Este documento describe varias técnicas de taxonomía basadas en ácidos nucleicos para clasificar bacterias, incluyendo el análisis de plásmidos, digestión con enzimas de restricción, Southern blot, ribotipificación, secuencias repetitivas y análisis de polimorfismos de un solo nucleótido. También menciona cómo la medicina forense microbiana ha mejorado para identificar brotes de bacterias como Bacillus anthracis durante los ataques con ántrax del 2001.

1. Taxonomía Basada en Ácidos
Nucleicos
JEBV

2. Análisis de Plásmidos • La primera técnica basada en ácidos
nucleicos, y también la mas sencilla.
• Se aíslan de cada bacteria y luego se
separa por electroforesis en gel de
agarosa para establecer su numero y
tamaño
• En ocasiones en una misma bacteria
existen plásmidos del mismo tamaño con
secuencias distintas.
• Se ha demostrado que el análisis de los
plásmidos es particularmente útil para
examinar brotes limitados en tiempo y
lugar.

3. Análisis con endonucleasas de
restricción
• Las secuencias de restricción varían de cuatro a más
de 12 bases de longitud y aparecen en todo el
cromosoma bacteriano.
• Las enzimas de restricción que reconocen
secuencias cortas (p. ej., cuatro pares de bases) son
más frecuentes que las que reconocen secuencias
más largas (p. ej., 12 pares de bases).
• El método básico comprende la digestión del DNA con
una enzima que reconoce un sitio de restricción
frecuente y separa los fragmentos, que por lo general
miden entre 0.5 y 50 kb de longitud , por medio de
electroforesis en gel de agarosa y posteriormente se
observa bajo luz ultravioleta después de teñirlo con
bromuro de etidio.

4. • Una de las principales limitaciones de esta
técnica es la dificultad para interpretar los perfi
les complejos que constan de cientos de bandas
incompletas y superpuestas.
• Este problema se ha resuelto utilizando
endonucleasas de restricción que seccionan en
los sitios de restricción poco frecuentes.
• La digestión del DNA con estas enzimas por lo
general genera entre cinco y 20 fragmentos que
varían de 10 a 800 kb de longitud.

5. Análisis por medio de
la técnica de Southern
blot
Esta técnica recibe el nombre de su creador,
Edwin Mellor Southern
Para este análisis, las preparaciones de DNA de
las cepas bacterianas aisladas se someten a
digestión con una endonucleasa de restricción.
Después de la electroforesis en gel de agarosa,
los fragmentos separados se transfi eren a una
membrana de nitrocelulosa o nailon.
Utilizando como sonda un fragmento marcado
de DNA, es posible identifi car los fragmentos de
restricción que contienen secuencias (loci).

8. Ribotipificación
• En este método se utiliza la técnica de
Southern blot para identificar polimorfismos
de genes de rRNA.
• Puesto que las secuencias ribosómicas se
conservan, se pueden detectar con una sonda
común preparada a partir del rRNA 16S y 23S
de una eubacteria E. coli.
• la ribotipificación tiene una utilidad limitada en
algunos microorganismos como
micobacterias, que poseen una sola copia de
estos genes.

9. Secuencias repetitivas
• secuencias repetitivas que se han
encontrado en diversas especies
• Estas secuencias repetitivas se denominan
DNA satélite y constan de unidades que se
repiten a una frecuencia de 10 a 100 bp. A
menudo se les conoce como número
variable de repeticiones en tándem

11. Medicina forense
microbiana
Los métodos de la genotipificación
han mejorado para lograr identifi
car polimorfismos de un solo
nucleótido.
El campo de la medicina forense
microbiana evolucionó durante los
ataques bioterroristas con esporas
de Bacillus anthracis (carbunco)
durante el otoño del año 2001.
Amerithrax
• Bruce Edwards Ivins

12. Biografia