En el presente informe se realizaron simulaciones realistas de gel de agarosa en las trece (13) cepas bacterianas aisladas identificadas en las muestras de agua y suelo contaminado. En el cual se pudo visualizar el resultado de gel de agarosa que se podría obtener estando en laboratorio.

1. UNIVERSIDAD
NACIONAL
DE MOQUEGUA
Escuela
Profesional de
Ingeniería
Ambiental
Marians Romina Luque Checalla
Estudiante
PRÁCTICA DE
SIMULACIÓN DE
ELECTROFORESIS
EN GEL DE
AGAROSA
BIOTECNOLOGÍA

2. BIOTECNOLOGÍA
INFORME
PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE
ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA
UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAPGENE CON
DATOS DEL ARTÍCULO CIENTÍFICO
"AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON
POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE
COMUNIDADES BACTERIANAS DE ZONA
IMPACTADA POR PETROLEO EN
CONDORCANQUI - AMAZONAS – PERÚ”
Estudiante: Marians Romina Luque Checalla
Docente: Prof. Dr. Hebert Hernan Soto Gonzales
Ilo, Perú – Octubre 29, 2021
VII ciclo
Escuela Profesional de
Ingeniería Ambiental
Facultad de ingenierías:

3. Í n d i c e | 3
Índice
Pág.
1. Introducción ...................................................................................................................... 4
2. Objetivos ............................................................................................................................ 5
2.1. Objetivo general..................................................................................................................5
2.2. Objetivos específicos...........................................................................................................5
3. Metodología ....................................................................................................................... 5
3.1. Materiales............................................................................................................................6
3.2. Procedimiento .....................................................................................................................6
4. Resultados.......................................................................................................................... 9
4.1. Agua contaminada...............................................................................................................9
4.1.1. A1 ........................................................................................................................................9
4.1.2. A2......................................................................................................................................11
4.1.3. A3......................................................................................................................................14
4.1.4. A4......................................................................................................................................16
4.1.5. A5......................................................................................................................................19
4.1.6. A6......................................................................................................................................21
4.1.7. A7......................................................................................................................................24
4.2. Suelo contaminado............................................................................................................26
4.2.1. S1.......................................................................................................................................26
4.2.2. S2.......................................................................................................................................29
4.2.3. S3.......................................................................................................................................31
4.2.4. S4.......................................................................................................................................34
4.2.5. S5.......................................................................................................................................36
4.2.6. S6.......................................................................................................................................39
5. Conclusión........................................................................................................................ 41
6. Bibliografía ...................................................................................................................... 42

4. 4
1. Introducción
En el presente informe se realizaron simulaciones realistas de gel de agarosa en las trece (13)
cepas bacterianas aisladas identificadas en las muestras de agua y suelo contaminado. En el
cual se pudo visualizar el resultado de gel de agarosa que se podría obtener estando en
laboratorio.
El método empleado fue la electroforesis en gel de agarosa, el cual consiste en separar
fragmentos de ADN según el tamaño de estos o también según su carga. No obstante, el
proceso de separación de los fragmentos de ADN se da solo por su tamaño, ya que todas las
moléculas de ADN contienen la misma cantidad de carga por masa.
Así que, después de que los fragmentos de ADN hayan sido separados, estos pueden ser
visualizados y gracias a ello se puede determinar el tamaño de las bandas. Estas bandas o líneas
del ADN analizadas contienen un gran número de fragmentos del ADN que viajaron junos a
la misma posición y son del mismo tamaño, esto es debido a que un (01) fragmento de ADN
no sería visible en el resultado del análisis en el que se
muestran los carriles o columnas. Así mismo, se puede
comparar dichas bandas con el marcador de peso
molecular (primera columna) para determinar el tamaño
aproximado de la banda.
Cabe resaltar que todo el procedimiento de electroforesis
en gel de agarosa solo es una simulación en el programa
SnapGene, sin embargo, es lo suficientemente realista y
detallada gracias al algoritmo de simulación de gel de
base empírica del programa.

5. 5
2. Objetivos
2.1.Objetivo general
Simular el proceso de electroforesis en gel de agarosa mediante el uso de las cepas bacterianas
aisladas provenientes de las muestras de agua y suelo contaminado que se muestran en el
artículo científico “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de
comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui –
Amazonas – Perú”.
2.2.Objetivos específicos
• Identificar los distintos procedimientos que se pueden realizar en el programa SnapGene.
• Realizar el mapa lineal de cada nucleótido.
• Realizar el mapa circular de cada nucleótido.
• Identificar el gel de agarosa.
3. Metodología
Se realizó una simulación del proceso de electroforesis en gel de agarosa utilizando las
secuencias de los nucleótidos que se muestran en la Figura 1.
Figura 1. Identificación molecular de las cepas bacterianas aisladas. (Aislamiento de bacterias (…), 2020)

6. 6
3.1.Materiales
• Laptop
• Artículo científico
• Internet (Google)
• NCBI
• Secuencia de nucleótidos
• SnapGene
3.2.Procedimiento
• Ingresar a la página del NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
Figura 2.
• Colocar el N° de Accesión de la cepa bacteriana aislada identificada en el buscador de la
página y seleccionar el resultado que aparece.
Figura 3.

7. 7
• Descargar la secuencia del nucleótido en formato fasta y almacenarlo o guardarlo en una
carpeta nueva exclusivamente para el trabajo que se está realizando. Y así sucesivamente
hasta guardar en archivos FASTA los trece (13) nucleótidos.
Figura 4.
• Instalar el programa SnapGene, mediante la página oficial (https://www.snapgene.com/) la
cual le brindará 30 días de prueba para utilizar gratuitamente el programa.
• Abrir el programa y hacer clic en la primera opción “Open”, luego “Open Files…”
Figura 5.

8. 8
• Buscar el archivo en la carpeta en la que se guardó.
Figura 6.
• Seleccionar: Double-Stranded < Linear < OK
Figura 7.
• Se obtiene el mapa lineal correspondiente al nucleótido insertado. Así mismo, se puede
visualizar la secuencia, las enzimas y entre otras opciones en la parte inferior e izquierda.
Figura 8.

9. 9
4. Resultados
4.1.Agua contaminada
4.1.1. A1
Mapa lineal
Figura 9.
Mapa circular
Figura 10.

10. 10
Secuencia
Figura 11. Primera parte de la secuencia
Enzimas
Figura 12. Primera parte de las enzimas

11. 11
Simulación del Gel Agarosa
Figura 13.
4.1.2. A2
Mapa lineal
Figura 14.

12. 12
Mapa circular
Figura 15.
Secuencia
Figura 16. Primera parte de la secuencia

13. 13
Enzimas
Figura 17. Primera parte de las enzimas
Simulación del Gel Agarosa
Figura 18.

14. 14
4.1.3. A3
Mapa lineal
Figura 19.
Mapa circular
Figura 20.

15. 15
Secuencia
Figura 21. Primera parte de la secuencia
Enzimas
Figura 22. Primera parte de las enzimas

16. 16
Simulación del Gel Agarosa
Figura 23.
4.1.4. A4
Mapa lineal
Figura 24.

17. 17
Mapa circular
Figura 25.
Secuencia
Figura 26. Primera parte de la secuencia

18. 18
Enzimas
Figura 27. Primera parte de las enzimas
Simulación del Gel Agarosa
Figura 28.

19. 19
4.1.5. A5
Mapa lineal
Figura 29.
Mapa circular
Figura 30.

20. 20
Secuencia
Figura 31. Primera parte de la secuencia
Enzimas
Figura 32. Primera parte de las enzimas

21. 21
Simulación del Gel Agarosa
Figura 33.
4.1.6. A6
Mapa lineal
Figura 34.

22. 22
Mapa circular
Figura 35.
Secuencia
Figura 36. Primera parte de la secuencia

23. 23
Enzimas
Figura 37. Primera parte de las enzimas
Simulación del Gel Agarosa
Figura 38.

24. 24
4.1.7. A7
Mapa lineal
Figura 39.
Mapa circular
Figura 40.

25. 25
Secuencia
Figura 41. Primera parte de la secuencia
Enzimas
Figura 42. Primera parte de las enzimas

26. 26
Simulación del Gel Agarosa
Figura 43.
4.2.Suelo contaminado
4.2.1. S1
Mapa lineal
Figura 44.

27. 27
Mapa circular
Figura 45.
Secuencia
Figura 46. Primera parte de la secuencia

28. 28
Enzimas
Figura 47. Primera parte de las enzimas
Simulación del Gel Agarosa
Figura 48.

29. 29
4.2.2. S2
Mapa lineal
Figura 49.
Mapa circular
Figura 50.

30. 30
Secuencia
Figura 51. Primera parte de la secuencia
Enzimas
Figura 52. Primera parte de las enzimas

31. 31
Simulación del Gel Agarosa
Figura 53.
4.2.3. S3
Mapa lineal
Figura 54.

32. 32
Mapa circular
Figura 55.
Secuencia
Figura 56. Primera parte de la secuencia

33. 33
Enzimas
Figura 57. Primera parte de las enzimas
Simulación del Gel Agarosa
Figura 58.

34. 34
4.2.4. S4
Mapa lineal
Figura 59.
Mapa circular
Figura 60.

35. 35
Secuencia
Figura 61. Primera parte de la secuencia
Enzimas
Figura 62. Primera parte de las enzimas

36. 36
Simulación del Gel Agarosa
Figura 63.
4.2.5. S5
Mapa lineal
Figura 64.

37. 37
Mapa circular
Figura 65.
Secuencia
Figura 66. Primera parte de la secuencia

38. 38
Enzimas
Figura 67. Primera parte de las enzimas
Simulación del Gel Agarosa
Figura 68.

39. 39
4.2.6. S6
Mapa lineal
Figura 69.
Mapa circular
Figura 70.

40. 40
Secuencia
Figura 71. Primera parte de la secuencia
Enzimas
Figura 72. Primera parte de las enzimas

41. 41
Simulación del Gel Agarosa
Figura 73.
5. Conclusión
El programa SnapGene brinda simulaciones realistas de gel de agarosa en el cual se puede
visualizar lo mismo que se visualizaría en el laboratorio. Así mismo, contiene una
configuración flexible de todos los elementos del gel, en el que incluye el número de carriles,
el porcentaje de agarosa y un conjunto completo de marcadores en la primera columna (MW).
Además, se puede identificar la banda que sea de agrado con información detallada de los
fragmentos para cada carril o columna.
SnapGene es un programa que muy aparte de simular el procedimiento de la técnica de
electroforesis en gel, contiene otras opciones de manejo, como la clonación molecular,
mutagénesis, alineación, gestión de datos, seguimiento del historial, entre otros, sin mencionar
que el uso de este programa es de fácil comprensión, haciendo que cualquier persona pueda
comprender la manipulación de este.

42. 42
6. Bibliografía
Castillo Rogel, R. T.; More Calero, F. J.; Cornejo La Torre, M.; Fernández Ponce, J. N. & Mialhe
Matonnier, E. L. (2020). Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis
de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui
– Amazonas – Perú
Khan Academy (s.f.). Electroforesis en gel. https://es.khanacademy.org/science/ap-biology/gene-
expression-and-regulation/biotechnology/a/gel-electrophoresis