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SEMINARIO BIOLOGIA
               MOLECULAR
           Characterization of a Vancomycin-
resistant Enterococcus faecium Outbreak Caused by 2
Genetically Different Clones at a Neonatal Intensive Care
                          Unit .

                                 LAURA ARANGO BEDOYA
                                    LAURA BERMEO
                                   TERCER SEMESTRE
                                       MEDICINA
                                         UPB
                                         2012
INTRODUCTION.


ENTEROCOCCUS:

Enterococcus are facultative anaerobic organisms and Gram positives.

They are organized in chains or pairs.

Catalase  –

Subdivided into groups by antibodies that recognize surface antigens.

The most important groups  are A, B, and D

The hemolysis reaction is important for the classification.
INTRODUCTION.
 

    GENDER FAECIUM:

    It  can  be  commensal  (innocuous)  in 
    the human intestine.

    It  may  also  be  pathogenic,  causing 
    diseases such as: 

    • neonatal meningitis.
    •urinary tract infection
    •bacteremia 
    •endocarditis 
    •diverticulitis
INTRODUCTION.
       VANCOMYCIN


Vancomycin  is  used  to  treat  colitis  (inflammation  of 
the intestine).

Is  in  a  class  of  medications  called  glycopeptide 
antibiotics

It works by killling bacteria in the intestines. (will not 
function in any other part of the)

.
INTRODUCTION.
                  Vancomycin-resistant Enterococcus

Vancomycin-sensitive  enterococci  typically  obtain  new  DNA  in  the  form  of 
plasmids or transposons which encode genes that confer vancomycin resistance. 

High-level vancomycin-resistant E. faecalis and E. faecium 

Six different types of vancomycin resistance are shown by enterococcus : Van-A, 
Van-B, Van-C, Van-D, Van-E and Van-F. Of these, only Van-A, Van-B and Van-C 
have been seen in general clinical practice.

The mechanism of resistance to vancomycin found in enterococcus involves the 
alteration  to  the  terminal  amino  acid  residues  of  the  NAM/NAG-peptide  subunits, 
under normal conditions, D-alanyl-D-alanine, to which vancomycin binds. 

This loss of just one point of interaction results in a 1000-fold decrease in affinity
GENERAL OBJETIVE

 The main aim of the study was determined from two cases,  the ways 
  in which the streptococcus can become resistant to vancomycin, the 
risk factors to suffer the infection, the main causes of transmission and 
               measures for controlling the spread of VRE.
MATERIALES Y METODOS
                        DATOS GENERALES

Este  estudio  se  llevó  a  cabo  en  un  hospital  universitario  de  1.000 
camas 

La sala NICU tiene 2 habitaciones con 26 camas.

Compuesto por un pediatra, 5 residentes y 29 enfermeras que prestan 
atención a los pacientes críticamente enfermos de edad inferior o igual a 
6 meses.

Todos  los  trabajadores  de  la  salud  práctican  las  precauciones 
estándar.

 En julio  de  2010,  VRE  fue aislado  de  una  muestra  de esputo de un 
recién nacido prematuro (caso índice 1). Posteriormente, el ERV se aisló 
de un cultivo de orina de otro neonato (caso índice 2).
CASE 1
Un bebé de 780 g (primero en nacer  de una pareja de gemelos).

Parto normal vaginal espontáneo (NSVD), madre de 21 años de 
edad, semana 25  de gestación.

Puntuaciones  de  Apgar  fueron  de  2  y  3  a  los  1  y  5  minutos, 
respectivamente.

Recibió  tratamiento  con  surfactante  (complicaciones  de  la 
prematuridad):

•  Dificultad  respiratoria  que  requería  ventilación  mecánica  y  la 
oxigenoterapia  (ampicilina-sulbactam ).

El  día  5  en  la  UCIN,  íleon  mostraba  signos  enterocolitis 
necrotizante (NEC).  (rayos x)

En el día 8, se sometió a una resección del intestino delgado.
CASE 1
Día 15, desarrolló hemorragia pulmonar y hemorragia intraventricular.

En el dia 31: esputo (VRE +).
 (Ampicillina-sulbactam  ceftriaxona y linezolid. )

En  el  dia  36:    en  el  cultivo  de  esputo  se  detuvo  el  crecimiento  de  VRE  : 
VRE + muestras de  rectales.

 En el dia 77:  Empieza entrenamiento alimienticio 
•Se observa regurgitación
•Pequeña reseccion del intestino.

En el dia 135::
• Estudio por imagenes muestra que NEC empeoro.
• Acidosis metabolica y neumonia. 

En el dia 142: muere (fallo multisistemico y sepsis).
CASE 2
     .
2300 gr.

 G1P0 de 27 años de edad, a las 36 semanas de gestación 
por NSVD..

  La   Puntuación  de  Apgar  fue  8  y  9  a  1  y  5  minutos, 
respectivamente. . 

Su  condicion  de  salud  durante  la  primera  semana  no  tuvo 
complicaciones

En  el  7  º  día:  letargo,  ingesta  oral  deficiente  (meningitis 
aséptica,  coagulación  intravascular  diseminada,  e  ictericia 
neonatal) 

Fue admitido en la UCIN: vancomicina y ceftriaxona (7 días).

En el dia 6(interno): bradicardia  y aumento de los niveles de 
las enzimas cardiacas= 19% (miocarditis)
CASE 2
Dia18
 Dia 23
                           Muestras de orina y rectales    (VRE +)
La  paciente  recibió  inicialmente             vancomicina         y 
ceftriaxona ampicillina-sulbactam. 

Los  hemocultivos  y  cultivos  de  orina  fueron  negativos 
después  de  1  semana  de  tratamiento  y  durante  1  semana 
después de la interrupción

Condición  clínica  del  paciente  mejoró,  y  no  se  observaron 
complicaciones. 

 Dia 28:  El paciente fue dado de alta, y la ecocardiografía a 
los 2 meses reveló una fracción de eyección normal (61%).
MATERIALES Y METODO
INTERVENCIÓN.

 Equipo especial  creado para coordinar la gestión de la crisis. 

 Vigilancia  activa  de  las  muestras  de    los  26  pacientes  de  NICU,  42 
 trabajadores de la salud y sus entornos. 

 Todos  los  pacientes  que  fueron  identificados  con  VRE  se  pusieron  en 
 cohortes estrictas. 

  Medidas  de  control  de  infecciones  reforzadas  y  áreas  de  los  pacientes  se 
 limpiaron a fondo. 

 La  selección  se  repite  cada  semana  hasta  que  se  presenten  pacientes   
 VRE+.
MATERIALES Y METODO
•   PCR: Reacción en cadena de la polimerasa

 Objetivo:  obtener un gran número de copias de un fragmento 
  de ADN particular, partiendo de un mínimo. (ampliar)

   Utilidad: amplificación resulta mucho más fácil identificar : 
•   virus
•   Bacterias                                                                     Termociclador
•   cadáveres
•   Hacer investigación científica sobre el ADN amplificado.

 Fundamento:  la propiedad natural de los ADN polimerasas para replicar 
  hebras de ADN:

•   Ciclos de altas y bajas temperaturas alternadas para separar las hebras 
    de ADN recién formadas entre sí tras cada fase de replicación.

•   Dejar que vuelvan a unirse las polimerasas para que vuelvan a duplicarlas. 
MATERIALES Y METODO
  2. PFGE
  Electroforesis en gel de campo pulsado.
Separación  de  las  moléculas  de  ADN  la  aplicación 
de un campo         eléctrico que cambia  periódicamente la 
dirección de una matriz de gel.

 UTILIDAD:
• huella genética.
• Estudios epidemiológicos de los organismos patógenos.
•Vincular el medioambiente o alimentos con infecciones clínicas

FUNDAMENTO:  
•Los  trozos  más  grandes de  ADN  serán  más  lentos para    alinear 
su  carga cuando  la  dirección  del campo    cambia,  mientras 
que piezas más pequeñas serán más rápidas. 
•En  el  transcurso del  tiempo con el  cambio constante 
de direcciones, cada  banda se empieza  a  separar más  y  más . 
MATERIALES Y METODO
3. MLST

          Multilocus sequence typing

          Es una técnica  para la tipificación de múltiples loci.

          El  procedimiento   caracteriza aislamientos  de especies 
          bacterianas usando las secuencias       de      ADN     de 
          fragmentos internos de múltiples genes de limpieza

          FUNDAMENTO:    amplificación  de  PCR  seguida  de la 
          secuenciación del ADN . 
Results
Pulsed-field gel electrophoresis
   of vancomycin-resistant
Discussion
Discussion
Personal conclusions
Laura arango
Laura Bermeo

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  • 1. SEMINARIO BIOLOGIA MOLECULAR Characterization of a Vancomycin- resistant Enterococcus faecium Outbreak Caused by 2 Genetically Different Clones at a Neonatal Intensive Care Unit . LAURA ARANGO BEDOYA LAURA BERMEO TERCER SEMESTRE MEDICINA UPB 2012
  • 3. INTRODUCTION.   GENDER FAECIUM: It  can  be  commensal  (innocuous)  in  the human intestine. It  may  also  be  pathogenic,  causing  diseases such as:  • neonatal meningitis. •urinary tract infection •bacteremia  •endocarditis  •diverticulitis
  • 4. INTRODUCTION. VANCOMYCIN Vancomycin  is  used  to  treat  colitis  (inflammation  of  the intestine). Is  in  a  class  of  medications  called  glycopeptide  antibiotics It works by killling bacteria in the intestines. (will not  function in any other part of the) .
  • 5. INTRODUCTION. Vancomycin-resistant Enterococcus Vancomycin-sensitive  enterococci  typically  obtain  new  DNA  in  the  form  of  plasmids or transposons which encode genes that confer vancomycin resistance.  High-level vancomycin-resistant E. faecalis and E. faecium  Six different types of vancomycin resistance are shown by enterococcus : Van-A,  Van-B, Van-C, Van-D, Van-E and Van-F. Of these, only Van-A, Van-B and Van-C  have been seen in general clinical practice. The mechanism of resistance to vancomycin found in enterococcus involves the  alteration  to  the  terminal  amino  acid  residues  of  the  NAM/NAG-peptide  subunits,  under normal conditions, D-alanyl-D-alanine, to which vancomycin binds.  This loss of just one point of interaction results in a 1000-fold decrease in affinity
  • 6. GENERAL OBJETIVE  The main aim of the study was determined from two cases,  the ways  in which the streptococcus can become resistant to vancomycin, the  risk factors to suffer the infection, the main causes of transmission and  measures for controlling the spread of VRE.
  • 7. MATERIALES Y METODOS DATOS GENERALES Este  estudio  se  llevó  a  cabo  en  un  hospital  universitario  de  1.000  camas  La sala NICU tiene 2 habitaciones con 26 camas. Compuesto por un pediatra, 5 residentes y 29 enfermeras que prestan  atención a los pacientes críticamente enfermos de edad inferior o igual a  6 meses. Todos  los  trabajadores  de  la  salud  práctican  las  precauciones  estándar.  En julio  de  2010,  VRE  fue aislado  de  una  muestra  de esputo de un  recién nacido prematuro (caso índice 1). Posteriormente, el ERV se aisló  de un cultivo de orina de otro neonato (caso índice 2).
  • 8.
  • 9. CASE 1 Un bebé de 780 g (primero en nacer  de una pareja de gemelos). Parto normal vaginal espontáneo (NSVD), madre de 21 años de  edad, semana 25  de gestación. Puntuaciones  de  Apgar  fueron  de  2  y  3  a  los  1  y  5  minutos,  respectivamente. Recibió  tratamiento  con  surfactante  (complicaciones  de  la  prematuridad): •  Dificultad  respiratoria  que  requería  ventilación  mecánica  y  la  oxigenoterapia  (ampicilina-sulbactam ). El  día  5  en  la  UCIN,  íleon  mostraba  signos  enterocolitis  necrotizante (NEC).  (rayos x) En el día 8, se sometió a una resección del intestino delgado.
  • 10. CASE 1 Día 15, desarrolló hemorragia pulmonar y hemorragia intraventricular. En el dia 31: esputo (VRE +).  (Ampicillina-sulbactam  ceftriaxona y linezolid. ) En  el  dia  36:    en  el  cultivo  de  esputo  se  detuvo  el  crecimiento  de  VRE  :  VRE + muestras de  rectales.  En el dia 77:  Empieza entrenamiento alimienticio  •Se observa regurgitación •Pequeña reseccion del intestino. En el dia 135:: • Estudio por imagenes muestra que NEC empeoro. • Acidosis metabolica y neumonia.  En el dia 142: muere (fallo multisistemico y sepsis).
  • 11. CASE 2 . 2300 gr.  G1P0 de 27 años de edad, a las 36 semanas de gestación  por NSVD..   La   Puntuación  de  Apgar  fue  8  y  9  a  1  y  5  minutos,  respectivamente. .  Su  condicion  de  salud  durante  la  primera  semana  no  tuvo  complicaciones En  el  7  º  día:  letargo,  ingesta  oral  deficiente  (meningitis  aséptica,  coagulación  intravascular  diseminada,  e  ictericia  neonatal)  Fue admitido en la UCIN: vancomicina y ceftriaxona (7 días). En el dia 6(interno): bradicardia  y aumento de los niveles de  las enzimas cardiacas= 19% (miocarditis)
  • 12. CASE 2 Dia18  Dia 23 Muestras de orina y rectales    (VRE +) La  paciente  recibió  inicialmente  vancomicina  y  ceftriaxona ampicillina-sulbactam.  Los  hemocultivos  y  cultivos  de  orina  fueron  negativos  después  de  1  semana  de  tratamiento  y  durante  1  semana  después de la interrupción Condición  clínica  del  paciente  mejoró,  y  no  se  observaron  complicaciones.   Dia 28:  El paciente fue dado de alta, y la ecocardiografía a  los 2 meses reveló una fracción de eyección normal (61%).
  • 13. MATERIALES Y METODO INTERVENCIÓN. Equipo especial  creado para coordinar la gestión de la crisis.  Vigilancia  activa  de  las  muestras  de    los  26  pacientes  de  NICU,  42  trabajadores de la salud y sus entornos.  Todos  los  pacientes  que  fueron  identificados  con  VRE  se  pusieron  en  cohortes estrictas.   Medidas  de  control  de  infecciones  reforzadas  y  áreas  de  los  pacientes  se  limpiaron a fondo.  La  selección  se  repite  cada  semana  hasta  que  se  presenten  pacientes    VRE+.
  • 14. MATERIALES Y METODO • PCR: Reacción en cadena de la polimerasa  Objetivo:  obtener un gran número de copias de un fragmento  de ADN particular, partiendo de un mínimo. (ampliar)  Utilidad: amplificación resulta mucho más fácil identificar :  • virus • Bacterias Termociclador • cadáveres • Hacer investigación científica sobre el ADN amplificado.  Fundamento:  la propiedad natural de los ADN polimerasas para replicar  hebras de ADN: • Ciclos de altas y bajas temperaturas alternadas para separar las hebras  de ADN recién formadas entre sí tras cada fase de replicación. • Dejar que vuelvan a unirse las polimerasas para que vuelvan a duplicarlas. 
  • 15. MATERIALES Y METODO 2. PFGE Electroforesis en gel de campo pulsado. Separación  de  las  moléculas  de  ADN  la  aplicación  de un campo  eléctrico que cambia  periódicamente la  dirección de una matriz de gel.  UTILIDAD: • huella genética. • Estudios epidemiológicos de los organismos patógenos. •Vincular el medioambiente o alimentos con infecciones clínicas FUNDAMENTO:   •Los  trozos  más  grandes de  ADN  serán  más  lentos para    alinear  su  carga cuando  la  dirección  del campo    cambia,  mientras  que piezas más pequeñas serán más rápidas.  •En  el  transcurso del  tiempo con el  cambio constante  de direcciones, cada  banda se empieza  a  separar más  y  más . 
  • 16. MATERIALES Y METODO 3. MLST Multilocus sequence typing Es una técnica  para la tipificación de múltiples loci. El  procedimiento   caracteriza aislamientos  de especies  bacterianas usando las secuencias  de  ADN  de  fragmentos internos de múltiples genes de limpieza FUNDAMENTO:    amplificación  de  PCR  seguida  de la  secuenciación del ADN . 
  • 18. Pulsed-field gel electrophoresis of vancomycin-resistant
  • 22.