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Enzimas




Bioquímica 2012
Prof. Gustavo Faundez
Las enzimas son catalizadores biológicos
Se pueden considerar como proteínas globulares con
actividad catalítica
No alteran el equilibrio de la reacción
                  E+S                     E+P



Poseen un gran poder catalítico:
aumentan la velocidad 106 o más en
la reacción catalizada comparada
con la reacción no catalizada
Las enzimas no se alteran
permanentemente con la
reacción catalizada




 La enzima proporciona
 la vecindad y
 orientación necesaria
 para que la reacción
 ocurra
• Las enzimas contienen un sitio activo en la proteína globular
• Presentan especificidad con respecto al sustrato

La especificidad está dada por
la complementariedad del
sitio activo de la enzima con el
sustrato




                             Existe una complementariedad estructural y
                             estereospecífica asociada a una
                             complementariedad por interacciones no
                             covalentes entre el sustrato y el sitio activo
Modelos para la interacción
enzima sustrato
(A) llave y cerradura
(B) encaje inducido




                              • En A existe un encaje perfecto
                              entre sustrato y sitio activo del
                              complejo enzima-sustrato

                              • En B el sustrato y la enzima se
                              distorsionan para alcanzar la
                              conformacion del estado de
                              transición
La unión al sustrato por la enzima tensiona su estructura terciaria al
formarse el complejo enzima sustrato
Energía de activación de una reacción
                                         S*: estado de
            S------> S* ----------> P    transición




la enzima baja la
energía de activación
de una reacción
La reacción catalizada por una enzima tiene una energía de
activación más baja, por lo que la velocidad de reacción aumenta
Las enzimas tienen actividad en un rango de temperaturas y
presentan una temperatura óptima
Las enzimas tienen actividad en un rango de pH y presentan un
pH óptimo
1. Oxidoreductasas (deshidrogenasas)
Catalizan reacciones de oxidación-reducción
2. Transferasas
Catalizan reacciones de transferencia de grupo
3. Hidrolasas
 Catalizan reacciones de rompimiento de enlaces en donde
el agua es un aceptor de un grupo transferido (hidrólisis)
4. Liasas
catalizan rotura de enlaces en los cuales hay un
reordenamiento electrónico
5. Isomerasas
catalizan reacciones de isomerización
6. Ligasas (sintetasas)
catalizan reacciones de ligación o unión de dos sustratos
requieren de energía (ATP)
Cinética enzimática
La velocidad de una
reacción catalizada por una
enzima:

       Vo = ∆ [P] / ∆ t
Vo: velocidad inicial




                              La velocidad (Vo) de la reacción
                              es directamente proporcional a
                              la cantidad de enzima
La velocidad (Vo) de una reacción catalizada por una enzima
depende de la concentración de sustrato inicial


                                                                    velocidad (Vo) vs [sustrato]
                                                                        Rate versus [substrate]
                                                          1



                                                        0.8




                           Rate (v) micomolar per sec
                                                        0.6



                                                        0.4



                                                        0.2



                                                          0
                                                              0   200     400         600           800   1000   1200
                                                                           [Substrate] micromolar
                                                                        [sustrato] micromolar
Cinética de Michaelis-Menten
             k1                 k2
 E +S                 ES                  E+P
             k -1

 v = k 2 [ES]         k2 se denomina k catalítica kcat


  Existe un estado estacionario donde [ES] es constante:
        vel. de formación = vel. de descomposición


  k 1[E ][S ] = k       − 1[ES       ] + k 2[ES ]
despejando [ES]:
                             k 1[E ][S ]
                     [ES ] =
                             k − 1+ k2
reuniendo las constantes en una:
                                            k   − 1+k 2
                                   KM =
                                                 k1
                             [E ][S ]
                     [ES ] =
                               KM
       [E0] = [E] + [ES]           [E0]: Enzima total
                                   [E]: Enzima libre
                                   [ES]:Enzima unida a sustrato
       [E] = [E0] - [ES]
reemplazando en ecuación anterior:


         ([E 0 ] − [ES ])[S ]             [ES] =
                                                   [E0][S] - [ES][S]
 [ES ] =
                  KM                                      KM

   KM [ES] = [E0][S] - [ES][S]

                      KM [ES] + [S][ES] = [E0][S]


despejando [ES]:                             [E0][S]
                              [ES] =
                                            [S] + KM
[E0][S]
  [ES] =
             [S] + KM                        v = k 2 [ES ]

reemplazando [ES]:




                                   [E0][S]
                     v = k2
                                 [S] + KM

                     Ecuación de Michaelis Menten
Velocidad máxima de la reacción
si la concentración de sustrato es muy grande: [S]>>> KM
                   [E0][S]
   v = k2                                 V = k2 [E0] = Vmax
                  [S] + KM
La velocidad máxima de la reacción, (Vmax ) ocurre cuando todos
los sitios activos presentes están unidos al sustrato (la enzima está
saturada)
                                                       La constante k2 se
                                                       denomina constante
reemplazando:                    Vmax x [S]            catalítica kcat
 k2 [E0] = Vmax
                        V =
                                 [S] + KM
                                                       Vmax = kcat [E0]
                        ecuación de Michaelis Menten
Determinación de KM
Si V = (Vmax) /2 :        Vmax         Vmax [S]
                                   =                  2[S] = KM + [S]
                            2          KM + [S]


     KM = [S]

  KM es numéricamente igual a
  concentración de sustrato a la
  cual la reacción procede a la
  mitad de la Vmax


  KM esta inversamente relacionado con la afinidad de la enzima por el
  sustrato. Una enzima con un bajo valor de KM tendrá alta afinidad por
  el sustrato
Constante catalítica
Kcat (número de recambio), es el máximo número de moléculas
de sustrato convertidas a producto por molécula de enzima y por
unidad de tiempo.

       Kcat = Vmax / Et        Los valores de Kcat van desde menos de 1/seg
                               a muchos millones por seg
Reformulando la ecuación de MM a una                 Vmax [S]
forma lineal: invirtiendo la ecuación          v=
                                                     KM + [S]

    1       KM    1        1
        =       X      +
    v       Vmax [S]       Vmax
                                        Tomando el recíproco de V y [S]
                                        1/ V y 1/ [S], la ecuación toma una
                                        forma lineal, en que KM / Vmax
                                        es la pendiente




                                        Gráfico de doble recíproco
                                        (Lineweaver-Burk)
Inhibidores
•inhibidores irreversibles:
forman enlaces covalentes estables en el sitio activo de la enzima

•inhibidores reversibles:
se unen a la enzima y previenen la formación del complejo ES o la
liberación de E + P a partir de este
Inhibición reversible
•Inhibición Competitiva

•Inhibición No Competitiva
Inhibición competitiva
El inhibidor se asemeja estructuralmente al sustrato y compite
con el por el sitio activo
Inhibicióninhibition
                                    Competitive competitiva

 Vmax
                                                          1/V   + inhibitor
                         + inhibitor
   V
Vmax/
        2                                                        uninhibited




            KM KM, app                                                   1/[S]
                            [S]
                                       Vmax se mantiene
                                       KM aumenta
Non-competitive inhibition
                 Inhibición no competitiva
 V max
                                        1/V       + inhibitor

   V
Vmax/
       2                                            uninhibited
                + inhibitor


           KM                                              1/[S]
                [S]

                       Vmax disminuye

                       KM se mantiene
Regulación de la actividad enzimática en
         células y organismos


 • modificación covalente reversible
 • modulación alostérica
 • proteolisis parcial
Enzimas alostéricas
La actividad de la enzima es regulada por moduladores

Activación alostérica
El activador se une a un sitio
específico, distinto del sitio
activo, produciendo un
cambio conformacional que
activa la enzima

Inhibición alostérica
El inhibidor se une a un sitio
específico, distinto del sitio
activo, produciendo un
cambio conformacional que
inactiva la enzima
Enzimas alostéricas
Muchas enzimas alostéricas presentan estructura cuaternaria y
cooperatividad en la unión a sustrato
En las enzimas alostéricas que tienen estructura cuaternatia, el
activador estabiliza la forma activa de la enzima y el inhibidor
estabiliza la forma inactiva
En algunas enzimas alostéricas con estructura cuaternaria, una o más
de las subunidades no tienen un rol catalítico sino regulador.
En estas subunidades, existe un sitio alostérico para unión del
modulador
Regulación alostérica: retroalimentación negativa

Previene la acumulación de
un producto final
Activación por proteólisis parcial
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61237 enzimas2012

  • 2. Las enzimas son catalizadores biológicos Se pueden considerar como proteínas globulares con actividad catalítica No alteran el equilibrio de la reacción E+S E+P Poseen un gran poder catalítico: aumentan la velocidad 106 o más en la reacción catalizada comparada con la reacción no catalizada
  • 3. Las enzimas no se alteran permanentemente con la reacción catalizada La enzima proporciona la vecindad y orientación necesaria para que la reacción ocurra
  • 4. • Las enzimas contienen un sitio activo en la proteína globular • Presentan especificidad con respecto al sustrato La especificidad está dada por la complementariedad del sitio activo de la enzima con el sustrato Existe una complementariedad estructural y estereospecífica asociada a una complementariedad por interacciones no covalentes entre el sustrato y el sitio activo
  • 5. Modelos para la interacción enzima sustrato (A) llave y cerradura (B) encaje inducido • En A existe un encaje perfecto entre sustrato y sitio activo del complejo enzima-sustrato • En B el sustrato y la enzima se distorsionan para alcanzar la conformacion del estado de transición
  • 6. La unión al sustrato por la enzima tensiona su estructura terciaria al formarse el complejo enzima sustrato
  • 7. Energía de activación de una reacción S*: estado de S------> S* ----------> P transición la enzima baja la energía de activación de una reacción
  • 8. La reacción catalizada por una enzima tiene una energía de activación más baja, por lo que la velocidad de reacción aumenta
  • 9. Las enzimas tienen actividad en un rango de temperaturas y presentan una temperatura óptima
  • 10. Las enzimas tienen actividad en un rango de pH y presentan un pH óptimo
  • 11.
  • 12. 1. Oxidoreductasas (deshidrogenasas) Catalizan reacciones de oxidación-reducción
  • 13. 2. Transferasas Catalizan reacciones de transferencia de grupo
  • 14. 3. Hidrolasas Catalizan reacciones de rompimiento de enlaces en donde el agua es un aceptor de un grupo transferido (hidrólisis)
  • 15. 4. Liasas catalizan rotura de enlaces en los cuales hay un reordenamiento electrónico
  • 17. 6. Ligasas (sintetasas) catalizan reacciones de ligación o unión de dos sustratos requieren de energía (ATP)
  • 18. Cinética enzimática La velocidad de una reacción catalizada por una enzima: Vo = ∆ [P] / ∆ t Vo: velocidad inicial La velocidad (Vo) de la reacción es directamente proporcional a la cantidad de enzima
  • 19. La velocidad (Vo) de una reacción catalizada por una enzima depende de la concentración de sustrato inicial velocidad (Vo) vs [sustrato] Rate versus [substrate] 1 0.8 Rate (v) micomolar per sec 0.6 0.4 0.2 0 0 200 400 600 800 1000 1200 [Substrate] micromolar [sustrato] micromolar
  • 20. Cinética de Michaelis-Menten k1 k2 E +S ES E+P k -1 v = k 2 [ES] k2 se denomina k catalítica kcat Existe un estado estacionario donde [ES] es constante: vel. de formación = vel. de descomposición k 1[E ][S ] = k − 1[ES ] + k 2[ES ]
  • 21. despejando [ES]: k 1[E ][S ] [ES ] = k − 1+ k2 reuniendo las constantes en una: k − 1+k 2 KM = k1 [E ][S ] [ES ] = KM [E0] = [E] + [ES] [E0]: Enzima total [E]: Enzima libre [ES]:Enzima unida a sustrato [E] = [E0] - [ES]
  • 22. reemplazando en ecuación anterior: ([E 0 ] − [ES ])[S ] [ES] = [E0][S] - [ES][S] [ES ] = KM KM KM [ES] = [E0][S] - [ES][S] KM [ES] + [S][ES] = [E0][S] despejando [ES]: [E0][S] [ES] = [S] + KM
  • 23. [E0][S] [ES] = [S] + KM v = k 2 [ES ] reemplazando [ES]: [E0][S] v = k2 [S] + KM Ecuación de Michaelis Menten
  • 24. Velocidad máxima de la reacción si la concentración de sustrato es muy grande: [S]>>> KM [E0][S] v = k2 V = k2 [E0] = Vmax [S] + KM La velocidad máxima de la reacción, (Vmax ) ocurre cuando todos los sitios activos presentes están unidos al sustrato (la enzima está saturada) La constante k2 se denomina constante reemplazando: Vmax x [S] catalítica kcat k2 [E0] = Vmax V = [S] + KM Vmax = kcat [E0] ecuación de Michaelis Menten
  • 25. Determinación de KM Si V = (Vmax) /2 : Vmax Vmax [S] = 2[S] = KM + [S] 2 KM + [S] KM = [S] KM es numéricamente igual a concentración de sustrato a la cual la reacción procede a la mitad de la Vmax KM esta inversamente relacionado con la afinidad de la enzima por el sustrato. Una enzima con un bajo valor de KM tendrá alta afinidad por el sustrato
  • 26. Constante catalítica Kcat (número de recambio), es el máximo número de moléculas de sustrato convertidas a producto por molécula de enzima y por unidad de tiempo. Kcat = Vmax / Et Los valores de Kcat van desde menos de 1/seg a muchos millones por seg
  • 27. Reformulando la ecuación de MM a una Vmax [S] forma lineal: invirtiendo la ecuación v= KM + [S] 1 KM 1 1 = X + v Vmax [S] Vmax Tomando el recíproco de V y [S] 1/ V y 1/ [S], la ecuación toma una forma lineal, en que KM / Vmax es la pendiente Gráfico de doble recíproco (Lineweaver-Burk)
  • 28. Inhibidores •inhibidores irreversibles: forman enlaces covalentes estables en el sitio activo de la enzima •inhibidores reversibles: se unen a la enzima y previenen la formación del complejo ES o la liberación de E + P a partir de este
  • 29.
  • 31. Inhibición competitiva El inhibidor se asemeja estructuralmente al sustrato y compite con el por el sitio activo
  • 32. Inhibicióninhibition Competitive competitiva Vmax 1/V + inhibitor + inhibitor V Vmax/ 2 uninhibited KM KM, app 1/[S] [S] Vmax se mantiene KM aumenta
  • 33. Non-competitive inhibition Inhibición no competitiva V max 1/V + inhibitor V Vmax/ 2 uninhibited + inhibitor KM 1/[S] [S] Vmax disminuye KM se mantiene
  • 34. Regulación de la actividad enzimática en células y organismos • modificación covalente reversible • modulación alostérica • proteolisis parcial
  • 35.
  • 36. Enzimas alostéricas La actividad de la enzima es regulada por moduladores Activación alostérica El activador se une a un sitio específico, distinto del sitio activo, produciendo un cambio conformacional que activa la enzima Inhibición alostérica El inhibidor se une a un sitio específico, distinto del sitio activo, produciendo un cambio conformacional que inactiva la enzima
  • 37. Enzimas alostéricas Muchas enzimas alostéricas presentan estructura cuaternaria y cooperatividad en la unión a sustrato
  • 38. En las enzimas alostéricas que tienen estructura cuaternatia, el activador estabiliza la forma activa de la enzima y el inhibidor estabiliza la forma inactiva
  • 39. En algunas enzimas alostéricas con estructura cuaternaria, una o más de las subunidades no tienen un rol catalítico sino regulador. En estas subunidades, existe un sitio alostérico para unión del modulador
  • 40. Regulación alostérica: retroalimentación negativa Previene la acumulación de un producto final