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Capítulo 12: DNA: el transportista
   de la información genética
      Prof. Carol V. López Morales
                  B-204
        c_lopez_pr@yahoo.com
Objetivos
• Resumir la evidencia acumulada durante los ’40 y los ’50 que
  demuestra que el ADN es el material genético.

• Conocer la estructura del ADN según propuesta por Watson y
  Crick.

• Conocer como los nucleótidos están enlazados en el ADN.
• Ilustrar como las hebras del ADN se orientan en la doble hélice.

• Conocer las reglas de apareamiento de bases y describir como
  bases complementarias se aparean.

• Resumir como el ADN se replica e identificar algunos principios
  únicos en el proceso.

• Conocer los niveles de organización del ADN.
Historia del ADN
• La mayoría de los biólogos pensaban hasta
  ~1940 que las proteínas llevaban la
  información hereditaria
   – Muy complejas
   – Gran variedad

• Según los científicos iban aprendiendo más
  acerca del rol central de las proteínas en la
  estructura celular y en el metabolismo, se
  considero a estas como los principales
  candidatos que constituían el material
  genético.
Historia del DNA
• En los años 1930-1940 la mayoría de los
  genetistas prestaban poca atención al DNA,
  convencidos de que el material genético lo
  eran las proteínas.

• Ellos consideraban la complejidad y
  variabilidad de las proteínas.
  – Proteínas formadas por la combinación de 20
    aminoácidos vs los nucleótidos formados solo por
    la combinación de 4 bases nitrogenadas
Experimentos hechos por Frederick
             Griffith
• Medico británico

• Hizo estudios utilizando cepas bacterianas de
  pneumococcus (Streptococcus pneumoniae).
  – Una cepa que formaba colonias lisas en un medio
    de crecimiento sólido (smooth “S”), exhibía
    virulencia.
  – Una cepa que formaba colonias rugosas en un
    medio de crecimiento sólido (rough “R”), no
    exhibía virulencia.
Experimentos de Griffith:

• Griffith buscaba una vacuna para la pneumonía,
  utilizando ratones como organimso experimental.

• Si la cepa bacteriana “S” era inyectada en los ratones,
  estos morían

• Si la cepa “R” era inyectada, los ratones vivían

• Si la cepa “S” era tratada con calor e inyectada,los
  ratones vivían

• Si se combinaba la cepa S tratada con calor y la R, y la
  mezca era inyectada los ratones morían
Experiment 1   Experiment 2   Experiment 3         Experiment 4




                                                 R cells and heat-
   R cells        S cells       Heat-killed        killed S cells
  injected       injected     S cells injected        injected




 Mouse lives    Mouse dies     Mouse lives         Mouse dies
                                                            Fig. 12-1, p. 264
Transformación
• Ocurría Transformación: las bacterias R
  adquirían algo de las bacterias S
  muertas: un “principio transformador”
  (molécula) de algún tipo que cambiaba
  las bacterias R a bacterias S
DNA: El Principio Transformador
• 1944: Avery, Macleod y McCarty identificaron el
  factor transformador de Griffith como el DNA

• Ellos trataron células R con ADN purificado de
  células S.
• Las células R adquirieron el AND

• Las células R se transformaron en células S

• En la actualidad considerado como el primer
  indicio de que el ADN guardaba la información
  genética; pero la idea no era popular en la época
Experimentos de Hershey y Chase
• 1952-Alfred Hershey y Marta Chase realizaron
  una serie de experimentos en la reproducción
  de los virus que infectan bacterias:

• bacteriofagos o fagos
• Solamente el material
genético de los fagos
entra a la bacteria
Hershey-Chase: 1944
• Marcaron los
  cápsidos con 35S y el
  ADN con 32P
• Permitieron que los
  bacteriófagos se
  adherieran y luego los
  desprendieron
  utilizando una
  licuadora y
  centrifugaron para
  separar los cápsidos
  de las células
  bacterianas
Hershey- Chase
• Hallaron que el 35S se
  hallaba en el
  sobrenadante (cápsidos
  virales); el 32P se hallaba
  en el “pellet” bacteriano
• Mostró
  convincentemente que el
  ADN era el material
  genético
KEY EXPERIMENT:
The Hershey–Chase Experiments
Estructura del ADN
• Descubierta en 1953 por Watson & Crick
• Usando los datos de difracción de rayos X de
  Rosalind Franlkin deducen la estructura
  molecular del ADN
• Describen el ADN como una molécula
  helicoidal, formada por dos hebras de
  nucleótidos unidas por enlaces de hidrógeno
  entre bases nitrogenadas
Rosalind Franklin


• Franklin had already
  produced X-ray
  crystallographic films
  of DNA patterns when
  Watson and Crick
  began to pursue the
  problem of DNA
  structure


                           Fig. 12-5, p. 268
RESEARCH METHOD:
How X-Ray Diffraction Works
James Watson and Francis Crick

• Watson and Crick’s
  DNA model consisted of
  two polynucleotide
  chains arranged in a
  coiled double helix

• The sugar–phosphate
  backbones of the two
  chains form the outside
  of the helix

                                 Fig. 12-7, p. 269
Ácidos Nucleicos
• Son los responsables de cargar y transmitir las
  características hereditarias de una generación
  a la siguiente.

• Hay dos tipos: DNA y RNA

• Los ácidos nucleicos son un polímero de
  nucleótidos unidos entre sí por enlaces
  fosfodiésteres
Nucleótidos
• Un nucleótido es una pequeña molécula orgánica
  que consta de :
  – Un azúcar
  – Un grupo fosfato
  – Una base nitrogenada


• Un acido nucleico: es un polímero o cadena de
  nucleótidos donde el azúcar de un nucleótido
  esta unido con el grupo fosfato del siguiente.
• Los monómeros de los ácidos nucleicos se conocen
  como "nucleótidos".
Pirimidinas




            Cytosine (C)            Thymine (T)               Uracil (U)

(a) Pyrimidines. The three major pyrimidine bases found in
nucleotides are cytosine, thymine (in DNA only), and uracil (in
RNA only).




                                                                           Fig. 3-23a, p. 68
Purinas




               Adenine (A)                         Guanine (G)


(b) Purines. The two major purine bases found in nucleotides are
adenine and guanine.



                                                                   Fig. 3-23b, p. 68
adenine (A)   thymine (T)
                base with a   base with a
3 phosphate     double ring   single ring
groups          structure     structure



    sugar       guanine (G)   cytosine (C)
(deoxyribose)   base with a   base with a
                double ring   single ring
                structure     structure




                                             Fig. 3-21, p. 48
Ácidos nucleicos

• DNA:
  – Sus dos pares de
    bases
    complementarias
    son:
    • A=T, C=G




                       24
Ácidos Nucleicos
• El nucleótido es el monómero de los ácidos
  nucleicos y está compuesto por:

  – Pentosa o azúcar de 5 carbonos (ribosa en RNA o 2’
    desoxiribosa en DNA)

  – Grupo fosfato: da carga negativa o característica de
    ácido a la molécula

  – Base nitrogenada:
     •   Compuesto orgánico en forma de anillo, químicamente
         actúa como una base y tiene a nitrógeno como elemento
         fundamental
         –   Purinas: guanina, adenina
         –   Pirimidinas: citosina, timina, uracilo

                                                                 25
Ácidos nucleicos

• DNA:
  – Esta molécula es responsable de
    almacenar la información hereditaria en
    la secuencia de las bases nitrogenadas
  – Poseen enlaces covalentes de tipo
    fosfodiésteres
     • Se forman entre la azúcar de un nucleótido y el
       grupo fosfato del nucleótido adyacente
     • Esto permite la formación de una hebra coherente y
       continua
Doble hélice del DNA
Repaso de la
estructura del ADN
• El ADN está unido por enlaces
  fosfodiester entre azúcares
  adyacentes
• Los grupos fosfato se
  encuentran enlazados a los
  carbonos 5' y 3‘ de los
  azúcares
• La hebra adyacente es
  antiparalela; se encuentra en
  la orientación opuesta
• Ambas hebras se encuentran
  unidas por enlaces de
  hidrógeno entre bases
  nitrogenadas
Estructura del ADN




                     Puentes de H
Nucleotide


                 Uracil




                 Adenine
Phosphodiester
linkage


                  Cytosine




                   Guanine


                             Fig. 3-24, p. 69
Hebras antiparalelas del DNA




Martes, 15 de Mayo de 2012               32
Regla de Chargaff


• Erwin Chargaff encontró una relación entre las bases
  de DNA

• Chargaff ’s rules
   – En una molécula doble de DNA, el número de purinas es
     igual al número de pirimidinas.

   – El numero de adeninas es igual a el número de timinas (A
     = T), y el numero de guanina es igual al numero de
     citosinas (G = C)
Replicación del DNA
• Durante la fase S de la interfase, el DNA contenido en
  el núcleo se duplica o replica
   – Hacer copias fieles y exactas de todo el material génico
• La replicación comienza en regiones específicas de la
  molécula llamadas orígenes de replicación o replicones
• Enzimas como la helicasa separan los enlaces de
  hidrógenos que son débiles y abren la doble cadena,
  exponiéndola
   – Es entonces que cada banda existente actúa como un molde
     para la síntesis de una nueva banda
Replicación del DNA
• Este proceso es catalizado principalmente por la
  enzima polimerasa de DNA, aunque no es la
  única
Replicación del ADN
• 1957 – Messelson y Stahl demuestran
  que la replicación es semiconservativa
• Esto significa que la nueva molécula de
  ADN está compuesta de una hebra de
  la molécula original y una hebra nueva
Replicación semiconservativa
          del DNA
Replicación del ADN
• El complejo de replicación se enlaza a una secuencia de
  bases específicas conocida como origen de replicación
• La enzima helicasa separa las hebras de ADN y las
  mismas se mantienen separadas por proteínas que
  desestabilizan la doble hélice . La replicación comienza
  en el tenedor de replicación
Replicación del ADN
• Los nucleótidos se añaden al terminal 3’ únicamente
• Las hebras resultantes se alargan en direcciones
  opuestas
• La hebra continua (líder) se alarga hacia el tenedor
• La hebra discontinua se alarga en contra del tenedor
• Los “primers” de ARN (en rojo) son añadidos por la
  enzima primasa
• La elongación procede de manera continua en la hebra
  líder
Hebra Discontinua
• Según el tenedor se agranda las hebras van
  creciendo
• La adición de nucleótidos en la hebra discontinua
  ocurre en fragmentos de 100-2000 bases
  llamados fragmentos de Okazaki.
Uniendo la Hebra Discontinua

• Los “primers” de ARN son removidos de la
  hebra discontinua
• Los fragmentos de Okazaki son unidos por la
  enzima ADN ligasa
Resumen Proceso de
    Replicación
Replicación del DNA
• Durante la replicación del DNA se forma un
  tenedor de replicación
  – La polimerasa de DNA añade nucleótidos
    trifosfatados complementarios a un terminal 3’ libre
    solamente
     • Según la base que esté presente en la hebra molde, la
       polimerasa de DNA pondrá la que es complementaria
        – Si la base en la hebra molde es C, la enzima pondrá G y
          viceversa
        – Si la base en la hebra molde es A, la enzima pondrá T y
          viceversa
• La replicación se lleva a cabo de dos maneras
  distintas:
  – La hebra líder (5’ a 3’) se sintetiza de manera
    continua
  – La hebra discontinua (3’ a 5’) se sintetiza en
    pequeños fragmentos, llamados fragmentos de
    Okazaki, que luego son unidos por la enzima DNA
    ligasa
Reparación de errores en el
          DNA
Reparación de errores en el DNA
• Las polimerasas de DNA pueden reparar
  los errores que se presentan durante el
  proceso de replicación
  – Ellas pueden remover o sustituir la o las
    base(s) que:
    • hayan sido introducidas equivocadamente en la
      hebra nueva
    • estén dañadas
  – Las polimerasas tienen capacidades
    especiales de ser “editoras o correctoras”,
    aumentando así lo fidedigno del proceso de
    replicación
  – Otros mecanismos actúan juntamente con las
    polimerasas para reparar estos errores
Otros Mecanismos de reparación

• Mismatch repair
  • Enzimas especiales reconocen los nucleótidos
    pareados incorrectamente y los remueven

• Nucleotide excision repair
  • Utilizado para reparar (DNA deforme) causado
    por la radiación ultravioleta del sol o por
    daños químicos
  • Una nucleasa corta el segmento de ADN
    dañado; la ADN polimerasa añade los
    nucleótidos correctos y una AND ligasa une
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Nucleotide Excision Repair
of Damaged DNA

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El ADN: el transportista de la información genética

  • 1. Capítulo 12: DNA: el transportista de la información genética Prof. Carol V. López Morales B-204 c_lopez_pr@yahoo.com
  • 2. Objetivos • Resumir la evidencia acumulada durante los ’40 y los ’50 que demuestra que el ADN es el material genético. • Conocer la estructura del ADN según propuesta por Watson y Crick. • Conocer como los nucleótidos están enlazados en el ADN. • Ilustrar como las hebras del ADN se orientan en la doble hélice. • Conocer las reglas de apareamiento de bases y describir como bases complementarias se aparean. • Resumir como el ADN se replica e identificar algunos principios únicos en el proceso. • Conocer los niveles de organización del ADN.
  • 3. Historia del ADN • La mayoría de los biólogos pensaban hasta ~1940 que las proteínas llevaban la información hereditaria – Muy complejas – Gran variedad • Según los científicos iban aprendiendo más acerca del rol central de las proteínas en la estructura celular y en el metabolismo, se considero a estas como los principales candidatos que constituían el material genético.
  • 4. Historia del DNA • En los años 1930-1940 la mayoría de los genetistas prestaban poca atención al DNA, convencidos de que el material genético lo eran las proteínas. • Ellos consideraban la complejidad y variabilidad de las proteínas. – Proteínas formadas por la combinación de 20 aminoácidos vs los nucleótidos formados solo por la combinación de 4 bases nitrogenadas
  • 5. Experimentos hechos por Frederick Griffith • Medico británico • Hizo estudios utilizando cepas bacterianas de pneumococcus (Streptococcus pneumoniae). – Una cepa que formaba colonias lisas en un medio de crecimiento sólido (smooth “S”), exhibía virulencia. – Una cepa que formaba colonias rugosas en un medio de crecimiento sólido (rough “R”), no exhibía virulencia.
  • 6. Experimentos de Griffith: • Griffith buscaba una vacuna para la pneumonía, utilizando ratones como organimso experimental. • Si la cepa bacteriana “S” era inyectada en los ratones, estos morían • Si la cepa “R” era inyectada, los ratones vivían • Si la cepa “S” era tratada con calor e inyectada,los ratones vivían • Si se combinaba la cepa S tratada con calor y la R, y la mezca era inyectada los ratones morían
  • 7. Experiment 1 Experiment 2 Experiment 3 Experiment 4 R cells and heat- R cells S cells Heat-killed killed S cells injected injected S cells injected injected Mouse lives Mouse dies Mouse lives Mouse dies Fig. 12-1, p. 264
  • 8. Transformación • Ocurría Transformación: las bacterias R adquirían algo de las bacterias S muertas: un “principio transformador” (molécula) de algún tipo que cambiaba las bacterias R a bacterias S
  • 9. DNA: El Principio Transformador • 1944: Avery, Macleod y McCarty identificaron el factor transformador de Griffith como el DNA • Ellos trataron células R con ADN purificado de células S. • Las células R adquirieron el AND • Las células R se transformaron en células S • En la actualidad considerado como el primer indicio de que el ADN guardaba la información genética; pero la idea no era popular en la época
  • 10. Experimentos de Hershey y Chase • 1952-Alfred Hershey y Marta Chase realizaron una serie de experimentos en la reproducción de los virus que infectan bacterias: • bacteriofagos o fagos • Solamente el material genético de los fagos entra a la bacteria
  • 11. Hershey-Chase: 1944 • Marcaron los cápsidos con 35S y el ADN con 32P • Permitieron que los bacteriófagos se adherieran y luego los desprendieron utilizando una licuadora y centrifugaron para separar los cápsidos de las células bacterianas
  • 12. Hershey- Chase • Hallaron que el 35S se hallaba en el sobrenadante (cápsidos virales); el 32P se hallaba en el “pellet” bacteriano • Mostró convincentemente que el ADN era el material genético
  • 14. Estructura del ADN • Descubierta en 1953 por Watson & Crick • Usando los datos de difracción de rayos X de Rosalind Franlkin deducen la estructura molecular del ADN • Describen el ADN como una molécula helicoidal, formada por dos hebras de nucleótidos unidas por enlaces de hidrógeno entre bases nitrogenadas
  • 15. Rosalind Franklin • Franklin had already produced X-ray crystallographic films of DNA patterns when Watson and Crick began to pursue the problem of DNA structure Fig. 12-5, p. 268
  • 16. RESEARCH METHOD: How X-Ray Diffraction Works
  • 17. James Watson and Francis Crick • Watson and Crick’s DNA model consisted of two polynucleotide chains arranged in a coiled double helix • The sugar–phosphate backbones of the two chains form the outside of the helix Fig. 12-7, p. 269
  • 18. Ácidos Nucleicos • Son los responsables de cargar y transmitir las características hereditarias de una generación a la siguiente. • Hay dos tipos: DNA y RNA • Los ácidos nucleicos son un polímero de nucleótidos unidos entre sí por enlaces fosfodiésteres
  • 19. Nucleótidos • Un nucleótido es una pequeña molécula orgánica que consta de : – Un azúcar – Un grupo fosfato – Una base nitrogenada • Un acido nucleico: es un polímero o cadena de nucleótidos donde el azúcar de un nucleótido esta unido con el grupo fosfato del siguiente.
  • 20. • Los monómeros de los ácidos nucleicos se conocen como "nucleótidos".
  • 21. Pirimidinas Cytosine (C) Thymine (T) Uracil (U) (a) Pyrimidines. The three major pyrimidine bases found in nucleotides are cytosine, thymine (in DNA only), and uracil (in RNA only). Fig. 3-23a, p. 68
  • 22. Purinas Adenine (A) Guanine (G) (b) Purines. The two major purine bases found in nucleotides are adenine and guanine. Fig. 3-23b, p. 68
  • 23. adenine (A) thymine (T) base with a base with a 3 phosphate double ring single ring groups structure structure sugar guanine (G) cytosine (C) (deoxyribose) base with a base with a double ring single ring structure structure Fig. 3-21, p. 48
  • 24. Ácidos nucleicos • DNA: – Sus dos pares de bases complementarias son: • A=T, C=G 24
  • 25. Ácidos Nucleicos • El nucleótido es el monómero de los ácidos nucleicos y está compuesto por: – Pentosa o azúcar de 5 carbonos (ribosa en RNA o 2’ desoxiribosa en DNA) – Grupo fosfato: da carga negativa o característica de ácido a la molécula – Base nitrogenada: • Compuesto orgánico en forma de anillo, químicamente actúa como una base y tiene a nitrógeno como elemento fundamental – Purinas: guanina, adenina – Pirimidinas: citosina, timina, uracilo 25
  • 26. Ácidos nucleicos • DNA: – Esta molécula es responsable de almacenar la información hereditaria en la secuencia de las bases nitrogenadas – Poseen enlaces covalentes de tipo fosfodiésteres • Se forman entre la azúcar de un nucleótido y el grupo fosfato del nucleótido adyacente • Esto permite la formación de una hebra coherente y continua
  • 28.
  • 29. Repaso de la estructura del ADN • El ADN está unido por enlaces fosfodiester entre azúcares adyacentes • Los grupos fosfato se encuentran enlazados a los carbonos 5' y 3‘ de los azúcares • La hebra adyacente es antiparalela; se encuentra en la orientación opuesta • Ambas hebras se encuentran unidas por enlaces de hidrógeno entre bases nitrogenadas
  • 30. Estructura del ADN Puentes de H
  • 31. Nucleotide Uracil Adenine Phosphodiester linkage Cytosine Guanine Fig. 3-24, p. 69
  • 32. Hebras antiparalelas del DNA Martes, 15 de Mayo de 2012 32
  • 33. Regla de Chargaff • Erwin Chargaff encontró una relación entre las bases de DNA • Chargaff ’s rules – En una molécula doble de DNA, el número de purinas es igual al número de pirimidinas. – El numero de adeninas es igual a el número de timinas (A = T), y el numero de guanina es igual al numero de citosinas (G = C)
  • 34. Replicación del DNA • Durante la fase S de la interfase, el DNA contenido en el núcleo se duplica o replica – Hacer copias fieles y exactas de todo el material génico • La replicación comienza en regiones específicas de la molécula llamadas orígenes de replicación o replicones • Enzimas como la helicasa separan los enlaces de hidrógenos que son débiles y abren la doble cadena, exponiéndola – Es entonces que cada banda existente actúa como un molde para la síntesis de una nueva banda
  • 35. Replicación del DNA • Este proceso es catalizado principalmente por la enzima polimerasa de DNA, aunque no es la única
  • 36. Replicación del ADN • 1957 – Messelson y Stahl demuestran que la replicación es semiconservativa • Esto significa que la nueva molécula de ADN está compuesta de una hebra de la molécula original y una hebra nueva
  • 38. Replicación del ADN • El complejo de replicación se enlaza a una secuencia de bases específicas conocida como origen de replicación • La enzima helicasa separa las hebras de ADN y las mismas se mantienen separadas por proteínas que desestabilizan la doble hélice . La replicación comienza en el tenedor de replicación
  • 39. Replicación del ADN • Los nucleótidos se añaden al terminal 3’ únicamente • Las hebras resultantes se alargan en direcciones opuestas • La hebra continua (líder) se alarga hacia el tenedor • La hebra discontinua se alarga en contra del tenedor • Los “primers” de ARN (en rojo) son añadidos por la enzima primasa • La elongación procede de manera continua en la hebra líder
  • 40. Hebra Discontinua • Según el tenedor se agranda las hebras van creciendo • La adición de nucleótidos en la hebra discontinua ocurre en fragmentos de 100-2000 bases llamados fragmentos de Okazaki.
  • 41. Uniendo la Hebra Discontinua • Los “primers” de ARN son removidos de la hebra discontinua • Los fragmentos de Okazaki son unidos por la enzima ADN ligasa
  • 42. Resumen Proceso de Replicación
  • 43. Replicación del DNA • Durante la replicación del DNA se forma un tenedor de replicación – La polimerasa de DNA añade nucleótidos trifosfatados complementarios a un terminal 3’ libre solamente • Según la base que esté presente en la hebra molde, la polimerasa de DNA pondrá la que es complementaria – Si la base en la hebra molde es C, la enzima pondrá G y viceversa – Si la base en la hebra molde es A, la enzima pondrá T y viceversa • La replicación se lleva a cabo de dos maneras distintas: – La hebra líder (5’ a 3’) se sintetiza de manera continua – La hebra discontinua (3’ a 5’) se sintetiza en pequeños fragmentos, llamados fragmentos de Okazaki, que luego son unidos por la enzima DNA ligasa
  • 45. Reparación de errores en el DNA • Las polimerasas de DNA pueden reparar los errores que se presentan durante el proceso de replicación – Ellas pueden remover o sustituir la o las base(s) que: • hayan sido introducidas equivocadamente en la hebra nueva • estén dañadas – Las polimerasas tienen capacidades especiales de ser “editoras o correctoras”, aumentando así lo fidedigno del proceso de replicación – Otros mecanismos actúan juntamente con las polimerasas para reparar estos errores
  • 46. Otros Mecanismos de reparación • Mismatch repair • Enzimas especiales reconocen los nucleótidos pareados incorrectamente y los remueven • Nucleotide excision repair • Utilizado para reparar (DNA deforme) causado por la radiación ultravioleta del sol o por daños químicos • Una nucleasa corta el segmento de ADN dañado; la ADN polimerasa añade los nucleótidos correctos y una AND ligasa une los fragmentos