El municipio de Zacapoaxtla está atravesado por varios ríos principales como el Chichilaco, Huichautla y Hueyateno, que recorren el territorio de suroeste a noreste y desembocan en el río Apulco, el cual sirve de límite natural con municipios vecinos. Además, el municipio cuenta con arroyos intermitentes, manantiales y acueductos que complementan su red hidrográfica.