Un sistema de archivos organiza la información almacenada en un disco duro a través de una estructura lógica y rutinas de software. FAT y NTFS son dos de los sistemas de archivos más comunes, con FAT utilizando tablas de asignación de archivos para organizar el espacio en clústeres y sectores, mientras que NTFS es más avanzado y compatible con Windows. Antes de usar un disco, es necesario particionarlo y formatearlo con un sistema de archivos.