Los microorganismos eucariotas incluyen protozoos, algas y hongos microscópicos. Los protozoos son unicelulares y heterótrofos, y se clasifican en grupos como rizópodos, ciliados y flagelados. Las algas son autótrofas fotosintéticas y unicelulares o pluricelulares, clasificándose en grupos como diatomeas, clorofitas y dinoflagelados. Los mixomicetos son similares a las amebas y los hongos.