La Universidad de Guanajuato ofrece 55 programas de posgrado, incluyendo 11 doctorados y 29 maestrías. Cuenta con 224 profesores en el Sistema Nacional de Investigadores distribuidos en diversas áreas de conocimiento. Algunos de los programas de posgrado más destacados son el doctorado interinstitucional en psicología, las maestrías en ciencias médicas y en investigación clínica, y las especialidades en medicina interna y familia.