El documento proporciona información sobre las propiedades químicas y estructurales de las proteínas. Explica las diferentes categorías de aminoácidos que componen las proteínas, así como las estructuras secundarias, terciarias y cuaternarias que forman. También describe modificaciones postraduccionales comunes y variantes del código genético.

1. Química de Proteínas 2011 1 [email_address]

3. Forma Zwitteriónica Centro Quiral C OO - Carboxilato

4. Polaridad Intermedia Apolar Hidrofóbico a-iminoácido - OOC - OOC - OOC - OOC - OOC - OOC

5. Apolar Hidrofóbico aromáticos - OOC - OOC - OOC

6. Polares Cargados Hidrofilicos Débilmente básico básicos ácidos - OOC - OOC - OOC - OOC - - OOC

7. Polares NO Cargados Hidrofilicos Grupos Carbonilo/amido Polaridad intermedia Grupo tiol Grupos hidroxilo - OOC - OOC - OOC - OOC - OOC - OOC

8. En bacterias y arqueobacterias, estas enzimas realizan funciones catabólicas y de oxidación-reducción, mientras que en eucariotas tienen funciones antioxidantes y anabólicas. Cisteína Selenocisteína = Sec = U Codón de parada = UGA - OOC

10. La pirrolisina es un aminoácido natural codificado en el genoma, derivado de lisina; empleado por algunas bacterias metanógenas. Se encuentra codificada en el ADN por el codón de parada UAG. Fue descubierta en el año 2002 por varios investigadores de la Universidad Estatal de Ohio en la arquea Methanosarcina barkeri . lisina Pirrolisina = Pyl = O Codón de parada = UAG - OOC

11. Figure 1.1.1. The standard genetic code and known variant nuclear codes . (1) Candida , a unicellular yeast. (2) Micrococcus . (3) ciliated protozoans and green algae. (4) Mycoplasma. (5) suppressor codon in bacteria. (6) Euplotes . (7) the selenocysteine codon (8) Spiroplasma . (9) Micrococcus . (10) resume codon in ssrA RNA (Lehman 2001).

12. Aminoácido Abreviatura 1 Lisina Lys K 2 Arginina Arg R 3 Acido aspártico Asp D 4 Histidina Hi H 5 Acido glutamínico Glu E 6 Asparagina Asn N 7 Glutamina Gln Q 8 Treonina Thr T 9 Tirosina Tyr Y 10 Alanina Alg A 11 Valina Val V 12 Isoleucina Ile I 13 Leucina Leu L 14 Prolina Pro P 15 Metionina Met M 16 Triptofano Trp W 17 Glicina Gly G 18 Cisteina Cis C 19 Serina Ser S 20 Fenilanina Phe F 21 Selenocisteina Sec U 22 Pirrolisina Pyl O

13. Reducción ← ← Oxidación

15. Asparagina 1806 Treonina 1938 132 años G/L 1820 R 1895 75 años

17. 4-hidroxiprolina epsilon- N , N , N -trimetillisina 3-metilhistidina 5-hidroxilisina o-fosfoserina gama-carboxyglutamato epsilon- N -acetillisina omega- N -metilarginina N -acetilserina N , N , N -trimetilalanina N -formilmetionina Aminoacidos poco comunes presentes en las proteínas Modificaciones postraduccionales

18. Dopamina Citrulina Ornitina 4-Hidroxiprolina 5-Hidroxilisina  -Carboxiglutamato Colágeno Protrombina Neurotransmisor Biosíntesis Urea

19. Isomería L y D

20. Deshidratación o condensación

22. Híbrido de resonancia Enlace Distancia (Å) N–N 1.45 N=N 1.23 N≡N 1.09 C–C 1.54 C=C 1.34 C≡C 1.20 O–O 1.48 O=O 1.21 Enlace sencillo: 1.49 Enlace peptídico: 1.32 Enlace doble: 1.27

23.   phi  psi   

28. I ó nicas

30. 3 10 helice 3.0 aa 6.0 A  helice 3.6 aa 5.4 A  helice 4.4 aa 5.2 A Primaria Secundaria Terciaria Cuaternaria

31.  - Antiparalela  -Paralela NH + 3 COO - Der. Izq.  -Barril Silla Giro  Lupa 

33. Citocromo C

35. Monomérica: proteínas formadas por un solo polipéptido Multimérica: Proteínas formadas por dos o mas sub-unidades polipeptídicas

36. Homomérica: Sub-unidades idénticas. VMT 2120

37. Heteromérica:Dos o mas sub-unidades diferentes Inmunoglobulina o Anticuerpo Hemoglobina

38. Familia

40. H 3 N + -CH-CH 2 -CH 2 -CO - NH-CH-CO - NH-CH-COO - COO - CH 2 SH H  E C G Tripéptido  Glutatión (GSH) Oxido-reducción GSSG Pentapéptidos: Encefalinas: Met-encefalina y Leu-encefalina, neuropéptidos cerebrales, percepción del dolor. Nonapéptidos: Vasopresina, hormonal =regula reabsorción renal de agua. Oxitocina, hormonal = secreción de leche. 14 aas : Hormona estimulante de melanocitos (  -MSH), Factores de crecimiento.

41. Ejemplo: la piel y el cabello. ejemplo la insulina, hemoglobina y anticuerpos.

42. Dominios Fab Piruvato quinasa

43. Cremallera de Leucinas Anillos de zinc RNA Proteína RNA Proteína

44. Ortólogos: Genes que comparten el último ancestro común y cuya divergencia se debe a la especiación. Los mismos genes en distintas especies. Parálogos: Genes que debido a una duplicación, ya no comparten el último ancestro. Frecuentemente tienen funciones distintas.

45. Homólogas/Ortólogas Dos estructuras son homólogas si son morfológicamente semejantes y si esta semejanza se debe a que derivan de una estructura ancestral común. Es el caso de las alas del pterodactylus, el murciélago y el ave. Análogas/Parálogas Dos estructuras son análogas si son morfológica y/o funcionalmente semejantes y si esta semejanza se ha adquirido de un modo filogenéticamente independiente. Es el caso de las alas de las mariposas y las alas de los murciélagos y las aves.

47. Proteínas conservadoras: cambio de un aa por otro de características similares ej: V x I Proteínas NO conservadoras: cambio de un aa por otro diferente ej: D x A Restos invariantes: Cuando un No. determinado de aas se encuentran siempre en la misma posición y se le asigna un papel esencial tanto en la estructura como en la función de la proteína.

48. Secuencia normal: ejemplo con una frase UN O MAS UNO SON DOS Adición de una A después de la primera N: cambia el cuadro de lectura UN A OM A SUN OSO NDO S Deleción (pérdida) de la primera O: cambia el cuadro de lectura UNM ASU NOS OND OS Adición de A y deleción de A: se recupera el cuadro de lectura UN A OMS UNO SON DOS Adición de tres letras (AAA) UNO A A A MAS UNO SON DOS

49. Citocromo C