Según la ECEDU-UNAD, existen 12 líneas de investigación, 9 funcionales y 3 transversales, que pretenden dar respuesta a las necesidades de investigación de las regiones y el país. Las líneas de investigación incluyen temas como la argumentación pedagógica, la educación a distancia mediada por tecnologías y los factores asociados a la calidad de la educación a distancia. Los estudiantes pueden elegir entre proyectos aplicados, proyectos de investigación o monografías para sus trabajos de grado.