Las células eucariotas probablemente evolucionaron a partir de procariotas debido a su similitud bioquímica y molecular. Existen dos hipótesis principales sobre el origen de los orgánulos eucariotas: 1) la hipótesis del plegamiento de membranas propone que los orgánulos se originaron por invaginaciones de la membrana plasmática, y 2) la hipótesis de la endosimbiosis sugiere que los orgánulos como las mitocondrias y cloroplastos provienen de la fusión y especialización