que actúan como reactivos para producir el producto.
   Esta observación es expresada por medio de una ecuación de
    velocidad.
   Por ejemplo, la ecuación de velocidad para la conversión, no
    enzimática, de un sustrato (S) a un producto por una reacción de
    isomerización sería:
Constante de Velocidad
• La ecuación anterior refleja el hecho de que la
  velocidad de la reacción depende de la
  concentración de sustrato [S]
• El símbolo k es llamada constante de velocidad e
  indica la relación proporcional entre [S] y la
  cantidad de producto producido por unidad de
  tiempo, es decir indica la relación que existe entre
  la [S] y la velocidad de la reacción.
• Cada reacción, bajo determinadas condiciones,
  presenta una constante de velocidad característica.
• Las unidades en que se expresa la constante de
  velocidad (k) serán s-1
   Virtualmente todas las reacciones químicas, incluyendo las
    catalizadas por enzimas, se desarrollan contra una barrera
    energética que separa los reactivos de los productos.
   Esta barrera, llamada Energía Libre de Activación, esta
    constituida por la diferencia entre la energía de los
    reactivos y un intermediario de alta-energía cuya
    formación es requerida para la transformación de reactivos
    a productos. Por ejemplo en la reacción:

                         A ↔ T* → B

   La conversión del reactivo A al producto B requiere
    suficiente energía para que el reactivo A adquiera una
    conformación intermedia de alta energía que precede a su
    conversión en producto y que se ha denominado Estado
    Activado o Estado de Transición T*


Estado de Transición
Energía Libre de Activación
El punto máximo en esta figura expresa
el valor de la Energía Libre de Activación,
es decir, la diferencia en energía libre
entre el(los) reactivo(s) y el estado de
transición en donde se ha formado el
intermediario de alta energía necesario
durante la conversión de reactivos a
productos.
El alto valor de esta energía libre de
transición, para la formación de este
estado de alta energía, es lo que propicia
que las reacciones químicas no
catalizadas sean frecuentemente
demasiado lentas.
Velocidad de la Reacción
 Para que puedan reaccionar, las moléculas deben
  contener suficiente energía para sobrepasar la barrera
  que impone el alcanzar el estado de transición.
 En ausencia de un catalizador, en nuestro caso en
  ausencia de una enzima, la cantidad de moléculas en una
  población de reactivos que pueden poseer esta energía
  es muy pequeña y la capacidad de formar producto es
  igualmente demasiado pequeña.
 Por lo tanto la velocidad de la reacción esta determinada
  por el número de moléculas con energía suficiente para
  alcanzar el estado de transición.
 En general, mientras menor sea la energía de activación
  y más moléculas puedan alcanzarla, la velocidad de la
  reacción será mayor. De esto depende el enorme valor
  que tienen las enzimas en los sistemas biológicos.
   Las enzimas permiten que las reacciones se realicen a la
    velocidad adecuada dentro de las condiciones que
    prevalecen dentro de la célula, estableciendo una vía de
    reacción alternativa con una energía de activación
    bastante más pequeña que la requerida en la vía no
    catalizada de reacción.
   Las enzimas no cambian las energías libres de los
    reactivos ni de los productos, ni tampoco cambian el
    punto de equilibrio de la reacción.
   Las enzimas aceleran notablemente la velocidad con la
    cual dicho equilibrio de reacción será alcanzado.
CINÉTICA
• La cinética se refiere al estudio de la velocidad de
  cambio de reactivos a productos durante una reacción
  química
• La velocidad se refiere al cambio en la concentración
  de reactivos o productos por unidad de tiempo
• La tasa de cambio (rate) se refiere al cambio total en
  las concentraciones por unidad de tiempo
• Velocidad inicial es el cambio en la concentración de
  reactivos o productos inmediatamente después de que
  la reacción se inicia, es decir cuando la reacción es
  lineal.
La derivación de la primera ecuación de velocidad para una reacción catalizada por
enzimas fue derivada en 1903 por Henri y se basó en los siguientes supuestos:

                 E + S       ES      E + P

1. La enzima es un catalizador (propuesto por Berzelius en 1835-1837).
2. La enzima y el sustrato reaccionan rápidamente para formar un complejo enzima-
sustrato (propuesto en 1902 por Brown)
3. Sólo 1 sustrato y un complejo enzima-sustrato están involucrados, y el complejo ES se
rompe directamente para formar E libre y producto.
4. La enzima, el sustrato y el complejo enzima-sustrato están en equilibrio, esto es la
velocidad a la cual ES se disocia a E + S es mucho más rápida que la velocidad a la cual ES
se rompe para formar E + P.
5. La [S] es mucho mayor que la [E], de modo que la formación del complejo ES no altera
la [S]. Los paréntesis cuadrados [] indican concentraciones.
6. La velocidad de la reacción está limitada por el rompimiento del complejo ES para
formar E libre y P (etapa limitante).
7. La velocidad es medida durante tiempos muy cortos, de modo que la velocidad de la
reacción reversa es insignificante
Otras condiciones para la cinética de
tipo Michaelis-Menten
    Para que la cinética enzimática responda a lo
    propuesto por Michaelis-Menten, algunas
    condiciones secundarias, pero importantes,
    deben ser mantenidas durante la reacción:
     La Temperatura, la fuerza iónica, el pH, y otras
     constantes físicas que puedan afectar la velocidad
     de la reacción deben permanecer constantes
     Cada molécula de enzima debe actuar en una
     molécula de sustrato en cada ocasión
     La enzima debe permanecer sin ninguna
     modificación, ni en su estructura, ni en su
     concentración, durante todo el tiempo que dure la
     determinación de la reacción.
ECUACIÓN DE MICHAELIS-MENTEN
   La ecuación de Michaelis-Menten describe como varía la velocidad
    de las reacciones catalizadas por enzimas de acuerdo a la
    concentración de sustrato:
   Para utilizar la ecuación de Michaelis-Menten deben asumirse
    diferentes cosas:
       Las concentraciones relativas de E y S: La concentración de sustrato
        ([S]) es mucho mayor que la concentración de enzima ([E]), de manera
        que la proporción de sustrato fijo a la enzima es siempre relativamente
        pequeña.
       La reacción esta en equilibrio: [ES] no cambia durante el tiempo (la
        reacción se asume en equilibrio de flujos), es decir, la velocidad de
        formación de ES es igual a la velocidad de su transformación en E + S y
        en E + P).
       Velocidad Inicial: Deben usarse velocidades iniciales (vo). Esto significa
        que la velocidad de la reacción debe determinarse tan pronto como el
        sustrato y la enzima son mezclados. En dicho tiempo, la concentración
        de productos es despreciable y, por lo tanto, la reacción inversa de
        productos a sustratos puede ser ignorada.
 Las enzimas aumentan las velocidades de las
  reacciones químicas sin ser alteradas en el proceso de
  conversión de reactivos a productos
 Esta conducta define, precisamente, a un catalizador
 Las enzimas aumentan las velocidades de reacción
  disminuyendo la cantidad de energía requerida para
  formar un complejo reactivo, activado, competente
  para formar productos
 Esto ocurre por medio de la formación de un complejo
  entre la enzima y el sustrato (ES)
La velocidad a la cual ocurre la reacción (1) es consecuencia de lo
siguiente:
    El número posible de choques entre S y E, que es directamente
    proporcional al producto de sus concentraciones [S][E]
    El número de choques por un tiempo determinado capaces de
    producir reacción, el cual será proporcional al número de choques
    posibles
    Así pues, la velocidad de la reacción será proporcional a [S][E]:
                         Velocidad1 (v1) = k1 [S][E]
        En donde k1 es la constante de velocidad
La velocidad a la cual ocurre la inversa de la reacción (1) puede
deducirse del siguiente modo:
    Una determinada cantidad de E liberará cierta cantidad de S
    durante el tiempo en que la reacción progresa
        La velocidad de la reacción inversa será entonces directamente
        proporcional a ES
                         Velocidad2 (v2) = k2 [ES]
        En donde k2 es la constante de velocidad
La velocidad a la cual ocurre la reacción (2) puede deducirse del
siguiente modo:
    Una determinada cantidad de E1 producirá cierta cantidad de P
    durante un tiempo definido de la reacción
        La velocidad de producción de P será entonces directamente
        proporcional a [E1]
                         Velocidad3 (v3) = k3 [ES]
        En donde k2 es la constante de velocidad
Cinética de Michaelis-Menten (1)
• Para explicar la relación observada entre la velocidad inicial (v0) y la
  concentración inicial de sustrato ([S]0) Michaelis y Menten propusieron
  que las reacciones catalizadas enzimáticamente ocurren en dos etapas: En
  la primera etapa se forma el complejo enzima-sustrato y en la segunda, el
  complejo enzima-sustrato da lugar a la formación del producto, liberando
  la enzima libre:




En este esquema, k1, k2 y k3 son las constantes cinéticas individuales de cada
proceso y también reciben el nombre de constantes microscópicas de
velocidad. Según esto, podemos afirmar que:
    v1 = k1 [E] [S]
    v2 = k2 [ES]
    v3 = k3 [ES]

 Los paréntesis cuadrados [] indican concentraciones
   Se puede distinguir entre enzima libre (E) y enzima unido al
    sustrato (ES), de forma que la concentración total de enzima,
    [ET], (que es constante a lo largo de la reacción) es:
                             [ET] = [E] + [ES]
                  Como [E] = [ET] - [ES], resulta que:
                     v1= k1[S] [ET] - k1 [S] [ES]
 Este modelo cinético adopta la hipótesis del estado estacionario,
  según la cual la concentración del complejo enzima-sustrato es
  pequeña y constante a lo largo de la reacción. Por tanto, la
  velocidad de formación del complejo enzima-sustrato (v1) es igual
  a la de su disociación (v2+ v3):
                               v1 = v 2 + v 3
 Además, como [ES] es constante, la velocidad de formación de los
  productos es constante:
                     v = v3 = k3 [ES] = constante.
Cinética de Michaelis-Menten (3)
   Como v1=v2+v3, podemos decir que:
                k1[S] [ET] - k1 [S] [ES] = k2 [ES] + k3 [ES]
   Despejando [ES], queda que:



    En donde:


     Este enlace nos aporta una explicación sobre las razones que hacen de la KM
     un parámetro cinético importante.
     Por lo tanto, en el estado estacionario, la velocidad de formación del producto
     es:
Cinética de Michaelis-Menten (4)
   Para cualquier reacción enzimática, [ET], k3 y KM son
    constantes. Vamos a considerar dos casos extremos:
     A concentraciones de sustrato pequeñas ([S] << KM) v = (k3
      [ET]/KM) [S]. Como los términos entre paréntesis son constantes,
      pueden englobarse en una nueva constante, kobs, de forma que
      la expresión queda reducida a: v = kobs [S], con lo cual la
      reacción es un proceso cinético de primer orden.
     A concentraciones de sustrato elevadas ([S] >> KM), v = k3
      [ET]. La velocidad de reacción es independiente de la
      concentración del sustrato, y por tanto, la reacción es un
      proceso cinético de orden cero. Además, tanto k3 como [ET]
      son constantes, y nos permite definir un nuevo parámetro, la
      velocidad máxima de la reacción (Vmax): Vmax = k3 [ET], que es
      la velocidad que se alcanzaría cuando toda la enzima disponible
      se encuentra unida al sustrato.
Cinética de Michaelis-Menten (5)
   Si introducimos el parámetro Vmax = k3 [ET] en la
    ecuación general de la velocidad,



   obtenemos la expresión más conocida de la
    ecuación de Michaelis-Menten:
 A valores bajos de [S], la velocidad inicial, Vi, aumenta
  casi linealmente al aumentar [S].
 Pero según [S] aumenta, el incremento en Vi
  disminuye (formando una hipérbola rectangular).
 La asímptota de esta curva representa la velocidad
  máxima de la reacción, designada Vmax
 La concentración de sustrato que produce una Vi que
  sea igual a la mitad de Vmax se designa como
  constante de Michaelis-Menten, Km (llamada así por
  los investigadores que desarrollaron este estudio de la
  cinética enzimática).
La mayoría de las enzimas muestran cinética
del tipo de Michaelis-Menten, en la cual la
gráfica de la velocidad inicial (vo) contra la
concentración de sustrato ([S]), es de tipo
hiperbólico.
Orden de Reacción
 Orden de Reacción: Se refiere al número de moléculas de reactivo
 que deben estar presentes para producir un producto.
 Un S unimolecular S → P es una reacción de primer orden.
 Un 2S bimolecular 2S → P es una reacción de segundo orden.
 Un bimolecular    S1 + S2 → P es de segundo orden: de primer orden
                      en S1 y de primer orden en S2.

• El orden de la reacción esta dado por los exponentes de las
  concentraciones de reactivos en la ley de velocidad.
   – v = k[A]n
       • n=0, orden cero (no depende de [A]
       • n=1, primer orden
       • n=2, segundo orden
   – v = k[A]2[B]
       • Segundo orden en A, primer orden en B, reacción de
         tercer orden
Significado de Km
• Km es una constante
• Km es una constante derivada a partir de
  constantes de velocidad: (k-1 + k2)/k1
• Km es, siendo verdaderas las condiciones
  supuestas ciertas por Michaelis-Menten, una
  estimación de la constante de disociacion del
  complejo ES para dar E + S, a partir de (k-1/k1)
• Km pequeña significa ES en unión fuerte;
• Km alta significa ES en unión débil
CINÉTICA DE TIPO MICHAELIS-MENTEN
   Características de Km: la constante de Michaelis es
    característica de cada enzima y su sustrato particular, y
    refleja la afinidad de la enzima por dicho sustrato.
   La Km es numéricamente igual a la concentración de
    sustrato a la cual se alcanza la mitad de la velocidad
    máxima de la enzima, ½Vmax.
   La Km no depende de la concentración de la enzima.
       Una Km numéricamente pequeña, refleja una gran afinidad por el
        sustrato, ya que bajas concentraciones de sustrato son
        suficientes para saturar al 50% de la enzima – es decir, para
        alcanzar la mitad de la velocidad máxima, ½Vmax.
       Una Km numéricamente grande, refleja una baja afinidad de la
        enzima por su sustrato, ya que son necesarias grandes
        concentraciones de sustrato para saturar el 50% de la enzima.
• Vmax es una constante
• Vmax es la velocidad máxima teórica de la reacción
  – pero, en realidad, nunca se alcanza
• Para alcanzar la velocidad máxima se requiere que
  [S] >> [E] y que TODAS las moléculas de enzima
  estén unidas al sustrato.
• Vmax se alcanza asintóticamente a medida que la
  concentración de sustrato aumenta
Gráfica de Dobles Recíprocos o de
           Lineweaver-Burk
 En la práctica la determinación de la constante de
  Michaelis-Menten (Km) y de la velocidad máxima a partir
  de una gráfica hiperbólica no nos proporciona un valor
  suficientemente preciso.
 Por esta razón, Lineweaver y Burk decidieron cambiar la
  ecuación de Michaelis-Menten tomando los valores
  recíprocos de la V y la [S] generando una gráfica de dobles
  recíprocos.
 Esto proporciona una gráfica lineal del recíproco de la
  velocidad contra el recíproco de la concentración de
  sustrato, que nos proporciona los valores exactos de la Km
  en el intercepto de la línea en el eje de las abscisas y el valor
  exacto de la velocidad máxima (Vmax) en el intercepto del
  eje de las ordenadas
La Ecuación de Michaelis-Menten



 Puede ser simplemente transformada tomando los inversos de ambos
 miembros, lo cual nos proporcionará:



 Separando los componentes del numerador en el segundo miembro de
 esta ecuación, nos da:




Que se simplifica fácilmente para dar finalmente:
Ecuación de Dobles Recíprocos o de
         Lineweaver-Burk
Otras transformaciones gráficas de la
      ecuación de Michaelis-Menten
 Gráfico de Eadie-Hofstee
              v              Los valores obtenidos son mas precisos,
 v=V    −K
    max    m [S]             porque no incluye el error intrínseco en
                             el uso de valores recíprocos
                   Vmax

                          Inclinação = =-Km
                              pendiente
            v

                                                                Vmax
                                                                 Km

                                                  v
                                                 [S]
 Gráfico de Hanes-Woolf
 [S]    K       1
     =    m +      [S]
  v    V      V
        max    max




              [S]
               v                                1
                                Inclinação =
                                pendiente
                                               Vmax

                          Km
                         Vmax

        -Km                               [S]
Gráfico de Eisenthal/Cornish-Bowden
   No requiere de cálculos



                                 Vmax
                                  Vm

                                 v0(3)
                               v0(2)
                             v0(1)




                                          K
                                         KM
                                              m



      -[S]3     -[S]2        -[S]1
   Hay enzimas que no obedecen
    la ecuación de Michaelis-
    Menten.
   Se dice que su cinética no es
    Michaeliana.
   Esto ocurre con las llamadas
    enzimas alostéricas, cuya
    gráfica v contra [S] no es una
    hipérbola, sino una sigmoide
    (en forma de s)
   En la cinética sigmoidea,
    pequeñas variaciones en la [S]
    en una zona crítica (cercana a
    la KM) se traduce en grandes
    variaciones en la velocidad de
    reacción.
Efecto del pH
 Las enzimas, al ser proteínas, poseen propiedades que son
  muy sensibles al pH.
 De hecho, la mayoría de las proteínas sólo son activas en un
  estrecho intervalo de pH, típicamente entre 5 y 9.
 Esto es el resultado de los efectos del pH sobre una
  combinación de factores:
    (1) la fijación del sustrato a la enzima, frecuentemente utilizando
     enlaces electrostáticos que dependen de la ionización de los
     participantes.
    (2) la actividad catalítica de la enzima, dependiente del estado de
     ionización de los aminoácidos importantes localizados en el sitio
     activo de la enzima, así como de su estructura terciaría y
     cuaternaria
    (3) la ionización del sustrato y
    (4) la variación de la estructura proteica misma (normalmente,
     sólo significativa a pH extremos).
La actividad enzimática
varía con el pH    El pH óptimo es aquel al cual la
                                                 enzima manifiesta su mayor actividad y
                                                 frecuentemente refleja el pH al cual la
                                                 enzima funciona dentro del organismo.
                                                  El pH de mayor actividad varía para
                                                 diferentes enzimas.
                                                 Por ejemplo, la pepsina, una enzima
                                                 digestiva del estómago, muestra su pH
                                                 óptimo a pH <2, mientras que otras
                                                 enzimas, diseñadas para funcionar a
                                                 pH neutro, serían desnaturalizadas si
                                                 se someten a condiciones tan
                                                 drásticamente ácidas
   Es necesario recalcar, sin embargo, que el término "pH óptimo" no tiene una
    significación físico-química bien definida. Es mejor, en general, referirse a un
    rango de pH favorable para una reacción dada. Este rango depende no sólo de
    la naturaleza de la enzima particular, sino también del substrato y de la
    concentración de éste, de la estabilidad de la enzima, de la temperatura y de
    la extensión del periodo de reacción.
Los segmentos de la izquierda y de la
derecha de la curva de campana
obtenida, en donde la actividad
enzimática es menor que en el pH
óptimo, representan las curvas de
titulación de los cadenas laterales de
los residuos de aminoácidos que
forman parte del sitio activo de la
enzima.
El punto de inflexión a pH 4.2 refleja
el pKa del residuo 25, cisteína, y el de
pH 8.2 el pKa de la His-159.
La enzima sólo es activa cuando estos
grupos se encuentran como un par
iónico tiolato - imidazolium.
Efecto del pH
 Como ocurre con las proteínas, las enzimas poseen un punto
  isoeléctrico al cual su carga libre neta es cero. El pH del punto
  isoeléctrico, como regla, no es igual al pH al cual se observa actividad
  máxima.
 El pH óptimo de las enzimas varia ampliamente; la pepsina, que
  existe en el medio ácido del estómago, tiene un pH óptimo de
  alrededor de 1,5, mientras que la arginasa tiene un pH óptimo de 9,7.
 Sin embargo, la gran mayoría de las enzimas tienen un óptimo entre
  pH 4 y 8, muchas de ellas alrededor del pH fisiológico del organismo,
  ~7.3 - 7.4. Algunas enzimas muestran una amplia tolerancia a los
  cambios del pH, pero otras trabajan bien sólo en un rango estrecho.
 Cualquier enzima que se someta a valores extremos de pH, se
  desnaturaliza. Esta sensibilidad de las enzimas a la alteración del pH
  es una de las razones por la que la regulación del pH del organismo es
  controlada celosamente y explica por qué las desviaciones de la
  normalidad pueden implicar graves consecuencias.
pH Óptimo
   Es necesario recalcar, sin embargo, que el término "pH óptimo" no tiene
    una significación físico-química bien definida. Es mejor, en general,
    referirse a un rango de pH favorable para una reacción dada. Este rango
    depende no sólo de la naturaleza de la enzima particular, sino también
    del substrato y de la concentración de éste, de la estabilidad de la
    enzima, de la temperatura y de la extensión del periodo de reacción.
Efecto de la temperatura
sobre las enzimas
 Puesto que la estructura proteica es la que determina la actividad
    enzimática, cualquier causa que perturbe esta estructura puede
    llevar a una pérdida de actividad.
   Aunque el rango general de temperaturas adecuadas para las
    reacciones enzimáticas es muy estrecho, los cambios ligeros
    suelen tener una considerable influencia.
   Al aumentar la temperatura, la velocidad de reacción aumenta y,
    para casi todas las enzimas, un incremento de 10°C duplica e
    incluso triplica la velocidad de reacción.
   Por otro lado, sin embargo, ese mismo aumento de temperatura
    acelera también la inactivación de la enzima por
    desnaturalización térmica. Para muchas enzimas la región de
    inactivación térmica está muy próxima de la temperatura óptima.
   La velocidad de inactivación térmica depende también del pH,
    fuerza iónica y del estado físico de la enzima
 Todas las reacciones químicas son afectadas por la temperatura. A mayor temperatura,
mayor velocidad de reacción. La velocidad de reacción aumenta porque hay más
moléculas con suficiente energía para llegar al estado de transición.
 Las velocidades de las reacciones catalizadas por enzimas también aumentan con la
temperatura . Pero, las enzimas son proteínas y se desnaturalizan a temperaturas altas
 Cada enzima posee una temperatura óptima a la cual opera con mayor eficiencia
 Puesto que las enzimas son proteínas, su temperatura óptima depende también del pH
y de la fuerza iónica.
                                                    Si la temperatura de operación se
                                                    eleva más allá de la temperatura
                                                    óptima, la actividad de muchas
                                                    enzimas desciende bruscamente.

                                                    Las temperaturas óptimas de
                                                    muchas enzimas se encuentran
                                                    cercanas a la temperatura normal
                                                    del organismo de donde proceden.

                                                    Por ejemplo, la temperatura
                                                    óptima de la mayoría de las
                                                    enzimas en el hombre es cercana a
                                                    37°C.
Estabilidad Térmica
                   El aumento de temperatura
                    acelera también la
                    inactivación de la enzima
                    por desnaturalización
                    térmica.
                   Para muchas enzimas la
                    región de inactivación
                    térmica está muy próxima
                    de la temperatura óptima.
                   La velocidad de inactivación
                    térmica depende de la
                    enzima, pero también del
                    pH, fuerza iónica y del
                    estado físico de la enzima
Efecto de la Ionización

 Las velocidades iniciales de muchas
  reacciones enzimáticas en función del pH
  muestran curvas en forma de campana. Estas
  curvas reflejan la ionización de ciertos restos
  de aminoácidos que han de encontrarse en un
  estado de ionización determinado a fin de
  que haya actividad enzimática.
Inhibidor:
Efector que hace disminuir la actividad enzimática, a través de
interacciones con el centro activo u otros centros específicos
(alostéricos).

Esta definición excluye todos aquellos agentes que inactivan a
la enzima a través de desnaturalización de la molécula enzimática

De esta forma, habrá dos tipos de inhibidores:

         I. Isostéricos: ejercen su acción sobre el centro activo
         II. Alostéricos: ejercen su acción sobre otra parte de la
             molécula, causando un cambio conformacional con
             repercusión negativa en la actividad enzimática.
Inhibidores Enzimáticos
 Los inhibidores enzimáticos son moléculas que se unen a
    enzimas y disminuyen su actividad.
   La unión de un inhibidor puede impedir la entrada del
    sustrato al sitio activo de la enzima y obstaculizar que la
    enzima catalice su reacción correspondiente.
   La unión del inhibidor puede ser reversible o irreversible.
   Normalmente, los inhibidores irreversibles reaccionan con
    la enzima de forma covalente y modifican su estructura
    química a nivel de residuos esenciales de los aminoácidos
    necesarios para la actividad enzimática.
   En cambio, los inhibidores reversibles se unen a la enzima
    de forma no covalente, dando lugar a diferentes tipos de
    inhibiciones, dependiendo de la manera como el inhibidor
    se une a la enzima o al complejo enzima-sustrato.
Inhibidores Enzimáticos
 Los inhibidores enzimáticos usados dentro de la célula están
    implicados en la regulación del metabolismo.
   Por ejemplo, las enzimas en una ruta metabólica pueden ser
    inhibidas por los productos resultantes de sus respectivas rutas.
    Este tipo de retroalimentación negativa retarda el flujo a través
    de la ruta cuando los productos comienzan a acumularse y es una
    manera importante de mantener la homeostasis en una célula.
   Otros inhibidores enzimáticos celulares son proteínas que se
    unen específicamente e inhiben una enzima importante.
   Este mecanismo puede ayudar a controlar enzimas que pueden
    ser dañinas para la célula, como las proteasas o nucleasas.
   Un buen ejemplo es el inhibidor de la ribonucleasa, que se une a
    esta enzima en una de las interacciones proteína–proteína más
    fuertes conocidas.
Inhibición Enzimática
 Competitiva
   El Inhibidor se fija en el sitio activo de la enzima. La inhibición es
     reversible puesto que altas concentraciones de sustrato compiten
     con el inhibidor. Depende de las afinidades relativas de la enzima
     por su sustrato y por el inhibidor. La Km aumenta, la Vmax
     permanece sin cambios
 No-competitiva
   El Inhibidor se fija en un sitio diferente al sitio activo de la enzima.
     El complejo ESI (Enzima-Sustrato-Inhibidor) no puede formar
     productos. Concentraciones altas de sustrato no son
     competidoras. La Km no se modifica, la Vmax disminuye
 Un-competitiva o Anti-competitiva
   El inhibidor es capaz de fijarse únicamente una vez que el
     complejo ES está ya formado y el cambio en la conformación de
     la enzima le proporciona un sitio para su fijación. Tanto la Km
     como la Vmax disminuyen
Inhibición Competitiva
              S
        E                 ES             E+P
I
                   Se define una constante de
                   equilibrio de disociación del                           [E] [I]
                                                               Ki =
       EI
                   inhibidor:
                                                                            [EI]

    Características:
    - Las fijaciones de substrato e inhibidor son mutuamente exclusivas
    - A muy altas concentraciones de substrato desaparece la inhibición
    - Por lo general, el inhibidor competitivo es un análogo químico del
      substrato.
    - El inhibidor es tan específico como el substrato
Por tanto, en la inhibición competitiva,


 1. El efecto cinético del inhibidor es el aumento aparente de la
    Km que aparece multiplicada por el factor (1 + i/Ki)

 2. La Vmax no aparece modificada; para concentraciones muy
   altas del substrato, v = Vmax, igual que en ausencia de inhibidor

 3. Cuanto más pequeño sea el valor de Ki mayor será la potencia
    del inhibidor competitivo.

 4. Las fijaciones de substrato e inhibidor son mutuamente exclusivas;

 5. el complejo EI no es productivo
S
                       E                    ES             E+P
                I                    I                   Inhibición
                              S                        No Competitiva


                      EI                   ESI

El inhibidor no se fija en el sitio activo, y lo hace indistintamente a la enzima libre E y al
complejo enzima-substrato ES; ni el complejo EI ni el complejo ESI son productivos
S
E                 ES             E+P
             I
                                      Inhibición
                                    Anticompetitiva

                  ESI

El inhibidor sólo puede fijarse al complejo ES;
       el complejo ESI no es productivo
Inhibición por Sustrato
 La inhibición por sustrato y por producto es donde el sustrato o el
  producto de una reacción enzimática inhiben la actividad
  enzimática.
 Este tipo de inhibición puede seguir cualquier tipo de patrón de
  inhibición y es frecuentemente de gran importancia en la
  regulación del metabolismo celular.
 En la inhibición por sustrato hay una disminución progresiva de la
  actividad a altas concentraciones de sustrato. Esto puede indicar
  la existencia de dos sitios de unión entre sustrato y enzima.
  Cuando hay poco sustrato, se ocupa el sitio de alta afinidad y
  sigue la cinética normal. Sin embargo, a altas concentraciones, el
  segundo sitio de inhibición se ocupa, inhibiendo a la enzima.
 La inhibición por parte del producto es a menudo una
  característica reguladora en el metabolismo y puede ser una
  forma de retroalimentación negativa.
Aplicaciones de los inhibidores
 Los inhibidores enzimáticos pueden ser encontrados en la
  naturaleza, pero también son diseñados y producidos
  como parte de la industria, la farmacología y la bioquímica.
 En el ser humano, los inhibidores enzimáticos son
  utilizados principalmente como fármacos en el tratamiento
  de diversas enfermedades.
 Los venenos naturales son a menudo inhibidores
  enzimáticos que han evolucionado para defender a una
  planta o animal contra sus depredadores. Estas toxinas
  naturales incluyen algunos de los compuestos más
  venenosos conocidos hasta hoy.
 Los inhibidores artificiales son a menudo utilizados como
  insecticidas (como el Malathion), herbicidas (como el
  Glifosato) o desinfectantes, (como el Triclosán).
Regulación Enzimática
 La regulación enzimática depende profundamente de cada
    proceso, cada célula, cada momento del metabolismo, pero
    en general pueden precisarse algunos mecanismos
    generales de regulación
   Por control de la expresión genética para obtener más o
    menos enzima activa
   La enzima existe en una forma inactiva (zimógeno) que
    debe ser modificada, primariamente por hidrólisis
   La enzima debe ser covalentemente modificada para
    aumentar o disminuir su actividad, la forma más común es
    por fosforilación o desfosforilación
   Secuestración, la enzima no se encuentra en el sitio
    adecuado para desempeñar su función
   Por regulación alostérica, tanto positiva como negativa.
Enzimas Reguladas
 En todos los organismos y, prácticamente, en todas las vías
  metabólicas, el control rápido – en la escala de segundos o
  menos – puede ser alcanzado mediante la modulación reversible
  de la actividad de determinadas enzimas, llamadas enzimas
  reguladas.
 En este concepto, se pueden definir las enzimas reguladas, como
  aquellas cuya actividad puede ser modificada rápidamente por
  varios tipos de efectores, permitiendo que la célula se adapte a
  las exigencias cambiantes del metabolismo celular
 En la mayoría de los casos estas enzimas reguladas ocupan pasos
  claves, o limitantes, en los senderos metabólicos.
 El mecanismo más sencillo es que las enzimas reguladas cambien
  rápidamente en relación con la concentración de sus sustratos, o
  de los productos que su actividad origina, activación por sustrato,
  inhibición por producto.
Alosterismo
 El fenómeno conocido como alostería o alosterismo es
    el responsable del control reversible de la actividad de
    una gran variedad de las enzimas reguladas
   Muchas enzimas reguladas experimentan transiciones
    alostéricas entre el estado (R) activo y el estado (T)
    inactivo.
   Estas enzimas poseen un segundo sitio de fijación,
    alejado del sitio activo. Este segundo sitio es llamado
    sitio regulador, o sitio alostérico
   Un activador o inhibidor alostérico, también llamado en
    general, efector alostérico, puede fijarse a este
    segundo sitio y producir un cambio conformacional en
    la enzima reguladora.
   Este cambio conformacional es transmitido al sitio
    activo de la enzima y modifica su actividad.
Cofactor

                  Área de
                fijación del
                  cofactor




 Efector
Alostérico
 Positivo       Sitio
             alostérico
             Negativo

                     Efector
                    Alostérico
                    Negativo
enzimas alostéricas
 Las enzimas alostéricas son aquellas que, además del
  centro activo mediante el cual interactúan con el sustrato,
  poseen otro centro de unión llamado centro alostérico
  mediante el cual interactúan con otra molécula
  denominada efector o modulador (la palabra "alostérico"
  hace referencia a la existencia de ese "otro lugar").
 La interacción del modulador con el centro alostérico es tan
  específica como lo es la interacción del sustrato con el
  centro activo y también está basada en la
  complementariedad estructural.
 Las enzimas alostéricas presentan pesos moleculares en
  general superiores a las de otras enzimas y en la mayor
  parte de los casos son proteínas oligoméricas, es decir
  están formados por varias subunidades (normalmente en
  número par).
Efecto Alostérico
 De gran importancia en el fenómeno de la actividad enzimática es el
  hecho de que, en las enzimas, pueden existir dos (o cuando menos dos)
  sitios diferentes desde el punto de vista estéreo- específico y que,
  además, estén en lugares distintos, muy alejados uno de otro.
 Uno de estos sitios es el centro activo, donde se fija el sustrato para dar
  origen a los productos de la reacción y por lo tanto donde reside el
  aspecto funcional de la proteína. El otro sitio se denomina sitio
  alostérico y en él puede acomodarse de manera complementaria - pero
  reversible - alguna sustancia llamada efector alostérico; al efectuarse
  esta unión se produce una alteración discreta de la estructura de la
  proteína, la transición alostérica, que modifica la actividad biológica de
  la proteína, porque altera las propiedades del sitio activo.
 Es muy importante que el efector alostérico normal no tiene relación
  química o metabólica alguna con el sustrato de dicha enzima y que su
  acción tan específica se debe a que altera de tal modo la conformación
  de la proteína que modifica su centro activo.
Moduladores Alostéricos

 Los moduladores alostéricos pueden ser de dos
  tipos: unos estimulan la actividad de la enzima al
  unirse al centro alostérico, reciben el nombre de
  moduladores positivos o activadores; otros la
  inhiben y se llaman moduladores negativos o
  inhibidores.
 Los inhibidores alostéricos no responden a
  ninguno de los modelos de inhibición enzimática
  estudiados en el apartado anterior.
 Las enzimas alostéricas presentan siempre dos
  formas, una activa y otra inactiva,
  interconvertibles por efecto del modulador.
Moduladores Alostéricos

 Existen dos tipos de control alostérico: el control
  heterotrópico que se da cuando el modulador es
  una molécula diferente del sustrato, y el control
  homotrópico que se da cuando el modulador es el
  propio sustrato.
 En ambos casos el modulador puede ser positivo
  o negativo. Las enzimas con control homotrópico
  poseen dos o más centros de unión para el
  sustrato; en ellos la interconversión entre las
  formas activa e inactiva depende de cuántos sean
  los centros de unión que estén ocupados por
  moléculas de sustrato.
Enzimas Alostéricas
 Una enzima alostérica es una enzima cuya
  actividad está regulada mediante un centro
  alostérico, que es un sitio, distinto del centro
  activo de la enzima, al que se une un
  regulador (llamado regulador alostérico) de
  manera reversible y no covalente. La unión de
  este regulador modifica la estructura
  tridimensional de la enzima y llega a afectar
  la configuración del sitio activo, por lo que
  aumenta o disminuye su actividad, según el
  caso.
Alosterismo
 El alosterismo es una de las principales formas
  de regulación en la célula debido a que puede
  producir cambios rápidos y fácilmente
  reversibles en la actividad de las enzimas (y, por
  lo tanto, en el metabolismo) sin depender de que
  el regulador tenga una estructura similar al
  sustrato de la enzima (lo que puede ayudar a
  coregular diferentes vías metabólicas).
 Muchos fármacos actúan uniéndose al sitio
  alostérico de las enzimas, como los inhibidores
  de la transcriptasa inversa no nucleósidos.
Reguladores alostéricos de algunas enzimas
                                 INHIBIDORES            ACTIVADORES

Glucogeno fosforilasa             ATP, Glucosa            AMP

Fosfofructoquinasa                ATP, Citrato        AMP, ADP, Fru2,6BiP

Piruvato quinasa                  ATP                     ADP

Isocitrato deshidrogenasa         ATP                     ADP

α-cetoglutarato deshidrogenasa    ATP                     ADP

Fructosa 1,6 Bifosfatasa           AMP, Fru2,6BiP         ATP

Glucogeno sintasa                 AMP                     ATP, Glucosa 6-P

AcetilCoA Carboxilasa             AMP, PalmitoilCoA       ATP, Citrato
La glucógeno fosforilasa posee, un
 sistema de regulación alostérica que
    responde inmediatamente a las
condiciones celulares en las que existe
       una baja carga energética
                                                AMP
   La glucosa y el ATP inhiben la        ATP
glucógeno fosforilasa, desplazando
  su equilibrio alostérico hacia el
         estado tenso (T).

   El AMP activa nuevamente la
  enzima desplazando el equilibrio
    hacia el estado relajado (R)
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2 cineticaenzimatica

  • 2. CINÉTICA  Los experimentos de cinética examinan la relación que existe entre la cantidad de producto (P) Formado en la unidad de tiempo, Δ[P]/Δt (donde Δ es el símbolo universal de cambio), de acuerdo a las condiciones experimentales bajo las cuales se realiza la reacción.  La base de la mayoría de las determinaciones cinéticas es la observación de como la velocidad (v), de una reacción varía directamente con la concentración de cada una de las sustancias que actúan como reactivos para producir el producto.  Esta observación es expresada por medio de una ecuación de velocidad.  Por ejemplo, la ecuación de velocidad para la conversión, no enzimática, de un sustrato (S) a un producto por una reacción de isomerización sería:
  • 3. Constante de Velocidad • La ecuación anterior refleja el hecho de que la velocidad de la reacción depende de la concentración de sustrato [S] • El símbolo k es llamada constante de velocidad e indica la relación proporcional entre [S] y la cantidad de producto producido por unidad de tiempo, es decir indica la relación que existe entre la [S] y la velocidad de la reacción. • Cada reacción, bajo determinadas condiciones, presenta una constante de velocidad característica. • Las unidades en que se expresa la constante de velocidad (k) serán s-1
  • 4. Virtualmente todas las reacciones químicas, incluyendo las catalizadas por enzimas, se desarrollan contra una barrera energética que separa los reactivos de los productos.  Esta barrera, llamada Energía Libre de Activación, esta constituida por la diferencia entre la energía de los reactivos y un intermediario de alta-energía cuya formación es requerida para la transformación de reactivos a productos. Por ejemplo en la reacción: A ↔ T* → B  La conversión del reactivo A al producto B requiere suficiente energía para que el reactivo A adquiera una conformación intermedia de alta energía que precede a su conversión en producto y que se ha denominado Estado Activado o Estado de Transición T* Estado de Transición
  • 5. Energía Libre de Activación El punto máximo en esta figura expresa el valor de la Energía Libre de Activación, es decir, la diferencia en energía libre entre el(los) reactivo(s) y el estado de transición en donde se ha formado el intermediario de alta energía necesario durante la conversión de reactivos a productos. El alto valor de esta energía libre de transición, para la formación de este estado de alta energía, es lo que propicia que las reacciones químicas no catalizadas sean frecuentemente demasiado lentas.
  • 6. Velocidad de la Reacción  Para que puedan reaccionar, las moléculas deben contener suficiente energía para sobrepasar la barrera que impone el alcanzar el estado de transición.  En ausencia de un catalizador, en nuestro caso en ausencia de una enzima, la cantidad de moléculas en una población de reactivos que pueden poseer esta energía es muy pequeña y la capacidad de formar producto es igualmente demasiado pequeña.  Por lo tanto la velocidad de la reacción esta determinada por el número de moléculas con energía suficiente para alcanzar el estado de transición.  En general, mientras menor sea la energía de activación y más moléculas puedan alcanzarla, la velocidad de la reacción será mayor. De esto depende el enorme valor que tienen las enzimas en los sistemas biológicos.
  • 7. Las enzimas permiten que las reacciones se realicen a la velocidad adecuada dentro de las condiciones que prevalecen dentro de la célula, estableciendo una vía de reacción alternativa con una energía de activación bastante más pequeña que la requerida en la vía no catalizada de reacción.  Las enzimas no cambian las energías libres de los reactivos ni de los productos, ni tampoco cambian el punto de equilibrio de la reacción.  Las enzimas aceleran notablemente la velocidad con la cual dicho equilibrio de reacción será alcanzado.
  • 8. CINÉTICA • La cinética se refiere al estudio de la velocidad de cambio de reactivos a productos durante una reacción química • La velocidad se refiere al cambio en la concentración de reactivos o productos por unidad de tiempo • La tasa de cambio (rate) se refiere al cambio total en las concentraciones por unidad de tiempo • Velocidad inicial es el cambio en la concentración de reactivos o productos inmediatamente después de que la reacción se inicia, es decir cuando la reacción es lineal.
  • 9. La derivación de la primera ecuación de velocidad para una reacción catalizada por enzimas fue derivada en 1903 por Henri y se basó en los siguientes supuestos: E + S ES E + P 1. La enzima es un catalizador (propuesto por Berzelius en 1835-1837). 2. La enzima y el sustrato reaccionan rápidamente para formar un complejo enzima- sustrato (propuesto en 1902 por Brown) 3. Sólo 1 sustrato y un complejo enzima-sustrato están involucrados, y el complejo ES se rompe directamente para formar E libre y producto. 4. La enzima, el sustrato y el complejo enzima-sustrato están en equilibrio, esto es la velocidad a la cual ES se disocia a E + S es mucho más rápida que la velocidad a la cual ES se rompe para formar E + P. 5. La [S] es mucho mayor que la [E], de modo que la formación del complejo ES no altera la [S]. Los paréntesis cuadrados [] indican concentraciones. 6. La velocidad de la reacción está limitada por el rompimiento del complejo ES para formar E libre y P (etapa limitante). 7. La velocidad es medida durante tiempos muy cortos, de modo que la velocidad de la reacción reversa es insignificante
  • 10. Otras condiciones para la cinética de tipo Michaelis-Menten Para que la cinética enzimática responda a lo propuesto por Michaelis-Menten, algunas condiciones secundarias, pero importantes, deben ser mantenidas durante la reacción: La Temperatura, la fuerza iónica, el pH, y otras constantes físicas que puedan afectar la velocidad de la reacción deben permanecer constantes Cada molécula de enzima debe actuar en una molécula de sustrato en cada ocasión La enzima debe permanecer sin ninguna modificación, ni en su estructura, ni en su concentración, durante todo el tiempo que dure la determinación de la reacción.
  • 11.
  • 12.
  • 13. ECUACIÓN DE MICHAELIS-MENTEN  La ecuación de Michaelis-Menten describe como varía la velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas de acuerdo a la concentración de sustrato:  Para utilizar la ecuación de Michaelis-Menten deben asumirse diferentes cosas:  Las concentraciones relativas de E y S: La concentración de sustrato ([S]) es mucho mayor que la concentración de enzima ([E]), de manera que la proporción de sustrato fijo a la enzima es siempre relativamente pequeña.  La reacción esta en equilibrio: [ES] no cambia durante el tiempo (la reacción se asume en equilibrio de flujos), es decir, la velocidad de formación de ES es igual a la velocidad de su transformación en E + S y en E + P).  Velocidad Inicial: Deben usarse velocidades iniciales (vo). Esto significa que la velocidad de la reacción debe determinarse tan pronto como el sustrato y la enzima son mezclados. En dicho tiempo, la concentración de productos es despreciable y, por lo tanto, la reacción inversa de productos a sustratos puede ser ignorada.
  • 14.  Las enzimas aumentan las velocidades de las reacciones químicas sin ser alteradas en el proceso de conversión de reactivos a productos  Esta conducta define, precisamente, a un catalizador  Las enzimas aumentan las velocidades de reacción disminuyendo la cantidad de energía requerida para formar un complejo reactivo, activado, competente para formar productos  Esto ocurre por medio de la formación de un complejo entre la enzima y el sustrato (ES)
  • 15. La velocidad a la cual ocurre la reacción (1) es consecuencia de lo siguiente: El número posible de choques entre S y E, que es directamente proporcional al producto de sus concentraciones [S][E] El número de choques por un tiempo determinado capaces de producir reacción, el cual será proporcional al número de choques posibles Así pues, la velocidad de la reacción será proporcional a [S][E]: Velocidad1 (v1) = k1 [S][E] En donde k1 es la constante de velocidad
  • 16. La velocidad a la cual ocurre la inversa de la reacción (1) puede deducirse del siguiente modo: Una determinada cantidad de E liberará cierta cantidad de S durante el tiempo en que la reacción progresa La velocidad de la reacción inversa será entonces directamente proporcional a ES Velocidad2 (v2) = k2 [ES] En donde k2 es la constante de velocidad
  • 17. La velocidad a la cual ocurre la reacción (2) puede deducirse del siguiente modo: Una determinada cantidad de E1 producirá cierta cantidad de P durante un tiempo definido de la reacción La velocidad de producción de P será entonces directamente proporcional a [E1] Velocidad3 (v3) = k3 [ES] En donde k2 es la constante de velocidad
  • 18. Cinética de Michaelis-Menten (1) • Para explicar la relación observada entre la velocidad inicial (v0) y la concentración inicial de sustrato ([S]0) Michaelis y Menten propusieron que las reacciones catalizadas enzimáticamente ocurren en dos etapas: En la primera etapa se forma el complejo enzima-sustrato y en la segunda, el complejo enzima-sustrato da lugar a la formación del producto, liberando la enzima libre: En este esquema, k1, k2 y k3 son las constantes cinéticas individuales de cada proceso y también reciben el nombre de constantes microscópicas de velocidad. Según esto, podemos afirmar que: v1 = k1 [E] [S] v2 = k2 [ES] v3 = k3 [ES] Los paréntesis cuadrados [] indican concentraciones
  • 19. Se puede distinguir entre enzima libre (E) y enzima unido al sustrato (ES), de forma que la concentración total de enzima, [ET], (que es constante a lo largo de la reacción) es: [ET] = [E] + [ES] Como [E] = [ET] - [ES], resulta que: v1= k1[S] [ET] - k1 [S] [ES]  Este modelo cinético adopta la hipótesis del estado estacionario, según la cual la concentración del complejo enzima-sustrato es pequeña y constante a lo largo de la reacción. Por tanto, la velocidad de formación del complejo enzima-sustrato (v1) es igual a la de su disociación (v2+ v3): v1 = v 2 + v 3  Además, como [ES] es constante, la velocidad de formación de los productos es constante: v = v3 = k3 [ES] = constante.
  • 20. Cinética de Michaelis-Menten (3)  Como v1=v2+v3, podemos decir que: k1[S] [ET] - k1 [S] [ES] = k2 [ES] + k3 [ES]  Despejando [ES], queda que: En donde: Este enlace nos aporta una explicación sobre las razones que hacen de la KM un parámetro cinético importante. Por lo tanto, en el estado estacionario, la velocidad de formación del producto es:
  • 21. Cinética de Michaelis-Menten (4)  Para cualquier reacción enzimática, [ET], k3 y KM son constantes. Vamos a considerar dos casos extremos:  A concentraciones de sustrato pequeñas ([S] << KM) v = (k3 [ET]/KM) [S]. Como los términos entre paréntesis son constantes, pueden englobarse en una nueva constante, kobs, de forma que la expresión queda reducida a: v = kobs [S], con lo cual la reacción es un proceso cinético de primer orden.  A concentraciones de sustrato elevadas ([S] >> KM), v = k3 [ET]. La velocidad de reacción es independiente de la concentración del sustrato, y por tanto, la reacción es un proceso cinético de orden cero. Además, tanto k3 como [ET] son constantes, y nos permite definir un nuevo parámetro, la velocidad máxima de la reacción (Vmax): Vmax = k3 [ET], que es la velocidad que se alcanzaría cuando toda la enzima disponible se encuentra unida al sustrato.
  • 22. Cinética de Michaelis-Menten (5)  Si introducimos el parámetro Vmax = k3 [ET] en la ecuación general de la velocidad,  obtenemos la expresión más conocida de la ecuación de Michaelis-Menten:
  • 23.  A valores bajos de [S], la velocidad inicial, Vi, aumenta casi linealmente al aumentar [S].  Pero según [S] aumenta, el incremento en Vi disminuye (formando una hipérbola rectangular).  La asímptota de esta curva representa la velocidad máxima de la reacción, designada Vmax  La concentración de sustrato que produce una Vi que sea igual a la mitad de Vmax se designa como constante de Michaelis-Menten, Km (llamada así por los investigadores que desarrollaron este estudio de la cinética enzimática).
  • 24. La mayoría de las enzimas muestran cinética del tipo de Michaelis-Menten, en la cual la gráfica de la velocidad inicial (vo) contra la concentración de sustrato ([S]), es de tipo hiperbólico.
  • 25. Orden de Reacción Orden de Reacción: Se refiere al número de moléculas de reactivo que deben estar presentes para producir un producto. Un S unimolecular S → P es una reacción de primer orden. Un 2S bimolecular 2S → P es una reacción de segundo orden. Un bimolecular S1 + S2 → P es de segundo orden: de primer orden en S1 y de primer orden en S2. • El orden de la reacción esta dado por los exponentes de las concentraciones de reactivos en la ley de velocidad. – v = k[A]n • n=0, orden cero (no depende de [A] • n=1, primer orden • n=2, segundo orden – v = k[A]2[B] • Segundo orden en A, primer orden en B, reacción de tercer orden
  • 26. Significado de Km • Km es una constante • Km es una constante derivada a partir de constantes de velocidad: (k-1 + k2)/k1 • Km es, siendo verdaderas las condiciones supuestas ciertas por Michaelis-Menten, una estimación de la constante de disociacion del complejo ES para dar E + S, a partir de (k-1/k1) • Km pequeña significa ES en unión fuerte; • Km alta significa ES en unión débil
  • 27. CINÉTICA DE TIPO MICHAELIS-MENTEN  Características de Km: la constante de Michaelis es característica de cada enzima y su sustrato particular, y refleja la afinidad de la enzima por dicho sustrato.  La Km es numéricamente igual a la concentración de sustrato a la cual se alcanza la mitad de la velocidad máxima de la enzima, ½Vmax.  La Km no depende de la concentración de la enzima.  Una Km numéricamente pequeña, refleja una gran afinidad por el sustrato, ya que bajas concentraciones de sustrato son suficientes para saturar al 50% de la enzima – es decir, para alcanzar la mitad de la velocidad máxima, ½Vmax.  Una Km numéricamente grande, refleja una baja afinidad de la enzima por su sustrato, ya que son necesarias grandes concentraciones de sustrato para saturar el 50% de la enzima.
  • 28. • Vmax es una constante • Vmax es la velocidad máxima teórica de la reacción – pero, en realidad, nunca se alcanza • Para alcanzar la velocidad máxima se requiere que [S] >> [E] y que TODAS las moléculas de enzima estén unidas al sustrato. • Vmax se alcanza asintóticamente a medida que la concentración de sustrato aumenta
  • 29. Gráfica de Dobles Recíprocos o de Lineweaver-Burk  En la práctica la determinación de la constante de Michaelis-Menten (Km) y de la velocidad máxima a partir de una gráfica hiperbólica no nos proporciona un valor suficientemente preciso.  Por esta razón, Lineweaver y Burk decidieron cambiar la ecuación de Michaelis-Menten tomando los valores recíprocos de la V y la [S] generando una gráfica de dobles recíprocos.  Esto proporciona una gráfica lineal del recíproco de la velocidad contra el recíproco de la concentración de sustrato, que nos proporciona los valores exactos de la Km en el intercepto de la línea en el eje de las abscisas y el valor exacto de la velocidad máxima (Vmax) en el intercepto del eje de las ordenadas
  • 30. La Ecuación de Michaelis-Menten Puede ser simplemente transformada tomando los inversos de ambos miembros, lo cual nos proporcionará: Separando los componentes del numerador en el segundo miembro de esta ecuación, nos da: Que se simplifica fácilmente para dar finalmente:
  • 31.
  • 32. Ecuación de Dobles Recíprocos o de Lineweaver-Burk
  • 33.
  • 34. Otras transformaciones gráficas de la ecuación de Michaelis-Menten  Gráfico de Eadie-Hofstee v Los valores obtenidos son mas precisos, v=V −K max m [S] porque no incluye el error intrínseco en el uso de valores recíprocos Vmax Inclinação = =-Km pendiente v Vmax Km v [S]
  • 35.  Gráfico de Hanes-Woolf [S] K 1 = m + [S] v V V max max [S] v 1 Inclinação = pendiente Vmax Km Vmax -Km [S]
  • 36. Gráfico de Eisenthal/Cornish-Bowden No requiere de cálculos Vmax Vm v0(3) v0(2) v0(1) K KM m -[S]3 -[S]2 -[S]1
  • 37. Hay enzimas que no obedecen la ecuación de Michaelis- Menten.  Se dice que su cinética no es Michaeliana.  Esto ocurre con las llamadas enzimas alostéricas, cuya gráfica v contra [S] no es una hipérbola, sino una sigmoide (en forma de s)  En la cinética sigmoidea, pequeñas variaciones en la [S] en una zona crítica (cercana a la KM) se traduce en grandes variaciones en la velocidad de reacción.
  • 38. Efecto del pH  Las enzimas, al ser proteínas, poseen propiedades que son muy sensibles al pH.  De hecho, la mayoría de las proteínas sólo son activas en un estrecho intervalo de pH, típicamente entre 5 y 9.  Esto es el resultado de los efectos del pH sobre una combinación de factores:  (1) la fijación del sustrato a la enzima, frecuentemente utilizando enlaces electrostáticos que dependen de la ionización de los participantes.  (2) la actividad catalítica de la enzima, dependiente del estado de ionización de los aminoácidos importantes localizados en el sitio activo de la enzima, así como de su estructura terciaría y cuaternaria  (3) la ionización del sustrato y  (4) la variación de la estructura proteica misma (normalmente, sólo significativa a pH extremos).
  • 39. La actividad enzimática varía con el pH El pH óptimo es aquel al cual la enzima manifiesta su mayor actividad y frecuentemente refleja el pH al cual la enzima funciona dentro del organismo. El pH de mayor actividad varía para diferentes enzimas. Por ejemplo, la pepsina, una enzima digestiva del estómago, muestra su pH óptimo a pH <2, mientras que otras enzimas, diseñadas para funcionar a pH neutro, serían desnaturalizadas si se someten a condiciones tan drásticamente ácidas  Es necesario recalcar, sin embargo, que el término "pH óptimo" no tiene una significación físico-química bien definida. Es mejor, en general, referirse a un rango de pH favorable para una reacción dada. Este rango depende no sólo de la naturaleza de la enzima particular, sino también del substrato y de la concentración de éste, de la estabilidad de la enzima, de la temperatura y de la extensión del periodo de reacción.
  • 40. Los segmentos de la izquierda y de la derecha de la curva de campana obtenida, en donde la actividad enzimática es menor que en el pH óptimo, representan las curvas de titulación de los cadenas laterales de los residuos de aminoácidos que forman parte del sitio activo de la enzima. El punto de inflexión a pH 4.2 refleja el pKa del residuo 25, cisteína, y el de pH 8.2 el pKa de la His-159. La enzima sólo es activa cuando estos grupos se encuentran como un par iónico tiolato - imidazolium.
  • 41. Efecto del pH  Como ocurre con las proteínas, las enzimas poseen un punto isoeléctrico al cual su carga libre neta es cero. El pH del punto isoeléctrico, como regla, no es igual al pH al cual se observa actividad máxima.  El pH óptimo de las enzimas varia ampliamente; la pepsina, que existe en el medio ácido del estómago, tiene un pH óptimo de alrededor de 1,5, mientras que la arginasa tiene un pH óptimo de 9,7.  Sin embargo, la gran mayoría de las enzimas tienen un óptimo entre pH 4 y 8, muchas de ellas alrededor del pH fisiológico del organismo, ~7.3 - 7.4. Algunas enzimas muestran una amplia tolerancia a los cambios del pH, pero otras trabajan bien sólo en un rango estrecho.  Cualquier enzima que se someta a valores extremos de pH, se desnaturaliza. Esta sensibilidad de las enzimas a la alteración del pH es una de las razones por la que la regulación del pH del organismo es controlada celosamente y explica por qué las desviaciones de la normalidad pueden implicar graves consecuencias.
  • 42. pH Óptimo  Es necesario recalcar, sin embargo, que el término "pH óptimo" no tiene una significación físico-química bien definida. Es mejor, en general, referirse a un rango de pH favorable para una reacción dada. Este rango depende no sólo de la naturaleza de la enzima particular, sino también del substrato y de la concentración de éste, de la estabilidad de la enzima, de la temperatura y de la extensión del periodo de reacción.
  • 43. Efecto de la temperatura sobre las enzimas  Puesto que la estructura proteica es la que determina la actividad enzimática, cualquier causa que perturbe esta estructura puede llevar a una pérdida de actividad.  Aunque el rango general de temperaturas adecuadas para las reacciones enzimáticas es muy estrecho, los cambios ligeros suelen tener una considerable influencia.  Al aumentar la temperatura, la velocidad de reacción aumenta y, para casi todas las enzimas, un incremento de 10°C duplica e incluso triplica la velocidad de reacción.  Por otro lado, sin embargo, ese mismo aumento de temperatura acelera también la inactivación de la enzima por desnaturalización térmica. Para muchas enzimas la región de inactivación térmica está muy próxima de la temperatura óptima.  La velocidad de inactivación térmica depende también del pH, fuerza iónica y del estado físico de la enzima
  • 44.  Todas las reacciones químicas son afectadas por la temperatura. A mayor temperatura, mayor velocidad de reacción. La velocidad de reacción aumenta porque hay más moléculas con suficiente energía para llegar al estado de transición.  Las velocidades de las reacciones catalizadas por enzimas también aumentan con la temperatura . Pero, las enzimas son proteínas y se desnaturalizan a temperaturas altas  Cada enzima posee una temperatura óptima a la cual opera con mayor eficiencia  Puesto que las enzimas son proteínas, su temperatura óptima depende también del pH y de la fuerza iónica. Si la temperatura de operación se eleva más allá de la temperatura óptima, la actividad de muchas enzimas desciende bruscamente. Las temperaturas óptimas de muchas enzimas se encuentran cercanas a la temperatura normal del organismo de donde proceden. Por ejemplo, la temperatura óptima de la mayoría de las enzimas en el hombre es cercana a 37°C.
  • 45. Estabilidad Térmica  El aumento de temperatura acelera también la inactivación de la enzima por desnaturalización térmica.  Para muchas enzimas la región de inactivación térmica está muy próxima de la temperatura óptima.  La velocidad de inactivación térmica depende de la enzima, pero también del pH, fuerza iónica y del estado físico de la enzima
  • 46. Efecto de la Ionización  Las velocidades iniciales de muchas reacciones enzimáticas en función del pH muestran curvas en forma de campana. Estas curvas reflejan la ionización de ciertos restos de aminoácidos que han de encontrarse en un estado de ionización determinado a fin de que haya actividad enzimática.
  • 47. Inhibidor: Efector que hace disminuir la actividad enzimática, a través de interacciones con el centro activo u otros centros específicos (alostéricos). Esta definición excluye todos aquellos agentes que inactivan a la enzima a través de desnaturalización de la molécula enzimática De esta forma, habrá dos tipos de inhibidores: I. Isostéricos: ejercen su acción sobre el centro activo II. Alostéricos: ejercen su acción sobre otra parte de la molécula, causando un cambio conformacional con repercusión negativa en la actividad enzimática.
  • 48. Inhibidores Enzimáticos  Los inhibidores enzimáticos son moléculas que se unen a enzimas y disminuyen su actividad.  La unión de un inhibidor puede impedir la entrada del sustrato al sitio activo de la enzima y obstaculizar que la enzima catalice su reacción correspondiente.  La unión del inhibidor puede ser reversible o irreversible.  Normalmente, los inhibidores irreversibles reaccionan con la enzima de forma covalente y modifican su estructura química a nivel de residuos esenciales de los aminoácidos necesarios para la actividad enzimática.  En cambio, los inhibidores reversibles se unen a la enzima de forma no covalente, dando lugar a diferentes tipos de inhibiciones, dependiendo de la manera como el inhibidor se une a la enzima o al complejo enzima-sustrato.
  • 49. Inhibidores Enzimáticos  Los inhibidores enzimáticos usados dentro de la célula están implicados en la regulación del metabolismo.  Por ejemplo, las enzimas en una ruta metabólica pueden ser inhibidas por los productos resultantes de sus respectivas rutas. Este tipo de retroalimentación negativa retarda el flujo a través de la ruta cuando los productos comienzan a acumularse y es una manera importante de mantener la homeostasis en una célula.  Otros inhibidores enzimáticos celulares son proteínas que se unen específicamente e inhiben una enzima importante.  Este mecanismo puede ayudar a controlar enzimas que pueden ser dañinas para la célula, como las proteasas o nucleasas.  Un buen ejemplo es el inhibidor de la ribonucleasa, que se une a esta enzima en una de las interacciones proteína–proteína más fuertes conocidas.
  • 50. Inhibición Enzimática  Competitiva  El Inhibidor se fija en el sitio activo de la enzima. La inhibición es reversible puesto que altas concentraciones de sustrato compiten con el inhibidor. Depende de las afinidades relativas de la enzima por su sustrato y por el inhibidor. La Km aumenta, la Vmax permanece sin cambios  No-competitiva  El Inhibidor se fija en un sitio diferente al sitio activo de la enzima. El complejo ESI (Enzima-Sustrato-Inhibidor) no puede formar productos. Concentraciones altas de sustrato no son competidoras. La Km no se modifica, la Vmax disminuye  Un-competitiva o Anti-competitiva  El inhibidor es capaz de fijarse únicamente una vez que el complejo ES está ya formado y el cambio en la conformación de la enzima le proporciona un sitio para su fijación. Tanto la Km como la Vmax disminuyen
  • 51. Inhibición Competitiva S E ES E+P I Se define una constante de equilibrio de disociación del [E] [I] Ki = EI inhibidor: [EI] Características: - Las fijaciones de substrato e inhibidor son mutuamente exclusivas - A muy altas concentraciones de substrato desaparece la inhibición - Por lo general, el inhibidor competitivo es un análogo químico del substrato. - El inhibidor es tan específico como el substrato
  • 52. Por tanto, en la inhibición competitiva, 1. El efecto cinético del inhibidor es el aumento aparente de la Km que aparece multiplicada por el factor (1 + i/Ki) 2. La Vmax no aparece modificada; para concentraciones muy altas del substrato, v = Vmax, igual que en ausencia de inhibidor 3. Cuanto más pequeño sea el valor de Ki mayor será la potencia del inhibidor competitivo. 4. Las fijaciones de substrato e inhibidor son mutuamente exclusivas; 5. el complejo EI no es productivo
  • 53.
  • 54. S E ES E+P I I Inhibición S No Competitiva EI ESI El inhibidor no se fija en el sitio activo, y lo hace indistintamente a la enzima libre E y al complejo enzima-substrato ES; ni el complejo EI ni el complejo ESI son productivos
  • 55.
  • 56. S E ES E+P I Inhibición Anticompetitiva ESI El inhibidor sólo puede fijarse al complejo ES; el complejo ESI no es productivo
  • 57.
  • 58. Inhibición por Sustrato  La inhibición por sustrato y por producto es donde el sustrato o el producto de una reacción enzimática inhiben la actividad enzimática.  Este tipo de inhibición puede seguir cualquier tipo de patrón de inhibición y es frecuentemente de gran importancia en la regulación del metabolismo celular.  En la inhibición por sustrato hay una disminución progresiva de la actividad a altas concentraciones de sustrato. Esto puede indicar la existencia de dos sitios de unión entre sustrato y enzima. Cuando hay poco sustrato, se ocupa el sitio de alta afinidad y sigue la cinética normal. Sin embargo, a altas concentraciones, el segundo sitio de inhibición se ocupa, inhibiendo a la enzima.  La inhibición por parte del producto es a menudo una característica reguladora en el metabolismo y puede ser una forma de retroalimentación negativa.
  • 59. Aplicaciones de los inhibidores  Los inhibidores enzimáticos pueden ser encontrados en la naturaleza, pero también son diseñados y producidos como parte de la industria, la farmacología y la bioquímica.  En el ser humano, los inhibidores enzimáticos son utilizados principalmente como fármacos en el tratamiento de diversas enfermedades.  Los venenos naturales son a menudo inhibidores enzimáticos que han evolucionado para defender a una planta o animal contra sus depredadores. Estas toxinas naturales incluyen algunos de los compuestos más venenosos conocidos hasta hoy.  Los inhibidores artificiales son a menudo utilizados como insecticidas (como el Malathion), herbicidas (como el Glifosato) o desinfectantes, (como el Triclosán).
  • 60. Regulación Enzimática  La regulación enzimática depende profundamente de cada proceso, cada célula, cada momento del metabolismo, pero en general pueden precisarse algunos mecanismos generales de regulación  Por control de la expresión genética para obtener más o menos enzima activa  La enzima existe en una forma inactiva (zimógeno) que debe ser modificada, primariamente por hidrólisis  La enzima debe ser covalentemente modificada para aumentar o disminuir su actividad, la forma más común es por fosforilación o desfosforilación  Secuestración, la enzima no se encuentra en el sitio adecuado para desempeñar su función  Por regulación alostérica, tanto positiva como negativa.
  • 61. Enzimas Reguladas  En todos los organismos y, prácticamente, en todas las vías metabólicas, el control rápido – en la escala de segundos o menos – puede ser alcanzado mediante la modulación reversible de la actividad de determinadas enzimas, llamadas enzimas reguladas.  En este concepto, se pueden definir las enzimas reguladas, como aquellas cuya actividad puede ser modificada rápidamente por varios tipos de efectores, permitiendo que la célula se adapte a las exigencias cambiantes del metabolismo celular  En la mayoría de los casos estas enzimas reguladas ocupan pasos claves, o limitantes, en los senderos metabólicos.  El mecanismo más sencillo es que las enzimas reguladas cambien rápidamente en relación con la concentración de sus sustratos, o de los productos que su actividad origina, activación por sustrato, inhibición por producto.
  • 62. Alosterismo  El fenómeno conocido como alostería o alosterismo es el responsable del control reversible de la actividad de una gran variedad de las enzimas reguladas  Muchas enzimas reguladas experimentan transiciones alostéricas entre el estado (R) activo y el estado (T) inactivo.  Estas enzimas poseen un segundo sitio de fijación, alejado del sitio activo. Este segundo sitio es llamado sitio regulador, o sitio alostérico  Un activador o inhibidor alostérico, también llamado en general, efector alostérico, puede fijarse a este segundo sitio y producir un cambio conformacional en la enzima reguladora.  Este cambio conformacional es transmitido al sitio activo de la enzima y modifica su actividad.
  • 63. Cofactor Área de fijación del cofactor Efector Alostérico Positivo Sitio alostérico Negativo Efector Alostérico Negativo
  • 64. enzimas alostéricas  Las enzimas alostéricas son aquellas que, además del centro activo mediante el cual interactúan con el sustrato, poseen otro centro de unión llamado centro alostérico mediante el cual interactúan con otra molécula denominada efector o modulador (la palabra "alostérico" hace referencia a la existencia de ese "otro lugar").  La interacción del modulador con el centro alostérico es tan específica como lo es la interacción del sustrato con el centro activo y también está basada en la complementariedad estructural.  Las enzimas alostéricas presentan pesos moleculares en general superiores a las de otras enzimas y en la mayor parte de los casos son proteínas oligoméricas, es decir están formados por varias subunidades (normalmente en número par).
  • 65. Efecto Alostérico  De gran importancia en el fenómeno de la actividad enzimática es el hecho de que, en las enzimas, pueden existir dos (o cuando menos dos) sitios diferentes desde el punto de vista estéreo- específico y que, además, estén en lugares distintos, muy alejados uno de otro.  Uno de estos sitios es el centro activo, donde se fija el sustrato para dar origen a los productos de la reacción y por lo tanto donde reside el aspecto funcional de la proteína. El otro sitio se denomina sitio alostérico y en él puede acomodarse de manera complementaria - pero reversible - alguna sustancia llamada efector alostérico; al efectuarse esta unión se produce una alteración discreta de la estructura de la proteína, la transición alostérica, que modifica la actividad biológica de la proteína, porque altera las propiedades del sitio activo.  Es muy importante que el efector alostérico normal no tiene relación química o metabólica alguna con el sustrato de dicha enzima y que su acción tan específica se debe a que altera de tal modo la conformación de la proteína que modifica su centro activo.
  • 66. Moduladores Alostéricos  Los moduladores alostéricos pueden ser de dos tipos: unos estimulan la actividad de la enzima al unirse al centro alostérico, reciben el nombre de moduladores positivos o activadores; otros la inhiben y se llaman moduladores negativos o inhibidores.  Los inhibidores alostéricos no responden a ninguno de los modelos de inhibición enzimática estudiados en el apartado anterior.  Las enzimas alostéricas presentan siempre dos formas, una activa y otra inactiva, interconvertibles por efecto del modulador.
  • 67. Moduladores Alostéricos  Existen dos tipos de control alostérico: el control heterotrópico que se da cuando el modulador es una molécula diferente del sustrato, y el control homotrópico que se da cuando el modulador es el propio sustrato.  En ambos casos el modulador puede ser positivo o negativo. Las enzimas con control homotrópico poseen dos o más centros de unión para el sustrato; en ellos la interconversión entre las formas activa e inactiva depende de cuántos sean los centros de unión que estén ocupados por moléculas de sustrato.
  • 68. Enzimas Alostéricas  Una enzima alostérica es una enzima cuya actividad está regulada mediante un centro alostérico, que es un sitio, distinto del centro activo de la enzima, al que se une un regulador (llamado regulador alostérico) de manera reversible y no covalente. La unión de este regulador modifica la estructura tridimensional de la enzima y llega a afectar la configuración del sitio activo, por lo que aumenta o disminuye su actividad, según el caso.
  • 69. Alosterismo  El alosterismo es una de las principales formas de regulación en la célula debido a que puede producir cambios rápidos y fácilmente reversibles en la actividad de las enzimas (y, por lo tanto, en el metabolismo) sin depender de que el regulador tenga una estructura similar al sustrato de la enzima (lo que puede ayudar a coregular diferentes vías metabólicas).  Muchos fármacos actúan uniéndose al sitio alostérico de las enzimas, como los inhibidores de la transcriptasa inversa no nucleósidos.
  • 70. Reguladores alostéricos de algunas enzimas INHIBIDORES ACTIVADORES Glucogeno fosforilasa ATP, Glucosa AMP Fosfofructoquinasa ATP, Citrato AMP, ADP, Fru2,6BiP Piruvato quinasa ATP ADP Isocitrato deshidrogenasa ATP ADP α-cetoglutarato deshidrogenasa ATP ADP Fructosa 1,6 Bifosfatasa AMP, Fru2,6BiP ATP Glucogeno sintasa AMP ATP, Glucosa 6-P AcetilCoA Carboxilasa AMP, PalmitoilCoA ATP, Citrato
  • 71.
  • 72. La glucógeno fosforilasa posee, un sistema de regulación alostérica que responde inmediatamente a las condiciones celulares en las que existe una baja carga energética AMP  La glucosa y el ATP inhiben la ATP glucógeno fosforilasa, desplazando su equilibrio alostérico hacia el estado tenso (T). El AMP activa nuevamente la enzima desplazando el equilibrio hacia el estado relajado (R)