A lo largo de la historia se han propuesto diferentes sistemas de clasificación para los microorganismos. Inicialmente se dividían en dos reinos, plantae y animalia. Luego se propuso el reino Protista. Más adelante, con el descubrimiento de las diferencias entre células procariotas y eucariotas, los microorganismos se clasificaron en estos dos grupos. Finalmente, en 1969 Whittaker propuso la clasificación en cinco reinos que aún se usa y reconoce las relaciones evolutivas, dividiendo los organismos