La división Cryptophyta incluye organismos unicelulares biflagelados con dos flagelos desiguales. Tienen una cubierta celular con placas proteicas y cloroplastos con clorofilas a y c. Se reproducen asexualmente por división y viven en agua dulce y marina, algunos son fotosintéticos y otros saprófitos. Están organizados en dos órdenes, Cryptomonadales con géneros móviles como Cryptomonas, y Cryptoccales con formas no móviles.