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DNA y RNA; replicación
   y transcripción
Cecilia Mariana Iglesias Palomares
José David Velasco Munguía
Bioquímica
Marzo 2012
Introducción
El ADN es la molécula de la herencia en todos
los     organismos     vivos    (procariontes  y
eucariontes). Sin embargo, en el caso de los
virus, el material genético puede ser ADN o ARN.



Los ácidos nucleicos son biomoléculas
portadoras del material genético. Tienen una
estructura polimérica, lineal, cuyos monómeros
son los nucleótidos.
Todos los ADN están formados por dos muy
largas cadenas helicoidales de bases
nitrogenadas, que son:




Estas bases se encuentran enrolladas a lo largo
de un eje común. Las dos hebras de la doble
hélice están dispuestas en direcciones opuestas,
es decir, mientras una tiene dirección 5´  3´ la
otra tiene dirección 3´  5´.
Las dos cadenas permanecen juntas por enlaces de
hidrógeno entre los pares de bases:

   Adenina siempre se aparea con Timina
   (unidas por dos enlaces de hidrógeno)

   Guanina está siempre apareada con Citosina
   (unidas por tres enlaces de hidrógeno).
La función de los ácidos nucleicos no se
reduce, por otra parte con tener la información
necesaria para la síntesis de las proteínas
celulares. Hay secuencias regulatorias que
controlan la expresión de las diferentes unidades
genéticas, por si mismas o a su vez controladas
por otras moléculas. Hay así mismo ácidos
nucleicos implicados en la transmisión y
procesado de información genética
Replicación
Es la síntesis de DNA. La
replicación                 es
conceptualmente
sencilla, pero compleja en su
mecánica. La transferencia de
información            implica
simplemente desenrrollar las
cadenas de una doble hélice
de DNA original, acompañada
de la síntesis de dos cadenas
hijas complementarias. En
otras palabras, la replicación
es semiconservativa.
En todos los organismos los requerimientos
generales para la síntesis de ADN son los mismos:

   una hebra de ADN como molde, en otras
   palabras una sección de ADN que será copiado.

   la enzima encargada de copiar el ADN, llamada
   ADN polimerasa.
Existen sitios específicos donde comienza la
replicación    denominados     orígenes   de
replicación. La replicación es ordenada y
secuencial.
Esta replicación se produce durante la fase S del
ciclo celular.
La replicación del DNA es un proceso
ordenado, que comporta el desenrrollamiento de
las cadenas progenitoras, la incorporación de los
precursores     de  los     nucleótidos   y     la
renaturalización de las moléculas replicadas;
todos estos procesos se producen dentro del
mismo micromedio, denominado horquilla de
replicación.
Como otros procesos de biosíntesis, la
replicación     de    DNA       utiliza  sustratos
activados,     los    desoxirribonucleósido     5’-
trifosfatos (dNTP), que son el dATP, dGTP, dCTP
y dTTP.
El proceso de síntesis se puede resumir como
   sigue:
                                 Mg+2
         d (NMP)n + d NTP                    d (NMP)n+1 + PPi

                            ADN polimerasa




donde d NTP es el desoxirribonucleósido trifosfato y
d (NMP)n se refiere a un polímero de n
desoxirribonucleótidos. El pirofosfato (PPi) generado
por la reacción anterior es hidrolizado a fosfato
inorgánico conduciendo la reacción hacia la derecha
(PPi       2Pi) .
Los elementos proteicos que se sabe que actúan en
la horquilla de replicación o cerca de ella son:

   DNA polimerasa

   Proteínas de unión al DNA de cadena única

   Helicasas

   Primasas

   Topoisomerasas

   DNA ligasa
Proceso de replicación
La DNA polimerasa
cataliza la reacción
química de la síntesis
de DNA, la creación
de      los    enlaces
fosfodiéster entre los
desoxirribonucleótidos
en una cadena de
DNA.
La reacción comporta la salida de pirofosfato cuya
hidrólisis consiguiente impulsa la reacción desde el
punto de vista energético.
Debido a que se replican las dos cadenas en la
misma horquilla, debe existir un mecanismo para la
replicación de cada cadena. Este mecanismo
comporta la acción de una DNA polimerasa
dimérica, es decir, una molécula enzimática que
replica en la misma dirección del movimiento de la
horquilla y otra que efectúa la replicación retrógrada
en la horquilla.
El término cadena conductora identifica la
cadena hija que se extiende en la misma
dirección que la horquilla y la cadena que se
sintetiza hacia atrás se denomina cadena
retardada.
La cadena retardada se sintetiza de manera
discontinua, mediante una serie de segmentos
cortos, mientras que la síntesis de la cadena
conductora puede producirse sin interrupción.

Estos fragmentos de la cadena retardada se
denominan fragmentos de Okazaki.
Para iniciar la síntesis de un fragmento de Okazaki
debe intervenir otra enzima, la primasa. Como la
DNA polimerasa, la primasa copia una cadena molde
de DNA para formar un producto polinucleótido. Sin
embargo, ese producto es RNA, no DNA.
Una vez polimerizados varios ribonucleótidos
para formar un RNA cebador, la primasa se
aparta de alguna manera del camino y la DNA
polimerasa añade un 5’ desoxirribonucleico al
extremo 3’ del cebador de RNA y continúa
añadiendo luego dNTP en su dirección habitual
5’ 3’.
1. La primasa forma un RNA
   cebador.


2. La DNA polimerasa III
   agrega nucleótidos al nuevo
   fragmento de Okazaki
   solamente en el extremo
   3’, continuando hasta
   encontrarse con el cebador
   del previo fragmento de
   Okazaki.


3. La DNA polimerasa I
   hidroliza el cebador y lo
   remplaza con DNA.


4. La DNA ligasa entonces
   cataliza la formación del
   enlace fosfodiéster que
   finalmente une a los dos
   fragmentos de Okazaki.
Cada cadena del DNA original tiene su propia
helicasa; la que se asocia con la cadena
retardada forma complejos con la primasa como
parte de una unidad denominada primosoma.
El proceso de desenrrollamiento deja al
descubierto el DNA original de una sola cadena.

La proteína de unión al DNA de cadena única
(SSB), se une al DNA para estabilizar una
estructura en que la superficies de enlaces de
hidrógeno de las bases del DNA tienen una
orientación   espacial  dirigida    hacia   los
nucleótidos que llegan.
La doble cadena del DNA original está
sobreenrrollada por encima de la horquilla como
consecuencia de su desenrrollamiento en la
horquilla. Esta tensión de torsión debe aliviarse
con algún tipo de mecanismo “giratorio”, o de lo
contrario el desenrrollamiento de la cadena
resultaría imposible energéticamente. Este
dispositivo   giratorio  lo   proporcionan    las
topoisomerasas.
Síntesis del ADN en
         Eucariontes
El mecanismo de síntesis del ADN en
eucariontes es probablemente similar al proceso
en procariontes.

La velocidad de las polimerasas en eucariontes
es mucho menor que en procariontes. Para
compensar esto,      las células eucarióticas
contienen más de 20.000 moléculas de enzimas.
Además, las células eucarióticas tienen un gran
número de horquillas de duplicación y
fragmentos de Okasaki mas pequeños de 40 -
300 bases. De esta forma la velocidad de
duplicación del ADN es mayor en eucariontes.
El ADN en eucariontes esta unido con histonas, por
lo tanto la duplicación involucra dos pasos extras:

   Primero el ADN se debe disociar de las histonas
   para comenzar la duplicación.



    La síntesis de histonas tiene lugar al mismo
   tiempo que la síntesis de ADN y las histonas se
   deben unir al nuevo ADN.
Transcripción
La transcripción es el proceso por el cual se sintetiza
un ARN usando como molde al ADN. La síntesis de
ARN usando un ADN               patrón es llamada
transcripción, mientras que la síntesis de proteína a
partir de un ARN patrón es llamado traducción.
Clases de ARN

Existen tres clases de RNA:

   ARN mensajero (mRNA)

   ARN de transferencia (tRNA)

   ARN ribosomal (rRNA)

Los ARN más pequeños son los tARNs, que
contienen alrededor de 75 nucleótidos, mientras que
el más grande esta entre los mARN, que pueden
tener más de 5.000 nucleótidos.
Todos los ARN celulares son sintetizados por la ARN
polimerasa de acuerdo a las instrucciones dadas por
un      ADN-patrón       (o   molde),     empleando
ribonucleósido-5’-trifosfatos como sustrato. La
dirección de la síntesis de ARN es 5’ 3’, similar a la
síntesis de ADN.


La actividad de la ARN polimerasa es diferente a la
actividad de la ADN polimerasa porque no necesita
una secuencia partidora o “primer” y no posee una
actividad nucleasa. Otra diferencia es que el ADN
patrón es totalmente conservado después de la
síntesis de ARN.


La secuencia de ADN transcrito por la ARN polimerasa
en ARN es llamado UNIDAD DE TRANSCRIPCIÓN y
el producto de la síntesis (ARN) es el TRANSCRIPTO
PRIMARIO.
El corazón de la enzima consiste de             2   ‘
(enzima núcleo).          La sub-unidad sigma ( )
aumenta la velocidad y especificidad de la
transcripción, debido que       ayuda a la ARN
polimerasa a reconocer la señal de inicio en el
ADN-patrón.        La sub-unidad sigma estaría
reconociendo una región particular del ADN, que se
encuentra a 35 bases antes del sitio de inicio de la
transcripción. Esta región del ADN recibe el nombre
de región PROMOTORA
Proceso de síntesis
La unión de la ARN polimerasa a estas regiones
promotoras permiten un desenrollamiento local de
17 pares de bases de la molécula de ADN - patrón
(llamada burbuja de transcripción). La síntesis de
ARN siempre comienzan con GTP ó ATP, es decir,
con una base purina.
Transcripción en
            eucariontes
La maquinaria transcripcional de eucariontes es
lejos más complejo que en procariontes.

•   En eucariontes superiores solamente una
    pequeña proporción del genoma es expresada a
    ARN.

•   Hay proteínas accesorias específicas llamadas
    FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN. Estos no se
    unen a la polimerasa directamente.
Enzimas de transcripción
El núcleo de eucariontes contiene tres tipos de ARN
polimerasas:
   - ARN polimerasa I (localizada en el nucléolo)
   transcribe los genes de ARN ribosomal. El transcrito
   primario producido corresponde a un pre-rARN que
   posteriormente sufre algunas modificaciones para
   transformarse en una rARN maduro.
   -ARN polimerasa II (se encuentra en el nucleoplasma)
   transcribe los genes que codifican para proteína y el
   transcrito primario corresponde a un ARN nuclear
   heterogéneo (hnARN), que son los precursores del
   ARN mensajeros citoplasmático.
   -ARN polimerasa III (nucleoplasmática) transcribe el
   rARN 5S (ARN ribosomico) y los tARNs (ARN de
Síntesis de ARN mensajeros
1.    Comienza la transcripción de un ADN cuando una
     ARN polimerasa se encuentra a 20 o 30 nucleótidos
     después de la secuencia TATA.

2. Cuando el transcrito (ó ARN) ha alcanzado 30
     nucleótidos de largo, en su extremo 5’ es colocado
     una guanosina unido a un grupo trifosfato que además
     es metilado.

3. La ARN polimerasa se mueve a lo largo del ADN
     transcribiendo tanto exones como intrones. Hasta que
     se transcribe la secuencia AAUAAA, después de
     cerca de 20 nucléotidos de esta secuencia,         el
     transcrito es cortado.
4. Una enzima adiciona una secuencia de 150 a
   200 adeninas en el extremo 3’ de la hebra de
   ARN naciente.

5. Los intrones son doblados y cortados

6. Los exones son unidos para formar finalmente el
   ARN mensajero maduro
http://campus.usal.es/~dbbm/modmol/modmol06
/index06.html

http://genmolecular.wordpress.com/replicacion-y-
transcripcion-del-adn/

BIOSÍNTESIS DE LAS MOLÉCULAS DE LA
VIDA, ALEJANDRO RIQUELME, 2001

Trudy mckee

http://www.youtube.com/watch?v=T-g-G0-kehU

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  • 1. DNA y RNA; replicación y transcripción Cecilia Mariana Iglesias Palomares José David Velasco Munguía Bioquímica Marzo 2012
  • 2. Introducción El ADN es la molécula de la herencia en todos los organismos vivos (procariontes y eucariontes). Sin embargo, en el caso de los virus, el material genético puede ser ADN o ARN. Los ácidos nucleicos son biomoléculas portadoras del material genético. Tienen una estructura polimérica, lineal, cuyos monómeros son los nucleótidos.
  • 3. Todos los ADN están formados por dos muy largas cadenas helicoidales de bases nitrogenadas, que son: Estas bases se encuentran enrolladas a lo largo de un eje común. Las dos hebras de la doble hélice están dispuestas en direcciones opuestas, es decir, mientras una tiene dirección 5´  3´ la otra tiene dirección 3´  5´.
  • 4. Las dos cadenas permanecen juntas por enlaces de hidrógeno entre los pares de bases: Adenina siempre se aparea con Timina (unidas por dos enlaces de hidrógeno) Guanina está siempre apareada con Citosina (unidas por tres enlaces de hidrógeno).
  • 5. La función de los ácidos nucleicos no se reduce, por otra parte con tener la información necesaria para la síntesis de las proteínas celulares. Hay secuencias regulatorias que controlan la expresión de las diferentes unidades genéticas, por si mismas o a su vez controladas por otras moléculas. Hay así mismo ácidos nucleicos implicados en la transmisión y procesado de información genética
  • 6. Replicación Es la síntesis de DNA. La replicación es conceptualmente sencilla, pero compleja en su mecánica. La transferencia de información implica simplemente desenrrollar las cadenas de una doble hélice de DNA original, acompañada de la síntesis de dos cadenas hijas complementarias. En otras palabras, la replicación es semiconservativa.
  • 7. En todos los organismos los requerimientos generales para la síntesis de ADN son los mismos: una hebra de ADN como molde, en otras palabras una sección de ADN que será copiado. la enzima encargada de copiar el ADN, llamada ADN polimerasa.
  • 8. Existen sitios específicos donde comienza la replicación denominados orígenes de replicación. La replicación es ordenada y secuencial.
  • 9. Esta replicación se produce durante la fase S del ciclo celular.
  • 10. La replicación del DNA es un proceso ordenado, que comporta el desenrrollamiento de las cadenas progenitoras, la incorporación de los precursores de los nucleótidos y la renaturalización de las moléculas replicadas; todos estos procesos se producen dentro del mismo micromedio, denominado horquilla de replicación.
  • 11. Como otros procesos de biosíntesis, la replicación de DNA utiliza sustratos activados, los desoxirribonucleósido 5’- trifosfatos (dNTP), que son el dATP, dGTP, dCTP y dTTP.
  • 12. El proceso de síntesis se puede resumir como sigue: Mg+2 d (NMP)n + d NTP d (NMP)n+1 + PPi ADN polimerasa donde d NTP es el desoxirribonucleósido trifosfato y d (NMP)n se refiere a un polímero de n desoxirribonucleótidos. El pirofosfato (PPi) generado por la reacción anterior es hidrolizado a fosfato inorgánico conduciendo la reacción hacia la derecha (PPi 2Pi) .
  • 13. Los elementos proteicos que se sabe que actúan en la horquilla de replicación o cerca de ella son: DNA polimerasa Proteínas de unión al DNA de cadena única Helicasas Primasas Topoisomerasas DNA ligasa
  • 14. Proceso de replicación La DNA polimerasa cataliza la reacción química de la síntesis de DNA, la creación de los enlaces fosfodiéster entre los desoxirribonucleótidos en una cadena de DNA.
  • 15. La reacción comporta la salida de pirofosfato cuya hidrólisis consiguiente impulsa la reacción desde el punto de vista energético.
  • 16. Debido a que se replican las dos cadenas en la misma horquilla, debe existir un mecanismo para la replicación de cada cadena. Este mecanismo comporta la acción de una DNA polimerasa dimérica, es decir, una molécula enzimática que replica en la misma dirección del movimiento de la horquilla y otra que efectúa la replicación retrógrada en la horquilla.
  • 17. El término cadena conductora identifica la cadena hija que se extiende en la misma dirección que la horquilla y la cadena que se sintetiza hacia atrás se denomina cadena retardada.
  • 18.
  • 19. La cadena retardada se sintetiza de manera discontinua, mediante una serie de segmentos cortos, mientras que la síntesis de la cadena conductora puede producirse sin interrupción. Estos fragmentos de la cadena retardada se denominan fragmentos de Okazaki.
  • 20. Para iniciar la síntesis de un fragmento de Okazaki debe intervenir otra enzima, la primasa. Como la DNA polimerasa, la primasa copia una cadena molde de DNA para formar un producto polinucleótido. Sin embargo, ese producto es RNA, no DNA.
  • 21. Una vez polimerizados varios ribonucleótidos para formar un RNA cebador, la primasa se aparta de alguna manera del camino y la DNA polimerasa añade un 5’ desoxirribonucleico al extremo 3’ del cebador de RNA y continúa añadiendo luego dNTP en su dirección habitual 5’ 3’.
  • 22. 1. La primasa forma un RNA cebador. 2. La DNA polimerasa III agrega nucleótidos al nuevo fragmento de Okazaki solamente en el extremo 3’, continuando hasta encontrarse con el cebador del previo fragmento de Okazaki. 3. La DNA polimerasa I hidroliza el cebador y lo remplaza con DNA. 4. La DNA ligasa entonces cataliza la formación del enlace fosfodiéster que finalmente une a los dos fragmentos de Okazaki.
  • 23. Cada cadena del DNA original tiene su propia helicasa; la que se asocia con la cadena retardada forma complejos con la primasa como parte de una unidad denominada primosoma.
  • 24. El proceso de desenrrollamiento deja al descubierto el DNA original de una sola cadena. La proteína de unión al DNA de cadena única (SSB), se une al DNA para estabilizar una estructura en que la superficies de enlaces de hidrógeno de las bases del DNA tienen una orientación espacial dirigida hacia los nucleótidos que llegan.
  • 25.
  • 26. La doble cadena del DNA original está sobreenrrollada por encima de la horquilla como consecuencia de su desenrrollamiento en la horquilla. Esta tensión de torsión debe aliviarse con algún tipo de mecanismo “giratorio”, o de lo contrario el desenrrollamiento de la cadena resultaría imposible energéticamente. Este dispositivo giratorio lo proporcionan las topoisomerasas.
  • 27. Síntesis del ADN en Eucariontes El mecanismo de síntesis del ADN en eucariontes es probablemente similar al proceso en procariontes. La velocidad de las polimerasas en eucariontes es mucho menor que en procariontes. Para compensar esto, las células eucarióticas contienen más de 20.000 moléculas de enzimas. Además, las células eucarióticas tienen un gran número de horquillas de duplicación y fragmentos de Okasaki mas pequeños de 40 - 300 bases. De esta forma la velocidad de duplicación del ADN es mayor en eucariontes.
  • 28. El ADN en eucariontes esta unido con histonas, por lo tanto la duplicación involucra dos pasos extras: Primero el ADN se debe disociar de las histonas para comenzar la duplicación. La síntesis de histonas tiene lugar al mismo tiempo que la síntesis de ADN y las histonas se deben unir al nuevo ADN.
  • 29. Transcripción La transcripción es el proceso por el cual se sintetiza un ARN usando como molde al ADN. La síntesis de ARN usando un ADN patrón es llamada transcripción, mientras que la síntesis de proteína a partir de un ARN patrón es llamado traducción.
  • 30. Clases de ARN Existen tres clases de RNA: ARN mensajero (mRNA) ARN de transferencia (tRNA) ARN ribosomal (rRNA) Los ARN más pequeños son los tARNs, que contienen alrededor de 75 nucleótidos, mientras que el más grande esta entre los mARN, que pueden tener más de 5.000 nucleótidos.
  • 31. Todos los ARN celulares son sintetizados por la ARN polimerasa de acuerdo a las instrucciones dadas por un ADN-patrón (o molde), empleando ribonucleósido-5’-trifosfatos como sustrato. La dirección de la síntesis de ARN es 5’ 3’, similar a la síntesis de ADN. La actividad de la ARN polimerasa es diferente a la actividad de la ADN polimerasa porque no necesita una secuencia partidora o “primer” y no posee una actividad nucleasa. Otra diferencia es que el ADN patrón es totalmente conservado después de la síntesis de ARN. La secuencia de ADN transcrito por la ARN polimerasa en ARN es llamado UNIDAD DE TRANSCRIPCIÓN y el producto de la síntesis (ARN) es el TRANSCRIPTO PRIMARIO.
  • 32. El corazón de la enzima consiste de 2 ‘ (enzima núcleo). La sub-unidad sigma ( ) aumenta la velocidad y especificidad de la transcripción, debido que ayuda a la ARN polimerasa a reconocer la señal de inicio en el ADN-patrón. La sub-unidad sigma estaría reconociendo una región particular del ADN, que se encuentra a 35 bases antes del sitio de inicio de la transcripción. Esta región del ADN recibe el nombre de región PROMOTORA
  • 33. Proceso de síntesis La unión de la ARN polimerasa a estas regiones promotoras permiten un desenrollamiento local de 17 pares de bases de la molécula de ADN - patrón (llamada burbuja de transcripción). La síntesis de ARN siempre comienzan con GTP ó ATP, es decir, con una base purina.
  • 34. Transcripción en eucariontes La maquinaria transcripcional de eucariontes es lejos más complejo que en procariontes. • En eucariontes superiores solamente una pequeña proporción del genoma es expresada a ARN. • Hay proteínas accesorias específicas llamadas FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN. Estos no se unen a la polimerasa directamente.
  • 35. Enzimas de transcripción El núcleo de eucariontes contiene tres tipos de ARN polimerasas: - ARN polimerasa I (localizada en el nucléolo) transcribe los genes de ARN ribosomal. El transcrito primario producido corresponde a un pre-rARN que posteriormente sufre algunas modificaciones para transformarse en una rARN maduro. -ARN polimerasa II (se encuentra en el nucleoplasma) transcribe los genes que codifican para proteína y el transcrito primario corresponde a un ARN nuclear heterogéneo (hnARN), que son los precursores del ARN mensajeros citoplasmático. -ARN polimerasa III (nucleoplasmática) transcribe el rARN 5S (ARN ribosomico) y los tARNs (ARN de
  • 36. Síntesis de ARN mensajeros 1. Comienza la transcripción de un ADN cuando una ARN polimerasa se encuentra a 20 o 30 nucleótidos después de la secuencia TATA. 2. Cuando el transcrito (ó ARN) ha alcanzado 30 nucleótidos de largo, en su extremo 5’ es colocado una guanosina unido a un grupo trifosfato que además es metilado. 3. La ARN polimerasa se mueve a lo largo del ADN transcribiendo tanto exones como intrones. Hasta que se transcribe la secuencia AAUAAA, después de cerca de 20 nucléotidos de esta secuencia, el transcrito es cortado.
  • 37.
  • 38. 4. Una enzima adiciona una secuencia de 150 a 200 adeninas en el extremo 3’ de la hebra de ARN naciente. 5. Los intrones son doblados y cortados 6. Los exones son unidos para formar finalmente el ARN mensajero maduro
  • 39.
  • 40. http://campus.usal.es/~dbbm/modmol/modmol06 /index06.html http://genmolecular.wordpress.com/replicacion-y- transcripcion-del-adn/ BIOSÍNTESIS DE LAS MOLÉCULAS DE LA VIDA, ALEJANDRO RIQUELME, 2001 Trudy mckee http://www.youtube.com/watch?v=T-g-G0-kehU http://www.bioygeo.info/AnimacionesBio2.htm