La Institución Educativa Villa Santana establece directrices de inclusión para estudiantes con discapacidad y/o capacidades diferentes, garantizando su permanencia y desarrollo educativo en cumplimiento con la legislación nacional. Se realizan adaptaciones curriculares y pedagógicas, así como seguimiento por parte de un equipo interdisciplinario, para asegurar que los estudiantes alcancen logros académicos y sociales. Además, se atiende a las necesidades de poblaciones vulnerables y se regula el proceso de desescolarización bajo ciertas condiciones.