Esta presentción sobre proteómica tiene varios términos interesantes y válidos

1. Universidad de Puerto Rico en Cayey
Departamento de Biología
Proteomics
BIOL 4990
Dr. M. Rubin
Dr. E. Vázquez
Dr. H. Steidel
Ashley Z. Rodríguez González
Denisse Santiago Burgos
Valerie López
Arycelis

2. Clasificación de mycobacteriófagos
•
Más de 300 micobacteriófagos genomas han sido secuenciados. Utilizando las similitudes y
diferencias entre los genomas secuenciados y anotados, se ha organizado una clasificación
taxonómica mediante la asignación de mycobacteriófagos relacionados a grupos o subgrupos,
cada uno compuesto por dos genomas. En la actualidad , los mycobacteriófagos se asignan a
los grupos de la A a la O con algunos grandes grupos y a su vez en subgrupos. Además, hay
12 mycobacteriófagos Singleton no relacionandos con los genomas de cualquier grupo
mencionado previamente.
•
Otra manera de clasificación es que mycobacteriófagos del mismo grupo comparten
características similares, que algunos codifican para la proteína de la cubierta de virión. Estas
proteínas se dice que tienen pesos moleculares similares y se podrán distinguir los patrones
cuando se examinan mediante electroforesis usando el gel de poliacrilamida SDS. Esto
permitirá la asignación de grupos y clasificación de fagos.
•
También, se puede utilizar el patrón de comparación de bandas de proteínas, la cual es una
técnica sencilla que puede ser útil para clasificar mycobacteriófagos desconocidos e identificar
nuevos fagos para la determinación de la secuencia genómica.

3. Corroboración de los análisis genómicos
utilizando datos proteómicos
•
La proteómica es un potente complemento a la genómica. Huellas de péptidos o mapas de
péptidos se pueden utilizar para identificar las proteínas de micobacteriófagos a partir
de datos de espectroscopia de masas y luego se usa para corroborar genomas anotados
anteriormente e identificar nuevas proteínas con proteínas de la base de datos y
herramientas bioinformáticas.
•
La anotación completa de un genoma micobacteriófago específica las características que
este contiene, tales como marcos de lectura abierta transcritas al RNA y traducidas en
proteínas, regiones reguladoras, secuencias de integración lisogénicas y otras funciones
genómicas. Genes de micobacteriófagos que codifican proteínas pueden ser
conceptualmente traducidos por lotes para preparar una biblioteca de proteína del fago,
que contiene todas las secuencias de aminoácidos virales. Esta base de datos de secuencia
de aminoácidos pueden ser buscadas fácilmente. Las secuencias de aminoácidos
derivadas de espectroscopía de masas se pueden utilizar como consulta para buscar en la
biblioteca de proteína de un micobacteriófago en específico.
•
Los resultados preliminares apoyan el uso de la identificación de proteínas para
clasificar nuevos micobacteriófagos sin genomas secuenciados y para confirmar y
ampliar la anotación de micobacteriófagos con genomas secuenciado.

4. Resultados del control de la proteína proteómica del
experimento de identificación y corroboración genómica
•
Proteínas de la cubierta viriones se purificaron del mycobacteriófago Cuco, aislado
de Gurabo, Puerto Rico. Las proteínas se resolvieron mediante electroforesis en gel
de poliacrilamida junto con marcadores de peso molecular de proteínas. Cinco
bandas de proteínas fueron cuidadosamente extirpados y se digirieron
individualmente con la enzima tripsina, que escinde la proteína entre las secuencias
de aminoácidos específicos. Los péptidos resultantes se sometieron a
espectroscopía de masas y se identificaron secuencias de péptido. Las secuencias
de péptidos resultantes se utilizaron como una consulta para buscar una base de
datos de genes de mycobacteriófagos conceptualmente traducidas. Las dos bandas
de alto peso molecular de Cuco de aproximadamente 180 kD y 210 kD se
encontraron para ser codificada por Cuco producto del gen 13 (Cuco_gp13) que se
predice que sea 33.5 kD. Se postula que la proteína codificada por Cuco_gp13 se
une covalentemente a grandes complejos que comprenden la capa de virión de
este mycobacteriófago. El gen de Cuco 13 es un Miembro del
mycobacteriófago Phamily Pham 7 con 72 diputados. La anotación de este gen
como un posible multimérica proteína de la cubierta del virión en Cuco se puede
extender al otro miembro de esta familia de proteínas.

5. Marker Blue Plus
Lorenzoveg
Kratio
Guaili
Grandrian
Fenixious
Exelacottum
Ceibuss
Aloaparom
Kaleidoscope Marker
Marker Blue Plus
FinAlly
Epeneto
Cuco
Conquistador
Carmina
Buter
Bloo
Kaleidoscope Marker
Mycobacteriophage Virion Coat
Protein Gels

6. Mycobacteriophage Cuco SDS-PAGE
For Protein Identification
Cuco_210kD 
Cuco_180kD 
1
2
Cuco_100kD 
3
Cuco_60kD 
4
Cuco_35kD 
7
5
11
12
13 17
14
8
18
15
Cuco
Epeneto
NovaAndreas Yolanda

7. Proteomics
Genomics
Cuco_gp13
Cuco_210kD 1
Cuco_180kD 2
Cuco_100kD 3
Cuco_60kD 4
Cuco_35kD  5
MATPDLVATTEDFKAFLTPEQ
SKDYFAKAEKTSIVQKLATKI
PMGPTGITIPYWNGAVTAEWV
GEGEMKPLTKGSFAKKDLTPV
KIAVIFAESAEVVRLNPLQYL
ETMKTKIAEAFALKFDAAAIH
GIDKPTAFKGYLTETSQSVSL
NPSAYDAVGVTGLATLVDGGK
KWTGTLLDDVAEPILNGAKDL
NGRPLFVESLYDNVVNPIREG
RILGRPTYINDHVVSAGAPGS
RVVGVMGDFSQVVWGQIGGIS
VDVSQETVLNFGTPEAPNFIS
LWQHNMLAVRIEAEYAFMVND

8. Mycobacteriophage Cuco Proteomics
Query
2
4
5
6
9
10
Observed
1020.55
1403.80
1644.85
1701.92
2005.97
2180.18
Mr(expt)
1019.54
1402.80
1643.85
1700.91
2004.96
2179.17
Mr(calc)
1019.53
1402.78
1643.82
1700.89
2004.95
2179.15
Peptide
K.AFLTPEQSK.D
K.IAVIFAESAEVVR.L
K.AFLTPEQSKDYFAK.A
K.FDAAAIHGIDKPTAFK.G
R.IEAEYAFMVNDKDAFVK.I
R.ILGRPTYINDHVVSAGAPGSR.V
>Cuco_gp13
MATPDLVATTEDFKAFLTPEQSKDYFAKAEK
TSIVQKLATKIPMGPTGITIPYWNGAVTAEW
VGEGEMKPLTKGSFAKKDLTPVKIAVIFAES
AEVVRLNPLQYLETMKTKIAEAFALKFDAAA
IHGIDKPTAFKGYLTETSQSVSLNPSAYDAV
GVTGLATLVDGGKKWTGTLLDDVAEPILNGA
KDLNGRPLFVESLYDNVVNPIREGRILGRPT
YINDHVVSAGAPGSRVVGVMGDFSQVVWGQI
GGISVDVSQETVLNFGTPEAPNFISLWQHNM
LAVRIEAEYAFMVNDKDAFVKITDAPAEEED
Cuco_210kD and Cuco_180kD = Cuco_gp13 (33.5 kD)