Las bacterias patógenas pueden infectar amoebas de vida libre y establecer relaciones simbióticas a largo plazo. Algunas bacterias evaden la degradación durante la fagocitosis y causan la lisis del hospedero o establecen una simbiosis obligada después de muchas generaciones. La bacteria reduce la virulencia y depende del hospedero, suprimiendo genes que codifican enzimas importantes.