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taxonomia bacteriana
- 1. Objetivo obtener la muestra adecuada Conocer características del huésped Medio Ambiente Objetivo Bacteriología Médica = Dx específico Conocer características del agente Materias relacionadas c/ BM
- 2. Clasificar = ordenar por clases Taxonomía Identificar = determinar un Nombre genero o especie Caracterizar = determinar con precisión Nomenclatura = asignación de nombres
- 3. Taxonomía o sistemática = ciencia que se encarga de la clasificación, nomenclatura e identificación de los seres vivos Clasificación = delinear grupos o taxones de organismos relacionados sin importar el nivel jerárquico Subespecie Especie Género Familia Orden
- 4. Identificación = procedimiento para reconocer a un mo a nivel de especie Comparar las características fenotípicas de una cepa con las publicadas en familias, géneros y especies Actualmente: complementan los métodos moleculares
- 5. 1ras. Clasificaciones bacterianas 50 – 200 características Bioquímicas Morfológicas Cultivo Sensibilidad o resistencia a antimicrobianos, etc Taxonomía numérica, fenética o fenotípica
- 6. Taxonomía 1875 Ferdinand Cohn basada en morfología bacteriana 1900 Migula Características fisiológicas 1899 Sociedad de Bacteriólogos Americanos Chester
- 7. Taxonomía 1901 1ra. Bacteriología Determinativa USA 1923 Comité de Bacteriólogos David Hendricks Bergey 1er. Manual de Bacteriología Determinativa USA 1937 murió Bergey Comité de Breed, Murray y Smith 5 ediciones más 1974 Séptima edición sistema adansoniano
- 8. HOLT JG, NR Krieg, PHA Sneath, JT Staley & ST Williams. 1994. Bergey´s Manual of Determinative Bacteriology. Ninth edition. Williams & Wilkins, Baltimore USA. Compilación de la información fenotípica de los 4 vols. de Bacteriología Sistemática Explicación del libro Esquemas de identificación Uso del Manual Características de los Procariotes B Gram + c/PC B Gram – c/PC B s/ PC Archaeobacterias
- 9. 1984 1er. Manual Bergey de Bacteriología Sistemática 4 volúmenes 2da. Edición Bergey´s Manual of Systematic Bacteriology cambios importantes Bergey´s Manual of Systematic Bacteriology
- 10. MURRAY RGE. 1984. The Higher Taxa, or, A place for Everything…?. In Krieg NR & Holt JG. (eds.). Bergey´s Manual of systematic bacteriology. Vol. 1. The Williams & Wilkins Co. Baltimore. Bacterias Gram – 11 primeras secciones MURRAY RGE. 1986. The Higher Taxa, or, a A place for Everything…?. In Krieg NR & Holt JG. (eds.). Bergey´s Manual of systematic bacteriology. Vol. 2. The Williams & Wilkins Co. Baltimore. Gram + y ácido resistentes Secciones 12 - 17 1986 James T. Stanley Vol. 3 Secciones 18 - 25 Muchas bacterias no de interés médico Archaeobacterias 1989 James T. Stanley Vol. 4 Secciones 26 - 33 Actinomyces Bacterias patógenas y muchas oportunistas
- 11. 2da. Edición Bergey´s Manual of Systematic Bacteriology 1 volumen GARRITY GM & JG HOLT. 2001. The road map to the manual. In: BOONE DR, CASTENHOLZ RW & GM GARRITY (Eds). Bergey´s Manual of systematic bacteriology, 2th. Ed. Vol. 1. Springer-Verlag, New York.
- 12. Bergey´s Manual of Systematic Bacteriology Forma Movilidad Requerimientos nutricionales Tamaño Cápsula Utilización sustratos Tinción Morfología colonial Determinantes antigénicos Patrón de flagelos Cromatografía de ácidos grasos Composición de peptidoglicana Espacios intergénicos del rDNA Mejores técnicas moleculares Taxonomía filogenética Tamaño del genoma Contenido de G + C Reasociación del DNA óptima y subóptima Estabilidad térmica de secuencias relacionadas de DNA
- 13. Familia Género Grupo Manual de Cowan y Steel Pruebas bioquímicas sencillas y rápidasGram + 10 pruebas Gram – 8 pruebas Clasificación e identificación de bacterias de importancia médica
- 14. Abreviaturas para Tabla de Cowan y Steel Gram + + = el crecimiento de los anaerobios se inhibe x el metronidazol S = coco a = también Stomatococcus R = bacilo b = también Leuconostoc W = reacción débil c = también Actinomyces odontolyticus D = reacciones diferentes en distintas especies del género d = excepciones Cl. hystoliticum; Cl. tertium; Cl. cannis d = reacciones diferentes en distintas cepas e = también Actinomadura ? = no se conoce NT = no realizado F = fermentación; O = oxidación CHOs = carbohidratos Abreviaturas para Tabla de Cowan y Steel Gram - S = coco R = bacilo H = helicoidal F= Enterobacterias:, Citrobacter, Edwarsiella, Enterobacter, Erwinia, Escherichia, Hafnia, Klebsiella, Morganella, Proteus, Providencia, Salmonella, Serratia, Shigella, Yersinia y otras * = Crecimiento pobre en aerobiosis. Crecen mejor en capnofilia( CO2) g = también Shigella dysenteriae 1 a = Tambien Leptotrichia buccalis NT = no realizado con métodos usuales b = también Acidaminococcus y Megasphera ? = no se conoce c = también Ochrobactrum v. m. = vía metabólica d = también Weeksella. No usa CHOs = carbohidratos D = reacciones diferentes en distintas especies del género d = Reacciones diferentes en distintas cepas e = también Chryseomonas y Flavimonas F = fermentación O = oxidación W = reacción débil
- 15. Tipo Linneo = Género + especie en itálicas ambos Reglas = The International Code of Nomenclature of Bacteria Publicación de nuevas especies = International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB) Bacterias no cultivables = nomenclatura provisional
- 20. Laboratorio de Bacteriología Médica Manual de Prácticas de Bacteriología Médica Academia BM Bacteriología Médica 3ra. Edición, 2005 GLF y cols. Libro de Bacteriología Médica Diagnóstica Academia BM Manual para la Identificación de Anaerobios EGCR Chlamydia trachomatis JTHM
- 29. Prescott 2001 GCE REINO CLASE ORDEN (ALES) FAMILIAS ( ACEA) GENERO ESPECIE TAXAS
- 32. FENOTIPICOS Caracterización de los productos que se obtienen de la expresión genética. GENOTIPICOS Análisis del contenido A) DNA total B) DNA Parcial extracromosomal. Brenne 2002 GCE
- 33. GCE Pruebas Fenotípicas CASTRO-ESCARPULLI 1998; AGUILERAA.G 2000
- 34. Nombre preferido Sinónimo Aplicado a las cepas que tienen: Biovar Biotipo Propiedades bioquímicas o fisiológicas especiales Serovar Serotipo Propiedades antigénicas Patovar Patotipo Propiedades patogénicas para ciertos huéspedes Fagovar Fagotipo Capacidad para ser lisados por ciertos bacteriófagos Morfovar Morfotipo Características morfológicas especiales LOS RANGOS DEBAJO DE LAS ESPECIES Brenne 2002 GCE
- 35. GCE EDWARDS Y EWING Sistema de clasificación en tribus que se apoya en pruebas bioquímicas BRENNER (BERGEY’S) Géneros con base a pociento de similitud en el DNA FARMER Géneros, biogrupos y subgrupos con base a características fenotípicas y genotípicas
- 36. GCE Prueba Escherichieae Edwardsielleae Citrobactereae Salmonelleae Klebsielleae Proteeae Yersinieae AcidoSulfhídrico(TSI) - + + ó - + - + ó - - Ureasa - - (+w)ó - - - ó (+) + ó - + Indol + ó - + - ó + - - ó (+) + ó - + ó - Rojodemetílo + + + + - + + Voges-Proskauer - - - - + - - Citratode Simmons - - + + + d - KCN - - + ó - - + + - Fenilalanína - - - - - + - Manitol + ó - - + + + - ó + + Mucato d - - d + ó - - - EDWARDSY EWING
- 37. EWING: 1986 BERGEY: 1984 FARMER: 1995-1999 TRIBU I: Escherichiaeae Genero I: Escherichia 1.Escherichia coli 2.E. coli 3.E. hermannii 4.E. vulneris 5.E. fergusonii Genero II: Shigella 1.Shigella dysenteriae 2.S. flexneri 3.S. boydii 4.S. sonnei Genero I: Escherichia 1.Escherichia coli 2.E. coli Genero: Escherichia – Shigella 1. Escherichia coli 2.E. coli inactiva 3.Shigella O grupo A. B. C. 4.S. sonnei 5.E. fergursonii 6.E. hermannii 7.E.vulneris 8.E. Blattae Genero II: Shigella 1.Shigella dysenteriae 2.S.flexneri 3.S.boydii 4.S.sonnei TRIBU II: Edwardsielleae Genero I: Edwardsiella 1.Edwardsiella tarda 2.E. hoshinae 3.E.ictaluri Genero X: Edwardsiella 1.Edwardsiella tarda 2.E. hoshinae 3.E. ictaiuri Genero: Edwardsiella 1.Edwardsiella tarda 2.E. tarda biogrupo 1 3.E. hoshinae 4.E. ictaluri TRIBU III: Salmonelleae Genero I: Salmonella •Salmonella enterica subsp enterica •S. enterica subsp salameae 3a. S. enterica subsp arizonae 3b S. enterica subsp diarizoneae 4. S. enterica subsp houtenae 1.S. enterica subsp bongori Genero III: Salmonella Subgenero I. Salmonella cholerae- suis S. hirschfeldii S. typhi S. paratyphi A S. schottmuelleri S. typhimurium S. enteritidis S. gallinarum Subgénero II. S. salmae Subgénero III. S. arizonae Subgénero IV. S. houtenae Subgénero V S. bongori Genero: Salmonella DNA GRUPO 1 SEROTIPOS Typhi Cholerae –Suis Paratyphi A Gallinarum Pullorum DNA GRUPO II DNA GRUPO IIIa DNA GRUPO IIIb DNA GRUPO IV DNA GRUPO V DNA GRUPO V1
- 38. Ewing: 1986 Bergey: 1984 Farmer: 1995-1999 TRIBU IV. Citrobactereae Genero I Citrobacter 1.Citrobacter freundii 2.C. diversus 3.C. amalonaticus Genero IV Citrobacter 1.Citrobacter freundii 2.C. diversus 3.C. amalonaticus Genero Citrobacter 1. Citrobacter freundii 2. C. diversus (koseri) 3. C. amalonaticus 4. C.farmeri 5. C.youngae 6. C.braakii 7. C.wekmanii 8. C.sediakii 9. C.rodentium 10. Citrobacter especie 10 y 11 TRIBU V:Klebsielleae Genero I: Klebsiella •Klebsiella pneumoniae •K. ozaenae •K. oxytoca •K. rhinoscleromatis •K. planticola •K. terrigena •K. trevisanae Genero II: Enterobacter 1.Enterobacter cloacae 2.E. aerogenes 3.E.aglomerans 4.E.sakazakii 5.E.gerogoviae 6.E.amnigenus 7.E.intermedium 8.E.taylori 9.E.dissolvens 10.E.nimipressuralis Genero V: Klebsiella 1.Klebsiella pneumoniae 2.K.planticola 3.K. oxytoca 4. K.terrigena Genero : Klebsiella 1. Klebsiella pneumoniae 2. K. oxytoca 3. K. ornithinolytica 4. K. planticola 5. K. ozaenae 6. K. rhinoscleromatis 7. K. terrigena Genero V: Enterobacter 1.Enterobacter cloacae 2.E. aerogenes 3.E. agglomerans 4.E. sakazakii 5.E. gerogoviae 6.E. intermedium Otros enterobacter a.E. intermedium b.E. amnigenus c.E. dissolvens d.E. nimipressuralis Genero: Enterobacter 1. Enterobacter aerogenes 2. E. cloacae 3. E. agglomerans 4. E. gergoviae 5. E. sakazadii 6. E. taylorae 7. E. amnigenus biogrupo 1 8. E. amnigenus biogrupo 2 9. E. asburiae 10. E. hormaechei 11. E. intermedium 12. E. cancerogenus 13. E.dissolvens 14. E. nimipressuralis 15. E.pyrinus
- 39. Tinciones Gram + , - Ziehl – Neelsen BAAR +, - Shaeffer y Fulton esporas Leptospira contraste de fases o tinción con plata Reacción de Quellung neumococos Giemsa
- 40. Diagnóstico Microbiológico Selección de la muestra Recepción de la muestra Obtención de la muestra Transporte de la muestra Manejo de la muestra en el laboratorio Inoculación de medios de cultivo Aislamiento e Identificación Reporte de resultados TOMA DE MUESTRA IMPORTANCIA TIPO DE MUESTRA
- 41. Resultado de Laboratorio calidad de la muestra cuando llegue al laboratorio Evitar mos extraños Muestras de sangre o LCR Muestras Fase agudaAntes de los Anbs Instrucciones claras y precisas para el médico de la colección y el transporte de las muestras
- 42. Transporte Ideal muestra 30 min llegar al laboratorio Preservar ácido bórico orina Anticoagulantes sangre, médula ósea, líquido sinovial Heparina inhibe Gram + y levaduras Citrato, EDTA, otros no bien conocidos Recipiente a prueba de derrames correctamente etiquetado considerar mo a aislar Preservación Medios de transporte Stuart, Cary-Blair, Regan - Lowe SPS 0.025% w/v considerar SPS / tipo y cantidad de muestra
- 43. Almacenamiento Ideal trabajar la muestra de inmediato Tejidos o muestras para preservar >>> tiempoRefrigerar Medio de transporte Tipo de muestra No anaerobios T ambiente T corporal T congelador T ultracongelador T N2 líquido LCR Heces, orina, expectoración, hisopos, catéteres, Suero
- 44. Etiquetado de muestras Ideal mayor información posibleNombre del paciente Número de identificación Tipo de muestra
- 45. Forma de Requisición de muestras al Laboratorio Ideal mayor información posibleNombre del paciente Nombre del Hospital o Laboratorio Edad RFC Sexo Fecha y hora de colección Orden médica Naturaleza y origen de la muestra Diagnóstico clínico presuntivo Historia de inmunización Terapia antimicrobiana
- 46. Rechazo de Muestras antes llamar al médico responsable no arreglarlo x teléfono Temperatura de transporte inadecuadaLa etiqueta no concuerda con el nombre del paciente o la muestra Muestra insuficiente Muestra seca Medio de transporte inadecuado Derrame de la muestra > 2 h después de colectada la muestra Resultados de información médica cuestionable Imposible tomar otra muestra notación pertinente acerca de la impropia recolección de la muestra
- 47. Procesar las muestras rápido en cuanto lleguen >>> muestras priorizar Líquidos estériles LCR Hemocultivo,Tejidos diversos Sangre Orina Faringe Expectoración HecesHeridas Después <<< muestra llamar al médico para priorizar las pruebas
- 48. Examinar la muestra Áreas con sangre y/o moco Examen microscópico directo* Examen directo + cultivo anotar los resultados Diagnóstico presuntivo rápidoCalidad de la muestra *No necesario no se hace en faringe, nasofaríngeas ni heces Morfología colonial Comparación del cultivo y el examen microscópico directo
- 49. Preparación de la muestra Tratamiento inicial antes de inocular los medios Homogeneización de tejidos [ ] de > líquido centrifugación ó filtración Descontaminación de muestras en BAAR
- 50. Inoculación de los Medios Sólidos Cuantitativa diluciones UFC/ML con asa calibrada o con placa vaciada (Orina, expectoración) Orina + Tejidos de quemados Cualitiva Cruces 0, 1,2,3,4+ Semicuantitativa asa no calibrada
- 51. Condiciones de Incubación mo que se sospeche Aerobiosis 28 °C hongos Anaerobiosis 5 – 10% H2 + 5 – 10% CO2 + 80 – 90% N2 Capnófilos 5 – 10% CO2 + 15% O2 Microaerofílicos 5 – 10% O2 + 8 – 10% CO2 35 - 37 °C >>> bacterias + virus
- 52. Trabajo de Identificación Microbiológo decidir qué es lo clínicamente relevante Reconocer qué es biota normal y qué es un patógeno Conocer las bacterias patógenas y los sitios anatómicos de localización Comparar resultados del cultivo con el dx clínico Criterio decidir qué buscar y qué reportar Epidemiológico antecedentes paciente viajes, mascotas, contactos, , brotes, etc. Estrecha colaboración con el médico. Cuidar costos para el laboratorio y para el paciente
- 53. Medios de cultivo Agar = material inerte para las bacterias Líquidos 0% agar Semisólidos 0.2 – 0.5% agar Sólidos 1 – 1.5% agar MORFOLOGÍA COLONIAL
- 54. Medios de cultivo Peptonas (soya, caseína) Fuente de carbono y nitrógeno Extracto de levadura Suplementos vitamínicos Sales biliares, pH, antibióticos, etc Selectivos Gelatina Selectivo Carbohidratos Fuente de carbono y energía Carne, extracto de carne Suplementos proteínicos, vitaminas, minerales, etc. Sangre, plasma, fluidos corporales (ascítico) Enriquecer el medio Agar Soporte
- 55. Medios de cultivo Transporte Glicerol con Sol. Sal. proveen humedad y condiciones adecuadas Stuart, Cary – Blair, Amies, Hajna Hidrolizado de caseína, Transgrown, Caldo Fildes, 2SP Enriquecimiento permite el crecimiento del microorganismo de interés Tetrationato de Kauffman, Selenito F de Leifson, GN, APA, Pike, CampyTio, Caldo Soya Tripticaseína Diferenciales tienen un sustrato específico y un indicador para poner de manifiesto su uso Selectivos tienen un inhibidor específico Poco selectivos Moderadamente selectivo Muy selectivo
- 57. Medios de cultivo Cromogénicos Cromocen AGN Aeromonas Cromocen CDA Candida
- 58. Identificación Criterios de clasificación Métodos convencionales Pruebas bioquímicas Métodos semiautomatizados API Métodos automatizados Microscan, VItek Fenotípicos Genotípicos
- 59. Métodos Fenotípicos Caracterización de los productos de la expresión genética Actividad metabólica Síntesis de Mmoléculas Identificación
- 60. Métodos Fenotípicos Rx bioquímicas Tradicionales Semiautomatizadas Automatizadas Pbas. serológicas IF, Aglutinación, Coaglutinación, Aglutinación- látex, Inmunodifusión, Hinchazón de cápsula Sensibilidad a: Antimicrobianos Fagos Bacteriocinas Electrofóresis de Enzimas Multilocus Identificación
- 61. METODOSDEIDENTIFICACION Catalasa OxidasaCoagulasa RM+VP Pbas. Bioquímicas FA + Urea TSI Miniatura enterotubo Miniatura API Miniatura MICRO - ID
- 63. METODOSDEIDENTIFICACION Legionella.pneumophila Streptococcuspyogenes Chlamydiatrachomatis Bordetella pertussis Escherichiacoli Shigella Salmonella Streptococccus pyogenes Haemophilus influenzae Streptococcus pneumoniae Streptococus pyogenes Bacteria Látex + Abs
- 65. Métodos Genotípicos Análisis de Ácidos Nucleicos DNA total DNA parcial extracromosómico Plásmidos Transposones Amplificar cadenas cortas de DNA PCR Hibridación demostrar una porción de DNA Secuenciación del DNA Identificación
- 66. Métodos Genotípicos Análisis de plásmidos Análisis genoma bacteriano Tipificación x PCR Secuenciación DNA RFLP PFGE-DNA Codificación Sitios de restricción Mutaciones Secs. consenso Secs. repetitivas Identificación
- 68. Basada en el 16SRNAr ~ 23SRNAr secuencias conservadas Borrelia Treponema Clostridium Listeria Staphylococcus Streptococcus Corynebacterium Mycobacterium Escherichia, Shigella, Salmonella Yersinia Vibrio Legionella Pseudomonas Neisseria Helicobacter G+ G- Espiroquetas No hay 16SRNAr para Bordetella
- 69. Identificación Género y especie Métodos Fenotípicos Tipificación Cepa Métodos Genotípicos Biotipificación Susceptibilidad a antimicrobianos Serotipificación Tipificación x fagos Tipificación x bacteriocinas Análisis de plásmidos Análisis del cromosoma bacteriano Tipificación x PCR Secuenciación DNA RFLP EGPA del DNA Cepas puras Medios aislados Gelosa inclinada
- 70. Tinciones Flagelos Cápsula etc Identificación Pruebas adicionales Hidrólisis del hipurato Pruebas bioquímicas Pruebas inmunológicas aglutinación, ELISA, etc. Pruebas intradérmicas tuberculina Obtención de DNA Enzimas de Restricción RFLP PCRs PCR obtención DNA Iniciadores Taq polimerasa replicación millones de veces Hibridación
- 71. PCR
- 72. RFLP Restriction Fragment Length Polimorphism Técnica para diferenciar mos en base a los patrones de fragmentos de DNA hechos con enzimas de restricción longitud de los fragmentos
- 73. Taxos menores a la especie Complemento de la identificación NOMBRE ACTUAL SINÓNIMO DE USO COMÚN APLICACIÓN Biovariedad Biotipo Propiedades bioquímicas y fisiológicas Serovariedad Serotipo Propiedades antigénicas Fagovariedad Fagotipo Sensibilidad a los bacteriófagos Morfovariedad Morfotipo Características morfológicas Patovariedad Patotipo Propiedades de patogenicidad Ribovariedad Ribotipo Propiedades del RNA ribosomal Resistovariedad Resistotipo Propiedades de resistencia