La flora intestinal está compuesta de bacterias como lactobacilos y bifidobacterias que ayudan a defender el intestino de infecciones, mejorar la digestión y formar nutrientes. La diarrea puede afectar la flora intestinal. Para tratar la diarrea se recomienda la hidratación, una dieta adecuada y prebióticos. Las causas más comunes de diarrea crónica incluyen reacciones a alimentos, celiaquía y síndrome pos enteritis.