El Consejo Académico está integrado por el rector y directivos docentes. Sus funciones incluyen servir como órgano consultor del plan de estudios, organizar el plan de estudios, participar en la evaluación institucional, y recibir reclamos de estudiantes sobre la evaluación educativa. El Consejo Académico de la Institución Educativa Gimnasio Guayacanes estará conformado por profesores jefes de área, coordinadores y el rector.