El tercer ventrículo se encuentra entre los hemisferios cerebrales y tiene forma de embudo. Sus paredes forman parte del diencéfalo. El diencéfalo contiene estructuras importantes como el tálamo y el hipotálamo. El tálamo es el núcleo más grande y procesa la mayoría de las fibras sensoriales, mientras que el hipotálamo controla funciones vitales y la neuroendocrinología. El diencéfalo juega un rol clave en el comportamiento, la memoria y la conducta.